|
|
Ribosom Bacillus subtilis: regulace biosyntézy ribosomální RNA a identifikace nového ribosomálního proteinu YbxF
Sojka, Luděk
1 Abstrakt Tato disertační práce se zabývá biologií bakteriálního ribosomu u gram pozitivní bakterie Bacillus subtilis a zahrnuje studium obou jeho složek - ribosomální RNA (rRNA) a jednoho z ribosomálních proteinů. První část popisuje studium regulace syntézy rRNA. Druhá část popisuje identifikaci a charakterizaci nového ribosomálního proteinu kódovaného genem ybxF. Hlavním regulačním mechanismem tvorby rRNA v buňce je regulace transkripce na úrovni iniciace. Iniciační nukleosid trifosfáty (iNTP) jsou důležitým regulátorem iniciace transkripce na promotorech pro rRNA. Fyziologicky se měnící koncentrace iNTP ovlivňuje aktivitu RNA polymerázy (RNAP) na těchto promotorech. Takové promotory obecně označujeme jako "senzitivní". Nejvíce znalostí o této regulaci bylo doposud získáno ze studia bakterie Escherichia coli, kde je klíčová pro tuto regulaci promotorová sekvence. Avšak pravidla vztahující se na sekvenční požadavky takto regulovaných promotorů u gram negativní bakterie E. coli nejsou platná pro promotory gram pozitivní bakterie B. subtilis, neboť jejich sekvence se diametrálně liší. V rámci disertační práce jsme u B. subtilis, pomocí in vitro a in vivo přístupů určili promotorové sekvenční elementy zodpovědné za senzitivitu promotorů pro rRNA a další vybrané geny ke koncentraci iNTP. Druhá část práce se...
|
|
|
Význam detekce regulačních T lymfocytů a rozdíly v expresi nádorových antigenů u ovariálního karcinomu
Kloudová, Kamila ; Sojka, Luděk (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Regulační T lymfocyty (Treg) hrají klíčovou roli v udržování imunitní tolerance. Potlačují vznik autoimunitních onemocnění a přispívají k udržení homeostázy imunitního systému. Expanze a nadměrná schopnost regulačních T lymfocytů tlumit imunitní reakci je ve zvýšené míře pozorována také u řady nádorových onemocnění. Dochází k inhibici protinádorové imunitní odpovědi a regulační T lymfocyty tedy přispívají k progresi nádorového onemocnění. Možnost specifické detekce regulačních T lymfocytů na základě jejich fenotypu a analýza jejich funkčních vlastností by mohla přispět k monitorování dynamiky jejich počtu a případně sloužit k přesnějšímu monitorování a nastavení protinádorové imunoterapie. Nádorové buňky exprimují řadu tzv. nádorových antigenů, které mohou sloužit jako cíl protinádorové imunitní odpovědi. Pro racionální úvahy o relevanci jednotlivých nádorových antigenů pro využití v protinádorové imunoterapii je důležité získat informaci o jejich expresi nejen na dostupných nádorových liniích, ale i na primárních nádorových buňkách izolovaných během chirurgických výkonů. V první části této práce jsem se zabývala kvantitativní analýzou regulačních T lymfocytů v nádorové tkáni a periferní krvi u pacientek s ovariálním karcinomem pomocí nově zavedené metody metyl-senzitivní kvantitativní PCR...
|
|
|
Ribosom Bacillus subtilis: regulace biosyntézy ribosomální RNA a identifikace nového ribosomálního proteinu YbxF
Sojka, Luděk
1 Abstrakt Tato disertační práce se zabývá biologií bakteriálního ribosomu u gram pozitivní bakterie Bacillus subtilis a zahrnuje studium obou jeho složek - ribosomální RNA (rRNA) a jednoho z ribosomálních proteinů. První část popisuje studium regulace syntézy rRNA. Druhá část popisuje identifikaci a charakterizaci nového ribosomálního proteinu kódovaného genem ybxF. Hlavním regulačním mechanismem tvorby rRNA v buňce je regulace transkripce na úrovni iniciace. Iniciační nukleosid trifosfáty (iNTP) jsou důležitým regulátorem iniciace transkripce na promotorech pro rRNA. Fyziologicky se měnící koncentrace iNTP ovlivňuje aktivitu RNA polymerázy (RNAP) na těchto promotorech. Takové promotory obecně označujeme jako "senzitivní". Nejvíce znalostí o této regulaci bylo doposud získáno ze studia bakterie Escherichia coli, kde je klíčová pro tuto regulaci promotorová sekvence. Avšak pravidla vztahující se na sekvenční požadavky takto regulovaných promotorů u gram negativní bakterie E. coli nejsou platná pro promotory gram pozitivní bakterie B. subtilis, neboť jejich sekvence se diametrálně liší. V rámci disertační práce jsme u B. subtilis, pomocí in vitro a in vivo přístupů určili promotorové sekvenční elementy zodpovědné za senzitivitu promotorů pro rRNA a další vybrané geny ke koncentraci iNTP. Druhá část práce se...
|
|
|
Ribosom Bacillus subtilis: regulace biosyntézy ribosomální RNA a identifikace nového ribosomálního proteinu YbxF
Sojka, Luděk ; Jonák, Jiří (vedoucí práce) ; Valášek, Leoš (oponent) ; Lichá, Irena (oponent)
1 Abstrakt Tato disertační práce se zabývá biologií bakteriálního ribosomu u gram pozitivní bakterie Bacillus subtilis a zahrnuje studium obou jeho složek - ribosomální RNA (rRNA) a jednoho z ribosomálních proteinů. První část popisuje studium regulace syntézy rRNA. Druhá část popisuje identifikaci a charakterizaci nového ribosomálního proteinu kódovaného genem ybxF. Hlavním regulačním mechanismem tvorby rRNA v buňce je regulace transkripce na úrovni iniciace. Iniciační nukleosid trifosfáty (iNTP) jsou důležitým regulátorem iniciace transkripce na promotorech pro rRNA. Fyziologicky se měnící koncentrace iNTP ovlivňuje aktivitu RNA polymerázy (RNAP) na těchto promotorech. Takové promotory obecně označujeme jako "senzitivní". Nejvíce znalostí o této regulaci bylo doposud získáno ze studia bakterie Escherichia coli, kde je klíčová pro tuto regulaci promotorová sekvence. Avšak pravidla vztahující se na sekvenční požadavky takto regulovaných promotorů u gram negativní bakterie E. coli nejsou platná pro promotory gram pozitivní bakterie B. subtilis, neboť jejich sekvence se diametrálně liší. V rámci disertační práce jsme u B. subtilis, pomocí in vitro a in vivo přístupů určili promotorové sekvenční elementy zodpovědné za senzitivitu promotorů pro rRNA a další vybrané geny ke koncentraci iNTP. Druhá část práce se...
|
|
|
Regulační T lymfocyty a jejich role u nádorových onemocnění
Kloudová, Kamila ; Sojka, Luděk (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Regulační T lymfocyty (Treg) jsou populací CD4+CD25+Foxp3+ T buněk. V imunitním systému mají nezastupitelnou roli v regulaci imunitní odpovědi, čímž přispívají k imunologické toleranci a k potlačování periferní autoreaktivity. Vznik, vývoj a správné fungování Treg jsou závislé na expresi klíčového transkripčního faktoru Foxp3, který je využíván jako specifický marker Treg. Treg se v lidském těle vyskytují ve dvou odlišných subpopulacích. Každá tato subpopulace má jiné místo vzniku a liší se i z hlediska své funkce. Přirozeně se vyskytující Treg (nTreg) vznikají v thymu a jejich hlavním úkolem je udržovat periferní toleranci. Druhou subpopulací jsou indukované Treg (iTreg), které vznikají po aktivaci naivních CD4+ T lymfocytů v periferii. Treg se dostaly do popředí zájmu mnoha vědeckých skupin od doby, kdy bylo zjištěno, že jejich role může být důležitá při vzniku a progresi nádorových onemocnění. Treg se u onkologických pacientů vyskytují v signifikantně vyšším množství než u zdravých jedinců a dokáží účinně inhibovat protinádorovou imunitní odpověď. Taková inhibice poté může mít pro pacienty s nádorovým onemocněním fatální následky, neboť jejich imunitní systém nedokáže s nádorovými buňkami efektivně bojovat. Tím se Treg stávají jednou z hlavních překážek pro nádorovou imunoterapii. Léčbě...
|
host ::
RSS.