|
|
Metody vícenásobného zarovnávání nukleotidových sekvencí
Trněný, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Ke správnému pochopení vlastností a účelu biologických sekvencí je nezbytně nutné mít možnost je mezi s sebou porovnávat a ze získaných informací vyvozovat jejich vlastnosti, účel a evoluční historii. K rozšíření již existující báze znalostí mohou velkou mírou přispět metody pro vícenásobné zarovnávaní sekvencí, které umožňují nahlížet na již známá fakta ve zcela novém světle dosud neznámých informací o vztazích mezi často na první pohled nepodobnými sekvencemi. Pro provádění této analýzy proto bylo navrženo několik algoritmů, na jejichž základě následně vznikly programy umožňující komplexní analýzu obsáhlých dat. Jedním z nich je algoritmus progresivního zarovnání, který je v rámci této práce implementován.
|
|
|
Influence of Clustal W hyperparameters in multiple sequences alignment for AlignRUDDER
GANZ, Marlene
Reinforcement learning algorithms suffer from the delayed reward problem and usually only perform well when being trained with vast amounts of data. AlignRUDDER overcomes this problem by using a multiple sequence alignment for the initialization performed with ClustalW. In this thesis we work with different datasets and AlignRUDDER to search for optimal align ment hyperparameters for reinforcement learning problems.
|
|
|
Fylogenetická analýza a molekulární detekce koronavirů
MARHOUNOVÁ, Lucie
Cílem této bakalářské práce bylo seznámení se s tvorbou fylogenetických stromů, které popisují vztahy mezi koronaviry, porovnání a posouzení vhodnosti používaných a navrhnutých primerů pro detekci nového typu koronaviru SARS-CoV-2. Dle fylogenetických stromů lze určit evoluční vztah zkoumaných organismů, které v průběhu evoluce podléhají změnám ve svých sekvencích tzv. mutacím. Tyto změny určují jejich vývoj. Teoretická část bakalářské práce byla zaměřena na obecné seznámení se s viry a následně koronaviry, kam se nově řadí SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 představoval a pořád představuje velkou hrozbu pro celý svět. Dále byla probraná problematika fylogenetiky a na závěr detekční metoda PCR. V praktické části byly vytvořeny fylogenetické stromy pomocí počítačového programu MEGA-X za využití metody Neighbor-Joining, které zkoumaly fylogenetické vztahy mezi koronaviry zaměřené hlavně na SARS-CoV-2. Nejbližší koronaviry tohoto nového typu koronaviru SARS-CoV-2 byly dále porovnávány pomocí speciálního softwaru BLAST, který uváděl procentuální shodu studovaných sekvencí. Během těchto analýz se zjistilo, že SARS-CoV-2 je nejvíce podobný netopýřímu koronaviru RaTG13. Primery, které se běžně používají při detekci SARS-CoV-2 nejsou zveřejňovány, proto byly použity primery z webové aplikace CoVrimer, kde jsou dostupné primery, které byly použity pro vědecké výzkumy. Ty byly porovnány s návrhem primerů. Návrh byl proveden v rámci řešení bakalářské práce pomocí speciální aplikace Pirmer-BLAST. Primery, které byly získány z aplikace CoVrimer, nebyly navrženy pro komplexní rozlišení všech studovaných variant SARS-CoV-2.
|
|
|
Metody vícenásobného zarovnávání nukleotidových sekvencí
Trněný, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Ke správnému pochopení vlastností a účelu biologických sekvencí je nezbytně nutné mít možnost je mezi s sebou porovnávat a ze získaných informací vyvozovat jejich vlastnosti, účel a evoluční historii. K rozšíření již existující báze znalostí mohou velkou mírou přispět metody pro vícenásobné zarovnávaní sekvencí, které umožňují nahlížet na již známá fakta ve zcela novém světle dosud neznámých informací o vztazích mezi často na první pohled nepodobnými sekvencemi. Pro provádění této analýzy proto bylo navrženo několik algoritmů, na jejichž základě následně vznikly programy umožňující komplexní analýzu obsáhlých dat. Jedním z nich je algoritmus progresivního zarovnání, který je v rámci této práce implementován.
|
host ::
RSS.