|
|
Bioinformatics analysis of sequences required for localization of RNA during development
Naraine, Ravindra ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Fulková, Helena (oponent) ; Tichý, Boris (oponent)
Vývoj komplexního organismu po spojení dvou buněk (vajíčka a spermie) je jedním z fascinujících aspektů vývojové biologie. Je známo, že embryogeneze je řízena pomocí prostorové a časové produkce molekul, které tvoří asymetrické gradienty v buňce nebo ve skupině buněk a pomáhají tak regulovat diferenciaci jednotlivých částí vyvíjejícího se embrya. Animálně-vegetativní gradienty transkriptů ve vajíčcích ryb a žab dávají vzniknout první vývojové ose, která je následně využita v tvorbě ektodermu, mezodermu a endodermu. Přes důležitost tohoto procesu je většina vědomostí o distribuci molekul podél animálně-vegetativní osy u obratlovců získána studiem modelu drápatky, založena na několika málo transkriptech a analyzovány jsou zejména póly vajíček. Tato práce doplňuje dosavadní poznatky využitím RNA sekvenování k charakterizaci a srovnání maternálního transkriptomu a jeho rozložení v rámci vajíček čtyř vzdáleně příbuzných modelových organismů - drápatky vodní (Xenopus laevis), axolotla mexického (Ambystoma mexicanum), jesetera malého (Acipenser ruthenus) a dánia pruhovaného (Danio rerio). Nalezli jsme několik animálně-vegetativních gradientů a můžeme je rozdělit do podskupin extrémně animální, animální, centrální, vegetativní a extrémně vegetativní. Existuje velmi nízká shoda u vegetativních transkriptů...
|
|
|
Studium evoluce chromozómových přestaveb pipovitých žab pomocí fluorescenční in situ hybridizace
Bergelová, Barbora ; Knytl, Martin (vedoucí práce) ; Johnson Pokorná, Martina (oponent)
U afrických pipovitých žab došlo k nejméně osmi nezávislým polyploidizačním událostem v rámci, kterých vzniklo velké množství ploidních úrovní. Můžeme zde nalézt jak diploidní druhy, tak druhy tetraploidní, oktoploidní či dodekaploidní. Díky tomu jsou zástupci rodu Xenopus skvělým modelovým organismem pro studium evoluce celogenomových duplikací a chromozomových přestaveb. V současné době je známo pouze málo informací o chromozomálních přestavbách v rámci druhu Xenopus, přesněji pouze o dvou přestavbách velkého rozsahu. Jedná se o fúzi chromozomu 9 a 10 u podrodiny Xenopus a nereciprokou translokaci v rámci chromozomů 2 a 9 u podrodiny Silurana. V rámci této diplomové práce jsme se pomocí metody fluorescenční in situ hybridizace pokusili o rozšíření znalostí o chromozomálních přestavbách, díky čemuž jsme potvrdili fúzi chromozomů 9 a 10 i v rámci dalších druhů rodu Xenopus, jako je X. pygmaeus, a předkládáme hypotézu o možnosti vzniku fúze u původních diploidních předků této podrodiny. Také se nám podařilo blíže upřesnit vznik nereciproké translokace v rámci podrodiny Silurana. Tuto translokaci jsme neprokázali u druhu X. calcaratus a můžeme tedy určit, že k translokaci nejspíše došlo u společného předka X. epitropicalis a X. mellotropicalis, či u samotného X. mellotropicalis. V rámci podrodiny...
|
|
|
Imunomodulační potenciál progenitorů Sertoliho buněk u pulců rodu Xenopus v rámci hojení amputovaného ocasu
Mertová, Irem ; Krylov, Vladimír (vedoucí práce) ; Procházka, Jan (oponent)
V Laboratoři vývojové biologie byla založena buněčná kultura společných progenitorů Sertoliho a peritubulárních myoidních buněk odvozená z varlat samce X. tropicalis, zvaná XtiSC. XtiSC vykazují podobné vlastnosti jako známější mezenchymální kmenové buňky které jsou využívány v buněčné terapii pro své imunomodulační a proregenerativní vlastnosti. Bylo prokázáno, že mikroinjekce XtiSC do dorzální žíly v ocasu pulců zvyšuje počty makrofágů 7 dní po amputaci ocasu (dpa), jak u kontrolních jedinců, tak u pulců po depleci makrofágů pomocí aplikace klodrosomů. Deplece makrofágů také snižuje migrační schopnost XtiSC k místu amputace ocasu. Deplece makrofágů také vedla ke snížení počtu satelitních buněk 1 dpa. Sedmý den po amputaci ocasu a injekci XtiSC došlo naopak k signifikantnímu zvýšení jejich počtu oproti kontrolní skupině bez injekce XtiSC. S využitím DAF-2DA sondy byla potvrzená produkce oxidu dusnatého injikovanými XtiSC a v místě poranění. V rámci následného výzkumu proliferace, diferenciace a migrace satelitních buněk in vivo byl vytvořen vektor exprimující EGFP pod endogením Pax7 promotorem a Katushka RFP pod gama-krystalinovým promotorem, který byl pomocí metody CRISPR-Cas9 integrován do genomu X. tropicalis. V současné době jsou k dispozici transgenní pulci s červenou fluorescencí v oku a...
|
|
|
Úloha oxidu dusnatého (NO) v průběhu embryonálního vývoje pokožky drápatky vodní
Tománková, Silvie ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Krylov, Vladimír (oponent) ; Soukup, Vladimír (oponent)
Oxid dusnatý (NO) je zajímavá molekula účastnící se mnoha důležitých biologických funkcí jako je vazodilatace cév, neurotransmise, imunitní odpověď nebo buněčná proliferace. Tato práce ukazuje zásadní úlohu NO během embryonálního vývoje pokožky drápatky vodní. Vnější vrstva embryonální epidermis drápatky vodní je složena ze 4 typů buněk (malých sekrečních buněk, multi-ciliárních buněk, ionocytů a tzv. "goblet" buněk) a svým složením se podobá specializovaným epiteliím jako je lidský respirační epitel. Díky této podobnosti se embryonální epidermis drápatky vodní stala vhodným modelem pro studium lidských mukózních a mukociliárních epitelií a jejich defektů. Pomocí molekulárních a imunohistochemických metod bylo v rámci této práce zjištěno, že NO je produkovaný zejména ionocyty a multi-ciliárními buňkami. Studium molekulárních a buněčných změn u embryí s inhibovanou produkcí NO odhalilo nezbytnost tohoto radikálu pro správné formování a fungování mukociliárního epitelu. Inhibice NO vedla ke snížení množství specializovaných epidermálních typů (malých sekrečních buněk, ionocytů a multi-ciliárních buněk) a k zásadním strukturním změnám multi-ciliárních buněk. Ukázalo se, že NO ovlivňuje vývoj embryonální epidermis skrz kanonickou sGC-cGMP-PKG signální dráhu. Mechanismus působení NO na vývoj embryonální...
|
|
|
Bazální membrána a úloha matrix metaloproteináz v průběhu embryonálního hojení ran
Kadlčíková, Dominika ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Tolde, Ondřej (oponent)
Proces hojení je atraktivním tématem biologie a medicíny. Existují dva typy mechanismu zacelování ran - u embryí a u dospělých jedinců. V případě embryonálního hojení je celý děj podstatně zjednodušen a zrychlen. Nežádoucí zápalová reakce, vyskytující se u dospělců, je v podstatě eliminována a rána je zhojena bez jizev. Lepší porozumění embryonálního hojení by mohlo vést k efektivnější léčbě úrazů, popálenin a chronických ran u lidí. Velmi důležité je studium molekulárních mechanismů procesu hojení také v souvislosti s pochopením regulace rakovinného bujení. Hojení ran připomíná v mnoha ohledech embryonální vývoj. U toho jsou klíčové tělní osy pro prostorově regulovanou aktivaci vývojově důležitých genů. V této práci byla testována hypotéza, že i orientace vedeného zranění je důležitá pro polaritu a motilitu buněk a při zavírání rány hraje roli, zda je zranění vertikální či horizontální. Významnou částí hojení i rozvoje rakoviny je degradace bazální membrány (BM) a extracelulární matrix (ECM). Ta je spuštěna koordinovaným působením několika tříd enzymů. V této práci byly studovány matrix metaloproteinázy (MMP) a jejich úloha v embryonálním hojení ran. Jedná se o enzymy důležité nejen při hojení, ale i v rozvoji rakoviny. U embryí drápatky vodní (Xenopus laevis) byly na základě RT-qPCR a RNA-Seq...
|
|
|
Úloha oxidu dusnatého (NO) v průběhu embryonálního vývoje pokožky drápatky vodní
Tománková, Silvie ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Krylov, Vladimír (oponent) ; Soukup, Vladimír (oponent)
Oxid dusnatý (NO) je zajímavá molekula účastnící se mnoha důležitých biologických funkcí jako je vazodilatace cév, neurotransmise, imunitní odpověď nebo buněčná proliferace. Tato práce ukazuje zásadní úlohu NO během embryonálního vývoje pokožky drápatky vodní. Vnější vrstva embryonální epidermis drápatky vodní je složena ze 4 typů buněk (malých sekrečních buněk, multi-ciliárních buněk, ionocytů a tzv. "goblet" buněk) a svým složením se podobá specializovaným epiteliím jako je lidský respirační epitel. Díky této podobnosti se embryonální epidermis drápatky vodní stala vhodným modelem pro studium lidských mukózních a mukociliárních epitelií a jejich defektů. Pomocí molekulárních a imunohistochemických metod bylo v rámci této práce zjištěno, že NO je produkovaný zejména ionocyty a multi-ciliárními buňkami. Studium molekulárních a buněčných změn u embryí s inhibovanou produkcí NO odhalilo nezbytnost tohoto radikálu pro správné formování a fungování mukociliárního epitelu. Inhibice NO vedla ke snížení množství specializovaných epidermálních typů (malých sekrečních buněk, ionocytů a multi-ciliárních buněk) a k zásadním strukturním změnám multi-ciliárních buněk. Ukázalo se, že NO ovlivňuje vývoj embryonální epidermis skrz kanonickou sGC-cGMP-PKG signální dráhu. Mechanismus působení NO na vývoj embryonální...
|
host ::
RSS.