|
|
Role microRNA v patogenezi těhotenských komplikací souvisejících s placentární insuficiencí
Fárková, Eva ; Hromadníková, Ilona (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent)
MicroRNA (miRNA) patří do skupiny krátkých nekódujících RNA o rozsahu 18 - 25 nukleotidů, které regulují genovou expresi posttranskripčně. Některé z miRNA disponují tkáňově specifickou funkcí. Předpokladem práce je, že některé miRNA a rozdíly v míře jejich exprese mohou být charakteristické pro těhotenské komplikace související s placentární insuficiencí a zároveň pro onemocnění kardiovaskulárního systému. Míra genové exprese 32 kardiovaskulárních miRNA byla sledována ve dvou typech biologického materiálu - placentární tkáni a periferní krvi matky, a to u pacientek s klinicky manifestovanou preeklampsií (PE), gestační hypertenzí (GH) a intrauterinní růstovou retardací (IUGR), které byly srovnávány se vzorky fyziologických gravidit (FG). Celkem bylo zpracováno 127 vzorků z placentárních tkání v zastoupení 20 FG, 20 GH, 20 IUGR, 67 PE a 80 vzorků z periferní krve, z toho 20 FG, 20 GH, 20 IUGR, 20 PE. Před samotným výzkumem proběhly dvě pilotní studie pro výběr endogenních kontrol pro normalizaci dat genové exprese v obou typech biologického materiálu. Detekce a kvantifikace probíhala prostřednictvím kvantitativní PCR v reálném čase. Na souboru placentárních tkání bylo identifikováno několik miRNA, které vykazovaly zvýšené hladiny u GH v porovnání s FG (miR-1, miR-16, miR-17, miR-20a, miR-21, miR-23a,...
|
|
|
Profilování extracelulárních mikroRNA u pacientů s akutní myeloidní leukémií před léčbou a po léčbě
Štěrbová, Monika ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Beličková, Monika (oponent)
Akutní myeloidní leukemie (AML), nejčastější akutní leukemie dospělých, se vyznačuje různými cytogenetickými a molekulárními abnormalitami. Nicméně genetická etiologie onemocnění není dosud zcela objasněna. MikroRNA (miRNA) jsou malé nekódující jednořetězcové RNA, které působí jako negativní regulátory genové exprese, a ovlivňují tak procesy proliferace, diferenciace a apoptózy. Deregulace miRNA exprese může tedy přispět k rozvoji onemocnění. Extracelulární miRNA se stávají novými biomarkery u mnoha chorob a nádorových onemocnění, například u rakoviny prsu, tlustého střeva a plic. Avšak stanovení profilu exprese miRNA v plasmě pacientů s AML, který by mohl sloužit jako biomarker pro diagnostiku, bylo provedeno zatím pouze v jedné studii. Studovali jsme expresi 750 lidských miRNA v plasmě u 8 pacientů při prvozáchytu AML a opakovaně po dosažení remise pomocí technologie TaqMan miRNA microarray. Vzorky pacientů odebrané při prvozáchytu AML vykazovaly ve srovnání se zdravými kontrolami odlišnou expresi 45 miRNA, z nichž bylo 25 méně exprimovaných a 20 více exprimovaných. Vzorky pacientů po dosažení remise vykazovaly ve srovnání s kontrolami odlišnou expresi 34 miRNA, z nichž bylo 21 down-regulovaných a 13 up-regulovaných. Klíčová slova akutní myeloidní leukemie (AML), biomarker, mikroRNA (miRNA),...
|
|
|
Analýza DNA v rodokmenových studiích a při určování vzdálenější genetické příbuznosti
Červená, Tereza ; Šimková, Halina (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent)
ČJ Práce se věnuje možnostem a problematice DNA analýzy při jejím využití v rodokmenových studiích a při určování vzdálenější genetické příbuznosti osob. Představuje přehled využitelných DNA markerů se zaměřením na propojení autozomálních a liniových markerů - mtDNA a Y-STR; charakterizuje typické vzorce předávání jednotlivých typů markerů a vysvětluje základní principy interpretace jejich analýzy. Práce se dále věnuje softwarům využívaným při statistických výpočtech a v závěrečné části jsou obsaženy kazuistiky; konkrétní příklady využití DNA analýzy pro účely rodokmenových studií a genetické příbuznosti osob. Klíčová slova DNA analýza, genealogie, rodokmenová studie, STR, SNP, DNA marker
|
|
|
Identifikace trichologického materiálu metodou High Resolution Melting vybranými SNPs ve forenzní praxi
Strobachová, Joanne ; Stenzl, Vlastimil (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent)
Analýza mitochondriální DNA (mtDNA) vlasů v telofázi hraje důležitou úlohu ve forenzním vyšetřování především z důvodu, že vlasy v telofázi jsou běžným typem biologických stop zanechaných na místě činu. Tento typ stop se vyznačuje častou absencí jaderné DNA, a tak není možné aplikovat standardní identifikační metody pomocí analýzy STR repetic. Vzhledem k časové a finanční náročnosti analýzy mtDNA není možné tuto analýzu provádět standardním postupem, který není využitelný ani jako screeningová metoda. Z tohoto důvodu jsme se rozhodli analyzovat mtDNA separovanou z trichologického materiálu a identifikovat jej na základě analýzy vybraných SNPs metodou High Resolution Melting (HRM). Abychom potvrdili shodnost mtDNA u různého typu biologického materiálu jednotlivce (bukální stěr, trichologický materiál v anafázi - vlasy, axilární ochlupení, pubické ochlupení), byly analyzovány takovéto sady od 12ti osob. Dále se analyzovala série bukálních stěrů a vlasů v telofázi od 17ti jedinců. Z celkového množství pěti vybraných SNP se podařila optimalizace analýzy tří SNP lokalizovaných na mtDNA. U pozic G3010A, C14766T je možná analýza trichologického materiálu v anafázi a telofázi. Možnost analýzy SNP C7028T je potvrzena pouze u trichologického materiálu v anafázi. Analýzou vybraných SNP pomocí námi...
|
|
|
Validace metody High Resolution Melting (HRM) pro účely DNAdiagnostiky; mutační analýza genu cystické fibrózy a vybraných kandidátních genů u mužské infertility
Peldová, Petra ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Korabečná, Marie (oponent)
V posledních letech došlo k výraznému rozvoji molekulárně genetické diagnostiky (DNA diagnostiky). Jsou zaváděny nové metody a technologie a rozšiřováno spektrum genetických služeb. Jelikož výsledky genetických testů zárodečného genomu mohou celoživotně ovlivnit zdraví a kvalitu života pacienta i jeho rodiny, je kladen důraz na neustálé zvyšování kvality poskytovaných diagnostických služeb. Stále více laboratoří přechází z "domácích metod" na komerční diagnostické soupravy, ale často pak svévolně modifikují protokoly výrobce. Proto je pro zajištění kvality genetických testů nezbytné všechny metody a technologie před zavedením do rutinní diagnostické praxe řádně validovat a verifikovat. V této dizertační práci jsem se věnovala otázce vhodnosti a využitelnosti metody High Resolution Melting (HRM) v diagnostice na základě její kompletní validace dle mezinárodních požadavků normy na řízení systému jakosti (ISO 15189). Potvrdili jsme užitečnost této metody a její výhody pro mutační skenování neznámých variant i genotypizaci častých polymorfismů, a to na příkladu různých genů (BRCA1, MTHFR či CFTR). Zároveň jsme poskytli metodické pokyny a postupy pro usnadnění diagnostické implementace této technologie a umožnění jejího úspěšného využití i v dalších genetických laboratořích, a na příkladu validace HRM poskytli...
|
|
|
Využití molekulárně cytogenetických metod v reprodukční genetice
Paulasová, Petra ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent) ; Vodička, Radek (oponent)
Téma: Využití molekulárně cytogenetických metod v reprodukční genetice Chromosomové abnormality jsou jednou z hlavních příčin vrozených vad, poruch fertility a/nebo lidské infertility. Přibližně 40-50% lidských plodů je chromosomově abnormálních. Chromosomové abnormality jsou příčinou asi 6% potratů v prvním trimestru těhotenství a vyskytují se u přibližně u 0,6% živě narozených dětí. Většina těchto CA má svůj původ v gametogenezi a vzniká poruchou procesu meiosy. Každá gameta je finálním a originálním produktem meiosy, nesoucí originální chromosomovou výbavu. Cytogenetické vyšetření gamet představuje proto důležitý úkol z hlediska porozumění mechanismu, původu a etiologie výše zmíněných chromosomových abnormalit. V tomto ohledu vyšetření gamet však představuje technicky náročný úkol. Moje Ph.D. práce je zaměřena na rozvoj nových technik pro detekci chromosomových abnormalit v gametách a embryích. Vyvinuli jsme PNA-FISH metodu jako alternativu ke konvenční FISH a PRINS metodě, pro rychlou, účinnou a robustní in situ detekci chromosomových abnormalit v lidských gametách, polárních tělíscích a blastomerách. S použitím přímo značených PNA sond pro chromosomy 1, 4, 9, 16, X a Y jsme provedli jednoduchou i vícebarevnou PNA-FISH metodu. Tato práce potvrzuje efektivitu multibarevné PNA-FISH reakce jako...
|
|
|
Identifikace trichologického materiálu metodou High Resolution Melting vybranými SNPs ve forenzní praxi
Strobachová, Joanne ; Stenzl, Vlastimil (vedoucí práce) ; Korabečná, Marie (oponent)
Analýza mitochondriální DNA (mtDNA) vlasů v telogenní fázi hraje důležitou úlohu ve forenzním vyšetřování především z důvodu, že vlasy v této fázi jsou běžným typem biologických stop zanechaných na místě činu. Tento typ stop se vyznačuje častou absencí jaderné DNA (nDNA), a proto je obvykle možná pouze analýza mtDNA. Vzhledem k časové a finanční náročnosti analýzy mtDNA však není možné tuto analýzu standardně provádět u všech relevantních vzorků. Z tohoto důvodu jsme se rozhodli analyzovat mtDNA izolovanou z trichologického materiálu a identifikovat jej na základě analýzy vybraných jednobázových polymorfismů (SNPs) metodou High Resolution Melting (HRM). Abychom potvrdili robustnost metody HRM u různého typu biologického materiálu jednotlivce, byl analyzován trichologický materiál v anagenní a telogenní fázi. Z celkového množství pěti vybraných SNP markerů se podařila optimalizace analýzy tří SNP lokalizovaných na mtDNA. U SNP pozice C14766T se potvrdila možnost analýzy trichologického materiálu v anagenní a telogenní fázi. Možnost analýzy SNP C7028T a G3010A je potvrzena pouze u trichologického materiálu v anagenní fázi. Analýzou vybraných SNP markerů pomocí námi optimalizované metody HRM se prokázala nezávislost genotypizační metody na typu biologického materiálu jedince a pro užití těchto SNP byl...
|
|
|
Úloha polymorfních markerů DNA v identifikaci osob a určování vybraných fenotypových znaků.
Zidkova, Anastassiya ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Drábek, Jiří (oponent) ; Hradil, Roman (oponent)
V současné době probíhá intenzivní výzkum použití genetických polymorfizmů pro analýzu degradovaných vzorků, identifikaci a určení příbuznosti. Dalším výzkumným cílem je rozšíření možností forenzní genetiky směrem k determinaci biogeografického původu a s ním spojených fenotypových charakteristik, jako barva očí, vlasů a pleti. První část předkládané práce se zabývala zpracováním studie založené na vyšet- ření populačního vzorku z České republiky pomocí sady markerů Investigator DIP- plex (QIAGEN, Německo) obsahující 30 autozomálních inzerčně-delečních polymor- fizmů. Diskriminační síla (Power of Discrimination - PD), která udává pravděpodob- nost, že dvě náhodně vybrané osoby nebudou mít stejný genotyp, pro celou sadu dosáhla hodnoty 99,9999999999%. Tato část studie dospěla k výsledku, že uvedená sada markerů je vhodná jako doplňkový panel markerů pro forenzní identifikaci a určování příbuznosti v české populaci. Druhá část předkládané práce představuje studii na středochorvatském populačním vzorku pomocí sady Mentype Argus X-8 (QIAGEN, Německo) obsahující 8 poly- morfizmů krátkých tandemových repetic na chromozómu X (X-STR) rozdělených do 4 vazebných skupin. PD celé sady...
|
|
| |
|
|
Asociačná štúdia s génom ADA a detailná charakterizácia dvoch chromozomálnych prestavieb u autizmu
Vážna, Alžběta ; Sedláček, Zdeněk (vedoucí práce) ; Ferák, Vladimír (oponent) ; Korabečná, Marie (oponent)
Autizmus postihuje až 1/150 detí a predstavuje tak závažný spoločenský problém. Je to komplexné ochorenie s jasne preukázaným genetickým komponentom, ale doteraz neobjasnenou etiológiou, na ktorú sa v súčasnosti sústreďuje intenzívny výskum. V oblasti genetiky sa skúmajú génové a chromozomálne defekty a ďalšie mechanizmy vrátane epigenetických, ktoré by mohli hrať úlohu v patogenéze. V našej práci sme sa pokúsili zreplikovať nájdenú asociáciu rizikovej alely ADA*2 s autizmom na súbore 385 českých detí. Ten bol väčší ako boli súbory pôvodne publikované. Zamerali sme sa aj na jednotlivé endofenotypy (typy autizmu, stupne mentálnej retardácie a komorbidity). Naše výsledky asociáciu autizmu s alelou ADA*2 nepotvrdili ani v kompletnom súbore, ani v žiadnej jeho podmnožine. Ďalším nálezom u autistov sú chromozomálne zmeny. Previedli sme analýzy kruhového chromozómu 17 a delécie chromozómu X u dvoch pacientok. Naše štúdie predstavujú pred nedávnom nemysliteľné prepojenie klasickej cytogenetiky s molekulárnou genetikou na úrovni sekvencie DNA. Ako prví na svete sme popísali štruktúru ľudského kruhového chromozómu. Charakterizácia defektov nám umožnila špekulovať o vplyve zúčastnených génov na fenotyp pacientov. Obidve tieto pilotné analýzy sa sústredili na veľké aberácie postihujúce desiatky génov, čo nám...
|
host ::
RSS.