|
|
Specific heme interaction modulates the conformational dynamics and function of p53
Sergunin, Artur ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Dračínská, Helena (oponent)
Tumor supresor p53 je jedním z nejvíce studovaných proteinů v souvislosti s rakovinou a mechanismem jejího vzniku. Obecná funkce p53 spočívá v transkripční regulaci celé řady genů, které různými způsoby ovlivňují velké množství buněčných procesů. Nedávné studie odhalily vztah mezi p53 a homeostázou železa v buňce. Konkrétně, bylo ukázáno, že p53 je schopen interagovat s molekulou hemu a tato interakce vede ve výsledku k narušení DNA- vazebných schopností p53 a podporuje jeho proteazomální degradaci. Tato práce se zabývá podrobným popisem vazby molekuly hemu na p53. Za tímto účelem jsme izolovali dvě formy proteinu p53, bez hemu a s navázaným hemem. Zjistili jsme, že se liší konformační dynamika obou forem s tím, že forma s hemem vykazuje vyšší stupeň flexibility. Taktéž jsme potvrdili dřívější práce, že hem reaguje s p53 specificky a této interakce se účastní cysteinový zbytek. Nicméně, bylo zjištěno, že vazba hemu žádným způsobem nenarušuje oligomerní stav p53 a ani jeho přirozenou schopnost vázat zinek. Nakonec jsme ukázali, že p53 s navázaným hemem má značně narušené DNA-vazebné schopnosti v porovnání s p53 bez hemu. Klíčová slova: hem, senzorové proteiny, protein p53, transkripční faktor, vnitřně neu- spořádané proteiny
|
|
|
Strukturní charakterizace vybraných náhodných proteinových sekvencí s vysokým obsahem neuspořádanosti
Ptáčková, Barbora ; Hlouchová, Klára (vedoucí práce) ; Šilhán, Jan (oponent)
Nepatrná část prakticky nekonečného sekvenčního prostoru dosáhla během evoluce obrovské funkční rozmanitosti proteinů. Jako nejpravděpodobnější předchůdci dnešních proteinů jsou díky konformační rozmanitosti a funkční promiskuitě považovány vnitřně neuspořádané proteiny (IDPs), které nezaujímají plně definovanou trojrozměrnou strukturu. Jak se však tyto proteiny dále vyvíjely do mnohdy rigidních a vysoce specializovaných proteinových struktur? Tato evoluční trajektorie nachází největší podporu v teorii indukovaného foldu, podle které byl vývoj struktury zprostředkován interakcí a koevolucí primordiálních nestrukturovaných proteinů s různými kofaktory či molekulami RNA. Ačkoli jsou některé náhodné sekvence z přírodou nevyužívaného sekvenčního prostoru také schopny tvořit funkční proteiny se sekundární a terciální strukturou, jako vhodnější kandidáti pro vývoj struktury a funkce se dnes zdají být náhodné sekvence s vysokým obsahem neuspořádanosti, které mají nižší tendenci k agregaci. Právě vybrané náhodné proteinové sekvence s vysokým obsahem neuspořádanosti byly v této práci strukturně charakterizovány pro jejich další využití při evolučních studiích. Na základě předchozí studie v naší laboratoři byly vybrány tři arteficiální proteiny z knihovny náhodných sekvencí. Ty byly v předkládané práci...
|
host ::
RSS.