|
|
Rekombinantní expresse chloridového kanálu z E. coli a jeho strukturní charakterizace
Hausner, Jiří ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Vrbacký, Marek (oponent)
Proteinová rodina chloridových kanálů zastává významnou funkci pro fyziologické pochody v organismu. Mechanismus jejich působení však ještě nebyl zcela vyřešen. Poškození, či mutace těchto proteinů vyvolávají závažná onemocnění, k jejichž léčbě by mohlo pomoci právě popsání transportních mechanismů těchto kanálů. Jelikož se savčí chloridové kanály obtížně produkují, jsou experimenty prováděny na prokaryotických variantách, jejichž struktura je známa a produkují se s vysokým výtěžkem. Většina experimentů je dnes prováděna staticky pomocí krystalografie. V této práci jsme se zaměřili na studium strukturních změn chloridového kanálu z E. coli pomocí vodík/deuteriové výměny. Tato metoda umožňuje dynamicky sledovat změny konformace proteinu v závislosti na pH a navázaných iontech. Experimenty byly prováděny za protonovaného (pH 4,5) a deprotonovaného stavu (pH 7,5) a za přítomnosti rozličných aniontů: Cl− , SCN− , I− , F− , TAR.(tartarový aniont). Data, která jsme získali, potvrzují některé teorie ohledně funkce chloridového kanálu jako Cl− /H+ antiporteru a přinášejí i nové poznatky. Předmětová slova biochemie, struktura proteinů, vodík/deuteriová výměna, hmotnostní spektrometrie Klíčová slova chloridový kanál, hmotnostní spektrometrie, vodík/deuteriová výměna, rekombinantní exprese, purifikace proteinů,
|
|
|
Studium proteomu dentinu lidských zubů
Zettlová, Ludmila ; Jágr, Michal (vedoucí práce) ; Vrbacký, Marek (oponent)
Analýza proteomu dentinu v lidských zubech dospělých jedinců byla provedena za účelem optimalizace analýzy proteinů zubního dentinu metodou dvourozměrné gelové elektroforézy (2-DE). Zuby moudrosti byly očištěny, rozdrceny a extrahovány v guanidinovém a EDTA pufru. Extrahované proteiny byly separovány 2-DE, naštípány trypsinem na peptidy a následně bylo ve vzorcích pomocí nLC MS/MS identifikováno celkem 7 proteinů. Využití IPG stripů s různou škálou oblasti pH gradientu a následné srovnání 2 DE gelů bohužel nepřineslo významné nové informace, neboť byly identifikovány především keratiny, kolageny a sérový albumin.
|
|
|
Příprava rekombinantních extracelulárních domén lidských leukocytárních receptorů LLT1 a NKR-P1A
Vostárek, František ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Vrbacký, Marek (oponent)
NK buňky jsou charakterizovány jako velké granulární lymfocyty, které patří mezi významné buněčné složky přirozené imunity. Dokáží zabíjet cílové buňky velmi rychle, v řádech minut, což je řadí do role obránců první linie. Své cíle rozpoznávají pomocí svých povrchových receptorů. Tato práce se zabývá přípravou extracelulárních domén lidských leukocytárních receptorů hNKR-P1A a jeho fyziologického ligandu LLT1. Proteiny byly produkovány v E. coli ve formě inkluzních tělísek a renaturovány in vitro metodou rychlého naředění (hNKR-P1A) a metodou pomalého naředění (LLT1). Purifikace probíhala pomocí chromatografických metod a získané proteiny byly charakterizovány technikami hmotnostní spektrometrie.
|
|
| |
|
|
The role of NADPH oxidase and ros in invadopodia formation
Hanušová, Kristýna ; Vrbacký, Marek (oponent) ; Brábek, Jan (vedoucí práce)
Invadopodia, jako specifické organely nádorových buněk umožňující jim pohyb a tudíž i šíření po organismu a tvorbu metastáz, jsou jedním z možných slibných cílů pro nádorovou terapii. V poslední době vyšly na jevo mnohé zajímavé skutečnosti o vzniku invadopodií a mechanismu jejich fungování. Invadopodia jsou místy degradace ECM extracelulárními proteázami umožňující invazivitu nádorových buněk. Pro vznik invadopodií je nezbytná přesně lokalizovaná zvýšená tvorba reaktivních kyslíkových radikálů, které se jako důležité signální molekuly účastní mnoha dějů vedoucích k tvorbě invadopodií. ROS v nádorových buňkách jsou produkovány především specifickými extramitochondriálními NADPH oxidázami (Nox). V poslední době bylo odhaleno několik regulačních molekul, které se podílí na vzniku těchto Nox a jejich lokalizaci do místa vzniku invadopodií (Tks organizační proteiny). Dále byla v produkci ROS a následném vzniku invadopodií potvrzena regulační role kinázy Src. Klíčová slova: degradace ECM, invadopodia, invaze, proteázy, Nox, ROS, Src kináza, Tks proteiny
|
host ::
RSS.