|
|
High-performance exploration and querying of selected multi-dimensional spaces in life sciences
Kratochvíl, Miroslav ; Bednárek, David (vedoucí práce) ; Glaab, Enrico (oponent) ; Svozil, Daniel (oponent)
Tato práce studuje, implementuje a experimentuje se specifickými, aplikačně orien- tovanými přístupy pro prozkoumávání a dotazování multimediálních dat. První část práce zkoumá indexování komplexního prostoru chemických sloučenin a popisuje návrh vysoce výkonného systému pro dotazování v databázích malých molekul. Výsledný sys- tém je následně využit v širším kontextu federovaného vyhledávání v heterogenních dat- ech a metadatech souvisejících s chemickými informačními zdroji. V druhé části se práce zaměřuje na rychlou vizualizaci a prohledávání mnohadimenziálních dat pocháze- jících z jednobuněčné průtokové cytometrie. Ze samoorganizačních map odvozuje rychlé metody pro analýzu dat, a využívá je jako základ pro nový vizualizační algoritmus. Podobný přístup zpracování dat je nakonec využit pro vysoce interaktivní prohledávání multimediálních dat. Hlavní příspěvky a výsledky práce se sestávají z pokroku v opti- malizaci metod pro dotazování chemických dat implementovaných v databázi Sachem, federovaného rozhraní pro Sachem založeného na jazyce SPARQL které poskytuje pod- poru pro heterogenního dotazování, algoritmu EmbedSOM pro redukci dimenzionality, návrhu a implementace specifických analytických nástrojů pro průtokovou a hmotnos- tní cytometrii odvozených od algoritmu EmbedSOM, a návrhu a implementace...
|
|
|
High-performance exploration and querying of selected multi-dimensional spaces in life sciences
Kratochvíl, Miroslav ; Bednárek, David (vedoucí práce) ; Glaab, Enrico (oponent) ; Svozil, Daniel (oponent)
Tato práce studuje, implementuje a experimentuje se specifickými, aplikačně orien- tovanými přístupy pro prozkoumávání a dotazování multimediálních dat. První část práce zkoumá indexování komplexního prostoru chemických sloučenin a popisuje návrh vysoce výkonného systému pro dotazování v databázích malých molekul. Výsledný sys- tém je následně využit v širším kontextu federovaného vyhledávání v heterogenních dat- ech a metadatech souvisejících s chemickými informačními zdroji. V druhé části se práce zaměřuje na rychlou vizualizaci a prohledávání mnohadimenziálních dat pocháze- jících z jednobuněčné průtokové cytometrie. Ze samoorganizačních map odvozuje rychlé metody pro analýzu dat, a využívá je jako základ pro nový vizualizační algoritmus. Podobný přístup zpracování dat je nakonec využit pro vysoce interaktivní prohledávání multimediálních dat. Hlavní příspěvky a výsledky práce se sestávají z pokroku v opti- malizaci metod pro dotazování chemických dat implementovaných v databázi Sachem, federovaného rozhraní pro Sachem založeného na jazyce SPARQL které poskytuje pod- poru pro heterogenního dotazování, algoritmu EmbedSOM pro redukci dimenzionality, návrhu a implementace specifických analytických nástrojů pro průtokovou a hmotnos- tní cytometrii odvozených od algoritmu EmbedSOM, a návrhu a implementace...
|
|
|
Hematopoéza v rybím modelu dánia a medaky s možností xenotransplantace lidských hematopoetických kmenových buněk
Pravcová, Naďa ; Drbal, Karel (vedoucí práce) ; Svoboda, Ondřej (oponent)
Danio rerio (Dánio pruhované) a Oryzias latipes (Medaka japonská) jsou modelové organismy, jejichž popularita v oblasti studia hematopoézy v posledních letech stoupá. Důvodem jsou výhodné vlastnosti těchto modelů v porovnání s dalšími často používanými modely, především v porovnání s nejvíce používaným modelovým organismem Mus musculus (Myš domácí). Těmito výhodami jsou: krátká generační doba, velký počet potomků, možnost častého vytírání, vnější oplodnění a vývoj, průsvitnost embryí, snadná genetická manipulace na pozadí mnoha mutantních a transgenních linií, (především u dánia) a inbredních linií (u medaky). Mechanismy hematopoézy jsou z velké části konzervované mezi vyššími obratlovci a dániem i medakou. Jednou z nejdůležitějších vlastností je průsvitnost embryí a existence průsvitných mutantních linií dospělců. To umožňuje sledování hematopoetických kmenových buněk ("hematopoietic stem cells", HSC) in vivo. Vytvořením humanizovaných modelů xenotransplantací HSC můžeme sledovat přihojení, dělení a chování lidských HSC in vivo. V současnosti je nejpoužívanějším organismem pro xenotransplantaci lidských HSC myš. V myších modelech je ovšem nutná imunodeplece. Jedná se o invazivní proces zahrnující ozáření nebo genetické manipulace. U dánia a medaky je možné využít časového okna, ve kterém ještě...
|
|
|
Morfologická variabilita rodu bříza (Betula L.) ve vybraných oblastech ČR se zaměřením na tetraploidní zástupce
Linda, Rostislav ; Kuneš, Ivan (vedoucí práce) ; Jana, Jana (oponent)
Předkládaná práce se zabývá rozlišením diploidních (dvě sady chromozomů, 2n) a tetraploidních (čtyři sady chromozomů, 4n) jedinců z rodu bříza (Betula L.) na základě makroskopických znaků měřených na jejich listech (klasická morfometrika). Tato metoda je dobře proveditelná i v terénních podmínkách za použití běžných kancelářských potřeb (pravítko, úhloměr). Dalším cílem práce je zhodnocení genetické variability v rámci tetraploidních taxonů, jejichž systematika je stále předmětem diskuzí.
Pro statistickou analýzu bylo vzorkováno celkem 97 jedinců z 11 lokalit z oblasti Šumavy, přičemž na každém z jedinců byly vybrány 4 listy. Za účelem rozlišení ploidie bylo na každém listu měřeno celkem 20 znaků (16 kvantitativních a 4 kvalitativní). Vzorky jedinců byly taktéž analyzovány metodou průtokové cytometrie pro určení skutečné velikosti genomu každého jedince.
Rozdílnosti v hodnotách měřených znaků mezi jedinci s odlišnou ploidií (velikostí genomu) byly statisticky testovány, přičemž významné rozdíly byly pozorovány u 12 ze 16 testovaných kvantitativních znaků a 2 kvalitativních znaků. Pro předpověď ploidie jedince na základě listových parametrů byla navržena klasifikační funkce se třemi vstupními parametry, která měla na původních datech (z oblasti Šumavy) úspěšnost 96 %.
Spolehlivost navržené funkce byla ověřena na dalších třech lokalitách v rámci ČR a porovnána s funkcemi navrženými v minulosti jinými autory. Průměrná úspěšnost navržené klasifikační funkce byla 89 %, což je nejvíce ze všech porovnávaných.
Genetická variabilita, zejména tetraploidních taxonů, je v textu zmíněna v souvislosti s dřívější prací autora. Rozlišení B. pubescens a B. carpatica se na základě použitých genetických markerů nepodařilo. Genetickou nerozlišitelnost těchto taxonů zmiňují i některé práce zahraničních autorů, zatímco v české literatuře jsou tyto taxony zpravidla rozlišovány jako samostatné druhy.
|
|
| |
host ::
RSS.