|
|
Výzkum Struktury β-N-Acetylhexosaminidasy z Penicillium oxalicum.
Krunclová, Tereza ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Hýsková, Veronika (oponent)
v češtině β-N-Acetylhexosaminidasa (EC 3.2.1.52) je exoglykosidasa, která má ve vláknitých houbách unikátní vlastnosti. Enzym z těchto organismů je dimerní, inducibilní a extraceluárně sekretovaný. Je exprimovaný jako preproprotein, skládá se ze signální sekvence, dlouhého propeptidu a katalytické podjednotky. Ačkoli je enzym široce rozšířen, jeho struktura se v jednotlivých organismech liší. Bakterie mají hexosaminidasy pouze monomerní. Lidské enzymy jsou stejně jako fungální dimerní, ale jen hexosaminidasy z vláknitých hub mají katalytickou podjednotku asociovanou nekovalentně s propeptidem. Propeptid je nezbytnou součástí aktivního enzymu. Existuje homologní model katalytické podjednotky β-N-acetylhexosaminidasy z Penicillium oxalicum, ale struktura propeptidu zatím vyřešená nebyla. Tato diplomová práce se v první části zabývá optimalizací podmínek produkce a purifikace. V druhé části se zabývá strukturními studiemi β-N-acetylhexosaminidasy z vláknité houby Penicillium oxalicum CCF 3438. Tyto studie byly prováděny pomocí metod chemického sítění a hmotnostní spektrometrie s vysokým rozlišením. Kombinací těchto metod byla odhalena místa nekovalentní interakce katalytické podjednotky a propeptidu. (In Czech)
|
|
|
Applications of capillary electrophoresis in life sciences
Křížek, Tomáš ; Coufal, Pavel (vedoucí práce) ; Pacáková, Věra (oponent) ; Tůma, Petr (oponent)
Tomáš Křížek: Využití kapilární elektroforézy ve vědách o životě (Disertační práce) ABSTRAKT Tato práce se zabývá využitím kapilární elektroforézy ve dvou významných oblastech "věd o životě", konkrétně v proteomice a stanovení aktivity enzymů. V první části jsou studovány vlastnosti polymeru Pluronic F-127 jako separačního média v kapilární gelové elektroforéze. Byl zkoumán vliv termoasociace Pluronicu F-127 na selektivitu separace peptidů a aminokyselin, přičemž při teplotách pod, uvnitř a nad oblastí termoasociace žádný rozdíl v selektivitě pozorován nebyl. Funkce Pluronicu F-127 v kapilární gelové elektroforéze byla porovnána s dextranem, jakožto běžně používanou gelovou matricí. Výsledky ukazují, že Pluronic F-127 je výhodnějším médiem pro separace nízkomolekulárních bílkovin, protože poskytuje větší separační sílu při zachování nižší viskozity základního elektrolytu. Tato nižší viskozita usnadňuje výměnu základního elektrolytu po každém měření, což vede k výrazně vyšší opakovatelnosti pokusů. Dextran je na druhé straně díky své vyšší viskozitě vhodnější pro separace peptidových štěpů bílkovin, při kterých je zásadním parametrem vysoká účinnost separace. Druhá část práce je zaměřena na elektroforetická stanovení aktivity enzymů. Byla vyvinuta nová metoda separace N,N',N''-triacetylchitotriosy,...
|
|
|
Výzkum Struktury β-N-Acetylhexosaminidasy z Aspergillus oryzae
Kukačka, Zdeněk ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Ryšlavá, Helena (oponent)
v češtině β-N-acetylhexosaminidasa (EC 3.2.1.52) patří do skupiny exoglykosidas a vyskytuje se prakticky u všech organismů od bakterii po člověka. Plísňová β-N-acetylhexosaminidasa z Aspergillus oryzae se skládá z propeptidu a katalytické podjednotky. Propeptid je na katalytickou podjednotku vázán nekovalentně a je nezbytný pro aktivitu enzymu. Ačkoli struktura katalytické podjednotky byla navržena pomocí homologního modelování, struktura propeptidu ještě doposud odhalena nebyla. V této studii jsme se snažili nalézt oblast, kde se propeptid na katalytickou podjednotku váže. Předkládaná práce se skládá ze dvou částí. První část se zabývá optimalizaci podmínek produkce, purifikace a krystalizace β-N-acetylhexosaminidasy z vláknité houby Aspergillus oryzae. Druhá část je věnována samotnému studiu interakce propeptidu a katalytické podjednotky, která byla charakterizována technikou chemického zesítění. A právě prostřednictvím chemického zesítění a hmotnostní spektrometrie s vysokým rozlišením byly odhaleny ne jenom strukturní změny katalytické podjednotky, které jsou závislé na přítomnosti či nepřítomnosti propeptidu, ale i oblasti, kde propeptid interaguje s katalytickou podjednotkou.
|
host ::
RSS.