|
|
Identifikace neznámých bakteriálních genomů pomocí online databázového nástroje
Nejezchlebová, Julie ; Čejková, Darina (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá vytvořením automatického softwarového nástroje Bacterial Explorer, který umožňuje odhalení nových bakterií za pomoci dostupných bioinformatických nástrojů. Nástroj je vytvořen v souladu s požadavky Výzkumného ústavu veterinárního lékařství (VÚVeL) a je testován na datech z poskytnuté VÚVeL databáze. Teoretická část je věnována popisu bakteriální typizace, metodám, které se používají pro genomickou analýzu a již dostupným nástrojům pro bakteriální typizaci. V praktické části se práce zaměřuje na implementaci automatického softwarového nástroje s názvem Bacterial Explorer zahrnující popis nástrojů na pozadí vytvořeného nástroje, uživatelské prostředí a implementaci do online databáze VÚVeL. V poslední části se praktická část zabývá testováním nástroje a diskusí výsledků.
|
|
|
Analysis of genomic regions bound and regulated by Ataxin-3
Svoreň, Martin ; Čečková, Martina (vedoucí práce) ; Hofman, Jakub (oponent)
Karlova Univerzita Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakológie a toxikológie Študent: Martin Svoreň Školiteľ: PharmDr. Martina Čečková, Ph.D. Školiteľ-špecialista: Doc. Bernd Evert, Ph.D. Názov diplomovej práce: Analýza oblastí genómu viazaných a regulovaných ataxínom 3 Spinocerebelárna ataxia typu 3 (SCA3), známa tiež ako Machado-Josephova choroba, je dominantne dedičné neurodegeneratívne ochorenie. Je spôsobené mutantným proteínom ataxínom 3 (ATXN3), ktorý obsahuje abnormálne dlhý polyglutamínový segment kódovaný opakujúcim sa CAG kodónom. ATXN3 je schopný viazať DNA a interaguje s celým radom transkripčných faktorov. Tieto fakty poukazujú na priamu rolu ataxínu 3 v transkripcii. Je pravdepodobné, že mutantný ATXN3 spúšťa mnohé, vzájomne prepojené patogénne kaskády, vedúce k neuronálnej toxicite, no hlavný patomechanizmus zodpovedný za rozvoj tejto neurodegenratívnej choroby na molekulárnej úrovni ostáva neznámy. Nedávno sa sekvenovaním imunoprecipitovaných chromatínových fragmentov viazaných ataxínom 3 podarilo identifikovať 16 genómových oblastí, ktoré boli za účelom potvrdenia prítomnosti väzby ataxínu 3 na DNA ďalej analyzované pomocou PCR. Zvýšenú väzbovosť špecifickú pre ATXN3 vykázalo 5 oblastí v blízkosti týchto génov: CCAAT/enhancer viažúci proteín delta (CEBPD),...
|
host ::
RSS.