|
|
Řízení genové exprese pomocí cis-působících nekódujících RNA a jejich význam při regulaci genů udílejících rezistenci k antibiotikům
Novotná, Michaela ; Balíková Novotná, Gabriela (vedoucí práce) ; Pospíšil, Jiří (oponent)
Práce je zaměřená na regulaci genové exprese zprostředkovanou vnitřními regulačními RNA elementy, které jsou součástí 5' koncové nepřekládané oblasti mRNA. Tyto tzv. r5'UTR elementy jsou schopné vázat velké množství typově odlišných molekul, od iontů a malých metabolitů přes transferové RNA až po velké proteinové komplexy. Na základě této interakce pak řídí projev downstream lokalizovaného genu, jehož exprese se tak stává inducibilní. Tento typ riboregulace je u bakterií široce využíván a uplatňuje se i v kontrole mnoha genů udílejících rezistenci k antibiotikům. Právě modulace takových genů je pro buňku značně výhodná, neboť zajišťuje omezení negativního vlivu na fitness bakterie, se kterým je exprese rezistenčních genů často spojena. Cílem práce je na molekulární úrovni charakterizovat všechny typy vnitřních regulačních elementů a nastínit, jak by mohly být znalosti o těchto systémech využity v klinické praxi při léčbě infekcí vyvolaných bakteriemi rezistentními k antibiotikům. Klíčová slova Regulace genové exprese, ncRNA, cis-působící regulační RNA, r5'UTR element, atenuace, antibiotická resistence
|
|
|
Charakterizace ABC-F proteinu Sco0636 u Streptomyces coelicolor
Pinďáková, Nikola ; Balíková Novotná, Gabriela (vedoucí práce) ; Mikušová, Gabriela (oponent)
Hlavním tématem této diplomové práce jsou ARE (rezistenční) proteiny z ABC-F rodiny druhé třídy ABC proteinů. ARE proteiny udílí rezistenci k antibiotikům, které se váží na velkou ribozomální podjednotku a inhibují tak proteosyntézu. Jedním z ARE proteinů je protein Lmr(C), který je součástí klastru pro biosyntézu linkomycinu u Streptomyces lincolnensis a dle nových výsledků se zdá, že Lmr(C) nemusí být striktně rezistenčním proteinem, ale může mít regulační funkci. Rozhodli jsme se pro studium Sco0636 nejbližšího homologu Lmr(C) u Streptomyces coelicolor, která je modelovým organismem při studiu sekundárního metabolismu. Díky produkci barevných pigmentů, lze sledovat vliv ARE proteinů na sekundární metabolismus přímo na plotnách. Připravila jsem deleční mutantu a kmen s konstitutivní expresí sco0636 a sledovala jsem vliv na fenotyp. Sledovala jsem produkce modrého aktinorodinu a stanovila jsem minimální inhibiční koncentrace k vybraným antibiotikům, které působí na úrovni ribozomu. Zjistila jsem, že Sco0636 udílí vysokou rezistenci k tiamulinu, a byl tak pojmenován jako TiaA. Delece genu zrychlila produkci aktinorodinu a konstitutivní exprese genu naopak produkci zpomalila. Klíčová slova: ABC proteiny, ABC-F proteiny, Lmr(C), translace, rezistence k antibiotikům, Streptomyces coelicolor, aktinorodin
|
|
|
Subcellular localization of resistant proteins Vga(A)LC and Msr(A) using fluorescence microscopy
Nguyen Thi Ngoc, Bich ; Balíková Novotná, Gabriela (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent)
Vga(A)LC a Msr(A) jsou klinicky významnými rezistentními proteiny u stafylokoků, které udělují rezistenci k inhibitorům translace. Patří mezi ARE ABC-F podrodinu proteinů, která je součástí ABC transportérů. Narozdíl od typických ABC transportérů, ABC-F proteiny nemají transmembránové domény, které jsou zodpovědné za transport látek přes membránu. Proto pro ně není charakteristická transportní funkce, ale regulační nebo rezistenční funkce. Jejich mechanismus působení na ribozomu byl popsán teprve nedávno, kde tyto proteiny vytěsňují antibiotikum z ribozomu. Stále jsou však některé aspekty jejich funkce neobjasněné. Například to, jaký je význam umístění Vga(A) na membráně, které bylo detekováno v membránové frakci nikoliv v ribozomální. V této práci jsem prostřednictvím fluorescenční mikroskopie pozorovala subcelulární lokalizaci rezistenčních fúzních proteinů Vga(A)LC-mEos2, Vga(A)LC- GFP a Msr(A)- eqFP650 v živých buňkách S. aureus, za různých kultivačních podmínek. Ukázalo se, že Vga(A)LC- GFP i Msr(A)- eqFP650 se vyskytují v ohnisku blízko membrány. V závislosti na ATPázové aktivitě nebo přítomnosti antibiotika se lokalizace Msr(A)- eqFP650 v buňce mění z ohniskové na difuzní, pravděpodobně na ribozomech, což navrhuje hypotézu o duálním mechanismu ARE ABC-F proteinů. Druhým cílem práce bylo...
|
|
|
Vznik a genetická podstata glykopeptidové rezistence u koaguláza-negativních stafylokoků
Prášilová, Jana ; Balíková Novotná, Gabriela (vedoucí práce) ; Lišková, Petra (oponent)
Glykopeptidová antibiotika jsou tzv. antibiotika poslední volby, v klinické praxi využívaná k léčbě těžších, převážně nozokomiálních infekcí vyvolaných multirezistentními koaguláza-negativními stafylokoky. Vznik a genetická podstata rezistence ke glykopeptidovým antibiotikům nebyla u koaguláza-negativních stafylokoků doposud objasněna. Výzkumy prováděné u Staphylococcus aureus prokázaly, že střední rezistence ke glykopeptidovým antibiotikům je spojena s přítomností jedné či více mutací, spíše než by byla podmíněna nosičstvím konkrétního genetického elementu, jako je tomu u enterokoků. Různými druhy selekce rezistentních mutant in vitro byly získávány izogenní páry glykopeptid citlivých a rezistentních kmenů Staphylococcus epidermidis a Staphylococcus haemolyticus. Analýzou sekvencí genomů těchto dvojic byly následně identifikovány jedno nukleotidové polymorfismy, které se nacházely převážně v systémech řídících metabolismus a regulaci buněčné stěny. Fenotypová analýza neodhalila přímé spojení glykopeptidové rezistence se zvýšenou tvorbou biofilmu. V klinické praxi je problematický vznik zkřížené rezistence glykopeptidových a jiných antibiotik. U neglykopeptidových antibiotik imipenemu a rifampicinu byl již dříve popsán výskyt zkřížené rezistence s glykopeptidovými antibiotiky u S. aureus. Selekcí...
|
|
|
Rezistence k makrolidům, linkosamidům a streptograminům u koaguláza negativních stafylokoků v ČR
Novotná, Gabriela ; Janata, Jiří (vedoucí práce) ; Petráš, Petr (oponent) ; Sigler, Karel (oponent)
VÝSLEDKY Analýza okolí genu msr(A) 45 součástí kompletního transpozonu Tn552 a s rekombinačním místem resbinR je identická až k místu rekombinace (resbinR site I). Druhá, v pozici JCSC1435 261884-2618311, je součástí sekvence transpozonu Tn5404. Kompletní transpozon Tn5404 je na vnějších okrajích ohraničen 7 bp dlouhou přímou repeticí (AGTAACT), jež vznikla zdvojením místa inzerce transpozonu (Obr. 5.3.), stejné inzerční místo pro Tn552 bylo pozorováno v chromozómu Entereococcus faecalis CH116 (146, 155). Shrnutí výsledků: Gen msr(A) byl u 41 izolátů lokalizován na chromozómu ve společném místě, pouze u dvou izolátů byl gen lokalizován na plazmidu. Oblast chromozomálně kódovaného genu msr(A) je u všech patnácti podrobněji studovaných izolátů (Tab. 5.1.) vysoce homologní s plazmidem πSh1, integrovaným v genomu S. haemolyticus JCSC1435 izolovaného v Japonsku (179). Uspořádání genů na tomto plazmidu je konzervovaným souborem jednotlivých genových motivů, jehož menší fragmenty byly odděleně popsány v několika dřívějších studiích. Rozdíly v msr(A) hybridizačních profilech jsou dány výhradně variabilitou v úseku kódujícím resolvasu Bin a rekombinasu Sin. Nalezli jsme pět různých typů uspořádání msr(A) oblastí, které se liší od JCSC1435 tímto: i) vložením části transpozonu Tn552 (typ KM50; 7,2kb msr(A)...
|
|
|
Reedukace formálních poznatků v matematice v prostředí individuálního doučování
Novotná, Gabriela
Práce je zaměřena na reedukaci formálních poznatků v oblasti zlomků. Jelikož každý žák má v poznávacím procesu jiné potřeby a tempo, je proces reedukace zasazen do prostředí soukromého individuálního doučování. V teoretické části jsou nejprve na základě české i zahraniční literatury vymezeny základní pojmy (jak je v práci chápáno individuální doučování, o jakých žácích je pojednáváno a co to je formální poznání), následně je popsán konstruktivistický styl výuky, který je pro reedukaci formálních poznatků vhodný. Druhou částí práce je praktická implementace teoretických poznatků do tří případových studií. U tří žáků byly diagnostikovány formální poznatky v oblasti zlomků a následně byla v rámci jejich hodin soukromého doučování prováděna jejich reedukace. Je popsán proces, jak reedukace u každého z daných žáků probíhala. Součástí práce je i jakýsi manuál, čemu bychom se neměli vyhnout, budeme-li se o reedukaci zlomků u žáků pokoušet.
|
|
|
Výslovnost hlásky r v českých projevech cizinců s mateřštinou němčinou a jeho percepční přijatelnost
Novotná, Gabriela ; Veroňková, Jitka (vedoucí práce) ; Martínek, František (oponent)
Téma diplomové práce spadá do oblasti osvojování si a učení se L2. Zaměřuje se na češtinu jako druhý a cizí jazyk u mluvčích s mateřštinou němčinou, konkrétně na jejich výslovnost souhlásky r a její percepční přijatelnost pro rodilé mluvčí češtiny. Teoretická část shrnuje problematiku osvojování si a učení se výslovnosti v druhém a cizím jazyce a nastiňuje výslovnostní obtíže, které mívají němečtí mluvčí v češtině. Věnuje se skupině r-ových hlásek obecně a dále se zaměřuje na hlásku r v češtině a v němčině, jak samostatně, tak ve vzájemném srovnání. V poslední kapitole jsou rozebrány kombinatorické vlastnosti hlásky r, které slouží jako základní východisko pro praktickou část práce. Praktická část práce popisuje výzkum, pro který byly pořízeny nahrávky od pěti německých studentů programu Erasmus, kteří přijeli na jeden semestr do Prahy a začali se učit česky. Pro účely výzkumu byl sestaven text ke čtení založený na slovech obsahujících hlásku r. Z nahrávek tohoto textu byla vystříhána klíčová slova a z nich sestavený percepční test byl zadán rodilým mluvčím češtiny k ohodnocení výslovnosti hlásky r. Výsledky výzkumu a závěry vyvozené z něj ukázaly mimo jiné statisticky významné rozdíly mezi hodnocením výslovnosti hlásky r podle jejího kombinatorického okolí. Klíčová slova výslovnost, L2, hláska r,...
|
|
|
Vliv exprese genu lmr(C) na biosyntézu linkomycinu u Streptomyces lincolnesis: Rezistence nebo produkce?
Veselá, Ludmila ; Balíková Novotná, Gabriela (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
Rod Streptomyces produkuje víc jak polovinu známých bioaktivních látek, čímž se řadí mezi významné bakteriální rody. Streptomyces lincolnensis ATCC 25466 ve svém genomu obsahuje biosyntetický genový klastr pro biosyntézu linkomycinu. Vedle biosyntetických a regulačních genů klastr obsahuje také tři rezistenční geny, lmr(A), lmr(B) a lmr(C), u kterých se předpokládá zapojení v ochraně před toxicitou syntetizovaného antibiotika. Protein Lmr(C) patří mezi ARE proteiny obecně udílející rezistenci ke klinicky důležitým třídám antibiotik: makrolidům, streptograminům, linkosamidům a pleuromutilinům. ARE proteiny jsou vedle producentů těchto antibiotik přítomny také u patogenních mikroorganismů. Přesto mechanismus rezistence udílený těmito proteiny, které sice spadají mezi ABC transportéry, ale na rozdíl od nich postrádají transmembránovou doménu, není charakterizován. Tím se ARE proteiny stávají zajímavým předmětem výzkumu. Prostřednictvím delečních mutant v rezistenčních genech lmr(A), lmr(B) a lmr(C) jsme zjišťovali vliv těchto genů na produkci linkomycinu a rezistenci k linkosamidům, linkomycinu a klindamycinu, a to se zvláštním zřetelem na funkci lmr(C). Zjistili jsme, že delece genu lmr(C) zásadně neovlivňuje produkci a ani rezistenci k linkomycinu, avšak má výrazný vliv na rezistenci ke...
|
|
|
Reedukace formálních poznatků v matematice v prostředí individuálního doučování
Novotná, Gabriela ; Vondrová, Naďa (vedoucí práce) ; Novotná, Jarmila (oponent)
Práce je zaměřena na reedukaci formálních poznatků v oblasti zlomků. Jelikož každý žák má v poznávacím procesu jiné potřeby a tempo, je proces reedukace zasazen do prostředí soukromého individuálního doučování. V teoretické části jsou nejprve na základě české i zahraniční literatury vymezeny základní pojmy (jak je v práci chápáno individuální doučování, o jakých žácích je pojednáváno a co to je formální poznání), následně je popsán konstruktivistický styl výuky, který je pro reedukaci formálních poznatků vhodný. Druhou částí práce je praktická implementace teoretických poznatků do tří případových studií. U tří žáků byly diagnostikovány formální poznatky v oblasti zlomků a následně byla v rámci jejich hodin soukromého doučování prováděna jejich reedukace. Je popsán proces, jak reedukace u každého z daných žáků probíhala. Součástí práce je i jakýsi manuál, čemu bychom se neměli vyhnout, budeme-li se o reedukaci zlomků u žáků pokoušet. KLÍČOVÁ SLOVA formální poznání, reedukace, individuální doučování, zlomky 4
|
|
|
Vliv exprese vanZTei a vanZg na rezistenci ke glykopeptidovým antibiotikům u Staphylococcus aureus
Zieglerová, Leona ; Balíková Novotná, Gabriela (vedoucí práce) ; Lichá, Irena (oponent)
Membránový protein VanZTei, který je kódován genem vanZ z vanA glykopeptidového rezistenčního genového klastru je součástí velké rodiny VanZ proteinů. VanZTei udílí rezistenci k teikoplaninu u Enterococcus faecalis a to nezávisle na přítomnosti dalších proteinů kódovaných klastrem. Náplní práce bylo porovnat schopnost dvou ortologních proteinů VanZTei a VanZg (z genomické DNA Enterococcus faecium) udílet rezistenci ke glykopeptidům u Staphylococcus aureus RN4220 a u Enterococcus faecium. Bylo zjištěno, že VanZg 8-16 krát zvyšuje rezistenci k teikoplaninu (Tei) a udílí 8 krát větší rezistenci k dalbavancinu (Dalb). VanZTei také udílí rezistenci k Tei i Dalb, ale zvýšení rezistence je jen dvojnásobné. Naopak VanZTei udílí v porovnání s VanZg účinněji rezistenci k nově syntetizovaným glykopeptidovým antibiotikům (čtyřnásobné zvýšení rezistence pro VanZTei a 2-4 násobné zvýšení rezistence pro VanZg). To naznačuje, že oba proteiny mají rozdílnou specificitu k antibiotikům. Přesto byly vyselektovány mutanty S. aureus RN4220 VanZTei pRMC2 se zvýšenou rezistencí k teikoplaninu (MICTei > 8 µg/ml) u nichž je rezistence závislá na expresi vanZTei. Tyto rezistentní mutanty nenesou mutaci v genu vanZTei ani v jeho ribozomálním vazebném místě. Ani jeden z proteinů neudílí rezistenci k vankomycinu a k jiným...
|
host ::
RSS.