|
|
Optimalizace koncentrace chloridu vápenatého pro odstranění polysacharidové kontaminace při izolaci rostlinné DNA
Frnčová, Ekaterina ; Šlosárová, Katarína (oponent) ; Fialová, Lenka (vedoucí práce)
Největší potíž při izolaci DNA je přítomnost kontaminujících látek, které způsobují nežádoucí účinky. V ovoci nejrozšířenějšími kontaminanty jsou polysacharidy. Spolu s dalšími látkami (například proteiny nebo fenolické látky) můžou zkreslovat výsledky při spektrofotometrickém stanovení čistoty nebo působit jako inhibitory při PCR analýze. Cílem této práce bylo zkoumaní vlivu různých koncentrací chloridu vápenatého na proces izolace DNA. V experimentální části byla izolovaná DNA z jablka pomocí různě koncentrovaných roztoků chloridu vápenatého. Izolace byla provedena čtyřikrát a pokaždé byl vzorek upraven různými způsoby. Bylo zjištěno, že použitá izolační metoda funguje jenom na vzorku, který byl předem lyofilizován. Izolace DNA z čerstvého plodu poskytovala velmi nízké výtěžky. Pravděpodobně to bylo způsobeno velkým obsahem vody ve vzorku a podíl pevné složky byl menší. Následně byly provedeny PCR analýza a elektroforéza pro zjištění amplifikovatelnosti izolované DNA. Pro tyto analýzy byly použity dvě sady primerů s různou specifitou. Při použití 100 mM roztoku CaCl2 byla potvrzena amplifikovatelnost pouze při použití primerů specifických pro DNA jabloně. U ostatních vzorků byly prokázány amplifikovatelnost při použití obou typů primerů. Pravděpodobně, vzorky izolovány pomocí 100 mM roztoku CaCl2 měly větší množství inhibitorů, které neovlivňují všechny PCR reakce stejně, což také může ukazovat na malou účinnost tohoto množství CaCl2.
|
|
|
Testování a optimalizace postupů pro odstraňování kontaminujících látek během izolace DNA z květů ibišku
Brabcová, Martina ; Kubalová, Michaela (oponent) ; Fialová, Lenka (vedoucí práce)
Ibišek súdánský (Hibiscus sabdariffa) je hojně využívaná rostlina v potravinářském průmyslu, zejména při výrobě čajů. Květ ibišku je bohatý na polyfenolické látky, které jsou velkým problémem při izolaci DNA. Práce se zabývá úpravou izolačního CTAB protokolu k zajištění dostatečné koncentrace a čistoty pro amplifikaci. DNA izolovaná dle CTAB protokolu neposkytla dostatečnou koncentraci a čistotu pro amplifikaci kvůli vysoké kontaminaci polyfenolickými látkami. K odstranění byl navrhnut postup s dvojitou inkubací rostlinné tkáně v CTAB pufru s 3% obsahem polyvinylpyrrolidonu (PVP). Tyto izoláty byly úspěšně amplifikovány. Dále byl sledován vliv koncentrace PVP (1-5 %) v CTAB pufru na koncentraci a čistotu izolované DNA. Výsledky PCR ukázaly, že dvojitá inkubace s CTAB pufrem měla větší vliv na odstranění polyfenolických látek, než změna koncentrace PVP. Modifikovaný izolační protokol byl následně úspěšně využit i k izolaci amplifikovatelné DNA z komerčních čajových směsí.
|
|
|
Evaluace přítomnosti probiotických bakterií v potravinovém doplňku pomocí molekulárně biologických metod
Dvornyi, Nikolai ; Brázda, Václav (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
Probiotika jsou prospěšné mikroorganismy, které při správném podávání schopny přinášet hostiteli zdravotní benefity, například podporu trávení a posílení imunitního systému. Jejich účinnost a přínosy závisí na konkrétním kmenu mikroorganismu. Proto je velmi důležitě mít metody rychlé a spolehlivé pro identifikaci MO. Tyto kmeny jsou často z rodů Lactobacillus, Bifidobacterium, a představují přirozené hostiteli gastrointestinálního traktu. Tato bakalářská práce se zaměřuje na identifikaci probiotických bakterií v komerčně dostupném doplňku stravy Linex® Forte pomocí molekulárně biologických metod, především polymerázové řetězové reakce (PCR). Cílem bylo ověřit přítomnost deklarovaných probiotických kultur Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium animalis, a porovnat výsledky s údaji uvedenými výrobcem. K tímto účelům byly použity dvě metody izolace DNA: fenolchloroformová extrakce a komerční purifikační kit OMNI International. Následně byla izolovaná DNA analyzována pomocí doménově, rodově a druhově specifické PCR. Výsledky ukazují, že použité metody jsou vhodné pro identifikaci probiotických bakterií a potvrzují jejich přítomnost ve vybraném výrobku.
|
|
|
Využití techniky PCR pro stanovení přítomnosti probiotických baktérií v komerčním produktu osobní hygieny
Horobets, Yuliia ; Fialová, Lenka (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
Probiotické bakterie byly tradičně používány v potravinářském průmyslu, avšak v současnosti jsou také široce aplikovány k prevenci a léčbě různých onemocnění. Rostoucí počet důkazů o účinnosti bakterií rodu Lactobacillus v ústní dutině vedl k aplikaci probiotických kmenů tohoto rodu v ústních vodách a jiných produktech osobní hygieny. V rámci této bakalářské práci DNA byla izolována dvěma metodami, následně kvantifikovaná spektrofotometricky a amplifikována pomocí konvenční PCR. Výsledky polymerázové řetězové reakce byly detekovány prostřednictvím gelové elektroforézy. Přítomnost bakterií probiotických druhů Lactobacillus delbrueckii, Lactobacillus plantarum a Lactobacillus pentosus byla ověřená.
|
|
|
Ověření přítomnosti probiotických baktérií v kosmetickém přípravku pomocí techniky polymerázové řetězové reakce (PCR)
Raevskaya, Vera ; Kroupová, Zuzana (oponent) ; Smetana, Jan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zaměřuje na ověření přítomnosti probiotických bakterií v kosmetickém přípravku pomocí techniky polymerázové řetězové reakce (PCR). Teoretická část poskytuje přehled o probiotikách, jejich aplikaci v kosmetice a vlivu na stav pokožky. Dále jsou zde popsány nejčastěji používané molekulárně-biologické metody identifikace probiotických organismů. V praktické části se práce zaměřuje na izolaci bakteriální DNA z kosmetického přípravku a její následnou amplifikaci metodou PCR. Amplifikované produkty byly analyzovány pomocí elektroforézy na agarózovém gelu a detekovány UV zářením. Výsledky ukázaly přítomnost bakterií rodů Lactobacillus a Bifidobacterium, avšak nebyla potvrzena přítomnost bakterií rodu Lactococcus, které byly deklarovány výrobcem spolu s výše uvedenými rody.
|
|
|
Selektivní izolace bakterií rodu Bifidobacterium z potravin
Mizerovská, Lucie ; Šárka, Havlíková (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Probiotické bakterie mléčného kvašení (BMK) jsou ve velké míře využívány v potravinářském průmyslu například při výrobě mléčných výrobků, sýrů a fermentovaných salámů, dále se využívají ke konzervaci zeleniny. V diplomové práci byly testovány synbiotické doplňky stravy od různých výrobců. Byla provedena izolace celkové DNA z hrubých lyzátů buněk pomocí magnetických nosičů P(HEMA-co-GMA) ze šesti doplňků stravy. Ze všech výrobků byla izolována DNA v kvalitě pro polymerázovozu řetězovou reakci (PCR). V souladu s údaji deklarovanými výrobcem byla pomocí PCR prokázána přítomnost bakterií rodu Bifidobacterium. Dále byla provedena imunomagnetická separace buněk rodu Bifidobacterium ze dvou výrobků a jejich identifikace pomocí PCR. U obou výrobků byla prokázána přítomnost bakterií rodu Bifidobacterium.
|
|
|
Studium genomu kvasinek rodu Metchnikowia pomocí molekulárních metod
Schneiderwindová, Nicole ; Skoumalová, Petra (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
Kvasinky rodu Metschnikowia patřící do čeledě Metschnikowiacea jsou kvasinky vyznačující se vegetativním rozmnožováním prostřednictvím multilaterálního pučení. Jsou to kvasinky v přírodě značně rozšířené. Dosud bylo definováno více než 35 druhů vyskytujících se ve volné přírodě. Nejčastěji se vyskytují na květech, ovoci, ale také na hmyzu či kůži člověka. Mají širokou škálu využití díky svým antimykotickým účinkům v polnohospodářství i kosmetickém průmyslu. Tato bakalářská práce se zabývá studiem využití molekulárních metod k charakterizaci vybraných druhů kvasinek rodu Metschnikowia. Je zaměřená na podrobný popis struktury buňky kvasinek, jejich karyotyp a způsob rozmnožování v teoretické části práce, v praktické části pak na optimalizaci a popis molekulárních metod zahrnujících metody pulzní gelové elektroforézy, které se používají k separaci genomu kvasinek a jejich následnému podrobení pozorování změn jednotlivých částí genomu i genomu jako celku. Nejdříve proběhla kultivace kvasinek za speciálních podmínek, které jsou charakteristické pro kvasinky rodu Metschnikowia, dále za pomocí metod vhodných pro izolaci DNA byla izolována DNA kvasinek, která byla dále podrobena zkoumání pomocí molekulární metody PFGE. Postup izolace DNA byl nejdříve optimalizován pro jednotlivé kmeny kvasinek, jelikož bylo potřeba ověřit potřebný poměr low melting agarosy ku izolované DNA a také správnou koncentraci použitých lyzačních enzymů, aby vzniklé gelové bločky byly vhodné pro měření pomocí PFGE analýzy. Pomocí optimalizace metody se podařilo vytvořit ideální bločky vyizolované DNA kvasinek, které byly následně podrobeny PFGE analýze. Bylo provedeno několik měření PFGE v různých časových intervalech, aby bylo možné oddělit chromozomy kvasinek malých i větších velikostí. Pro měření byl použit CHEF standard kvasinky Hansenula wingei a standard kvasinky Schizosaccharomyces pombe. Dle výsledků měření lze určit, že postup izolace DNA kvasinek a následná analýza pomocí pulzní gelové elektroforézy byly úspěšné, jelikož se podařilo určit počet chromozomů všech použitých druhů kvasinek rodu Metschnikowia.
|
|
| |
|
|
Authenticity of natural plant component in cosmetics products
Kubalová, Michaela ; Fialová, Lenka (oponent) ; Němcová, Andrea (vedoucí práce)
The purpose of this thesis was to study the authenticity of selected natural ingredients in cosmetic products. These were specifically cosmetic products that contained citruses, mint or lavender. Commercially available isolation kits were used for DNA isolation. The presence of plant origin DNA was verified by PCR method using primers specific for the ITS2 region of plants. The presence of limonene, a significant allergen contained in said plants, was determined in the samples by PCR method using primers for limonene synthase. At the same time, its presence was verified by HPLC method. In addition, two primers were tested for lavender and monitored for their efficacy, with no significant difference in the usage.
|
|
|
Identifikace bakterií mléčného kvašení v kysaných mléčných výrobcích s využitím amplifikačních metod
Tycová, Martina ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Polymerázová řetěžová reakce (PCR) je molekulární diagnostická metoda, která umožňuje identifikaci bakterií mléčného kvašení používaných v potravinářském průmyslu. V této práci byla použita PCR pro identifikaci bakterií druhu Streptococcus thermophilus v 10-ti náhodně vybraných komerčně dostupných kysaných mléčných výrobcích a pro identifikaci druhu Streptococcus thermophilus v 25 lyofilizátech kmenů získaných ze Sbírky mlékařských kultur Laktoflóra (CCDM, Tábor, CZ). Druhově specifické PCR primery byly cíleně vybrány z oblastí 16S rDNA. PCR produkty (968bp) byly detekovány použitím elektroforézy na 1,2 % agarózovém gelu. Bakteriální DNA byla izolována z hrubých lyzátů buněk magnetickými nosiči P(HEMA-co-GMA) obsahujícími karboxylové skupiny. DNA byla vratně navázána na jejich povrch v přítomnosti vysoce koncentrovaného polyethylenglykolu (PEG 6000) a chloridu sodného. Metoda fenolové extrakce DNA byla použita jako kontrolní. Pomocí metody PCR byly identifikovány bakterie druhu Streptococcus thermophilus ve v všech analyzovaných vzorcích.
|
host ::
RSS.