|
|
Karyotypová evoluce u vybraných čeledí entelegynních pavouků
Kotz, Matěj ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Nguyen, Petr (oponent)
Araneoidea je nadčeledí entelegynních pavouků s obrovskou druhovou diverzitou. Celá nadčeleď je však velmi konzervativní, co se pozorovaného karyotypu týče. Pravděpodobně ancestrálním stavem celé skupiny je v případě samců 24 akrocentrických chromozomů s chromozomovým systémem určení pohlaví X1X20. Cílem této práce bylo zmapovat karyotypovou diverzitu dvou čeledí - Araneidae a Mimetidae. Většina studovaných druhů odpovídá svým karyotypem ancestrálnímu stavu. V rámci těchto čeledí bylo však u některých zástupců pozorováno skokové zvýšení počtu chromozomů, u Araneidae až 2n♂ = 52, v případě Mimetidae až na 2n♂ = 57. Což představuje vůbec nejvyšší pozorovaný počet u Entelegynae. Zvýšené 2n je doprovázeno i zvyšováním počtu pohlavních chromozomů, vedoucí až k X1X2X3X40 u Araneidae, respektive k X1X2X3X4X5X6X70 u Mimetidae. Jako možný mechanismus zvyšování počtu chromozomů navrhuji polyploidii. Tato hypotéza je v práci testována pomocí měření velikosti genomu za použití průtokové cytometrie a fluorescenční in situ hybridizace se sondami pro 18S rRNA a 5S rRNA geny. Pro jeden druh byla optimalizována sonda také pro U2 snRNA gen. U velké části studovaných druhů byly tyto techniky použity vůbec poprvé. V případě čeledi Mimetidae se podařilo odhalit zatím největší genomy v rámci Entelegynae. Všechny...
|
|
|
Evoluce karyotypu, pohlavních chromozomů a repetitivně uspořádaných genů u vybraných skupin araneomorfních pavouků
Voráčková, Diana ; Forman, Martin (vedoucí práce) ; Sadílek, David (oponent)
Pavouci (Araneae) jsou rozmanitou skupinou zajímavou pro studium cytogenetiky. Je pro ně charakteristická diverzita systémů pohlavních chromozomů. Nejběžnějším systémem je X1X20, kde X1X2 symbolizuje dva nehomologní X a 0 absenci Y. Přítomnost chromozomu Y u pavouků nebývá obvyklá a byla popsána hlavně u skupiny Synspermiata, pro které je pravděpodobně ancestrální systém X1X2Y. Pro objasnění evoluce tohoto systému u Synspermiata byly studovány karyotypy 10 druhů čeledi Sicariidae. 2n u samců se pohybovalo od 19 do 23. Všichni zástupci rodu Loxosceles měli X1X2Y, u rodu Sicarius byl objeven sekundárně vzniklý systém XY. Dále byla porovnána distribuce molekulárně cytogenetických markerů (genů pro 18S rRNA, 5S rRNA, histon H3, U2 snRNA) metodou fluorescenční in situ hybridizace (FISH). Tyto markery se nalézaly výlučně na autozomech, a to na jednom nebo dvou párech. Metodou FISH s celogenomovými sondami obou pohlaví byl zjištěn odlišný patern akumulace samčích specifických sekvencí na Y chromozomu u různých druhů. Chromozom Y byl u všech Sicariidae drobný. Velký Y s výraznou akumulací Y specifických sekvencí byl v předešlých pracích detekován u X1X2Y systému zástupce jiné synspermiátní čeledi, třesavky Pholcus phalongoides (Pholcidae). V rámci této práce dále byla testována hypotéza, že za zvětšení Y...
|
|
|
Vyšetření gonozomálních mozaiek metodou FISH
ŠUTKOVÁ, Jana
Ve své bakalářské práci jsem se zabývala vyšetřením gonozomálních mozaiek. Mozaicismus můžeme popsat jako stav, při kterém se v jednom organismu nachází dvě a více odlišných buněčných linií pocházející z jedné zygoty. U žen se nejčastěji vyskytuje mozaiková forma zvaná Turnerův syndrom a Syndrom XXX neboli superžena. V mužské populaci je nejčastěji detekován Klineferterův sydnrom a syndrom XYY (supermuž). Mozaicismus lze vyšetřit fluorescenční in situ hybridizací. V teoretické části své bakalářské práce jsem se zaměřila na vrozený chromozomální mozaicismus, zejména na jeho varianty jako je Klineferterů syndrom, Turnerův syndrom, Sydrom XXX a Syndrom XYY. Dále jsem se v této části zabývala fluorescenční in situ hybridizací. Popsala jsem fluorescenci jako takovou a následně její aplikaci v klinické praxi, kde je využíváno několik typů fluorescenšní in situ hybridizace. V praktické části jsem se věnovala vyšetření počtu gonozomálních chromozomů metodou fluorescenční in situ hybridizace. Tuto část jsem vypracovala v laboratoři Zdravotně sociální fakulty Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích. Vyšetřovala jsem 40 zanonymizovaných vzorků od 20 probandů. U každého proběhl odběr kapilární krve a bukálního stěru. Po hybridizaci vzorků s centromerickou sondou pro chromozomy X a Y byla provedena mikroskopie. V poslední části této bakalářské práce jsem se věnovala zpracování výsledků získaných fluorescenčním mikroskopováním. U žen tedy bylo detekováno celkem 6 případů mozaicismu (procento mozaických buněk bylo nad přípustnou hranici). U mužů byly celkem 2 případy zvýšeného počtu mozaických buněk.
|
|
| |
|
|
Evolution of visual sensory system in the common barbel (Barbus barbus)
Konvičková, Zuzana ; Musilová, Zuzana (vedoucí práce) ; Pergner, Jiří (oponent)
Obratlovci od společného předka zdědili pět tříd zrakových pigmentů (opsinů), které jsou exprimovány v tyčinkách a čípcích. Zatímco u mnoha skupin obratlovců došlo k redukci počtu opsinů, opsiny kostnatých ryb se rozrůznily a kostnaté ryby tak vynikají mezi obratlovci v počtu zrakových pigmentů i typů fotoreceptorů. Tomuto výjimečnému rozvoji napomohla též celogenomová duplikace specifická pro kostnaté ryby, k níž došlo přibližně před 350 miliony let. Zde se zabývám kostnatou rybou, která v nedávné době prošla další celogenomovou duplikací - parmou obecnou (Barbus barbus). Tato událost byla spojena s hybridizací (šlo tedy o allopolyploidizaci) a vedla ke vzniku 14 genů pro opsiny přítomných v genomu parmy, což je neobvykle vysoký počet i mezi kostnatými rybami. V této práci jsem zkoumala vliv takto rozvinutého repertoáru opsinů na zrakové schopnosti parmy obecné. Doplnila jsem referenční sekvence všech genů pro opsiny na základě celogenomových dat a odhalila jejich pozice na chromozomech. Analyzovala jsem transkriptomy sítnice a vytvořila vývojovou řadu expresních profilů opsinů. Geny všech opsinů byly v genomu zachovány funkční, ačkoliv jeden z nich (citlivý na zelené světlo, v této práci nazvaný RH2-4) nebyl nalezen v žádném transkriptomu a vykazoval zvýšenou substituční rychlost na nesynonymních...
|
|
|
Molekulárně genetické přístupy užívané pro preimplantační genetickou analýzu lidských embryí v asistované reprodukci
Limbergová, Jana ; Machoň, Ondřej (vedoucí práce) ; Šimoník, Ondřej (oponent)
Preimplantační genetické testování je jednou z hlavních klinických procedur, které probíhají v centrech asistované reprodukce na celém světě. Vyhledávají ho páry z mnoha různých důvodů. Příčiny problémů párů se mohou týkat dědičných chorob, které budoucí rodiče nechtějí přenést na potomky, či mohu zahrnovat riziko přenosu chromozomálních přestaveb. Dále se může jednat o neplodnost způsobenou zvýšeným rizikem aneuploidie embryí, která koreluje s vyšším věkem pacientky a dalšími faktory, které tato bakalářská práce diskutuje. Tato bakalářská práce se dále soustřeďuje na přístupy cytogenetických vyšetřeních pro reprodukční genetiku a diskutuje moderní klinické molekulární metody užívané ke zlepšení diagnostiky a terapie neplodných párů. To jsou například microarray metody, kvantitativní real-time PCR či sekvenování nové generace a způsoby celogenomové amplifikace. Dále práce zmiňuje metody, od kterých se postupně opouští, např. fluorescenční in situ hybridizaci a porovnává jejich výhody a nevýhody. Klíčová slova: preimplantační genetické testování, aneuploidie, strukturální přestavby, monogenní choroby, biopsie, fluorescenční in situ hybridizace, microarray metody, komparativní genomová hybridizace, kvantitativní PCR, sekvenování nové generace, karyomapping
|
|
|
Karyotypová evoluce afrických linií sklípkanů čeledi Theraphosidae
Košátko, Prokop ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Nguyen, Petr (oponent)
Karyotypy pavouků infrařádu Mygalomorphae jsou poměrně málo známy. Tématem diplomové práce je základní cytogenetická analýza vybraných zástupců afrických linií mygalomorfní čeledi Theraphosidae. Jedná se o podčeledi Eumenophorinae, Harpactirinae, Ischnocolinae a Stromatopelminae. U samčích jedinců vybraných druhů těchto podčeledí byly studovány diploidní počty, chromosomová morfologie, systémy pohlavních chromosomů a chování chromosomů v pohlavní dráze. Zjištěné údaje podporují publikované výsledky, že čeleď Theraphosidae vykazuje značnou karyotypovu diverzitu. Významným trendem karyotypové evoluce terafosidů je pravděpodobně snižování diploidního počtu chromosomů. Většina analyzovaných druhů má systémy chromosomového určení pohlaví tvořené jedním až třemi chromosomy X, u některých byly nalezeny systémy neopohlavních chromosomů. U řady zástupců byly detekovány také jeden nebo dva páry nediferencovaných pohlavních chromosomů (SCP). Metodou fluorescenční in situ hybridizace byly u některých druhů detekovány nukleolární organizátory jadérka. U dvou druhů byla provedena detekce konstitutivního heterochromatinu metodou C-pruhování. Klíčová slova: diploidní počet, fluorescenční in situ hybridizace, karyotyp, konstitutivní heterochromatin, Mygalomorphae, nukleolární organizátor, pavouk, pohlavní...
|
|
|
Analýza chromozomových aberací u spermií metodou FISH
Bendová, Petra ; Diblík, Jan (vedoucí práce) ; Novotná, Drahuše (oponent)
Předkládaná bakalářská práce je zaměřena na stanovení frekvencí chromozomálně abnormálních spermií v ejakulátu zdravých mužů (dárců) s normálním karyotypem (46,XY). Významným dějem, který hraje nezastupitelnou roli při vzniku numerických aberací chromozomů či v segregaci strukturních abnormalit do gamet je meióza. Proto jí věnuji pozornost v teoretické části práce. Teoretická část je dále zaměřena na proces předcházející vzniku zralé spermie (spermatogeneze) a důsledkům oplození oocytu aneuploidní spermií. Předkládám proto přehled numerických abnormalit u autozomů či gonozomů s jejich frekvencí a distribucí do gamet zdravých mužů. Zaměřila jsem se i na rozdělení a stručný popis strukturních aberací postihujících chromozomy a v neposlední řadě věnuji pozornost metodě vícebarevné interfázní fluorescenční in situ hybridizaci, která se v kombinaci s dekondenzací chromatinu spermií stala nezastupitelným a hodnotným výzkumným nástrojem při rychlé analýze chromozomálních abnormalit ve velkých vzorcích spermií. Experimentální část bakalářské práce se zabývá sledováním frekvence vybraných numerických abnormalit ve vzorcích spermií 5 dárců ve věkovém rozmezí 23 - 30 let s využitím I-FISH (interfázní fluorescenční in situ hybridizace) se satelitními sondami pro autozom 18 a gonozomy X a Y. Četnost aberací autozomu 18...
|
|
|
Molekulárně cytogenetická diagnostika marker chromozomů
Tesner, Pavel ; Kočárek, Eduard (vedoucí práce) ; Zemanová, Zuzana (oponent) ; Šubrt, Ivan (oponent)
Nadpočetné marker chromozomy (sSMC) jsou relativně vzácným cytogenetickým fenoménem. Jejich laboratorní analýza není jednoduchá, a ještě náročnější je klinická interpretace výsledků. Hlavním důvodem je především to, že většina nosičů sSMC nemá žádné klinické projevy. Svoji roli hraje chromozomový původ a přesný rozsah aberace, ale také to, že se sSMC velmi často nacházejí v mozaice, která může ovlivňovat fenotyp i interpretaci výsledků. Prenatální nález sSMC představuje jednu z nejnáročnějších situací v klinické, ale i laboratorní genetice. Práce se zabývá vyšetřovacím procesem při nálezu sSMC s použitím molekulárně cytogenetických technik, zejména fluorescenční in situ hybridizace (FISH). Prospektivně i retrospektivně bylo vyšetřeno celkem 67 rodin a bylo nalezeno 70 jedinečných sSMC u celkem 74 osob. Šest případů bylo familiárních a ve třech případech byly nalezeny dva sSMC u jednoho jedince. Podle vstupního nálezu v karyotypu byly případy rozděleny do dvou skupin, na sSMC nadpočetné k normálnímu karyotypu (skupina A) a sSMCT nadpočetné k turnerovskému karyotypu (skupina B). Chromozomový původ byl úspěšně stanoven u 88,6 % sSMC. Ve skupině A byly nejčastějším nálezem sSMC pocházející z chromozomu 15, na druhém místě pak sSMC pocházející z ostatních akrocentrů. Klinické hodnocení vlivu sSMC na...
|
|
|
Karyotype analysis of mesothelid spiders
Prokopcová, Lenka ; Král, Jiří (vedoucí práce) ; Zrzavá, Magda (oponent)
Podrad mesothelidných pavúkov je z cytogenetického hľadiska veľmi málo prebádaný. Predkladaná diplomová práca je zameraná na karyotypovú evolúciu týchto pavúkov. Vzhľadom k tomu, že sa jedná o najbazálnejšiu skupinu pavúkov, môže analýza ich cytogenetiky priniesť dôležité údaje o ancestrálnom karyotype pavúkov. U jednotlivých zástupcov sú v práci popísané diploidné počty a morfológia chromozómov, meiotické delenie, pohlavné chromozómy a tiež vzor vybraných molekulárnych markerov, ktoré boli detekované pomocou techniky fluorescenčnej in situ hybridizácie. Podľa mojich výsledkov, mesothelidné pavúky disponujú vysokým počtom chromozómov a prevahou jednoramenných chromozómov. Na rozdiel od ostatných pavúkov majú málo diferencované pohlavné chomozómy. Kľúčové slová: evolúcia, pavúk, chromozóm, karyotyp, fluorescenčná in situ hybridizácia, nukleolárny organizátor, pohlavné chromozómy
|
host ::
RSS.