|
|
Izolace plasmidové DNA z bakterií a její transfekce do buněčných linií HEK293
Skala, Kateřina ; Fohlerová, Zdenka (oponent) ; Svoboda, Ondřej (vedoucí práce)
Izolace DNA patří mezi základní metody molekulární biologie. Pro izolaci a amplifikaci DNA existují různé metody. V této práci je použita fenol-chloroformová extrakce pro izolaci plasmidů Channelrhodopsin-2, ASAP1 a Kir 2.1. Bylo provedeno 22 izolací plasmidů s celkovou úspěšností 27 %. Správnost izolace byla ověřena gelovou elektroforézou. Úspěšně izolované plasmidy byly následně transfekovány do buněčné linie HEK293 a snímány konfokálním mikroskopem 24, 48 a 72 hodin po transfekci.
|
|
|
Návrh revitalizace části Knínického potoka
Vyplel, Adam ; Svoboda, Ondřej (oponent) ; Šlezingr, Miloslav (vedoucí práce)
Diplomová práce je zaměřena na návrh soustavné revitalizační úpravy vybraného úseku toku Knínický potok v katastrálním území Veverské Knínice. Jedná se o napřímené, příliš zahloubené koryto z důvodu technických úprav v minulosti. Pomocí programu HEC-RAS je ověřena kapacita koryta toku na průtok Q100. Takto bylo zjištěno, že je koryto velmi kapacitní a bylo přistoupeno k návrhu nové trasy s kapacitou průtoku Q1. Vzhledem k výškovým poměrům byly součástí návrhu i tři balvanité skluzy. Následně došlo k vhodnému doplnění vegetačního doprovodu a břehových porostů.
|
|
|
3D tisk kmenových buněk a analýza mikroskopických obrazů
Kandra, Mário ; Svoboda, Ondřej (oponent) ; Kolářová, Jana (vedoucí práce)
V tejto diplomovej práci sa venujeme využitiu 3D biotlače v tkanivovom inžinierstve. Popisujeme využitie biomateriálov pri stavbe tkanivových nosičov a aplikáciu kmeňových buniek v 3D biotlači. V závere teoretickej časti špecifikujeme najpoužívanejšie techniky 3D biotlače so zameraním sa na vytlačovaciu techniku. V praktickej časti navrhujeme metódu 3D biotlače cievneho tkaniva. Ďalej realizujeme prototyp tlačovej hlavy, jej ná- vrch a 3D tlač jednotlivých dielov. K mechanickej časti vytvárame riadiací systém pre kontrolu tlače. Na záver si pomocou programových modulov viazualizujeme usporiadanie buniek.
|
|
|
Studium vlastností membránového napěťového senzoru ASAP1 exprimovaného v buněčné linii HEK 293
Sanetrníková, Dominika ; Chmelíková, Larisa (oponent) ; Svoboda, Ondřej (vedoucí práce)
Tato práce se v úvodu věnuje seznámení s plasmidovou DNA, která se v podobě vektoru využívá v molekulární biologii. Ve formě fluorescenčních sond lze plasmidy využít pro měření změn membránového potenciálu. Do jejich struktury se přidává barvivo fluorofor. Důležitým zástupcem této práce je fluorescenční sonda ASAP1, která obsahuje zelený fluorescenční protein, jehož reakcí na změnu membránového potenciálu je pokles intenzity emitovaného světla. Cílem práce bylo provést chemickou transfekci tohoto plasmidu do buněčné linie HEK293 a provést jeho charakterizaci. V práci je rovněž navržena metoda pro analýzu časového průběhu změn fluorescence v závislosti na depolarizaci buněčné membrány. V závěru práce je popsán uskutečněný experiment včetně diskuze získaných výsledků.
|
|
|
Studium viability kardiomyocytů s využitím konfokální mikroskopie
Chutný, Pavel ; Svoboda, Ondřej (oponent) ; Čmiel, Vratislav (vedoucí práce)
Tato práce popisuje zkoumání viability kardiomyocytů pomocí konfokální mikroskopie. Teoretický úvod zahrnuje základní principy fluorescence a využití fluorescenčních barviv v buněčné biologii. Dále se věnuje struktuře kardiomyocytů, izolaci jednotlivých buněk ze srdce a metodám měření jejich viability. V neposlední řadě je zde popsán konfokální mikroskop jako hlavní nástroj při zobrazování kardiomyocytů. Další kapitoly se pak již věnují vlastním experimentům a jejich vyhodnocování.
|
|
| |
|
|
Hodnocení automatických metod segmentace cévního řečiště
Svoboda, Ondřej ; Jan, Jiří (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Při analýze retinálních snímků představuje segmentace cévního řečiště důležitý krok celého postupu. Výsledky analýzy mohou být použity při diagnostice onemocnění očního aparátu a onemocnění kardiovaskulárního systému. Tato práce se zabývá vytvořením databáze zlatých standardů ze snímků sítnice ve vysokém rozlišení a jejich použití při hodnocení úspěšnosti segmentace cévního řečiště automatickými metodami. Dalším cílem práce je vytvořit aplikaci, která umožní online hodnocení úspěšnosti detekce cévního řečiště pomocí automatických počítačových metod. Ve stručnosti se v této práci popisují vlastnosti obrazových dat z digitální fundus kamery, metody segmentace obrazu a metody automatické segmentace cévního řečiště. Dále jsou popsány zlaté standardy, jejich databáze a v neposlední řadě vlastnosti a důvod vzniku databáze HRF (High Resolution Fundus Images). Poslední kapitola se zabývá způsoby hodnocení úspěšnosti detekce cévního řečiště automatickými metodami a vývojem aplikace určené k tomuto hodnocení.
|
|
|
Využití magnetických nanočástic pro transfekci plasmidu do HEK293 buněk
Bílek, Ondřej ; Svoboda, Ondřej (oponent) ; Fohlerová, Zdenka (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá využitím magnetických nanočástic, SPIO nanočástic a nanočástic komerčního produktu MATra pro transfekci plasmidu ASAP do HEK293 buněk a následnou optimalizací tohoto procesu. K experimentální části je přiložena teoretická část shrnující poznatky z oblasti syntézy magnetických nanočástic, jejich využití v biomedicíně, teorii zabývající se možnostmi vložení cizorodé DNA či plasmidu do buňky a způsoby vyhodnocování úspěšnosti těchto experimentů.
|
|
|
Aplikace fluorescenčního značení pro „Scratch Wound Healing Assay“ experiment
Zumberg, Inna ; Svoboda, Ondřej (oponent) ; Chmelíková, Larisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá studiem kultivace buněčné linie 3T3 (myší embryonální fibroblastové buńky) a migrace buněk. Pro studium migrace buněk byla použita metoda Scratch Wound Healing Assay. Na konkrétních příkladech byly ukázány základní zásady provedení experimentu, jeho výhody a nevýhody a také praktické použití metody ve vědeckém výzkumu. V praktické části bakalářské práce je popsáno provedení experimentu v buněčné laboratoři včetně kultivace buněk 3T3. Navržený experiment byl testován s dostatečným počtem opakování. Statistické zpracování mikroskopických snímků bylo provedeno v programovém prostředí MATLAB.
|
|
| |
host ::
RSS.