|
|
Deconvolution fluorescence microscopy of yeast cells
Štec, Tomáš ; Plášek, Jaromír (vedoucí práce) ; Heřman, Petr (oponent)
Název práce: Využití dekonvoluce v digitální fluorescenční mikroskopii kvasinek Autor: Tomáš Štec Katedra/ústav: Fyzikální ústav Univerzity Karlovy Vedoucí diplomové práce: prof. RNDr. Jarmoír Plášek, CSc., Fyzikální ústav UK Abstrakt: Fluorescenční mikroskopie představuje rychlou a levnou alternativu k po- kročilejším metodám zobrazování jako jsou konfokální a elektronová mikroskopie. Snímaný obraz je však zatížen velkou mírou zkreslení. Pomocí počítačového zpraco- vání obrazu - dekonvoluce, lze do značné míry eliminovat zkreslení obrazu, čím se umožní rekonstrukce třírozměrné podoby snímaných objektů. V této práci je pod- robně prozkoumána dekonvoluční procedura programu NIS Elements AR, která je následně aplikována na rekonstrukci třírozměrné podoby kvasinek Saccharomyces cerevisiae barvených calcofluorem, s cílem charakterizovat změny vzhledu bunkové stěny v průběhu stárnutí. S rostoucím věkem kvasinky se na povrchu objevují ne- rovnosti, ke konci života dochází i k praskání bunkové stěny. Klíčová slova: fluorescence, mikroskopie, dekonvoluce, NIS Elements AR, calcof- luor, kvasinky, bunková stěna, stárnutí
|
|
|
Srovnání fluorescenčních sond disC3(3) a diSC3(5) z hlediska jejich použitelnosti při měření změn membránového potenciálu kvasinek.
Matunová, Petra ; Plášek, Jaromír (vedoucí práce) ; Krůšek, Jan (oponent)
Membránový potenciál představující napětí na membráně je důležitý parametr pro studium buněčných procesů. Pomocí karbocyaninových sond diS-C3(3) a diS-C3(5), označovaných společným názvem 3,3'-dipropylthiadicarbocyanine iodide, lze monitorovat změny membránového potenciálu buněk, které jsou příliš malé pro zavedení mikroelektrod. Tyto změny lze sledovat v jednotkách mV. Spektrální analýza buněčných suspenzí kvasinek S. cerevisiae s fluorescenčními sondami umožňuje stanovit koncentrace extracelulárního a intracelulárního fluorescenčního barviva, z jejichž znalosti lze určit hodnoty změn membránového potenciálu, které je možné vyvolat vnějšími podněty. Součástí práce je porovnání akumulace obou fluorescenčních sond a také experimenty zacílené na sledování vlivu vybraných látek a jejich měnících se koncentrací na volnou a vázanou složku barviva.
|
|
| |
|
| |
|
|
Odezva membránového potenciálu a intracelulárního pH kvasinek na změny extracelulární koncentrace K+
Babuka, David ; Plášek, Jaromír (vedoucí práce) ; Heřman, Petr (oponent)
Bakalářská práce se zabývá studiem buněk kvasinek a jejich reakcí na různá vnější prostředí. Zkoumány byly především změny vnitrobuněčného pH a membránového potenciálu v závislosti na extracelulární koncentraci K+ iontů a jak jsou kvasinkové buňky schopny tyto změny kompenzovat. Jako doplněk k měření vnitrobuněčného pH, byla zkoumána schopnost kvasinek odolávat změnám pH vnějšího prostředí. Při měření vnitrobuněčného pH byla využita geneticky kódovaná fluorescenční sonda poměrový pHluorin a při měření změn membránového potenciálu byla použita fluorescenční sonda diS-C3(3). Úspěšně jsme také použili metodu synchronně skenované fluorescence, s jejíž pomocí jsme dokázali efektivně potlačit autofluorescenční signál buněk.
|
|
| |
|
|
Collagen structures from cell culture to intact tendon
Hadraba, Daniel ; Jelen, Karel (vedoucí práce) ; Amler, Evžen (oponent) ; Plášek, Jaromír (oponent)
UNIVERZITA KARLOVA a HASSELT UNIVERSITY / tUL Disertační práce Kolagenní struktury od buněčných kultur k šlaše ABSTRAKT Autor: Daniel Hadraba Vedoucí: Assoc. Prof. Karel Jelen | Charles University Prof. Marcel Ameloot | Hasselt University Konzultant: Dr. Frantisek Lopot | Charles University Prof. Virginie Bito | Hasselt University Anotace Autor: Ing. Mgr. Daniel Hadraba Název práce: Kolagenní struktury od buněčných kultur k šlaše Rok: 2010 - 2017 Studijní program: Doktor Biomechanika | Univerzita Karlova Doktor Biomedicínských věd | Hasselt University / transnational University Limburg Ústav: Anatomie a Biomechaniky| Fakulta tělesné výchovy a sportu | Univerzita Karlova Biofyzika| Hasselt University Vedoucí:: Assoc. Prof. Karel Jelen | Anatomie a Biomechaniky| Fakulta tělesné výchovy a sportu | Univerzita Karlova Prof. Marcel Ameloot | Hasselt University / transnational University Limburg Konzultanti: Dr. Frantisek Lopot | Anatomie a Biomechaniky| Fakulta tělesné výchovy a sportu | Univerzita Karlova Prof. Virginie Bito | Hasselt University / transnational University Limburg Bibliografické údaje: Strany 102 Obrázky 30 Tabulky 2 Rovnice 17 Klíčová slova: šlacha, kolagen, vlnky, orientace, stárnutí, label-free mikroskopie, generovaní druhé harmonické, mikroskopie délky života fluoroforu, biomechanika Abstrakt...
|
|
|
Computational methods in single molecule localization microscopy
Ovesný, Martin ; Hagen, Guy Michael (vedoucí práce) ; Plášek, Jaromír (oponent) ; Fliegel, Karel (oponent)
Výpočetní metody v jednomolekulové lokalizační mikroskopii Abstrakt Fluorescenční mikroskopie je jedním z hlavních nástrojů biomedicínského výzkumu díky tomu, že se jedná o neinvazivní nedestruktivní a vysoce specifickou zobrazovací metodu. Bohužel optický mikroskop je difrakčně limitovaný systém, což znamená, že nejvyšší dosažitelné rozlišení je přibližně 250 nm laterálně a 500 nm axiálně. Jelikož většina buněčných struktur, o které se výzkumníci zajímají, je menší, zvýšení rozlišovací schopnosti je velice důležité. V posledních letech bylo vyvinuto několik metod, které umožňují zobrazování za hranicí difrakce. Jednou z nich je jednomolekulová lokalizační mikroskopie, která dokáže rozlišit detaily až do 5nm. Tato metoda je však velmi výpočetně náročná. Vývoj metod pro zobrazování a analýzu dat z jednomolekulové lokalizační mikroskopie je předmětem této práce. V lokalizační mikroskopii je obraz se superrozlišením zrekonstruován z dlouhé sekvence kon- venčních obrázků jednotlivých řídce distribuovaných fotoaktivovaných molekul. Ty jsou systematicky lokalizovány se subdifrakční přesností. V této práci jsme navrhli, implementovali a experimen- tálně ověřili sadu metod pro automatické zpracování, analýzu a vizualizaci dat pořízených jed- nomolekulovou lokalizační mikroskopií....
|
|
|
Analýza zotavování membránového potenciálu kvasinek za stresových podmínek vyvolaných protonoforem CCCP
Babuka, David ; Plášek, Jaromír (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá studiem odezvy vnitrobuněčného pH kvasinkových buněk na různá vnější prostředí, především ve vztahu k protonoforu karbonylkyanidu m-chlorophenylhydrazonu, CCCP. K měření vnitrobuněčného pH kvasinkových buněk jsme využívali geneticky kódovanou fluorescenční sondu poměrový pHluorin. S využitím metody synchronně skenovaných fluorescenčních spekter jsme byli schopni měřit vnitrobuněčné pH buněk s vysokou přesností. Jako součást těchto experimentů jsme studovali také jak vliv iontové síly pufrů buněčných suspenzí na povrchový potenciál kvasinek, tak vliv anorganické soli KCl na depolarizaci membrán kvasinek a acidifikaci cytosolu vyvolanou protonoforem CCCP. Zkoumali jsme jednak přímo změny cytosolického pH a jednak jsme toto naměřené pH používali jako indikátor procesů a stavu prostředí mimo buňku. K nejvýznamnějším výsledkům této práce patří vyvinutí nové metody monitorování velikosti povrchového potenciálu kvasinek pomocí titračních křivek acidifikace cytosolu vyvolané protonoforem CCCP.
|
|
|
Analýza zotavování membránového potenciálu kvasinek za stresových podmínek vyvolaných protonoforem CCCP
Babuka, David ; Plášek, Jaromír (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá studiem odezvy vnitrobuněčného pH kvasinkových buněk na různá vnější prostředí, především ve vztahu k protonoforu karbonylkyanidu m-chlorophenylhydrazonu, CCCP. K měření vnitrobuněčného pH kvasinkových buněk jsme využívali geneticky kódovanou fluorescenční sondu poměrový pHluorin. S využitím metody synchronně skenovaných fluorescenčních spekter jsme byli schopni měřit vnitrobuněčné pH buněk s vysokou přesností. Jako součást těchto experimentů jsme studovali také jak vliv iontové síly pufrů buněčných suspenzí na povrchový potenciál kvasinek, tak vliv anorganické soli KCl na depolarizaci membrán kvasinek a acidifikaci cytosolu vyvolanou protonoforem CCCP. Zkoumali jsme jednak přímo změny cytosolického pH a jednak jsme toto naměřené pH používali jako indikátor procesů a stavu prostředí mimo buňku. K nejvýznamnějším výsledkům této práce patří vyvinutí nové metody monitorování velikosti povrchového potenciálu kvasinek pomocí titračních křivek acidifikace cytosolu vyvolané protonoforem CCCP.
|
host ::
RSS.