|
|
Modifikace chromatinu v souvislosti s transgenerační pamětí rostlin na abiotické stresy
Vyskočilová, Barbara ; Holá, Dana (vedoucí práce) ; Fischer, Lukáš (oponent)
Rostliny jsou neustále vystavovány mnohým stresovým faktorům, které mají za následek změnu exprese různých genů. Ta může být regulována na více úrovních, včetně modifikací struktury chromatinu. Některé z těchto modifikací mohou přetrvávat i po skončení období, kdy byla rostlina stresu vystavena a mohly by případně plnit roli jakési "stresové paměti". V této práci se zabývám tzv. meiotickou/transgenerační "stresovou pamětí" v souvislosti s působením abiotických stresorů. Na základě provedené kompilace uvedené problematiky lze konstatovat, že prací, které se zabývají touto problematikou, je poměrně málo a většinou se jedná o studie pocházející až na výjimky ze stejné laboratoře. Téměř všechny studie se zabývaly jen metylací DNA a jejich design nebyl vždy úplně optimální. Důkazů pro transgenerační "stresovou paměť" rostlin je podle mého názoru zatím nemnoho a bude rozhodně potřeba hlubších a dalších studií pro její potvrzení. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Histonové modifikace a methylace polyomavirových genomů v průběhu infekce
Mrkáček, Michal ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Šmahelová, Jana (oponent)
Podobně jako všechny ostatní viry tak i polyomaviry vyžadují pro svou úspěšnou reprodukci proteiny a enzymy kódované jejich hostitelskými buňkami. Kromě toho, vzhledem k jejich relativně malému genomu s pouze několika geny, využívají polyomaviry pro co nejefektivnější zajištění své replikace i regulační mechanismy infikovaných buněk. Jednou z těchto regulací jsou posttranslační modifikace histonů, které tvoří nukleosomy na virové DNA. Spektrum těchto modifikací je velice široké, ale ve vztahu k polyomavirům jsou prozkoumány téměř výhradně jenom acetylace a methylace histonů. Druhou možnou regulací jsou methylace cytosinu v tzv. CpG dinukleotidech, která je spojována s potlačením genové exprese. Současné poznatky však naznačují, že tuto modifikaci polyomaviry příliš nevyužívají, ba dokonce vzhledem k neobvykle nízkému výskytu CpG dinukleotidů v jejich genomech se jí spíše vyhýbají. Cílem této práce je popsat jednotlivé typy těchto modifikací a poukázat na jejich možný význam v infekčním cyklu polyomavirů. Klíčová slova: polyomavirus, epigenetika, modifikace histonů, methylace DNA, CpG dinukleotidy
|
|
|
Epigenetické mechanismy v signální dráze interferonu γ
Fišerová, Lenka ; Reiniš, Milan (vedoucí práce) ; Javorková, Eliška (oponent)
IFNγ je důležitý cytokin zprostředkující imunitní odpověď, včetně imunity protinádorové. IFNγ ovlivňuje expresi mnoha genů, které pak regulují různé procesy v buňce. V nádorových buňkách byly pozorovány defekty v signální dráze IFNγ a chyby v regulaci exprese genů indukovaných IFNγ, např. genů pro antigen prezentující mašinérii (APM) nebo hlavní histokompatibilní komplex (MHC). Epigenetické mechanismy mohou hrát roli v regulaci exprese genu pro IFNγ a také genů IFNγ regulovaných, včetně komponent jeho signální dráhy. U lymfocytů z nádorů byla pozorována omezená schopnost produkovat IFNγ spojena s epigenetickým umlčením genu pro IFNγ. V nádorových buňkách bylo prokázáno epigenetické umlčení exprese genů v signální dráze IFNγ, jako transkripčních faktorů IRF a dalších genů regulovaných IFNγ, např. genů pro APM a MHC nebo indoldioxygenázu. V případě jejich aktivace pomocí IFNγ byly pozorovány epigenetické změny v regulačních oblastech těchto genů. IFNγ se dá tak považovat za epigenetické agens. Epigenetické modulátory dokáží aktivovat expresi některých genů regulovaných IFNγ, čímž je možno částečně vysvětlit imunomodulační účinky těchto agens. Epigenetické regulace genů řízených IFNγ jsou také důležité pro únik nádorových buněk imunitní odpovědi. Klíčová slova: Interferon γ, epigenetika, methylace...
|
|
|
Epigenetická regulace genů pro HLA II. třídy ve vztahu ke stárnutí organismu
Říhová, Adéla ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (vedoucí práce) ; Slavčev, Antonij (oponent)
Úvod: Glykoproteiny hlavního histokompatibilního sytému (MHC) jsou nezastupitelnými spoluúčastníky regulace imunitní odpovědi a udržování imunitní homeostázy. Regulace jejich exprese hraje důležitou roli v adaptivní imunitní odpovědi. V poslední době je velmi zkoumaným mechanismem této regulace metylace DNA v regulačních oblastech, které jsou klíčové pro dostupnost DNA transkripčním faktorům. Stárnutí organismů je mimo jiné spojováno se změnami v metylaci DNA. Zvýšená predispozice k imunosenescenci ve stáří by mohla být následkem právě změn v metylačním stavu regulačních oblastí genů MHC II. třídy. Cíle: Cílem této práce je analýza metylačního stavu regulační oblasti genu DQB1 a porovnání rozdílu mezi generacemi a jednotlivými alelami. Dále je porovnána úroveň exprese mRNA genu DQB1 mezi generacemi a mezi jednotlivými alelami. Metody: Z krve dárců tří různých věkových skupin byly izolovány DNA a RNA. DNA byla genotypizována a modifikována bisulfitovou konverzí. Dále byly amplifikovány regulační oblasti genů DQB1 a byly klonovány do bakterií. Pozitivní klony byly selektovány a podrobeny metylační analýze. RNA byla přepsána do cDNA pomocí reverzní transkripce a její relativní úroveň exprese byla určena pomocí kvantitativní PCR. Výsledky: Mezigenerační analýza intronu 1 ukázala statisticky významný...
|
|
|
Epigenetické regulace u autoimunitních onemocnění se zaměřením na revmatoidní artritidu
Horková, Veronika ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Hušáková, Markéta (oponent)
Přesná příčina revmatoidní artritidy, jako i dalších autoimunitních onemocnění ještě stále není identifikována. V posledních dvaceti letech epigenetika ukázala novou tvář immunitního systému. Dědičné změny mimo sekvence DNA poskytují další komponentu hrající roli v autoimunitě. Metylace DNA, modifikace histonů - proteinů, kolem kterých je DNA obmotána, či interference malých sekvencí RNA - microRNA, všechny tyto mechanismy ovlivňují genovou expresi a tím umožňují zvýšenou produkci prozánětlivých faktorů vedoucích k autoimunitním reakcím. Kromě toho, geny regulující apoptózu jsou často cílem epigenetickách modifikací. Tyto mechanismy nejenže poskytují další úroveň imunitní obrany, ale poskytují také vysvětlení pro vyšší náchylnost žen k autoimunitním nemocím i vliv prostředí na patogenezi těchto nemocí.
|
|
|
The study of epigenetic regulation of HLA class II genes at the level of histone modification
Černoch, Marek ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent)
Úvod: Epigenetické modifikace mohou mít významný vliv na na aktivitu genů regulací jejich exprese, čímž mohou přímo ovlivnit mnohé procesy v lidském těle. Epigenetické procesy se také podílejí na etiopatogenezi mnoha chorob. Z tohoto úhlu pohledu se MHC geny jeví jako zvláště důležité, protože jsou spojeny s mnoha autoimunitními poruchami, například s diabetes mellitus prvního typu. Autoimunitní choroby se obecně zdají být úzce propojeny s určitými MHC geny II. třídy. Cíle: Cílem této práce je určit vztah mezi úrovní exprese a přítomností histonových modifikací v promotorovém úseku MHC genu II. třídy DQA1. Dále analyzujeme a srovnáváme exprese mRNA genu DQA1 v závislosti na přítomné QAP alele promotoru. Metody: Ze vzorků periferní krve od dobrovolných dárců jsme izolovali nukleové kyseliny (DNA i RNA) a leukocyty. DNA byla nadále využita pro genotypizaci jedinců. RNA byla podrobena reverzní transkripci a následně kvantitativní PCR za účelem vyhodnocení úrovně exprese. Leukocyty byly použity pro chromatinovou imunoprecipitaci, která byla vyhodnocena pomocí kvantitativní PCR. Výsledky: Úroveň exprese QAP alely 3.1 byla zvýšená oproti ostatním alelám. Alela 4.1A se naopak exprimovala na významně nižší úrovni. Histonové modifikace byly zjištěny pro DQA1 alely *01, *02, *03 a *05. Mezi expresí a...
|
|
|
Forenzní analýza epigenetických faktorů a mRNA
Andreasová, Karolina ; Šimková, Halina (vedoucí práce) ; Zachová, Markéta (oponent)
V posledních letech se pozornost forenzní genetiky soustředí na výzkum epigenetických faktorů a mRNA. Ukázalo se totiž, že jejich analýza poskytuje velmi cenné informace, které je možné získat z malého množství biologické stopy a mezi něž patří např. odhadování okolností smrti, odhadování věku jedince, rozlišení monozygotických dvojčat, identifikace tkání a tělních tekutin, autentizace vzorku, určení paternální alely, apod. V této práci se pojednává o metodách analýz jednotlivých epigenetických faktorů a mRNA a jejich potenciálním uplatněním v budoucí forenzní praxi.
|
|
|
Funkční analýza genomu pomocí mapování integračních míst podporujících expresi retrovirů v lidských buňkách
Miklík, Dalibor ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Exprese genů retrovirů je závislá na vytvoření proviru - DNA kopii retrovirového genomu integrované do genomu hostitele. Stav transkripce proviru je pak závislý na podmínkách v místě integrace proviru. Existence umlčování exprese proviru je problémem při využívání retrovirových vektorů a překážkou pro eradikaci viru lidské imunodeficience typu 1 (HIV-1) u infikovaných pacientů. S využitím buněčných klonů nesoucích jediný integrovaný provirus je v této diplomové práci zkoumána distribuce (epi)genomových charakteristik v místech integrace stabilně exprimovaných provirů. Celkově bylo získáno 245 a 255 expresních profilů klonů nesoucích proviry ptačího sarkomového a leukózového viru (ASLV) a HIV-1. Na databázích založená analýza 42 integračních míst ASLV a 3 integračních míst HIV-1 ukazuje, že udržení stabilní exprese provirů je závislé na integraci proviru do blízkosti transkripčních startů (TSS). Přítomnost histonových značek charakteristických pro okolí aktivních TSS a regulačních elementů v místech integrace stabilně exprimovaných provirů toto pozorování potvrzuje. Výsledky této práce mohou soužit jako základ dalších analýz vztahu integračních míst retrovirů a jejich exprese a měly by být brány na vědomí při dalších analýzách exprese retrovirů.
|
|
|
Genome reprogramming during the first cell cycle of embryonic development
Barnetová, Irena ; Fulka, Josef (vedoucí práce) ; Pěknicová, Jana (oponent) ; Strejček, František (oponent)
Spermie obsahuje vysoce kompaktní genom. Tato kompaktnost je zprostředkována protaminy. Během oplození jsou protaminy spermie nahrazeny histony z cytoplazmy oocytu. Vedle výměny proteinů nastává i epigenetická remodelace. Mezi nejvíce studované epigenetické remodelace patří aktivní demetylace paternálního prvojádra. Tento jev byl pozorován u některých savců (myš, krysa, opice). Naopak u jiných druhů savců (ovce) aktivní demetylace prokázána nebyla. U některých druhů byly dokonce pozorovány obě varianty (prase, člověk, koza, králík). Práce se zaměřuje na modelový druh prasete a pokouší se objasnit důvody rozporuplných výsledků aktivní demetylace paternálního prvojádra pozorovaných u prasete. V této práci byly prověřeny tři možné faktory - technika produkce embryí, faktory spermie a kvalita oocytů. V první části práce byly porovnány zygoty vytvořené pomocí IVF (klasické in vitro oplození) a ICSI (intracytoplazmatická injekce spermie). Epigenetická remodelace prvojader byla analyzována pomocí nepřímé imunofluorescence. Mezi zygotami nebyl pozorován žádný signifikantní rozdíl. Paternální genom nepodléhal aktivní demetylaci ani v jednom typu embryí. Značení pomocí anti-H3/K9-me2 (dimetylace na lysinu 9 histonu 3) ukázalo pozitivní signál v obou prvojádrech přibližně v polovině případů. Druhá část práce...
|
|
|
Studium epigenetických regulací HLA genů II. třídy v rámci příbuzenských vztahů.
Chmel, Martin ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Urbanová, Jana (oponent)
Úvod: V současné postgenomické době představuje studium epigenetických regulací jeden z nástrojů pro porozumění funkci genů. Epigenetické regulace mohou přímo řídit časovou a prostorovou aktivitu genů či jejich umlčení. Molekulární podstata těchto regulací spočívá v modifikaci bází DNA, remodelaci chromatinu a RNA interferenci. Zároveň tyto mechanismy vykazují vlastní způsob přenosu dědičné informace do dalších generací nazývaný epigenetikcá dědičnost. V rámci mnoha chorob byla jako příčina prokázána deregulace epigenetické informace určitých genů. Z tohoto důvodu se jeví studium epigenomu HLA genů jako zvláště důležité, neboť tyto geny hrají zásadní roli v regulaci imunitního systému. Cíle: Cílem této práce je vytvořit popis epigenetických modifikací v rámci rodin. Jedná se o analýzu histonových modifikací a metylace DNA v promotorovém úseku genu HLA DQA1. Cílem bylo rovněž srovnat rozdíly v epigenetických modifikacích mezi alelami a také srovnání rozdílů v daných modifikacích mezi generacemi. Získané výsledky budou porovnány s analýzou míry exprese genu HLA DQA1. Metody: Z odebrané periferní krve dárců byly izolovány DNA, RNA a leukocyty. DNA byla použita ke genotypizaci. Další část vzorků DNA byla konvertována bisulfitovou metodou a posléze sekvenována. Ze získaných dat byla provedena analýza...
|
host ::
RSS.