|
|
Mining novel terpene synthases from large-scale repositories
Čalounová, Tereza ; Pluskal, Tomáš (vedoucí práce) ; Štáfková, Jitka (oponent)
Terpeny a terpenoidy představují největší a strukturně nejrozmanitější skupinu přírodních látek s využitím v mnoha oborech, včetně farmaceutického průmyslu. Tyto molekuly jsou v přírodě syntetizovány enzymy známými jako terpen syntázy. V této práci byla provedena bioinformatická analýza kurátorované databáze obsahující všech 1125 experimentálně charakterizovaných terpen syntáz se zaměřením na identifikaci vzorců v délkách sekvencí a doménových architekturách těchto enzymů napříč různými říšemi života. Na základě poznatků této analýzy byl proveden sekvenčně založený mining s cílem identifikovat možné nové terpen syntázy. S využitím téměř 5,5 miliard proteinových sekvencí z různých rozsáhlých sekvenčních databází vedl mining k identifikaci více než 600 tisíc potenciálních terpen syntáz. Tyto potenciální terpen syntázy pocházejí převážně z bakterií a metagenomů, tedy ze zdrojů, které byly historicky méně zkoumány. Výsledný dataset, doplněný fylogenetickým stromem, sítí sekvenční podobnosti a dvěma skóre prioritizace, nabízí cenný zdroj pro objevování nových terpenů. Klíčová slova: terpen syntáza, TPS, mining, Pfam, SUPERFAMILY, doména, terpen
|
|
|
Porovnání metod druhové identifikace (barcoding) živočichů
Maťátková, Jana ; Vaněk, Daniel (vedoucí práce) ; Sember, Alexandr (oponent)
Druhová identifikace je klíčovým prvkem v mnoha vědních oborech, od studia diverzity až po forenzní vědy a potravinářský průmysl. Tradiční morfologické metody založené na vizuálním rozlišení anatomických rysů často narážejí na limity spojené s určováním morfologicky podobných živočichů. S nástupem molekulárních metod se však objevila nová perspektiva, a to analýza DNA, která nabízí vyšší přesnost a nezávislost na vnějších faktorech. V této bakalářské práci je popsán podrobný přehled a srovnání různých molekulárních metod, které slouží k identifikaci živočichů. Zaměřuje se na důkladné zhodnocení principů fungování těchto metod a jejich efektivity. Zvláštní pozornost je věnována cílovým sekvencím spojeným s DNA barcodingem, jeho univerzálnímu využití a omezením, která mohou vzniknout v závislosti na konkrétním druhu živočichů. Důležitým prvkem úspěšné identifikace je existence a využívání databází, které slouží jako zdroj referenčních dat pro porovnání sekvencí z neznámých vzorků.
|
|
|
Modelovací úlohy - Role strategií při procesu transformace mentální představy do formální reprezentace
GEYER, Jakub
Modelovací úlohy, které spočívají v transformaci mentální představy do formální reprezentace, se velmi často vyskytují při studiu informatiky, matematiky, ale i v dalších technických i netechnicky zaměřených oborech. Z didaktického hlediska je na modelovacích úlohách zajímavé mimo jiné to, jakými způsoby/postupy řešitelé (studenti) zvládají časem náročnější, komplexnější úlohy. Často je možné setkat se s tím, že studenti mají u komplexních úloh s jejich řešením značné obtíže (nebo je uspokojivě nejsou schopni vyřešit vůbec), přestože dříve s typově podobnými jednoduššími úlohami žádné problémy neměli. Možné vysvětlení lze spatřovat ve špatném užití modelovacích strategií (např. rozděl a panu, cyklický přístup, apod.) nebo jejich úplná absence. Tato práce se zaměřuje na analýzu role strategií v modelovacích úlohách, možnosti jejich podpory/rozvoje a způsobu výuky. Je zde provedena studie, jejíž cílem bylo analyzovat možné dopady strategií v postupech studentů vysoké školy při řešení modelovacích úloh v oblastech 3D modelování a databáze. Cílem výzkumu bylo také analyzovat možnost zobecnění modelovacích strategií a jejich přenositelnosti mezi doménami s odlišným typem modelu.
|
|
|
Návrh databáze
Vasmanský, Lukáš ; Kříž, Jiří (oponent) ; Luhan, Jan (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá návrhem relačního databázového systému pro ukládání a následnou analýzu dat konkrétního stravovacího zařízení. Práce navrhuje efektivní strukturu databáze, která umožňuje shromažďovat data o strávnících a jejich objednávkách. Databáze je navržena tak, aby snížila náklady subjektu a zefektivnila provoz jídelny.
|
|
|
Služba pro dotazování nad aliasy škodlivého softwaru
Julina, Tomáš ; Regéciová, Dominika (oponent) ; Zobal, Lukáš (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je navrhnout a vytvořit službu, která řeší problém existence aliasů jmen škodlivého softwaru tím, že takové aliasy mapuje na jména rodin, která by byla předem určená jako kanonická. Tato práce také přináší několik způsobů, kterými je možné zmíněné mapování aliasů na konkrétní rodiny automaticky získávat. Vytvořená služba umožní výzkumníkům, kteří se zabývají škodlivým softwarem, tohoto mapování využít při výzkumu. Další využití může být v existujících službách, které s aliasy rodin aktuálně nepracují, což mohlo mít za následek vznik duplicitních dat.
|
|
|
Systém pro monitorování technického stavu ozařovačů
Šulc, Michal ; Králík, Martin (oponent) ; Mézl, Martin (vedoucí práce)
Práce "Systém pro monitorování technického stavu ozařovačů" se zaměřuje na vývoj systému, který usnadňuje zobrazení, interpretaci a následné zpracování dat ze zkoušek stálosti na lineárních urychlovačích. Práce je rozdělena na teoretickou a praktickou část. Teoretická část se zabývá radioterapií a prováděnými technickými zkouškami. Praktická část popisuje tvorbu systému a jeho implementaci. Výsledný produkt bude využíván v klinické praxi na Klinice radiační onkologie Masarykova onkologického ústavu.
|
|
|
Využití nástrojů business intelligence v malém podniku
Siakhel, Luther Thawng ; Luhan, Jan (oponent) ; Kříž, Jiří (vedoucí práce)
Bakalářská práce se soustředí na výběr a aplikaci vhodných nástrojů Business Intelligence prostřednictvím Microsoft Power BI Desktop. Práce obsahuje teoretický úvod, který definuje klíčové termíny nezbytné k pochopení následujících částí práce. Poté následuje sekce pro analýzu současného stavu společnosti. Závěrečná část je zaměřena na zpracování dat pomocí nástrojů BI a prezentaci výsledků ve formě vizualizačních reportů, které mají podpořit strategické rozhodování firmy.
|
|
|
Pluginy pro efektivní úložiště dat v knihovně sysrepo
Kušnírik, Ondrej ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Matoušek, Jiří (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá seznámením čtenáře s knihovnou sysrepo a jejími pluginy pro úložiště, problémy s ukládáním dat do souborů a řešením těchto problémů napojením databáze na knihovnu sysrepo. Ve zkratce se tato knihovna využívá jako komplexní úložiště konfiguračních dat YANG v unixových/linuxových systémech. Data, která výchozí plugin knihovny ukládá do souborů, nemohou být dostatečně rychle a efektivně spravována, což způsobuje celkové zpomalení práce s daty. Jako řešení se nabízí použití databáze, která bude na knihovnu sysrepo napojena za pomoci implementace pluginu pro úložiště. Porovnáním jednotlivých databází byly zvoleny dvě (MongoDB a Redis) z hlediska efektivity práce s daty YANG a dalších kvalitativních vlastností. Pro tyto databáze byly následně implementovány pluginy pro úložiště, které byly nakonec podrobeny optimalizacím a výkonnostním testům. V porovnání s původním pluginem založeným na souborech vynikají implementované pluginy založené na databázích především v operacích s malým množstvím dat, kdy například při načítání jednoho prvku ze statisíc dochází ke zrychlení až o tři řády.
|
|
|
Automatizace sběru dat
Martynek, David ; Klusák, Aleš (oponent) ; Kříž, Jiří (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá návrhem a vytvořením databáze pro firmu ABC a.s. Obsahuje teoretickou část, analýzu současného stavu a praktickou část. V teoretické části lze nalézt potřebné informace k pochopení databází. Analýza současného stavu představí firmu ABC a.s. Praktická část se věnuje vlastnímu návrhu řešení. Po absolvování této části následuje zhodnocení.
|
|
|
Návrh dílčí části informačního systému pro podporu manažerských úloh
Krejčová, Gabriela ; Kindlová, Dita (oponent) ; Luhan, Jan (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je vytvoření návrhu dílčí části informačního systému vybrané společnosti. Na základě provedené analýzy současného stavu informačního systému společnosti a SWOT analýzy byly definovány požadavky na nový informační systém. Pomocí datového a funkčního modelování je představen návrh dílčí část informačního systému pro řešení manažerských úloh za účelem sjednocení analýz a výstupů prováděných obchodními zástupci, zvýšení efektivnosti jejich práce a usnadnění kontroly manažera nad provedenou prací svých zaměstnanců.
|
host ::
RSS.