|
|
Tvorba báze znalostí pro diagnostikování nemoci
Macháček, Daniel ; Steinerová, Kateřina (oponent) ; Jirsík, Václav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá problematikou tvorby báze znalostí. Popisuje základy expertních systémů, jejich funkci a možné využití v dnešním světě. Výsledkem práce je báze aplikovaná ve webovém rozhraní NPS se schopností diagnostikovat nemoci v oboru hematoonkologie, což dokládá reálné využití expertního systému v praxi. Báze znalostí byla vytvořena ve spolupráci s experty v daném odvětví lékařství a obsahuje skutečná data.
|
|
|
Role somatických mutací v patogenezi myelodysplastického syndromu
Minařík, Ľubomír ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Žák, Pavel (oponent) ; Beličková, Monika (oponent)
7 Abstrakt: Myelodysplastické syndromy (MDS) představují soubor závažných hematologických onemocnění charakterizovaných neefektivní klonální hematopoézou v kostní dřeni, vedoucí k cytopenii v periferní krvi, vznikem transfuzní závislosti a s vysokým rizikem progrese do akutní myeloidní leukemie (AML). Onemocnění je podmíněno genetickými a epigenetickými změnami vedoucími ke vzniku patologických kmenových buněk, jež nejsou schopny dostatečně vyzrávat v kostní dřeni do krevních elementů. Tyto změny jsou mezi pacienty velmi rozličné, co se odráží v různé klinické manifestaci, dosažení odpovědi na léčbu, celkovém přežití a v neposlední řadě tato heterogenita představuje i jistou výzvu ke studiu tohoto onemocnění. Podstatou předkládané disertační práce je studium patofyziologických projevů a konsekvencí vybraných genetických změn, především somatických mutací klíčových genů a dalších funkčních jednotek genomu, ve vztahu ke klinickému průběhu MDS a transformace do AML. Terapie vysoce rizikového MDS je aktuálně založena na hypometylačních lécích včetně 5-azacytidinu (AZA). Léčba vede k prodloužení vývoje onemocnění do AML, tento osud je ale nezvratný u drtivé většiny pacientů, kterých prognóza se v tento okamžik stává beznadějnou. Výsledky genetické analýzy pomocí sekvenování nové generace (NGS) sériových vzorků...
|
|
|
Tvorba báze znalostí pro diagnostikování nemoci
Macháček, Daniel ; Steinerová, Kateřina (oponent) ; Jirsík, Václav (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá problematikou tvorby báze znalostí. Popisuje základy expertních systémů, jejich funkci a možné využití v dnešním světě. Výsledkem práce je báze aplikovaná ve webovém rozhraní NPS se schopností diagnostikovat nemoci v oboru hematoonkologie, což dokládá reálné využití expertního systému v praxi. Báze znalostí byla vytvořena ve spolupráci s experty v daném odvětví lékařství a obsahuje skutečná data.
|
|
|
Úloha TGFß a studium prognostických faktorů u pacientů s MDS a AML
Provazníková, Dana ; Fuchs, Ota (vedoucí práce) ; Pohlreich, Petr (oponent) ; Martásek, Pavel (oponent)
Neprokázali jsme žádnou mutaci v kódujících oblastech genů signální dráhy TGF1, ale zjistili jsme sníženou nebo nedetekovatelnou expresi těchto analyzovaných genů. Snížená exprese je zřejmě způsobena epigenetickými změnami, tedy hypermetylací a deacetylací promotorových oblastí těchto genů. Antiproliferační a apoptotický účinek TGF1 byl testován na liniích AML (ML1, ML2, CTV1 a Kasumi1). Rezistence ML2 buněk k inhibici DNA syntézy pomocí TGFβ1 je způsobena jinými faktory než mutacemi genů signalizační dráhy TGFβ1.Zjistili jsme, že zvýšená exprese genu pro SnoN (Ski-like novel gene) na úrovni mRNA i proteinu je zřejmě důvodem této rezistence. Buňky linie Kasumi1 a ML2 byly citlivé k indukci apoptózy vyvolané působením TGFβ1, ale v menší míře než při působení inhibitoru proteazomu, bortezomibu. Rozdílnost odpovědí AML buněk jednotlivých linií odráží velkou heterogenitu akutní myeloidní leukémie (AML) u pacientů s AML. Analýza prognostických faktorů AML s normálním karyotypem potvrdila, že mutace genu CEBPA (CCAAT/enhancer binding protein alpha) jsou příznivým prognostickým faktorem a naopak zvýšená exprese genů pro EVI1 ("Ecotropic Virus Integration Site 1") a ERG ("ETS- related gene") jsou nepříznivým prognostickým faktorem. EVI1 je také negativním markerem u myelodysplastického syndromu (MDS). Nepotvrdili...
|
|
|
Úloha TGFß a studium prognostických faktorů u pacientů s MDS a AML
Provazníková, Dana ; Fuchs, Ota (vedoucí práce) ; Pohlreich, Petr (oponent) ; Martásek, Pavel (oponent)
Neprokázali jsme žádnou mutaci v kódujících oblastech genů signální dráhy TGF1, ale zjistili jsme sníženou nebo nedetekovatelnou expresi těchto analyzovaných genů. Snížená exprese je zřejmě způsobena epigenetickými změnami, tedy hypermetylací a deacetylací promotorových oblastí těchto genů. Antiproliferační a apoptotický účinek TGF1 byl testován na liniích AML (ML1, ML2, CTV1 a Kasumi1). Rezistence ML2 buněk k inhibici DNA syntézy pomocí TGFβ1 je způsobena jinými faktory než mutacemi genů signalizační dráhy TGFβ1.Zjistili jsme, že zvýšená exprese genu pro SnoN (Ski-like novel gene) na úrovni mRNA i proteinu je zřejmě důvodem této rezistence. Buňky linie Kasumi1 a ML2 byly citlivé k indukci apoptózy vyvolané působením TGFβ1, ale v menší míře než při působení inhibitoru proteazomu, bortezomibu. Rozdílnost odpovědí AML buněk jednotlivých linií odráží velkou heterogenitu akutní myeloidní leukémie (AML) u pacientů s AML. Analýza prognostických faktorů AML s normálním karyotypem potvrdila, že mutace genu CEBPA (CCAAT/enhancer binding protein alpha) jsou příznivým prognostickým faktorem a naopak zvýšená exprese genů pro EVI1 ("Ecotropic Virus Integration Site 1") a ERG ("ETS- related gene") jsou nepříznivým prognostickým faktorem. EVI1 je také negativním markerem u myelodysplastického syndromu (MDS). Nepotvrdili...
|
|
|
Fetální hemoglobin u pacientů s myelodysplastickým syndromem.
Staňková, Nora ; Beličková, Monika (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent)
4 Abstrakt Cíl Stanovení exprese gama globinového genu HBG1 u pacientů s myelodysplastickým syndro- mem (MDS) v pluripotentních hematopoetických buňkách CD34+ a souvislost výše exprese genu HBG1 s jednotlivými podtypy onemocnění MDS. Dále detekce bodových polymorfis- mů rs 4671393 a rs 11886868 u těchto pacientů a u zdravých dárců české populace a zjištění souvislosti mezi výskytem výše uvedených polymorfismů a zvýšenou expresí genu HBG1, jak bylo u některých hematologických onemocnění prokázáno. Soubor Zdrojem genetického materiálu pro zjištění exprese genu HBG1 bylo 80 vzorků RNA vyizo- lovaných z hematopoetických pluripotentních CD 34+ buněk pacientů s MDS. Jako vzorky zdravé kontroly bylo použito 6 vzorků komerčně zakoupených buněk CD 34+ od firmy Lonza. Zdrojem genetického materiálu pro detekci polymorfismů bylo 140 vzorků DNA vyizolované z granulocytů pacientů s MDS a dále 49 vzorků DNA vyizolované z granulocytů periferní krve od zdravých dárců české populace. Metody Pro stanovení exprese genu HBG1 i detekci bodových polymorfismů byla využita metoda Real-Time PCR. Ke zjištění výše exprese byl využit Taqman Gene Expression Assay a výsledky byly hodnoceny pomocí komparativní metody ΔΔCT. Pro detekci bodových polymorfismů byl využit TaqMan Genotyping Assay. Výsledky Zvýšená exprese genu HBG1 se...
|
host ::
RSS.