|
|
Analýza primárních fotosyntetických procesů u jehličnanů: srovnání vybraných metod a možné využití při studiu genetické variability
Palovská, Markéta ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Albrechtová, Jana (oponent)
Jehličnany jsou významné jak z ekologického, tak ze socioekonomického hlediska, výzkum některých oblastí jejich biologie však zaostává. Týká se to např. jejich genetiky a šlechtění a zčásti i fyziologie. Vzhledem k tomu, že při kvantitativně-genetických analýzách potřebných pro šlechtění je třeba hodnotit vždy mnoho vzorků, a také proto, že klasické metody měření jsou poměrně pracné, uvažuje se o využití některých parametrů popisujících např. aktivitu fotosyntetického elektron-transportního řetězce (ETC). Metod měření aktivity fotosyntetického ETC je sice celá řada, ale jejich použití na jehličnanech nese různé problémy. V této práci se zabývám touto problematikou z různých úhlů. V první části práce jsem srovnávala aktivity částí fotosyntetického ETC u 8 druhů jehličnanů pomocí analýzy fluorescence chlorofylu (Chl) na intaktních jehlicích a pomocí polarografického měření na izolovaných chloroplastech. Každá metoda měla jinou vypovídací hodnotu. V druhé části jsem měřila fluorescenci Chl, reflektanční spektra a obsahy pigmentů u 536 geneticky definovaných stromů Pinus sylvestris L. Odhalila jsem poměrně vysokou genetickou variabilitu i heritabilitu v řadě parametrů. Stanovila jsem také vhodnost použití řady reflektančních indexů pro odhad obsahu pigmentů a vody v jehlicích. V třetím bloku jsem optimalizovala...
|
|
|
Možnosti biotechnologií u konopí
Šenkyřík, Josef Baltazar
Teoretická část práce Možnosti biotechnologií u konopí se zabývá morfologickou, taxonomickou a genetickou charakterizací rodu Cannabis a také přehledem biotechnologických metod využívaných při vědeckém výzkumu konopí. Vlastní experiment byl zaměřen na analýzu genetické variability mezi jednotlivými genotypy konopí. Analyzováno bylo celkem 6 směsných vzorků konopí pomocí 8 mikrosatelitních markerů založených na PCR. Bylo detekováno celkem 23 alel s průměrem 2,88 na lokus, jejichž velikost se pohybovala od 140 do 240 bp. Největší počet alel byl zjištěn u markerů CAN0039 a CAN0093. Pro každý z mikrosatelitů byly vypočítány statistické hodnoty index diverzity (DI), polymorfní informační obsah (PIC) a index pravděpodobnosti (PI) a na základě statistického vyhodnocení byl sestaven dendrogram podobnosti. Výsledky vykazují využitelnost mikrosatelitních markerů pro analýzu genetické variability u konopí.
|
|
|
Molekulární fylogeneze a genetická diverzita nejbližších příbuzných rodu Pisum
Sedláková, Veronika
V průběhu domestikace a selekce došlo k omezení genetické diverzity pěstovaných plodin. V současné době je zájmem šlechtitelů přenos některých genů z planých příbuzných druhů do kulturních plodin. Tyto geny zájmu souvisí např. s rezistencí k nemocem a škůdcům nebo odolností vůči suchu. Hybridizaci planých a pěstovaných druhů ale brání reprodukční izolace. Často se u hybridů vyskytuje jev jaderně cytoplazmatická inkompatibilita, která se projevuje sníženou fertilitou až sterilitou či letalitou. V tomto jevu dochází ke konfliktu jaderně kódovaných genů s geny zakódovanými v organelárním genomu. Identifikovaný kandidátní gen accD zodpovědný za jaderně cytoplazmatickou inkompatibilitu u hrachu je vysoce variabilní díky inzercím a delecím. Vysoká variabilita genu accD zde byla potvrzena i u rodů Lathyrus a Vicia. Pozorována byla variabilita v délkách sekvencí genu, způsobená přítomností indelů a jedno-nukleotidové polymorfizmy. Ve srovnávací analýze s dalšími oblastmi cpDNA využívané ve fylogenetice, měla oblast genu accD nejvyšší hodnoty parsimonně informativních míst. Fylogeneze získaná na základě oblasti genu accD odpovídá fylogenezi založené na kombinovaných chloroplastových markerech, proto může být gen accD určený jako vhodný pro tento typ analýz.
|
|
|
Studium variability DNA u tribu Triticeae
Vintrlíková, Nikola
Tato práce je zaměřena na studium genetické variability mezi vybranými genotypy zástupců tribu Triticeae. Bylo analyzováno 9 genotypů pšenice a 2 genotypy tritordea pomocí 12 mikrosatelitních markerů. Bylo detekováno 71 alel, jejichž velikost se pohy-bovala od 110 do 260bp. Pro každý SSR marker byl též vypočten index diverzity (DI), index pravděpodobnosti (PI) a polymorfní informační obsah (PIC). Na základě statistic-kého vyhodnocení byl sestaven dendrogram. Genotypy tritordea se podařilo statisticky významně odlišit od genotypů pšenice. Dále byly analyzovány, s využitím vysoce poly-morfního markeru Xbarc077, individuální rostliny ze 2 křížení mezi pšenicí a tritordeem. Výsledky ukazují, že křížení proběhlo úspěšně pouze u jednoho souboru analyzovaných rostlin (JB1 × Elly). SSR markery jsou vhodné pro detekci genetické variability u tribu Triticeae a detekci úspěšnosti hybridizace.
|
|
|
Analýza genetické variability konopí pomocí DNA markerů
Balgová, Barbora
Tato práce se zabývá analýzou genetické variability konopí a sekvenováním kandidátních sekvencí genomu vybraných odrůd konopí. Celkem bylo analyzováno 28 odrůd technického konopí pomocí 23 mikrosatelitních markerů. Bylo nalezeno 107 alel, jejichž velikost byla v rozmezí mezi 100 až 360 bp. Byl detekován jeden uniformní marker (CAN1660). Byly vypočteny hodnoty index diverzity (DI), polymorfní informační obsah (PIC) a index pravděpodobnosti (PI). Byl sestaven dendrogram podobnosti na základě statistického vyhodnocení. Pro studium sekvencí byly použity specifické primery pro částečnou sekvenci genu CBDA syntázy a kompletní sekvenci kódující oblast genu THCA syntázy. Získané sekvence byly porovnány pomocí programu BLAST. Většina sekvencí měla 100% shodu se sekvencemi v dostupných databázích. U sekvencí CBDA syntázy jednotlivých odrůd konopí byly nalezeny jednonukleotidové polymorfismy. Byla detekována jedna sekvence, která nenáležela rodu Cannabis. Všechny získané sekvence budou následně vloženy do databáze NCBI a bude k nim přidělen kód.
|
|
|
Resyntéza řepky olejky z brukve řepáku a brukve zelné
Klíma, Miroslav ; Hilgert-Delgado, Alois ; Ulvrová, Tereza ; Bryxová, Pavla ; Vítámvás, Pavel ; Prášil, Ilja Tom ; Kosová, Klára
K rozšíření variability genofondu lze využít tzv. resyntézu, kdy nové genotypy vznikají křížením vybraných zástupců řepice a brukve, časnou izolací nezralých zárodků z vyvíjejících se šešulí a jejich dopěstováním v in vitro (Hilgert-Delgado et al. 2015). Bylo prokázáno, že resyntetizované genotypy jsou odlišné od materiálů řepky, vyšlechtěných a pěstovaných v současnosti (Sosnowska et al. 2010), takže mohou sloužit jako zdroj nové variability ve šlechtitelských programech se zaměřením na cytoplazmatickou a jadernou pylovou sterilitu, odolnost k patogenům a toleranci ke stresům (Warwick et al. 2009). Zástupci výchozích komponent řepky (řepice, vodnice, kadeřávek, zelí, kedluben, kapusta apod.) se vyznačují širokou variabilitou z hlediska morfologie i agronomických charakteristik a představují perspektivní zdroj heteróze a dalších znaků (Wu et al. 2014). Využití resyntetizovaných genotypů k přímé tvorbě odrůd řepky olejky není možné zejména z důvodu špatné kvality semene těchto materiálů. Jde především o vysoký obsah glukosinolátů a kyseliny erukové, typický u většiny výchozích komponent resyntézy (Jesske et al. 2013). Požadované vlastnosti lze ale přenést křížením do konvenčních lechtitelských materiálů (Hilgert-Delgado et al. 2017).
Plný text:  PDF
|
|
| |
|
|
Farmakogenetika v revmatologii - role miRNA
Vicherková, Petra ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Doseděl, Martin (oponent)
Univerzita Karlova, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Řešitel: Bc. Petra Vicherková Vedoucí: prof. PharmDr. Petr Pávek, Ph.D. Název diplomové práce: Farmakogenetika v revmatologii - role miRNA Revmatoidní artritida (RA) je systémové zánětlivé autoimunitní onemocnění, které způsobuje progresivní poškození kloubů a může mít za následek i celoživotní znehodnocení života. Vliv na vznik a průběh nemoci není pouze na úrovni genetické, ale vzhledem k heterogennímu charakteru onemocnění je silně ovlivněno i životním stylem jedince. Toto onemocnění založené na chybném fungování našeho imunitního systému je stále nevyléčitelné. Současná medicína využívá k léčbě konvenční syntetická léčiva i biologickou léčbu. Pro diagnostikování účinku antirevmatické terapie je nutné monitorování a hodnocení odpovědi na léčbu. Důležité jsou ukazatele hodnocení aktivity RA, funkčního stavu, kvality života a strukturální progrese onemocnění. V klinické praxi využíváme kompozitní systém DAS 28 dle doporučení České revmatologické společnosti (ČRS). Nedávné objevy v oblasti diagnostických hodnot různých typů microRNA (miRNA) otevírají otázku, zdali by některé miRNA nemohly být vhodnými biomarkery progrese RA. Ve své diplomové práci shrnuji dostupné poznatky na tomto poli získané z databází...
|
|
|
Studium polymorfizmu DNA konopí
Balgová, Barbora
Tato práce je zaměřena na studium genetické variability mezi jednotlivými vzorky kolekce konopí. Analyzováno bylo celkem 22 vybraných vzorků konopí pomocí 24 mikrosatelitních markerů založených na PCR. Bylo nalezeno celkem 105 alel jejichž velikost se pohybovala od 100 do 320bp. Současně byl detekován jeden uniformní marker (CAN1690B), který není vhodný pro identifikaci vzorků konopí. Index diverzity (DI), polymorfní informační obsah (PIC) a index pravděpodobnosti (PI) byly vypočteny pro každý z mikrosatelitů. Na základě statistického vyhodnocení byl sestaven dendrogram podobnosti. Vzorky technického konopí a Cannabis sativa se podařilo oddělit od ostatních genotypů. Výsledky ukazují, že mikrosatelitní markery jsou užitečné pro detekci genetické rozmanitosti u konopí.
|
|
|
Genetic variability of the genus Alburnoides in Azerbaijan
Omelchenko, Dmytro ; Švátora, Miroslav (vedoucí práce) ; Vukićová, Jasna (oponent)
Region Kavkazu je charakterizován vysokou úrovní endemizmu a bohatstvím taxonů ryb. Ázerbájdžán je stát, který je situovaný na rozhrání mezi Evropou a Asii, a jeho řeky tečou do Kaspického moře. Přírodní prostředí tohoto státu představují různorodé habitaty s diversifikovanou faunou a daný region je velmi atraktivní také pro biogeografický výzkum, jelikož leží na rozhraní dvou různých ekoregionů. I v současné době stále chybějí podrobné znalosti o sladkovodních rybách z toho regionu. Ouklejky (Alburnoides Jeitteles, 1861, Actinopterygii, Cyprinidae) jsou rodem drobných sladkovodních ryb, které byly vybrány jako objekt výzkumu také kvůli početným objevům a popisům nových druhů z okolních států. Předkládaná práce je jedná z mála molekulárních studií, která se pokouší vyřešit taxonomickou situaci uvnitř rodu Alburnoides, popsat fylogenetické vztahy mezi jednotlivými populacemi a poskytnout biogeografické interpretace pro ichtyofaunu z povodí řek Kaspického moře. V práci byly použity jak mitochondriální (cytochrom b, cytochrom oxidáza podjednotka I) tak i jaderné (RAG1, rodopsin) markery a analýzy maximální věrohodnosti (Maximum Likelihood), maximální parsimonie (Maximum Parsimony) a Bayesovské analýzy byly použité k rekonstrukci fylogenetických a fylogeografických vztahů. Dále byla použita metoda...
|
host ::
RSS.