|
|
Testování působení chemických látek na viabilitu buněčných linií
Zemanová, Anita ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce pojednává o vlivu vybraných chemických látek na viabilitu buněčných linií. V teoretické části práce jsou rozebrány poznatky o možnostech léčby rakoviny pomocí chemoterapeutik včetně jejich mechanismu působení a nežádoucích účinků. Dále jsou zde popsány alternativní struktury DNA se zaměřením na G-kvadruplexy a ligandy, které s G-kvadruplexy interagují. Tyto látky jsou považovány za slibná léčiva při boji proti rakovině díky jejich vysoké specifitě vůči G-kvadruplexům nacházejících se v telomerách chromozomů. Ligandy interagující s G-kvadruplexy stabilizací G-kvadruplexů mohou inhibovat enzym telomerasu nezbytnou pro prodlužování telomer rychle se dělících nádorových buněk. Dále jsou v teoretické části shrnuty možnosti testování viability. Cílem experimentální části bylo porovnání cytotoxické aktivity mezi komerčně dostupnými chemoterapeutiky a vybranými ligandy interagující s G-kvadruplexy. Dalším úkolem bylo studium apoptózy a nekrózy po působení vybraných chemických látek na buněčné linie a následně proběhla i lokalizace ligandů interagujících s G-kvadruplexy v buňkách nádorové buněčné linie karcinomu prsu. V rámci experimentální části bylo zjištěno, že ligandy interagující s G-kvadruplexy vykazují podobnou cytotoxickou aktivitu jako komerčně dostupná chemoterapeutika.
|
|
|
Vliv přírodních látek z čaje na G-quadruplexy a vazebné a transaktivační vlastnosti proteinu p53
Foltanová, Klára ; Řeháková, Veronika (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Nádorový supresorový protein p53 patří mezi nejdůležitější regulátory buněčného cyklu při poškození DNA. Kromě zástavy buněčného cyklu a navození apoptózy, interaguje protein p53 s jinými proteiny a DNA. Mutace genu TP53 kódující protein p53 jsou společným znakem lidské rakoviny. Tato bakalářská práce zkoumá přírodní látky z čaje, které by mohly hrát pozitivní roli v aktivaci proteinu p53 u nádorových onemocnění a uplatnit se v podpoře léčby těchto onemocnění. V teoretické části bakalářské práce byly popsány sekundární struktury DNA, konkrétně struktura a vlastnosti G-kvadruplexů, dále protein p53 a jeho vazebná aktivita k sekundárním strukturám DNA. Byly popsány vybrané přírodní látky vyskytující se v čajích a potravinách – kyselina gallová a apigenin. Cílem experimentální části této práce bylo ověřit schopnost těchto látek interagovat s G-kvadruplexy in vitro a tím je stabilizovat v kvasinkovém modelu a posoudit následný vliv na intenzitu účinku transkativace proteinu p53. Interakce kvartérních struktur s G4 ligandy byla ověřena in vitro pomocí ThT fluorescenčního testu a luciferázového reportérového testu. Bylo zjištěno, že G4 ligandy o koncentraci 30 M po 20 hodinách inkubace nevykazovaly výraznější vliv na testované kvasinkové kultury. Při koncentraci G4 ligandů 60 M bylo pozorováno navýšení produkce proteinu p53, vlivem buněčného stresu způsobeného přítomností G4 ligandů.
|
|
|
Přítomnost a lokalizace lokálních DNA struktur v genomu Schizosaccharomyces pombe
Kubínová, Michaela ; Šedrlová, Zuzana (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Práce se zaměřuje na analýzu lokálních struktur DNA (křížových struktur a kvadruplexových struktur) v genomu Schizosaccharomyces pombe - kvasinky významné v potravinářském průmyslu. Přítomnost těchto struktur v DNA není náhodná. Na základě dříve provedených studií bylo zjištěno, že často kolokalizují s regulačními oblastmi genů a že úloha těchto sekundárních struktur v regulaci základních buněčných procesů (například replikaci či transkripci) je významná. Tato analýza byla provedena pomocí specializovaných bioinformatických nástrojů (G4Hunteru a Palindrome Analyseru), které mi umožnily tyto struktury identifikovat a následně analyzovat z hlediska jejich výskytu a lokalizace. V mtDNA bylo nalezeno mnohonásobně méně IR ve srovnání s výskytem IR v chromozomech. Bylo také zjištěno, že počet i frekvence PQS v mtDNA je velmi nízká. Od kvasinky S. cerevisiae se v tomto ohledu velmi liší. Dále bylo zjištěno, že počet nalezených IR se snižuje s rostoucí délkou IR a asi 17% IR nemá smyčku. Velké obohacení IR bylo zaznamenáno v oblasti repeat_region a rRNA, v případě PQS v oblasti rRNA a mRNA, tedy v sekvencích důležitých pro biologické procesy buňky.
|
|
|
Vliv indolových alkaloidů na vybrané buněčné linie a DNA struktury
Dobrovolná, Michaela ; Hoová, Julie (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
G-kvadruplexy (G4) jsou sekundární struktury DNA tvořené seskupením guaninů, u kterých bylo prokázáno, že hrají roli v mnoha biologických funkcích, včetně regulace načasování replikace a potlačení exprese onkogenů. V této práci byly testovány čtyři rostlinné alkaloidy (harmin, harman, harmalin a brucin), jako potenciální G4 ligandy, které by mohly regulovat, indukovat, nebo konvertovat různé topologie G4. Dále byl studován jejich vliv na buněčné linie kožních fibroblastů HDF164 a karcinomu prsu MCF-7, u kterých byl prokázán na dávce závislý mechanismus inhibice růstu. U harminu, harmalinu a brucinu byla potvrzena interakce s paralelním G4 promotoru protoonkogenu c-Myc, u harminu, harmanu a harmalinu s hybridním G4 telomerické DNA. Navíc byla ověřena schopnost testovaných sloučenin interagovat s dvouřetězcovou DNA telecího brzlíku (ctDNA) pomocí UV-Vis absorpční spektroskopie. Metylační test ukázal, že DNA buněk MCF 7 ošetřených harminem a brucinem byla hypermetyovaná.
|
|
|
Testování působení chemických látek na viabilitu buněčných linií
Zemanová, Anita ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Brázda, Václav (vedoucí práce)
Tato diplomová práce pojednává o vlivu vybraných chemických látek na viabilitu buněčných linií. V teoretické části práce jsou rozebrány poznatky o možnostech léčby rakoviny pomocí chemoterapeutik včetně jejich mechanismu působení a nežádoucích účinků. Dále jsou zde popsány alternativní struktury DNA se zaměřením na G-kvadruplexy a ligandy, které s G-kvadruplexy interagují. Tyto látky jsou považovány za slibná léčiva při boji proti rakovině díky jejich vysoké specifitě vůči G-kvadruplexům nacházejících se v telomerách chromozomů. Ligandy interagující s G-kvadruplexy stabilizací G-kvadruplexů mohou inhibovat enzym telomerasu nezbytnou pro prodlužování telomer rychle se dělících nádorových buněk. Dále jsou v teoretické části shrnuty možnosti testování viability. Cílem experimentální části bylo porovnání cytotoxické aktivity mezi komerčně dostupnými chemoterapeutiky a vybranými ligandy interagující s G-kvadruplexy. Dalším úkolem bylo studium apoptózy a nekrózy po působení vybraných chemických látek na buněčné linie a následně proběhla i lokalizace ligandů interagujících s G-kvadruplexy v buňkách nádorové buněčné linie karcinomu prsu. V rámci experimentální části bylo zjištěno, že ligandy interagující s G-kvadruplexy vykazují podobnou cytotoxickou aktivitu jako komerčně dostupná chemoterapeutika.
|
host ::
RSS.