|
|
Proteomic analysis of myocardial integral membrane proteins
Oliva, Tomáš ; Petrák, Jiří (vedoucí práce) ; Pompach, Petr (oponent)
Kardiovaskulární onemocnění představují nejvyšší zdroj mortality i morbidity v Evropě. Více než 4 miliony lidí ročně na tato onemocnění zemře a více než 11 milionů nových případů kardiovaskulárních onemocnění se objeví každý rok. Tato čísla jen poukazují na to, že je zde potřeba nejen pro lepší diagnostické, prognostické a prediktivní biomarkery, ale také potřeba pro nové a efektivnější léky. Integrální membránové proteiny (IMP) jsou ideálními kandidáty na nové cíle léčiv. Analýza IMP stále představuje jeden z hlavních problémů současné proteomiky. Důvodem je nízká úroveň exprese IMP, jejich snížená rozpustnost ve vodě a také nedostatek trypsinových štěpných míst v transmembránových segmentech. Byla vyvinuta celá řada metod, které se snaží tyto problémy obejít. Jedná se zejména o metody, které selektivně cílí na N-glykosylované segmenty IMP (CSC, SPEG, N-glyco-FASP), a nebo metody, které naopak cílí na hydrofobní transmembránové segmenty (hpTC). My jsme se v této práci rozhodli spojit dva přístupy, které cílí na N-glykosylované extramembránové segmenty IMP (SPEG a N-glyco-FASP) provedené na dvou typech vzorku (na celotkáňovém lyzátu a membránové frakci) spolu s hpTC metodou, která naopak cílí na hydrofobní transmembránové segmenty a s necíleným "detergent+trypsin" přístupem. Tento kombinovaný...
|
|
|
On-line derivatizace sacharidů v kapilární elektroforéze
Mareš, Vít ; Křížek, Tomáš (vedoucí práce) ; Coufal, Pavel (oponent)
Sacharidové řetězce glykoproteinů mohou podléhat různým chybám při jejich bi- osyntéze, které ovlivňují jejich biologické funkce, proto jich může být využito v diagnóze některých onemocnění nebo kontrole kvality biofarmaceutik, konkrét- ně monoklonálních protilátek, které také obsahují tetramerní glykoproteiny. Při diagnóze těchto poruch má potencionální využití kapilární elektroforéza. V této práci byla vyvíjena metoda on-line derivatizace sacharidů v křemenné kapiláře o délce 50 cm a o vnitřním průměru 50 µm. Jako modelová molekula byla použita glukóza, která byla značena fluorescenčním derivatizačním činidlem, 7-aminonaftalen-1,3-disulfonovou kyselinou. Metodu derivatizace glukózy a její separaci bylo potřeba optimalizovat. Nejprve byla zjištěna elektroforetická po- hyblivost derivatizačního činidla v 0,5; 1,0 a 2,5M koncentracích kyseliny octové a v 20mM fosfátovém pufru, pH = 3,5. Jako rozpouštědlo pro 7-aminonaftalen- 1,3-disufonovou kyselinu byly vyzkoušeny 2,5M kyselina octová i 20mM fosfátový pufr se záměrem sjednotit reakční a separační prostředí, což se ukázalo jako ne- realizovatelné. Byly zjištěny efektivní pohyblivosti ve zmíněných roztocích. Nej- lépe probíhala reakce s glukózou v prostředí kyseliny octové. Pro separaci bylo zjištěno, že nejvhodnějším základním elektrolytem je naopak...
|
|
|
Glykoproteinový profil ejakulátu mužů jako marker jeho kvality
Pavlová, Hana ; Postlerová, Pavla (vedoucí práce) ; Krejčová, Tereza (oponent)
Glykoproteiny jsou nepostradatelnou složkou glykokalyxu spermií. Vznikají procesem kotranslační či posttranslační modifikace, glykosylace, při které jsou sacharidové řetězce, takzvané glykany, připojovány na peptidový řetězec. Glykoproteiny participují na reprodukčních procesech a jejich přítomnost je často klíčová pro úspěšnou fertilizaci. Míra glykosylace glykoproteinů je velmi variabilní a je dána zastoupením sacharidových jednotek v glykanech. Již dříve bylo zjištěno, že míra glykosylace může souviset s fertilitou jedince. Diplomová práce je zaměřena na porovnání zastoupení terminálních sacharidů, sialové kyseliny a fukózy, v glykoproteinech spermií a semenné plazmy pacientů s normálními a abnormálními parametry ejakulátu. Zjišťována byla celková míra sialylace a fukosylace v semenné plazmě a dále míra sialylace a fukosylace konkrétních detekovaných glykoproteinů spermií a semenné plazmy. Signifikantní rozdíl byl zaznamenán pouze při detekci celkové fukosylace glykoproteinů semenné plazmy. Následnými korelačními testy však byly zjištěny důležité souvislosti mezi mírou sialylace a fukosylace glykoproteinů a parametry ejakulátu, konkrétně objemem, morfologickými abnormalitami spermií, probíhající apoptózou, a především přítomností protilátek proti spermiím v ejakulátu. Také byly identifikovány...
|
|
|
Glykoproteiny ve slinách krevsajících členovců
Sumová, Petra ; Volf, Petr (vedoucí práce) ; Mikeš, Libor (oponent)
Krevsající členovci injikují během sání krve obsah svých slinných žláz do hostitele. Sliny krevsajících členovců obsahují celé spektrum bioaktivních makromolekul, jejichž hlavní funkcí je umožnění sání krve. Proti řadě těchto molekul je ovšem namířena protilátková odpověď hostitelského imunitního systému. Detekce této protilátkové odpovědi může, díky mezidruhovým odlišnostem v proteinovém složení slin, sloužit jako měřítko expozice hostitele jednotlivým druhům krevsajících členovců. Molekulami vyvolávajícími protilátkovou odpověď mohou být proteiny nebo glykoproteiny. Glykoproteiny jsou proteiny, na něž jsou glykosidicky vázány oligosacharidové řetězce. Za antigenní vlastnosti slinných glykoproteinů mohou být zodpovědné obě jejich složky, či pouze cukerná nebo proteinová část. Tuto skutečnost je třeba zohlednit při výběru expresního systému pro syntézu rekombinantních glykoproteinů. Tato práce shrnuje poznatky o struktuře, funkci a vlastnostech slinných glykoproteinů různých druhů krevsajících členovců.
|
|
|
Synthesis of Neuraminidase binders suitable for theranostics
Berenguer Albiñana, Carlos ; Machara, Aleš (vedoucí práce) ; Cibulka, Radek (oponent) ; Soural, Miroslav (oponent)
(Czech) Četná onemocnění dýchacích cest jsou způsobena virem chřipky. Jejich závažnost se liší v závislosti na kmenu viru a na věku a zdraví hostitele. Chřipka je stále velkou zdravotní hrozbou zejména kvůli své přirozené náchylnosti k mutacím. Proto je nezbytné uvádět na trh každý rok nové vakcíny účinné proti mutovaným formám viru a snižovat tak riziko pandemií, které by tyto formy viru mohly vyvolat. Nedávný výskyt kmenů viru rezistentních vůči současné standardní léčbě chřipky (oseltamivir, zanamivir) dokazuje nutnost vývoje nových léčiv. Cílem této disertační práce je přispět k vývoji nových látek účinných proti viru chřipky. Toho může být dosaženo racionálním designem a optimalizací stávajících inhibitorů nebo prostřednictvím vysokokapacitního testování, které může nalézt strukturně nové inhibitory neuraminidasy a RNA-polymerasy. Schéma 1. Přehled strategie použité pro vývoj nových léčiv účinných proti chřipce. Přerušované šipky spojují inhibitory použité pro přípravu sond pro vysokokapacitní testování s enzymy, na které je sondami cíleno. V rámci optimalizace struktury oseltamiviru byly studovány modifikace v pozicích C-3 a C-5. Zatímco změny v pozici C-3 měly za cíl zvýšení aktivity způsobené běžnou mutací H274Y, substituce v pozici C-5 byly použity pro studium vazby inhibitoru do dutiny...
|
|
|
Proteomic analysis of myocardial integral membrane proteins
Oliva, Tomáš ; Petrák, Jiří (vedoucí práce) ; Pompach, Petr (oponent)
Kardiovaskulární onemocnění představují nejvyšší zdroj mortality i morbidity v Evropě. Více než 4 miliony lidí ročně na tato onemocnění zemře a více než 11 milionů nových případů kardiovaskulárních onemocnění se objeví každý rok. Tato čísla jen poukazují na to, že je zde potřeba nejen pro lepší diagnostické, prognostické a prediktivní biomarkery, ale také potřeba pro nové a efektivnější léky. Integrální membránové proteiny (IMP) jsou ideálními kandidáty na nové cíle léčiv. Analýza IMP stále představuje jeden z hlavních problémů současné proteomiky. Důvodem je nízká úroveň exprese IMP, jejich snížená rozpustnost ve vodě a také nedostatek trypsinových štěpných míst v transmembránových segmentech. Byla vyvinuta celá řada metod, které se snaží tyto problémy obejít. Jedná se zejména o metody, které selektivně cílí na N-glykosylované segmenty IMP (CSC, SPEG, N-glyco-FASP), a nebo metody, které naopak cílí na hydrofobní transmembránové segmenty (hpTC). My jsme se v této práci rozhodli spojit dva přístupy, které cílí na N-glykosylované extramembránové segmenty IMP (SPEG a N-glyco-FASP) provedené na dvou typech vzorku (na celotkáňovém lyzátu a membránové frakci) spolu s hpTC metodou, která naopak cílí na hydrofobní transmembránové segmenty a s necíleným "detergent+trypsin" přístupem. Tento kombinovaný...
|
|
|
Synthesis of Neuraminidase binders suitable for theranostics
Berenguer Albiñana, Carlos ; Machara, Aleš (vedoucí práce) ; Cibulka, Radek (oponent) ; Soural, Miroslav (oponent)
(Czech) Četná onemocnění dýchacích cest jsou způsobena virem chřipky. Jejich závažnost se liší v závislosti na kmenu viru a na věku a zdraví hostitele. Chřipka je stále velkou zdravotní hrozbou zejména kvůli své přirozené náchylnosti k mutacím. Proto je nezbytné uvádět na trh každý rok nové vakcíny účinné proti mutovaným formám viru a snižovat tak riziko pandemií, které by tyto formy viru mohly vyvolat. Nedávný výskyt kmenů viru rezistentních vůči současné standardní léčbě chřipky (oseltamivir, zanamivir) dokazuje nutnost vývoje nových léčiv. Cílem této disertační práce je přispět k vývoji nových látek účinných proti viru chřipky. Toho může být dosaženo racionálním designem a optimalizací stávajících inhibitorů nebo prostřednictvím vysokokapacitního testování, které může nalézt strukturně nové inhibitory neuraminidasy a RNA-polymerasy. Schéma 1. Přehled strategie použité pro vývoj nových léčiv účinných proti chřipce. Přerušované šipky spojují inhibitory použité pro přípravu sond pro vysokokapacitní testování s enzymy, na které je sondami cíleno. V rámci optimalizace struktury oseltamiviru byly studovány modifikace v pozicích C-3 a C-5. Zatímco změny v pozici C-3 měly za cíl zvýšení aktivity způsobené běžnou mutací H274Y, substituce v pozici C-5 byly použity pro studium vazby inhibitoru do dutiny...
|
|
| |
|
| |
|
|
Glykoproteiny ve slinách krevsajících členovců
Sumová, Petra ; Volf, Petr (vedoucí práce) ; Mikeš, Libor (oponent)
Krevsající členovci injikují během sání krve obsah svých slinných žláz do hostitele. Sliny krevsajících členovců obsahují celé spektrum bioaktivních makromolekul, jejichž hlavní funkcí je umožnění sání krve. Proti řadě těchto molekul je ovšem namířena protilátková odpověď hostitelského imunitního systému. Detekce této protilátkové odpovědi může, díky mezidruhovým odlišnostem v proteinovém složení slin, sloužit jako měřítko expozice hostitele jednotlivým druhům krevsajících členovců. Molekulami vyvolávajícími protilátkovou odpověď mohou být proteiny nebo glykoproteiny. Glykoproteiny jsou proteiny, na něž jsou glykosidicky vázány oligosacharidové řetězce. Za antigenní vlastnosti slinných glykoproteinů mohou být zodpovědné obě jejich složky, či pouze cukerná nebo proteinová část. Tuto skutečnost je třeba zohlednit při výběru expresního systému pro syntézu rekombinantních glykoproteinů. Tato práce shrnuje poznatky o struktuře, funkci a vlastnostech slinných glykoproteinů různých druhů krevsajících členovců.
|
host ::
RSS.