|
| |
|
|
Evoluce genetického kódu a taxonomie oxymonád
Šrámová, Eliška ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Čepička, Ivan (oponent)
Oxymonády jsou skupinou heterotrofních bičíkovců žijících v prostředí s nízkou koncentrací kyslíku. Tito prvoci se vyskytují především ve střevě xylofágního hmyzu (švábi, termiti), ale výjimku tvoří rod Monocercomonoides, který byl popsán ze střevního obsahu mnoha obratlovců. Na základě molekulárních dat je řád Oxymonadida řazen do říše Excavata (Cavalier-Smith, 2002; Simpson a kol., 2006, Hampl a kol. 2009). Tato práce byla zaměřena na studium rozmanitosti rodu Monocercomonoides náležejícího do morfologicky nejjednodušší čeledi Polymastigidae. Hlavním cílem bylo získat sekvenční data z co největšího počtu kmenů tohoto rodu z širokého spektra hostitelů. Celkem se nám podařilo získat 26 sekvencí části genu pro SSU rDNA, z čehož dvě sekvence náleželi jiné oxymonádě, zřejmě rodu Oxymonas. Naše fylogenetická analýza sice naznačila, že zástupci rodu Monocercomonoides tvoří jednu skupinu, avšak s nízkou bootstrapovou hodnotou. Na základě publikovaných dat o přítomnosti nekanonického genetického kódu u některých zástupců oxymonád (Keeling a Leander, 2003; de Koning a kol., 2008), jsme se rozhodli tento vzácný jev blíže prozkoumat u prvoků rodu Monocercomonoides. Pro tuto část studie jsme získali 9 částečných sekvencí genu pro α-tubulin. V těchto částečných sekvencích jsme nepozorovali projev nekanonického...
|
|
|
Fylogeneze archaméb
Ptáčková, Eliška ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Vávra, Jiří (oponent)
Archaméby jsou malou skupinou anaerobních eukaryotických mikroorganismů, která patří do říše Amoebozoa. Dříve byly považovány za pozůstatky nejstarších eukaryot, která nemají mitochondrii. Později však byl u některých archaméb objeven pozůstatek mitochondrie, mitosom. Dnes je jisté, že archaméby nejsou bazální eukaryotické organismy, ale jsou blízce příbuzné aerobním mitochondriálním hlenkám (Mycetozoa). Mezi archamébami nalezneme jak améboflageláty, tak améby. Patří sem především parazitické rody Entamoeba a Endolimax a volně žijící rody Mastigamoeba, Mastigella a Pelomyxa. Rod Mastigina má jak volně žijící, tak jednoho parazitického zástupce. Typickým znakem bičíkatých rodů Mastigina, Mastigamoeba, Mastigella a Pelomyxa je mikrotubulární koš (konus), který vybíhá z jediného bazálního tělíska bičíku a může být asociovaný s jádrem. Přítomnost konu je charakteristická také pro hlenky. Fylogeneze archaméb není zatím zcela objasněna. Především systematika volně žijících zástupců je velmi zmatená. Příčinou je nedostatek sekvencí a velká variabilita jednotlivých zástupců volně žijících archaméb. Z tohoto důvodu bylo cílem naší práce získat, kultivovat a osekvenovat co největší počet volně žijících archaméb. Podařilo se nám získat a dlouhodobě kultivovat 42 nových izolátů volně žijících archaméb. Z 15 izolátů...
|
|
|
Evoluce genetického kódu a taxonomie oxymonád
Šrámová, Eliška ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Čepička, Ivan (oponent)
Oxymonády jsou skupinou heterotrofních bičíkovců žijících v prostředí s nízkou koncentrací kyslíku. Tito prvoci se vyskytují především ve střevě xylofágního hmyzu (švábi, termiti), ale výjimku tvoří rod Monocercomonoides, který byl popsán ze střevního obsahu mnoha obratlovců. Na základě molekulárních dat je řád Oxymonadida řazen do říše Excavata (Cavalier-Smith, 2002; Simpson a kol., 2006, Hampl a kol. 2009). Tato práce byla zaměřena na studium rozmanitosti rodu Monocercomonoides náležejícího do morfologicky nejjednodušší čeledi Polymastigidae. Hlavním cílem bylo získat sekvenční data z co největšího počtu kmenů tohoto rodu z širokého spektra hostitelů. Celkem se nám podařilo získat 26 sekvencí části genu pro SSU rDNA, z čehož dvě sekvence náleželi jiné oxymonádě, zřejmě rodu Oxymonas. Naše fylogenetická analýza sice naznačila, že zástupci rodu Monocercomonoides tvoří jednu skupinu, avšak s nízkou bootstrapovou hodnotou. Na základě publikovaných dat o přítomnosti nekanonického genetického kódu u některých zástupců oxymonád (Keeling a Leander, 2003; de Koning a kol., 2008), jsme se rozhodli tento vzácný jev blíže prozkoumat u prvoků rodu Monocercomonoides. Pro tuto část studie jsme získali 9 částečných sekvencí genu pro α-tubulin. V těchto částečných sekvencích jsme nepozorovali projev nekanonického...
|
|
|
Skrytá diverzita volně žijících trichomonád a jejich postavení v rámci skupiny Parabasalia
Céza, Vít ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Trichomonády (Parabasalia) jsou skupinou anaerobních jednobuněčných eukaryot. V současné době jsou řazeny do říše Excavata, přičemž toto zařazení bylo provedeno pouze na základě molekulárních analýz. Mezi trichomonády patří přes 400 převážně endobiotických druhů, z nichž zhruba 80 % žije v termitech. Volně žijících trichomonád bylo zatím popsáno pouhých šest druhů (Pseudotrichomonas keilini, Ditrichomonas honigbergii, Monotricho- monas carabina, Honigbergiella sp., Tetratrichomonas undula a Lacusteria cypriaca) tvoří- cích čtyři nezávislé fylogenetické linie. Z toho nám se podařilo popsat nový rod a druh Lacusteria cypriaca. Všechny tyto linie jsou sekundárně volně žijící, to znamená, že se v rámci trichomonád vyvinuly ze svých endobiotických předků. Podařilo se nám také publikovat první dvě sekvence příslušející druhu Pseudotrichomonas keilini, morfologicky popsaného již v roce 1935. Na základě našich dat jsme přesunuli Pseudotrichomonas keilini ze skupiny Honigbergiellidae do čeledi Trichomonadidae (řád Trichomonadida). Vedle těchto již publikovaných výsledků jsme získali dalších sedm nových kmenů volně žijících trichomonád (GOU23, CK, GR8, LAGOS2M, VAV1A1, E2NT, LAGOS2D), ze všech těchto kmenů jsme získali sekvenci genu pro SSU rRNA a provedli fylogenetickou analýzu. Tyto kmeny se rozpadly do...
|
|
|
Fylogeneze archaméb
Ptáčková, Eliška ; Vávra, Jiří (oponent) ; Čepička, Ivan (vedoucí práce)
Archaméby jsou malou skupinou anaerobních eukaryotických mikroorganismů, která patří do říše Amoebozoa. Dříve byly považovány za pozůstatky nejstarších eukaryot, která nemají mitochondrii. Později však byl u některých archaméb objeven pozůstatek mitochondrie, mitosom. Dnes je jisté, že archaméby nejsou bazální eukaryotické organismy, ale jsou blízce příbuzné aerobním mitochondriálním hlenkám (Mycetozoa). Mezi archamébami nalezneme jak améboflageláty, tak améby. Patří sem především parazitické rody Entamoeba a Endolimax a volně žijící rody Mastigamoeba, Mastigella a Pelomyxa. Rod Mastigina má jak volně žijící, tak jednoho parazitického zástupce. Typickým znakem bičíkatých rodů Mastigina, Mastigamoeba, Mastigella a Pelomyxa je mikrotubulární koš (konus), který vybíhá z jediného bazálního tělíska bičíku a může být asociovaný s jádrem. Přítomnost konu je charakteristická také pro hlenky. Fylogeneze archaméb není zatím zcela objasněna. Především systematika volně žijících zástupců je velmi zmatená. Příčinou je nedostatek sekvencí a velká variabilita jednotlivých zástupců volně žijících archaméb. Z tohoto důvodu bylo cílem naší práce získat, kultivovat a osekvenovat co největší počet volně žijících archaméb. Podařilo se nám získat a dlouhodobě kultivovat 42 nových izolátů volně žijících archaméb. Z 15 izolátů...
|
|
|
Fylogeneze améb čeledi Flabellulidae
LISNEROVÁ, Martina
Práce se zabývá fylogenezí améb Flabellulidae z kmenu Amoebozoa (Lobosa, Tubulinea). Skupina Flabellulidae jsou jednojaderné organismy s jedním, nebo mnoha jádry. Tělo není kryto skořápkou ani šupinami, pouze glykokalyxem. Pohybují se pomocí lobopodií (na základě aktin-myosinového komplexu). Čeleď Flabellulidae zahrnuje rody Flabellula a Paraflabellula, historicky Flamella. Nejsou jasné představy o fylogenezi této skupiny. V této práci jsou předkládány nově získané sekvence genu pro aktin, SSU rRNA a COX1 a jsou diskutovány vztahy v rámci čeledi Flabellulidae.
|
host ::
RSS.