|
|
Typing of bacterial populations based on methylation site detection
Hlavatá, Kristína ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
This bachelor’s thesis focuses on the detection of DNA methylations and the development of a methodology for typing bacterial strains. DNA methylations play a crucial role as a regulatory mechanism in the genome, influencing the final characteristics of organisms. We employed DeepSignal2 to detect methylation patterns in 10 strains of Klebsiella pneumoniae. Furthermore, we designed a typing method based on the identified methylations to categorize the bacterial strains. This thesis contributes to the improvement of our understanding of regulatory mechanisms in bacterial genomes and presents a novel approach for typing strains using DNA methylation patterns. It provides valuable insights into the characterization and classification of bacterial strains based on their methylomes.
|
|
|
Molluscs as a new model system in molecular biology
Ber, Tobiáš ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Pergner, Jiří (oponent)
Měkkýši jsou druhým nejpočetnějším kmenem v živočišné říši se značným biologickým a ekonomickým vlivem. Jejich různorodé evoluční adaptace jim umožnily osídlit širokou škálu biotopů, přičemž mnoho z nich se nadále rozšířilo do nepůvodních oblastí, kde činí rozsáhlé hospodářské škody. Doposud však nebyla modelovým systémům měkkýšů věnována pozornost úměrná jejich významu. Cílem této bakalářské práce je popsat zavedené modelové měkkýše v biologii a zhodnotit jejich využití. Po provedení rešerše bylo patrné, že většina dosavadních měkkýších modelových systému vyžaduje ke svému chovu vodní prostředí a tím navyšuje nároky na údržbu v laboratorních podmínkách. Za účelem usnadnění chovu měkkýšů jsem navrhl nový terestrický měkkýší modelový systém, plže rodu Deroceras, který dle mého názoru dosahuje potenicálu stát se novým modelovým organismem v molekulární biologii.
|
|
| |
|
|
Quantitative Analysis of Gene Ancestry in Euglenoidea
Soukal, Petr ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Burki, Fabien (oponent) ; Horák, Aleš (oponent)
Geny, jakozťo jednotky geneticke' informace, jsou prěda'va'ny z jednoho jedince na jine'ho, obvykle v ra'mci te'hozˇ druhu - z rodicˇu˚ na potomky. Cˇas od cˇasu mohou by't geny prěda'ny i jedincu˚m jiny'ch druhu˚ prostrědnictvı'm procesu zvane'ho horizonta'lnı' prěnos genu˚ (HGT). Endosymbio'za je proces, prˇi ktere'm jeden organismus pohltı' jiny' organismus a geny jsou prěda'va'ny mezi obeˇma symbionty prostrědnictvı'm procesu zvane'ho endosymbioticky' prěnos genu˚ (EGT), jenzˇ jest podtypem HGT. Cˇasem se mu˚zě endosymbiont sta't i organelou, jakou je mitochondrie nebo plastid. Kra'snoocˇka (Euglenoidea) jsou jednobunečňa' eukaryota s ru˚znorody'mi zpu˚soby vy'zˇivy - fagot- rofiı' (naprˇ. Peranema), osmotrofiı' (naprˇ. Rhabdomonas), mixotrofiı' (fagotrofiı' a fototrofiı' u rodu Rapaza) a fototrofiı' (s plastidy; naprˇ. Eutreptiella). Historie endosymbio'z zeleny'ch rˇas (zejme'na skupiny Chlo- rophyta) a prědku˚ kra'snoocěk trˇı'dy Euglenophyceae (vcětneˇ rodu Rapaza) je komplexnı'. Ve sve' pra'ci jsem provedl kvantitativnı' analy'zu genealogie genu˚ (QAGA) zalozěnou na transkrip- tomicky'ch datech kra'snoocˇka sťı'hle'ho (Euglena gracilis), ktere' ukazujı' na vy'znamny' prˇı'speˇvek blı'zce prˇı'buzny'ch bicˇivek (Kinetoplastea; 1 420 genu˚, 3,88 % transkriptu˚ prěneseny'ch...
|
|
| |
|
|
Genomy chromeridních řas
MICHÁLEK, Jan
Tato práce se zabývá anotací genomů významné skupiny alveolátních řas, které jsou nejbližšími příbuznými parazitů ze skupiny sporozoa (výtrusovci). Analýza, kombinující in-silico přístup s experimenty, je zaměřena na popis jejich mitochondriálních genomů a hledání biosyntetických drah, které jsou životně důležité pro sporozoa. Úvodní studie popisuje mitochondriální genomy řas Chromera velia a Vitrella brassicaformis a navrhuje model jejich neobvykle divergentních dýchacích řetězců. Následující studie shrnuje celkový popis jaderných genomů obou druhů chromerid s důrazem na vlastnosti sdílené s parazity z řad výtrusovců a jde po stopách evolučních proměny fototrofního předchůdce v dnešní obligátní parazity. Studie je zakončena zevrubnou biochemickou, genetickou a evoluční analýzou biosyntézy mastných kyselin v chromeridních řasách.
|
|
|
Komparativní a fylogenetická analýza virů ve FN Brno
Švestková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Práce je věnovaná koronaviru SARs-CoV-2 souvisejícím s těžkým akutním respiračním syndromem, který byl poprvé prokázán v roce 2019. Tento koronavirus zapříčinil pandemii, která ovlivnila takřka celý svět. Znalost genetické informace je potřebná pro vývoj vakcíny, zjištění nakažlivosti a pro predikci vývoje variant SARs-CoV-2. Pro získání genetických informací je třeba osekvenovat RNA a tyto genomové sekvence sestavit. Při porovnání sestavených genomů lze zjistit, v které části daný organismus mutoval. Na základě souhlasnosti či rozdílnosti v sestavených genomech je provedena fylogenetická analýza, která poukazuje na vývoj daného organismu a znázorňuje evoluční příbuznost s ostatními organismy. Praktická část je zaměřena na sestavení genomů ze vzorků od pacientů z FN Brno a vyhodnocení kvality sestavení. Po sestavení genomů je dalším cílem vyhodnocení variability a následná fylogenetická analýza.
|
|
|
Odvození operonových struktur v rámci celogenomové analýzy
Nejezchlebová, Julie ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se věnuje problematice odvození operonových struktur a vytvoření softwarového nástroje, který umožní predikci operonových struktur. Nástroj jednak predikuje operony na základě genové expresní informace, ale také upřesní již predikované operony o genovou expresní informaci. Nástroj je testován na bakteriích Escherichia coli BW25113 a Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Teoretická část je věnována popisu struktury a funkce operonu, sekvenování genomu, analýze transkriptomu, bakteriím Escherichii coli BW25113, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 a již dostupným online nástrojům pro odvození operonových struktur. V praktické části se práce zabývá předzpracováním surových transkriptomických dat, za účelem získání vhodného formátu pro predikci operonových struktur, testováním online nástrojů a samotné implementaci vlastního nástroje.
|
|
|
Evolution of karyotypes and sex determination in the turtle family Geoemydidae
Clemente, Lorenzo ; Rovatsos, Michail (vedoucí práce) ; Montiel Jimenez, Eugenia Elisabet (oponent) ; Castiglia, Riccardo (oponent)
(ČESKY) Většina studovaných želv vykazuje teplotní určení pohlaví, genotypové určení pohlaví (tj. přítomnost pohlavních chromozomů) bylo zjištěno u této skupiny relativně vzácně. Cílem této práce bylo prozkoumat a rozšířit naše znalosti o evoluci karyotypu a determinaci pohlaví u želv, zejména se zaměřením na čeleď Geoemydidae, čeleď želv s dříve doloženou variabilitou systémů určení pohlaví. Přítomnost pohlavních chromozomů byla zkoumána kombinací konvenčních a molekulárně- cytogenetických technik. Vedle analýzy karyotypu byla zkoumána distribuce konstitutivního heterochromatinu (C-pruhování) a repetitivních elementů, pohlůavní rozdíly pak pomocí komparativní genomové hybridizace (FISH, CGH). Celkem bylo cytogeneticky vyšetřeno 49 druhů želv z devíti čeledí. U čeledi Geoemydidae byla zjištěna pozoruhodná podobnost karyotypů, které se skládají z 2n=52 chromozomů (což je předpokládaný ancestrální diploidní počet chromozomů pro všechny želvy) a podobné topologie lokusů rDNA a telomerních repetic. Sharma et al. (1975) popsali ZZ/ZW pohlavní chromozomy u druhu Pangshura smithii. V analýze předložené v této práci dokládáme potenciálně chybnou identifikaci těchto pohlavních chromozomů v důsledku chybného párování chromozomů při rekonstrukci karyotypu. Navíc heteromorfní pohlavní chromozomy nebyly...
|
|
|
Evoluce velikosti genomu v čeledi Zingiberaceae
Pospíšilová, Monika ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Kolář, Filip (oponent)
Cílem této práce je zhodnotit dosavadní poznatky o evoluci velikosti genomu a podrobněji se věnovat jeho studiu ve fylogenetickém kontextu. U krytosemenných rostlin nacházíme široké rozpětí C-hodnot (1C = 0,63 pg ? 1C = 127,4 pg), ovšem s modální hodnotou rovnou 0,6 pg. O mechanismech a charakteru evoluce velikosti rostlinného genomu stále nevíme mnoho, ale každým rokem se cíli úspěšně přibližujeme. Existují již desítky prací zabývající se dynamikou velikosti genomu menší taxonomické skupiny a na čtyřech z nich demonstruji možné přístupy. Studium v rámci vyšších taxonomických skupin, jako jsou čeledi, je obtížné a o to cennější. Již započal výzkum evoluce velikosti genomu v čeledi Zingiberaceae, jehož součástí by se měla stát i má diplomová práce zabývající se tribem Globbeae.
|
host ::
RSS.