|
|
Characterization of scanning transmission electron microscopy images of thin biological sections
Novotná, Veronika ; Nebesářová,, Jana (oponent) ; Krzyžánek, Vladislav (vedoucí práce)
This master´s thesis describes physical principles of the TEM, the SEM and the STEM and their suitability for observation of electron-sensitive samples (embedding media, biological specimens). The interaction between the incident electron beam and the sample is also discussed, as well as the sample preparation for the STEM (TEM). Furthermore, a description of microscopic image processing is included with a section about quantitative comparison of the STEM images. The thesis is focused on the mass loss of pure embedding media (Epon, Spurr, LR White) caused by the electron beam in the low voltage STEM. The samples of different thicknesses were investigated using different microscope settings (acceleration voltage, total dose, probe current, cleaning of the sample surface and specimen chamber) and the STEM imaging modes (bright-field, dark-field). Furthermore, biological samples of Euglena gracilis embedded in Epon and Spurr are examined. Collected images, created algorithms and obtained results are widely discussed.
|
|
|
Charakterizace centrinů Euglena gracilis a jejich úloha v metabolii
Šmída, Adam ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Pergner, Jiří (oponent)
Euglena gracilis je jednobuněčný volně žijící sladkovodní bičíkovec řadící se do třídy Euglenida (Euglenozoa, Discoba, Excavata). Synapomorfií skupiny Euglenida je jejich pelikula, pevná vrstva pod povrchem buňky, strukturovaná do tenkých proteinových pruhů zvaných pelikulární stripy, které jsou do sebe zakleslé a probíhají pod plazmatickou membránou po celém povrchu buňky. U E. gracilis jsou tyto stripy schopné se navzájem paralelně posouvat, tím dochází ke kontrakci měnící tvar buňky, což vytváří pro eugleny charakteristický peristaltický pohyb zvaný metabolie. Mechanismus tohoto pohybu není objasněn, předpokládá se ale, že se síla generuje v oblasti pod pelikulárním stripem, kde se nachází různé cytoskeletární komponenty jako mikrotubuly či jiná dosud nespecifikovaná cytoskeletární vlákna. Tato práce testuje hypotézu, že za pohybem pelikuly stojí kontrakce pomocí centrinů. Tyto malé proteiny schopné vázat vápenaté ionty jsou evolučně velmi konzervované a účastní se mnoha procesů v eukaryotických buňkách. Mohou být právě také součástí různých kontraktilních struktur protist jako například u nálevníků rodu Vorticella či Paramecium. V transkriptomu E. gracilis byly vyhledány sekvence centrinů a v porovnání s dostupnými daty proteomů pelikuly byl nalezen jediný kandidát. Tento centrin byl úspěšně in...
|
|
|
Praktické úlohy z biologie jednobuněčných organismů (Protista) pro základní školy s důrazem na využití barvicích technik
Šalounová, Jana ; Mourek, Jan (vedoucí práce) ; Říhová, Dagmar (oponent)
3 Abstrakt Hlavní náplní mé diplomové práce bylo vytvoření vlastních návrhů laboratorních prací z biologie jednobuněčných (Protista). Laboratorní cvičení jsem navrhovala tak, aby je zvládli žáci 6. ročníků základních škol. Vytvoření návrhů laboratorních cvičení předcházela práce v laboratoři na UK v Praze Pedagogické fakultě, na katedře biologie a environmentálních studií. V laboratoři jsem ověřovala metody kultivace vybraných zástupců trepka velká (Paramecium caudatum), měňavka velká (Amoeba proteus) a krásnoočko štíhlé (Euglena gracilis) a vybrané metody barvení jejich organel. Klíčová slova: prvoci, trepka velká (Paramecium caudatum), měňavka velká (Amoeba proteus), krásnoočko štíhlé (Euglena gracilis), kultivace, barvení
|
|
|
Characterization of scanning transmission electron microscopy images of thin biological sections
Novotná, Veronika ; Nebesářová,, Jana (oponent) ; Krzyžánek, Vladislav (vedoucí práce)
This master´s thesis describes physical principles of the TEM, the SEM and the STEM and their suitability for observation of electron-sensitive samples (embedding media, biological specimens). The interaction between the incident electron beam and the sample is also discussed, as well as the sample preparation for the STEM (TEM). Furthermore, a description of microscopic image processing is included with a section about quantitative comparison of the STEM images. The thesis is focused on the mass loss of pure embedding media (Epon, Spurr, LR White) caused by the electron beam in the low voltage STEM. The samples of different thicknesses were investigated using different microscope settings (acceleration voltage, total dose, probe current, cleaning of the sample surface and specimen chamber) and the STEM imaging modes (bright-field, dark-field). Furthermore, biological samples of Euglena gracilis embedded in Epon and Spurr are examined. Collected images, created algorithms and obtained results are widely discussed.
|
host ::
RSS.