|
|
Methylace virových RNA
Šimonová, Anna ; Macíčková Cahová, Hana (vedoucí práce) ; Sýkora, David (oponent) ; Elleder, Daniel (oponent)
Viry svým působením zasáhly vývoj všech organizmů. Mají jednoduchou vnitřní organizaci a obsahují menší množství, většinou dobře popsaných RNA. V případě (+)ssRNA virů slouží genomová RNA rovněž jako mRNA. Díky tomu se viry jeví jako ideální modelový systém pro získání informací o nových RNA modifikacích a zároveň k pochopení funkce modifikací již popsaných. V této práci byl jako modelový systém použit zástupce retrovirů, virus lidské imunitní nedostatečnosti typ 1 (HIV-1). V další studii byli testováni čtyři zástupci pikornavirů pro popis methylačního spektra. Pro získání informace o RNA methylacích byla použita kombinace dvou technik, kapalinové chromatografie s hmotnostní detekcí (LC-MS) a sekvenačních technik. Výsledky LC-MS analýzy odhalily velké množství 1-methyladenosinu (m1 A) v RNA izolované z HIV-1. Mapovací technika vytvořená pro m1 A pak potvrdila přítomnost methylace pouze v přibalených tRNA. Tento výsledek následně vedl k přepočítaní RNA složení virové partikule HIV-1. V případě pikornavirů odhalila LC-MS m1 A pouze u dvou hmyzích virů (virus pytlíčkovitého plodu, SBV a virus deformovaných křídel, DWV). Stejně tak byla potvrzena i přítomnost 5-methylcytidinu (m5 C). Následné sekvenační techniky (m1 A mapování a bisulfitové sekvenování) potvrdily přítomnost m1 A a m5 C pouze v tRNA....
|
|
|
Ap4A-RNA in IgE activated mast cells
Potužník, Jiří František ; Macíčková Cahová, Hana (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
(CZ): Žírné buňky jsou buňkami imunitního systému přítomné ve tkáních. Mají širokou škálu funkcí a receptorů, včetně receptoru FcεRI, který se aktivuje vazbou na IgE navázaný na antigen. Když jsou buňky aktivovány tímto způsobem, jeden z procesů, který nastává je tzv. signální dráha LysRS-Ap4A-MITF, která vede k translokaci Lys tRNA syntetázy do buněčného jádra a aktivaci její nekanonické aktivity - tvorbě diadenosin tetrafosfátu (Ap4A). Ap4A je dinukleosid polyfosfát, typ molekul přítomných ve všech doménách života. Dinukleosid polyfosfáty se skládají ze dvou nukleosidů spojených dohromady 5 '- 5' fosfodiesterovým můstkem o různých délkách. Nedávno bylo prokázáno, že tyto molekuly slouží jako nekanonické iniciační nukleotidy transkripce u bakterií, kde fungují jako 5 'RNA čepičky, podobně jako dobře známá 7-methylguanosinová čepička eukaryotické mRNA. V této práci předkládám důkaz o existenci Ap 4A čepičkované RNA v žírných buňkách, 5' RNA struktuře, jejíž existence zatím nebyla popsána v eukaryotických buňkách, a pokouším se určit její roli při aktivaci těchto buněk a v širším kontextu imunitní odpovědi zprostředkované žírnými buňkami. Klíčová slova: žírné buňky, RNA čepičky, dinukleosid polyfosfáty, Ap4A, IgE, FcεRI receptor, Lys tRNA syntetáza
|
|
|
m6A RNA methylation in eukaryotic cells
Petržílková, Hana ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Folk, Petr (oponent)
N6-metylace adenosinu (m6 A) je nejčastější modifikací mRNA u eukaryot. Na RNA je vytvářena metyltransferázami během transkripce, navíc může být odstraněna konkrétními demetylázami. Přítomnost těchto demetyláz umožňuje vratnost modifikace a její potenciální dynamičnost, proto by se N6-metyladenosin mohl účastnit regulace genové exprese. Od objevu první m6 A-specifické demetylázy FTO, m6 A modifikace začala být oblíbeným tématem ve výzkumu biologie RNA. N6- metyladenosin je přítomen v mRNA ale také v různých nekódujících RNA. Analýza distribuce m6 A na mRNA odhalila obohacení kolem 3' nepřekládané oblasti a pravděpodobně kolem sestřihových míst. Zatím byly objeveny dvě m6 A metyltransferázy, METTL3/METTL14 metyltransferáza je hlavním metyltransferázovým komplexem a metyltransferáza METTL16 metyluje jen malou skupinu RNA. Také jsou známy dvě demetylázy - FTO a ALKBH5. Navíc byly identifikovány proteiny vázající m6 A, které spolu sdílí strukturní doménu YTH. m6 A slouží jako buněčný signál ovlivňující různé kroky metabolismu RNA, například sestřih RNA, jaderný export, translaci nebo odbourávání RNA. Některé tyto vlivy jsou zprostředkovány m6 A-vázajícími proteiny, ale mohou se účastnit i jiné mechanismy. Přítomnost m6 A modifikace na RNA může také ovlivňovat sekundární strukturu dané RNA a tím i...
|
|
|
The function of 2'-O-methylated RNA in the context of viral infection
Potužník, Jiří ; Macíčková Cahová, Hana (vedoucí práce) ; Forstová, Jitka (oponent)
RNA podléhá velkému množství post-transkripčních modifikací. 2'-O-metylace je přirozenou a nezbytnou modifikací RNA. Ovlivňuje její strukturu, reaktivitu a funkci. 2'-O- metylace je vysoce konzervovanou modifikací a je přítomná ve všech třech doménách života. Virová RNA využívá této modifikace k tomu, aby napodobila hostitelskou RNA a vyhnula se tak detekci hostitelským imunitním systémem. Existují dva hlavní mechanismy, pomocí kterých to 2'-O-metylovaná virová RNA dělá. Prvním způsobem je vyhnutí se rozpoznání pomocí pattern recognition receptoru Mda5. Mda5 dokáže rozpoznat nemetylovanou RNA jakožto nevlastní a následně spustit imunitní reakci. Druhým mechanismem je vyhýbání se a omezování efektorových molekul IFIT. Proteiny IFIT také dokáží detekovat nepřítomnost 2'- O-metylace na virové RNA a následně zabránit translaci virové RNA navázáním se na ternární komplex, který je nezbytný pro formaci ribozomu. Bylo dokázáno, že ovlivnění virové 2'-O- metylace může být využito pro tvorbu atenuovaných vakcín pro některá virová onemocnění. Klíčová slova: virová RNA, RNA modifikace, 2'-O-metylace, Mda5, IFIT, RIG-I-like receptors, epitranskriptomika, WNV, JEV
|
host ::
RSS.