|
|
Využití molekulárních technik k charakterizaci kvasinek rodu Metschnikowia
Schneiderwindová, Nicole ; Brázda, Václav (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá možnostmi provedení a využití molekulárních metod k charakterizaci kvasinek rodu Metschnikowia a také aplikací metod v biotechnologiích případně v potravinářském průmyslu. V teoretické části je zaměřená na stručný popis kvasinek, zejména vybraných druhů, které se používaly během praktické části, možnosti jejich využití, a především na detailní popis všech použitých molekulárních technik. V praktické části se zaměřuje na optimalizaci použitých molekulárních metod, konkrétně metody pulzní gelové elektroforézy (PFGE) a metody denaturační gradientové gelové elektroforézy (DGGE). Na začátku byla provedena kultivace kvasinek za optimálních podmínek, které jsou pro tento rod specifické. Dále byla pomocí izolačních technik izolována jejich DNA, která byla následně podrobena zpracování pomocí metod PFGE a PCR–DGGE. Nejvíce bylo třeba optimalizovat postup izolace DNA. Bylo provedeno několik optimalizací koncentrace lyzačních enzymů, zejména pak enzymu lytikázy. Také bylo potřeba stanovit správný poměr low-melting agarosy a izolované DNA, což bylo zásadní pro správnou konzistenci izolovaných DNA bločků a pro jejich další uplatnění při PFGE analýze. Nakonec byla provedena optimalizace metody PFGE, která přinesla správné rozdělení chromozomů, díky čemuž bylo možné jednotlivé chromozomy popsat dle jejich velikosti podle použitého standardu CHEF kvasinky Hansenula wingei. Pro správnou optimalizaci samotného procesu DGGE analýzy bylo třeba nejdříve izolovat kvasinkovou DNA pomocí kitu, tato DNA byla následně použita jako templát pro PCR reakci. Byla optimalizována také teplota annealingu pro jednotlivé skupiny použitých primerů. Amplikony, které byly získány pomocí této reakce byly separovány pomocí metody DGGE. U této techniky bylo zapotřebí především optimalizace základních parametrů jako je rozsah denaturačního gradientu či celkový čas separace. Dle výsledků měření lze určit, že postup izolace DNA kvasinek a jejich následná analýza pomocí molekulárních metod pulzní gelové elektroforézy a denaturační gradientové gelové elektroforézy byla úspěšná. Podařilo se nám alespoň částečně popsat genom a určit počet chromozomů u všech použitých druhů kvasinek rodu Metschnikowia.
|
|
|
Využití odpadu ze zpracování fosforu za účelem produkce látek se zvýšenou přidanou hodnotou
Hejsek, Michal ; Zavřel, Tomáš (oponent) ; Ing.Jan Červený, Ph.D. (vedoucí práce)
Práce se zabývá využitím odpadních proudů vznikajících v závodě pro zpracování žlutého fosforu. V teoretické části jsou shrnuty fyzikální a chemické vlastnosti fosforu, jeho transport v biosféře a role v živých organismech. Dále je charakterizován výrobní proces v závodě na zpracování fosforu. Odpadní vody z technologie jsou posouzeny z hlediska jejich možného využití jako zdroje živin pro kultivaci mikroskopických řas v průmyslovém měřítku. V praktické části je provedena optimalizace kultivačních podmínek mikroskopické řasy Chlorella pyrenoidosa Chick (IPPAS C-2) v médiu založeném na odpadní vodě ze skladu žlutého fosforu.
|
|
|
Magnetické částice a jejich využití v biotechnologii
Knápková, Monika ; Konečná, Jana (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Práce je zaměřena na magnetické částice, které jsou využívány v řadě biotechnologických aplikací. Teoretická část práce pojednává o specifických vlastnostech těchto částic, o materiálech, kterými mohou být tvořeny a dále jsou zmíněny některé biotechnologické aplikace využívající magnetické částice. V experimentální části byly využity vybrané druhy magnetických částic za účelem izolace nukleových kyselin. Kvalita izolované DNA s ohledem na čistotu byla vyhodnocena za použití metody polymerázové řetězové reakce a jejích modifikací. Dále byla využita vysokorozlišovací analýza křivek tání (HRM analýza) za účelem ověření kvality izolované DNA a pro rozlišení bakterií Lactobacillus casei a Lactobacillus rhamnosus. Izolace DNA pomocí magnetických nosičů byla úspěšná, přičemž z hlediska koncentrace byly nejvhodnější komerčně dostupné mikronosiče MPG a magnetické mikročástice typu Fkol 77ox. Z hlediska čistoty byly pro izolaci DNA nejlepší magnetické nanočástice F79/L3 PLL. Bakteriální druhy Lactobacillus casei a Lactobacillus rhamnosus se pomocí HRM analýzy nepodařilo rozlišit.
|
|
|
Vláknité mikromycety (plísně) a jejich biotechnologické využití
Beniačová, Michaela
Bakalářská práce je zaměřena na vláknité mikromycety a jejich biotechnologické využití. Je zde popsána výživa, morfologie, pohlavní a nepohlavní rozmnožování vláknitých mikromycet a jsou uvedeny optimální podmínky pro jejich růst a výskyt. Dále je uvedeno taxonomické rozdělení a charakteristika hlavních rodů spolu se stručným morfologickým popisem. V druhé části bakalářské práce jsou obecně popsány a klasifikovány biotechnologie. Tato část se zabývá především využitím vláknitých mikromycet v potravinářském, zemědělském a farmaceutickém průmyslu. Dále je zde popsáno jejich využití v ochraně životního prostředí a využití průmyslově vyráběných látek produkovaných metabolismem hub.
|
|
|
Implementing modern species delimitation techniques into fungal taxonomy: Aspergillus charting the course
Sklenář, František ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Haelewaters, Danny (oponent) ; Janko, Karel (oponent)
Tato práce se zaměřuje na implementaci moderních metod a přístupů pro delimitaci druhů u hospodářsky významného rodu Aspergillus, který je také využíván jako modelový organismus. Dosavadní taxonomické studie v rámci rodu Aspergillus zahrnovali několik lokusů DNA (obvykle čtyři) a samotná fylogenetická analýza většinou spočívala ve výpočtu fylogenetického stromu na základě jednotlivých lokusů a konkatenovaného souboru dat, v některých případech také vyhodnocení na principu genealogické konkordance. Použité soubory dat navíc obvykle obsahovaly pouze omezený počet kmenů od každého druhu. Doplnění sofistikovanějších metod fylogenetické delimitace druhů (většinou založených na modelu mnohodruhové koalescence) do taxonomie rodu Aspergillus dává analýze nový rozměr a přináší mnohem vyšší objektivitu taxonomických rozhodnutí. Každý z osmi prezentovaných článků obsahuje taxonomickou revizi určité části rodu s fylogenetickými analýzami založenými na souborech dat obsahujících DNA sekvence ze tří až šesti lokusů nebo data z celého genomu (série Nigri). Dostupná molekulární data jsou analyzována pomocí neustálé vylepšovaného a aktualizovaného souboru metod pro delimitaci druhů, který odráží pokrok dosažený v tomto oboru mezi roky 2017 a 2022. Jednotlivé práce se věnují také některým specifickým znakům, které...
|
|
| |
|
|
Molekulárně-biologická diagnostika lidských polyomavirů
Ryšavá, Markéta
S lidskými polyomaviry se většina lidské populace setká v dětství, kdy je první infekce bezpříznaková či s mírnými symptomy. Tyto viry ovšem v lidském těle perzistují a reaktivují se nejčastěji při imunosupresi. S reaktivací JC viru je spojena progresivní multifokální encefalopatie. S BK virem je spojena hemoragická cystitida, která má za následek ztrátu aloštěpu při transplantaci ledviny. Přesnou diagnostikou lze viry včas detekovat a zmírnit poškození tkáně. Tato diplomová práce se zabývá biotechnologiemi, které lze při detekci virů využít se zaměřením na real-time PCR, která je v diagnostice virů zlatým standardem. Literární rešerše shrnuje základní informace o polyomavirech se zaměřením na lidské polyomaviry BKV a JCV. Shrnuje biotechnologické metody používané k detekci polyomavirů, jak v rámci rutinní diagnostiky, tak alternativní přístupy zahrnující biosenzory a CRISPR. Experimentální část práce zahrnuje návrh detekčního systému pro polyomaviry od in silico analýzy genomu, přes návrh potenciálních primerů, po teoretickou analýzu specificity. Praktická část práce pak porovnává účinnost a senzitivitu amplifikace dvou re-akčních směsí, kdy je jedna určena pro jednoduché systémy a druhá pro multiplexy. Dále zahrnuje testování vybraných aditiv PCR a stanovení citlivosti a parametrů validity testu reakční směsi vybrané pro vývoj PCR systému. Výsledky poukázaly, že detekce pomocí multiplex reakční směsi je dostatečně citlivá, jelikož splňuje podmínky a požadavky klinických doporučení a současně vykazuje velmi dobré hodnoty senzitivity a specificity testu srovnatelné s publikovanými technologiemi. Tato reakční směs se jeví jako relevantní k použití vývoje a optimalizaci PCR systému pro detekci polyomavirů.
|
|
|
Možnosti a limitace kultivace brakických a sladkovodních populací tubulárních morfotypů rodu Ulva (Ulvophyceae) pro potravinářské či biotechnologické využití
Kantnerová, Veronika ; Neustupa, Jiří (vedoucí práce) ; Hejduková, Eva (oponent)
Zelené makrořasy z rodu Ulva (Ulvophyceae) jsou běžně využívané v biotechnologickém průmyslu jako zdroj biomasy při výrobě bioplynu či při bioremediaci, nicméně především se zpracovávají v potravinářském průmyslu v Asii a dalších přímořských regionech. V Evropě jsou již tyto řasy řazeny do tzv. "approved novel food", nicméně v potravinářství se většinou používají pouze druhy s listovitou morfologií stélky, které jsou většinou dováženy z Asie, takže využití lokálních evropských zdrojů je minimální. Tubulární morfotypy rodu Ulva (původně patřící do samostatného rodu Enteromorpha) jsou potenciálně stejně nadějným zdrojem biomasy pro zpracování v potravinářském průmyslu a dalších odvětvích. Vykazují velkou odolnost vůči abiotickým faktorům a vyskytují se navíc nejen v mořských lokalitách, jako listovité morfotypy, ale zasahují svým výskytem také do brakických, a dokonce i do sladkovodních ekosystémů. Vzhledem k tomu by mohly být vhodným zdrojem biomasy pro zpracování také ve Střední Evropě. V této práci byly izolovány a kultivovány dvě populace tubulárních morfotypů rodu Ulva. Jedna z brakické lokality z Baltského moře (Ulva flexuosa) a jedna ze sladkovodní lokality v České republice (Ulva pilifera). Cílem bylo zhodnotit jejich kultivační potenciál pro možnosti využití v potravinářství. Byly pozorovány...
|
|
|
Využití molekulárních technik k charakterizaci kvasinek rodu Metschnikowia
Schneiderwindová, Nicole ; Brázda, Václav (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá možnostmi provedení a využití molekulárních metod k charakterizaci kvasinek rodu Metschnikowia a také aplikací metod v biotechnologiích případně v potravinářském průmyslu. V teoretické části je zaměřená na stručný popis kvasinek, zejména vybraných druhů, které se používaly během praktické části, možnosti jejich využití, a především na detailní popis všech použitých molekulárních technik. V praktické části se zaměřuje na optimalizaci použitých molekulárních metod, konkrétně metody pulzní gelové elektroforézy (PFGE) a metody denaturační gradientové gelové elektroforézy (DGGE). Na začátku byla provedena kultivace kvasinek za optimálních podmínek, které jsou pro tento rod specifické. Dále byla pomocí izolačních technik izolována jejich DNA, která byla následně podrobena zpracování pomocí metod PFGE a PCR–DGGE. Nejvíce bylo třeba optimalizovat postup izolace DNA. Bylo provedeno několik optimalizací koncentrace lyzačních enzymů, zejména pak enzymu lytikázy. Také bylo potřeba stanovit správný poměr low-melting agarosy a izolované DNA, což bylo zásadní pro správnou konzistenci izolovaných DNA bločků a pro jejich další uplatnění při PFGE analýze. Nakonec byla provedena optimalizace metody PFGE, která přinesla správné rozdělení chromozomů, díky čemuž bylo možné jednotlivé chromozomy popsat dle jejich velikosti podle použitého standardu CHEF kvasinky Hansenula wingei. Pro správnou optimalizaci samotného procesu DGGE analýzy bylo třeba nejdříve izolovat kvasinkovou DNA pomocí kitu, tato DNA byla následně použita jako templát pro PCR reakci. Byla optimalizována také teplota annealingu pro jednotlivé skupiny použitých primerů. Amplikony, které byly získány pomocí této reakce byly separovány pomocí metody DGGE. U této techniky bylo zapotřebí především optimalizace základních parametrů jako je rozsah denaturačního gradientu či celkový čas separace. Dle výsledků měření lze určit, že postup izolace DNA kvasinek a jejich následná analýza pomocí molekulárních metod pulzní gelové elektroforézy a denaturační gradientové gelové elektroforézy byla úspěšná. Podařilo se nám alespoň částečně popsat genom a určit počet chromozomů u všech použitých druhů kvasinek rodu Metschnikowia.
|
|
|
Preparation of strategy for studying interaction of human constitutive androstane receptor with steroid receptor coactivator-1
Šachová, Ivana ; Martin, Jan (vedoucí práce) ; Mladěnka, Přemysl (oponent)
Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakognozie Kandidát: Ivana Šachová Školitelé: PharmDr. Jan Martin, PhD., Dipl. Ing. Mgr. Ferdinand Molnár, PhD. Název diplomové práce: Příprava strategie pro studium interakcí mezi konstitutivním androstanovým receptorem (CAR) a koaktivátorem steroidního receptoru 1 Cílem této práce byla exprese wild type a mutovaných centrálních domén lidského SRC1 v buňkách E. coli BL21 DE3. Exprimované rekombinantní proteiny byly následně čištěny a použity pro studium SRC1-CAR interakcí za využití separace pomocí afinitních ligandů(pull down). Konstitutivní androstanový receptor (CAR), nukleární receptor, je transkripční regulátor, který ovlivňuje expresi nejrůznějších proteinů, jako jsou enzymy biotransformace a transportery významné pro metabolismus jak endogenních tak exogenních látek. CAR může být plně aktivní pouze v přítomnosti koaktivátorů jako je např. koaktivátor steroidního receptoru 1 (SRC1). Nejdůležitější fragment SRC1 pro vazbu na nukleární receptor je centrální doména, tvořená třemi α-helickými Leu-X-X-Leu-Leu (LXXLL) L1, L2, L3 motivy, v nichž L reprezentuje leucin a X znázorňuje jakoukoli aminokyselinu. hSRC1, stejně tak hCAR, mohou být produkovány pomocí exprese příslušných genů v kmenech E. coli. V případě SRC1, kodon...
|
host ::
RSS.