|
|
Gene regulation in four dimensions
Vaňková Hausnerová, Viola ; Lanctôt, Christian (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent) ; Krásný, Libor (oponent)
Zobrazování transkripce na úrovni jednotlivých buněk prokázalo, že se jedná o proces, který neprobíhá souvisle, ale přerušovaně. K tomuto pozorování, které bylo zaznamenáno u celé řady organizmů sahající od bakterií k savčím buňkám, se vztahuje nyní hojně využívaný termín transkripční pulzování. Dynamika transkripčního pulzování je ovlivněna jak rysy vlastními samotnému procesu transkripce, tak nadřazenými faktory jako je prostředí chromatinu, signální molekuly nebo fáze buněčného cyklu. V první části této práce jsme se zaměřili na regulaci transkripčního pulzování v jadérku. Pomocí mikroskopického sledování živých buněk jsme ukázali, že transkripce transgenu vloženého do jadérka a přepisovaného RNA polymerázou II probíhá v pulzech. Ve druhé části práce jsme se zabývali vztahem mezi dekondenzací chromatinu a dynamikou transkripce. Pomocí hyperosmotického média jsme indukovali globální kondenzaci chromatinu a objevili jsme, že během dekondenzace chromatinu dochází v jednotlivých živých buňkách k časově omezenému nárůstu intenzity transkripce. Dále jsme analyzovali expresi genů TFRC a POLR2A s použitím metody single molecule RNA FISH. Během omezeného období, které kolidovalo s dekondenzací chromatinu v telofázi/časné G1 fázi buněčného cyklu, jsme zaznamenali nárůst ve frekvenci i velikosti...
|
|
|
Correlated microscopy of electronic and material properties of graphene grown on diamond thin films
Rezek, Bohuslav ; Čermák, Jan ; Varga, Marián ; Tulic, S. ; Skákalová, V. ; Waitz, T. ; Kromka, Alexander
In this work we compare growth of graphene on diamond thin films that enable large area processing. We use films with different crystal size and surface roughness to obtain deeper insight into formation and properties of GoD. The diamond films are coated by a nm thin sputtered Ni layer and heated to 900°C in a forming gas atmosphere (H2/Ar) to initiate catalytic thermal CVD process. The samples are cleaned from residual Ni after the growth process. We employ scanning electron microscopy, Raman micro-spectroscopy and Kelvin probe force microscopy to correlate material, structural, and electronic properties of graphene on diamond. We show how grain size and grain boundaries influence graphene growth and material and electronic properties. For instance we show that the grain boundaries (with non-diamond carbon phases) in diamond films have an important role. They influence the electronic properties and they are beneficial for forming graphene on diamond higher quality.
|
|
|
Biological imaging by super-resolution microscopy
Adamová, Zuzana ; Komrsková, Kateřina (vedoucí práce) ; Benda, Aleš (oponent)
zuzana_adamova_abstrakt_cesky.txt[11.05.2017 20:28:46] Fluorescenční mikroskopie je jedna z nejvíce používaných zobrazovacích metod v biologickém výzkumu. I přes její mnohé přednosti ji však kvůli difrakčnímu limitu rozlišení způsobenému vlnovými vlastnostmi světla nelze uplatnit při zkoumání struktur menších než zhruba 200 nanometrů. To je nejlepší dosažitelná hodnota optického rozlišení, tedy nejnižší možná vzdálenost dvou bodů, které je možné od sebe odlišit pomocí tradičních optických metod. Až do konce 20. století tak nebylo možné pomocí fluorescenční mikroskopie zobrazit jemnější detaily buněk. V posledních letech se ale podařilo tuto bariéru obejít a byla vyvinuta řada zobrazovacích metod, souhrnně nazvaných superrozlišovací mikroskopické metody, které dokážou difrakční limit překonat a umožňují tak biologům pomocí fluorescenční mikroskopie zkoumat mnohem menší objekty (malé organely, viriony, proteinové komplexy či dokonce jednotlivé proteiny) než dosud, a to stále za použití viditelného světla. Tato bakalářská práce seznamuje s vybranými superrozlišovacími metodami, jejich principy a možnostmi využití v biologii.
|
|
| |
|
| |
|
|
Metodologická studie setření změn mechanických vlastností kolagenních tkání u pes equinovarus congenitus
Červený, Gustav ; Lopot, František (vedoucí práce) ; Eckhardt, Adam (oponent)
Cílem práce bylo vytvoření a provedení testovacího protokolu pro simultánní detekci mechanických a strukturálních charakteristik vazivové tkáně u PEC. Na základě rešeršních úkolů bylo předpokládáno, že vazivová tkáň se bude na mediální a laterální straně nohy dětí postižených touto deformitou navzájem v těchto doménách lišit. Vzhledem k nízké dostupnosti vzorků, bylo důležité navrhnout a popsat případné úpravy použitého testovacího protokolu pro minimalizaci neúspěšných pokusů měření. Pro experiment tak byl použit jeden vzorek z mediální a jeden vzorek z laterální strany nohy u PEC. Každý ze vzorků byl dále rozdělen na dva. Popsaná a diskutovaná metodika má umožnit čtenáři vhled do úskalí tohoto šetření. Pro zjištění použitelnosti metody byly navrženy a otestovány stanovené hypotézy. Vlastní experiment se skládal z kombinace jednoosé tahové zkoušky na speciálním mikro-testeru a mikroskopického šetření pomocí SHG. Výsledkem experimentu bylo zjištění, že očekávané strukturální rozdíly u vzorků v nenataženém stavu nejsou patrny. Rozdílnost mezi vzorky se projevuje především v nataženém stavu. Nicméně nebyl identifikován trend těchto odlišností. Výsledky jednoosé tahové zkoušky poukazují na vyšší tuhost a vyšší křehkost tkáně na mediální straně nohy. Pro zjištění případného trendu rozdílných...
|
|
|
Deconvolution fluorescence microscopy of yeast cells
Štec, Tomáš ; Plášek, Jaromír (vedoucí práce) ; Heřman, Petr (oponent)
Název práce: Využití dekonvoluce v digitální fluorescenční mikroskopii kvasinek Autor: Tomáš Štec Katedra/ústav: Fyzikální ústav Univerzity Karlovy Vedoucí diplomové práce: prof. RNDr. Jarmoír Plášek, CSc., Fyzikální ústav UK Abstrakt: Fluorescenční mikroskopie představuje rychlou a levnou alternativu k po- kročilejším metodám zobrazování jako jsou konfokální a elektronová mikroskopie. Snímaný obraz je však zatížen velkou mírou zkreslení. Pomocí počítačového zpraco- vání obrazu - dekonvoluce, lze do značné míry eliminovat zkreslení obrazu, čím se umožní rekonstrukce třírozměrné podoby snímaných objektů. V této práci je pod- robně prozkoumána dekonvoluční procedura programu NIS Elements AR, která je následně aplikována na rekonstrukci třírozměrné podoby kvasinek Saccharomyces cerevisiae barvených calcofluorem, s cílem charakterizovat změny vzhledu bunkové stěny v průběhu stárnutí. S rostoucím věkem kvasinky se na povrchu objevují ne- rovnosti, ke konci života dochází i k praskání bunkové stěny. Klíčová slova: fluorescence, mikroskopie, dekonvoluce, NIS Elements AR, calcof- luor, kvasinky, bunková stěna, stárnutí
|
|
|
Reaktivnost křemene v experimentálních maltových tělesech
Kuchyňová, Markéta ; Kuchařová, Aneta (vedoucí práce) ; Vavro, Martin (oponent)
Alkalicko-silikátová reakce (ASR) je jednou z nejničivějších chemických reakcí, které mohou probíhat v betonu a nenávratně jej poškodit. K ASR dochází, pokud jsou splněny následující podmínky: dostatečná vlhkost (> 80 %), dostatečné množství alkálií (Ca2+ , Na+ , K+ ) a reaktivní kamenivo (převážně špatně krystalické, deformované až amorfní formy SiO2). Reaktivní kamenivo, reaguje s vysoce zásaditými pórovými roztoky za vzniku hydrofilních gelů, které zvětšují svůj objem. Reaktivita kameniva je standardně testována pomocí dilatometrických zkoušek. Tyto zkoušky jsou založeny na vytvoření zkušebního tělesa, které je uloženo v prostředí urychlujícím vznik ASR. Délkové změny tělesa jsou způsobeny tvorbou a expanzí alkalicko-silikátových gelů. V rámci diplomové práce byla posouzena náchylnost křemenem bohatých typů hornin k ASR (křemenec, metadroba, kvarcit, pegmatitový křemen) za pomoci mikroskopických (optická mikroskopie, skenovací elektronová mikroskopie kombinovaná s analýzou obrazu) a dilatometrických (ASTM C1260, RILEM AAR-4.1) metod. Horniny byly zařazeny dle reaktivnosti do kategorií podle ASTM C1260 (reaktivní, potenciálně reaktivní, nereaktivní). Reaktivita hornin úzce souvisela s obsahem kryptokrystalické křemenné matrix, velikostí zrn, tvarem hranice zrn a výskytem subzrn či undulózního...
|
|
| |
|
|
Mikroskopie listů různých druhů rodu Bergenia.
Rulfová, Kateřina ; Spilková, Jiřina (vedoucí práce) ; Kašparová, Marie (oponent)
Rostliny rodu Bergenia jsou součástí léčebných prostředků užívaných v ajurvédské medicíně. Důležitou roli hrají i v tradiční lidové medicíně na území Číny, Indie, Mongolska a Ruska. Teoretická část této práce shrnuje nejnovější poznatky a výsledky výzkumů týkajících se tří zástupců rodu Bergenia: Bergenia ciliata (Haw.) Sternb., Bergenia crassifolia (L.) Fritsch a Bergenia ornata Stein. V tomto souhrnu se práce zaměřuje převážně na jejich stávající a potenciální využití v medicíně a farmacii. Extrakt z bergenie je tradičně využíván například k rozpouštění ledvinných kaménků, k léčbě onemocnění respiračního traktu a k zastavení krvácení. Uvedeny jsou i nejdůležitější obsahové látky přítomné v těchto rostlinách, jejich charakteristika a účinky. Bergenie jsou významným zdrojem arbutinu a bergeninu. Bergenin má antitusické, gastroprotektivní a protizánětlivé účinky. Arbutin je využíván při léčbě onemocnění močových cest a v kosmetologii k zesvětlování pleti. Experimentální část práce zahrnuje metodiku přípravy trvalých mikroskopických preparátů z listů vybraných zástupců rodu Bergenia. Z trvalých i nativních preparátů byla zhotovena obrazová dokumentace. Byla popsána příčná stavba listu a stavba pokožky listu, včetně stomatálního indexu. Zdokumentována je také přítomnost krystalů šťavelanu vápenatého v...
|
host ::
RSS.