|
|
PCR v reálném čase a její využití v potravinářství
Tomanová, Barbora ; Pravečková, Martina (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Polymerázová řetězová reakce (PCR) je hojně využívaná molekulárně diagnostická metoda. PCR v reálném čase neboli kvantitativní PCR (qPCR) je jednou z jejích modifikací, které díky svým výhodám nachází v současnosti stále širší využití. Uplatňuje se mimo jiné v potravinářství při poměrně přesné detekci, identifikaci a kvantifikaci žádoucích i nežádoucích složek potravin, což s sebou mnohdy přináší značné obtíže a vede intenzivnímu vývoji této metody. V experimentální části byla izolována DNA z mléčného výrobku Bio Via Natur drink pro její další zpracování pomocí PCR a zisk podrobnějších informací o bakteriálním složení pomocí PCR v reálném čase a HRM analýzy.
|
|
|
Testování bakterií mléčného kvašení rodu Lactobacillus produkujících bakteriociny
Volecová, Veronika ; Němcová, Andrea (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Antimikrobiální látky, respektive bakteriociny jsou látky produkované probiotickými bakteriemi mléčného kvašení. Mají pozitivní vliv na gastrointestinální trakt člověka a nacházejí významné uplatnění v potravinářském, ale i farmaceutickém průmyslu. Cílem diplomové práce byla molekulární identifikace bakterií mléčného kvašení do rodu Lactobacillus a jejich následné druhové zařazení pomocí metody PCR. Pomocí metody PCR byly testovány geny zodpovědné za produkci bakteriocinů. Pro potvrzení produkce bakteriocinů byla zvolena i mikrobiologická metoda, tzv. agarózový kapkový spot-test. Do předkládané práce byla zařazena i bioinformatická část pro posouzení specifičnosti a nespecifičnosti použitých primerů s využitím Primer-BLAST programu.
|
|
|
Produkce magnetických částic mikroorganismy
Chvalkovská, Eva ; Mgr. Martina Mikešová, Ph.D. (roz. Pravečková) (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Předkládaná práce se zabývá magnetickými nanočásticemi, které jsou produkované bakteriemi. Jedná se o dva typy bakterií. Jeden typ jsou bakterie žijící v industriálním prostředí, které produkují magnetické nanočástice pomocí tzv. magnetozomů. Magnetozomy jsou útvary obsahující nanokrystaly a jsou obklopeny lipidovou vrstvou. V bakterii se skládají do řetízků a slouží bakterii jako kompas. V této práci se zabývám možností kultivace těchto bakterií, získání magnetozomů a jejich následným zpracováním. Druhým typem jsou bakterie žijící v lidském těle, a které začnou produkovat magnetické nanočástice až po přidání spouštěče, jako například dusičnanu stříbrného. Patří se například Bacillus sp, Escherichia coli, Lactobacillus casei ssp. casei a Lactobacillus fermentum. V experimentální části bakalářské práce byla testována produkce stříbrných nanočástic po přidání dusičnanu stříbrného v koncentracích 0,1; 1; 2; 4 mM. Bakterie, u nichž byla prokázána produkce stříbrných nanočástic jsou Lactobacillus casei ssp. casei CCM 7088T a Lactobacillus casei ssp. casei CCM 7089 a Lactobacillus rhamnosus CCM 1825T.
|
|
|
Isolation of yeasts from the vineyard and their using in the production of wine
Ždiniaková, Tereza ; Trachtová, Štěpánka (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
The aim of this thesis was the isolation and identification of yests obtained from the wine berries by different molecular methods. The yeasts for identification were collected from the species of Veltlínské zelené white wine from the wineyard from Milotice, district Hodonín. Identification based on analysis DNA by PCR method and followed by RFLP using restriction enzymes HaeIII, HinfI, HhaI a TaqI. To obtain values lenghts of the restriction fragments was used gel electrophoresis. For getting genetic similarity of analyzed yeasts was used BioNumerics software, that processe the results using cluster analysis using Jaccard´s coefficients and the yeasts were identified by comparing the characteristic lenghts with number of articles and educational databases.
|
|
|
Využití metody PCR-HRM analýzy pro identifikaci bakterií v potravinách a doplňcích stravy
Šurková, Alice ; Illková, Kateřina (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Teoretická část práce se věnuje potravinám a potravinovým doplňkům s obsahem mikroorganismů, především bakterií. Dále pojednává o metodách identifikace těchto bakterií, především o polymerázové řetězové reakci (PCR). Zahrnuje také PCR v reálném čase a zvláštní pozornost je věnována vysokorozlišovací analýze křivky tání (HRM). V experimentální části byla z vybraného probiotického výrobku izolována DNA pomocí magnetických mikročástic. Byla stanovena její koncentrace a dále byla podrobena PCR s následnou detekcí agarózovou gelovou elektroforézou. Pro upřesnění výsledků byla provedena také HRM analýza.
|
|
|
Analýza DNA izolované z různých typů probiotických výrobků s využitím PCR v reálném čase a HRM analýzy
Sedláková, Lucie ; Rittich, Bohuslav (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Cílem této práce bylo zavedení metody PCR v reálném čase s vysokorozlišovací analýzou křivek tání pro rod Bifidobacterium. V současné době je dostupné malé množství publikací, které se zabývají rozlišením kmenů rodu Bifidobacterium pomocí vysokorozlišovací analýzy křivek tání. Dle publikací, které byly zaměřeny na rozlišení bakterií mléčného kvašení, byly vybrány primery P1V1 a P2V1, LAC1 a LAC2, LsppUPF a LsppUPR, V3F a V3R, V6F a V6R. Bakteriální DNA sbírkových kmenů byla pomocí těchto primerů amplifikována metodou PCR v reálném čase s vysokorozlišovací analýzou křivek tání. Po vyhodnocení naměřených výsledků byla účinnost vybraných primerů rovněž ověřena na DNA izolované z komplexního vzorku probiotického výrobku. Po další optimalizaci by za pomoci vybraných primerů mohla být metoda PCR v reálném čase s vysokorozlišovací analýzou křivek tání vhodná i pro rod Bifidobacterium.
|
|
|
Identifikace baktérií mléčného kvašení v probiotických preparátech (tabletách) s využitím amplifikačních metod
Balogová, Petra ; Trachtová, Štěpánka (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Laktobacily hrají důležitou roli ve fermentačních procesech již po tisíciletí. Byly prostudovány jejich probiotické vlastnosti a dnes jsou používány při výrobě fermentovaných potravinových výrobků a doplňků stravy včetně farmakologických preparátů. V této práci byla pozornost zaměřena na zástupce rodu Lactobacillus v probiotických preparátech (tabletách). Pro identifikaci laktobacilů v sedmi probiotických preparátech byla použita metoda polymerázové řetězové reakce (PCR), založené na amplifikaci sekvence DNA. Jako DNA matrice byla do PCR směsí použita celková DNA izolovaná z tablet pomocí magnetických nosičů (P(HEMA-co¬-GMA) pokrytých karboxylovými skupinami. Rodově specifické produkty (250 bp) byly detekovány pomocí gelové elektroforézy na agaróse. Přítomnost DNA rodu Lactobacillus byla prokázána ve všech výrobcích kromě jednoho. Na etiketě tohoto výrobku byla uvedena pouze přítomnost probiotických bakterií. Pravděpodobně se jednalo o zástupce jiného rodu než Lactobacillus.
|
|
|
Studium reverzibilní adsorpce nukleových kyselin na pevných nosičích
Trachtová, Štěpánka ; Zendulková,, Dagmar (oponent) ; Drbohlav,, Jan (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Magneticky řízené separační techniky využívající pevné magnetické částice jsou řazeny mezi moderní separační metody urychlující a usnadňující dříve používané separační postupy. Použití magnetických částic je podmíněno přísnými požadavky na fyzikální a chemické vlastnosti částic, včetně nízké toxicity, biokompatibility. Cílem této studie bylo zhodnotit možnosti využití různých polymerních magnetických neporézních nosičů P(HEMA-co-GMA), P(HEMA-co-GMA), PGMA funkcionalizovaných karboxylovými skupinami, nanočástic manganatého peroskvitu La0.75Sr0.25MnO3 pokrytých vrstvou silikagelu a termosenzitivních poly(N-isopropylakrylamidových) mikročástic - P(NIPAAm) pro izolaci DNA z komplexních vzorků obsahujících PCR inhibitory (různé druhy potravin a vzorků získaných z životního prostředí). Byla vypracována metoda reversibilní absorpce nukleových kyselin na povrch pevných nosičů v prostředí systému vodné fáze složené z 16% PEG 6000 a 2M NaCl z různých typů komplexních vzorků (mléčných výrobků, mléčných náhrad a probiotických doplňků stravy, myší stolice). Byly optimalizovány podmínky (pH elučního pufru, teplota, doba eluce) uvolnění adsorbované DNA do elučního pufru. Kvalita eluované DNA a přítomnost cílové DNA byly úspěšně ověřeny pomocí PCR a PCR v reálném čase za využití primerů specifických pro doménu Bacteria a rod Lactobacillus. PCR v reálném čase byla použita pro testování případného inhibičního vlivu přítomných nanočástic v PCR porovnáním účinnosti amplifikace purifikované DNA v přítomnosti nanočástic s DNA bez nanočástic.
|
|
|
Metody detekce antimikrobiálních vlastností bakterií mléčného kvašení
Vránová, Petra ; Němcová, Andrea (oponent) ; Trachtová, Štěpánka (vedoucí práce)
Bakterie mléčného kvašení jsou řazeny mezi probiotika produkující látky, které působí proti mikroorganismům. Mezi tyto antimikrobiální látky patří organické kyseliny, oxid uhličitý, peroxid vodíku a bakteriociny. V současné době jsou hlavním předmětem zájmu právě bakteriociny, které nacházejí uplatnění v potravinářském a farmaceutickém průmyslu. Práce je zaměřena na vypracování přehledu antimikrobiálních vlastností bakterií mléčného kvašení, metody jejich stanovení a využití v potravinářství. Experimentální část se zabývá identifikací bakterií mléčného kvašení přítomných ve vybraných vzorcích bakteriální DNA a jejím zařazením do domény, rodů a druhů. Dále byla zjišťována přítomnost genu kódujících produkci bakteriocin Gassericin K7A. K rozlišení bakteriální DNA i bakteriocinu byly použity molekulárně diagnostické metody jako polymerázová řetězová reakce v reálném čase (qPCR) a konvenční polymerázová řetězová reakce.
|
|
| |
host ::
RSS.