|
|
Doplnění (imputace) chybějících genetických markerů SNP
Kranjčevičová, Anita ; Přibyl, Josef (vedoucí práce) ; Jindřich, Jindřich (oponent)
Práce s genomovými informacemi se ve šlechtění skotu stala standardem. Diplomová práce se zabývá zohledněním chybějících genetických markerů SNP na genetických čipech. Jedná se o doplnění chybějících hodnot v souborech dat obsahujících informace o výskytu jednonukleotidových polymorfismů SNP v genomu skotu. Tyto polymorfismy se využívají při výpočtech genomických plemenných hodnot, při stanovení genomické příbuznosti, a tím i při vlastním hodnocení zvířat. Nejběžnější čipy pro genotypování jsou Illumina a Affymetrix, každá firma vyvíjí vlastní techniku získávání genotypů. Affymetrix má jednotné kódování jednotlivých SNP mezi čipy různých generací, a proto není obtížné použití i starších dat. Illumina využívá mnoho kódování mezi jednotlivými generacemi čipů, přímé porovnání SNP proto není možné. Ve své platformě má čipy o různé hustotě a různé finanční náročnosti. Čipy od Illuminy se staly světovým standardem a jsou používány všemi chovatelskými společnostmi. Nejčastěji využívané programy pro imputace chybějících SNP jsou Beagle, AlphaImpute, Impute 2, FindHap, DAGPHASE, FImputePedImpute a MaCH. Jednotlivé programy vyžadují příbuzenskou vazbu mezi genotypovanými jedinci. V běžném chovatelském provozu genotypování není ve sledu generací. Proto byl použit vlastní metodický postup. Cílem diplomové práce je zmapování stávajícího výzkumu ohledně doplňování chybějících genetických markerů na genetických čipech a ověření výpočetního postupu. Bylo vytvořeno celkem 8 modelů, lišících se počtem testovaných SNP. Otestováno bylo 10 až 100 sousedních lokusů. Testování probíhalo u zvolených lokusů na dvou souborech. Soubor A představoval 260 genotypů býků několika plemen z České republiky. Soubor B obsahoval 3 982 býků z devíti zemí, kteří splňovali podmínku 100% podíl holštýna. V prvním případě bylo dosaženo velmi dobrých výsledků. Předpověď chybějících hodnot se podařila téměř přesně se spolehlivostí modelu 100%, výjimkou byly téměř homozygotní lokusy, kde bylo dosaženo spolehlivosti modelu jen 55%. Při testování druhého souboru dat, který obsahoval mnohem více genotypů, se u nejrozsáhlejšího modelu podařilo dosáhnout spolehlivosti 80 až 90 % a to i v případě homozygotních lokusů. Chyba předpovědi byla vyšší než v prvním případě. Bylo dokázáno, že předpověď chybějících hodnot lze dopočítat pomocí sousedních SNP. Výsledky práce slouží jako základ k dalšímu studiu genomických dat.
|
|
|
Diferencovanost demografického vývoje v regionech ČR
Pavlík, Jonáš ; Kába, Bohumil (vedoucí práce) ; Jindřich, Jindřich (oponent)
Diplomová práce se zabývá analýzou demografického vývoje ve Středočeském, Ústeckém a Moravskoslezském kraji v období 1993 - 2014. Na základě ukazatelů porodnosti, úmrtnosti, sňatečnosti, rozvodovosti a migrace jsou popsány rozdíly v demografickém chování populací jednotlivých regionů.
První část práce se orientuje na teoretický popis demografických ukazatelů a metod použitých v rámci statistické analýzy. Ve druhé části již proběhla samotná analýza na základě dat získaných od Českého statistického úřadu. Pro ukazatele sňatečnosti a rozvodovosti byly rovněž vypočítány prognózy budoucího vývoje.
|
|
|
Návrh koncepce části strategického plánu pro obec Obecnice
Šnajdrová, Radka ; Růžičková, Lenka (vedoucí práce) ; Jindřich, Jindřich (oponent)
Diplomová práce se dělí na teoretickou část, která se věnuje popisu regionálního rozvoje, strategickému plánování a srovnání strategického plánu v nadnárodním měřítku, a to ve vybraných Evropských státech. Praktická část popisuje území obce Obecnice, její socioekonomickou analýzu v oblasti ekonomiky, demografie, cestovního ruchu, občanské vybavenosti, infrastruktury a životního prostředí a vlastní místní šetření.
Výsledkem diplomové práce je analýza širších vztahů území obce Obecnice, syntéza poznatků zahrnuta ve SWOT analýze obce a formulování rozvojových opatření k dosažení strategické vize. Výstupy jsou v grafickém, tabulkovém a mapovém provedení. Jelikož strategické plánování je v České republice na více úrovních, zabývá se diplomová práce pouze úrovní místní.
|
|
|
Využití neseparovaného digestátu jako zdroje fosforu pro zahradní rostliny
Kujanová, Denisa ; Kulhánek, Martin (vedoucí práce) ; Jindřich, Jindřich (oponent)
Nástup moderního trendu obnovitelných zdrojů byl nevyhnutelným vyvrcholením vývoje civilizace. Lidstvo se učí více využívat zdroje nevyčerpatelné oproti ztenčování zásob neobnovitelných zdrojů. Mezi zprostředkovatele obnovitelných zdrojů energie patří také bioplynové stanice, jejichž hlavní funkcí je výroba bioplynu. Bioplyn vzniká procesem anaerobní fermentace bez přístupu kyslíku v uzavřených nádržích. Jako vstupní substráty do zemědělských bioplynových stanic jsou užívány bioodpady, kejda dobytka nebo například energetické traviny. Proces vzniku bioplynu na svém konci přináší fermentační zbytek neboli digestát. Jeho složení je závislé na vstupních složkách pro výrobu bioplynu.
Digestát je směs velmi bohatá nejen na fosfor, ale i další živiny, s vysokou hodnotou pH. Existuje mnoho studií zabývajících se teorií i praxí aplikace digestátu na půdu, za účelem zlepšení jejich vlastností a využití digestátu. Podobný cíl má i tato diplomová práce, jež zkoumá kombinace neseparovaného digestátu s rašelinou a vápnitým dolomitem, se snahou vytvořit vhodný substrát pro různé druhy rostlin, z hlediska obsahu přístupného fosforu.
V rámci pokusů byly v letech 2011 až 2015 využity tyto rostliny: Gazánie zářivá (Gazania rigens), Bazalka pravá (Ocimum basilicum) a Máta peprná (Mentha piperita). Jako kontrolní substráty byly použity tyto varianty: Pěstební substrát B, Gramoflor a Zahradnický substrát Primaflora. S rašelinou byl kombinován neseparovaný digestát v poměrech: 5, 10, 15, 20, 25 % objemových. V určitých letech byl za účelem stabilizace hodnot pH přidáván také vápnitý dolomit v dávkách 3, 6, 10, 15 g/l.
Z výsledků práce vyplývá pozitivní vliv digestátu na vlastnosti substrátu, jako je např. hodnota pH (s možným přídavkem vápence pro stabilizaci) či sušina. Digestát se jeví jako vhodný zdroj fosforu pro rostliny. Z hlediska výnosu nadzemní hmoty dosáhl nejvyšších hodnot kontrolní substrát Gramoflor, z testovaných substrátů to byl nejčastěji substrát s 10 % digestátu (ve dvou letech s dávkou dolomitu 6 a 15 g/l). Nejvyššího procentuálního zastoupení sušiny rostlin dosahovaly v průměru kontrolní substráty.
|
|
|
Financování zdravotnictví Spolkové republiky Německo
Adámková, Klára ; Stará, Dana (vedoucí práce) ; Jindřich, Jindřich (oponent)
Financování zdravotnictví je problém nejen Německa, ale mnoha zemí Evropy. Zvyšující se celkové výdaje na zdravotnictví vyplývají z mnoha důvodů jako je stárnutí populace a s tím související snižující se počet mladých lidí, kteří by přispívali do systému. Další problém financování zdravotnictví jsou stále se zvyšující ceny zdravotnických prostředků, léků, materiálů a energií. Již od počátku vzniku zdravotnického systému se Německo snaží stabilizovat tento systém pomocí mnoha reforem. Největší část příjmů zdravotnického systému tvoří příspěvky pojištěnců na zákonné sociální pojištění. Přesto je v Německu skoro od počátku vzniku zdravotnického systému zavedena spoluúčast pacientů. Soukromé výdaje jsou druhým největším nositelem nákladů na zdravotnictví. Německo patří mezi země, které mají za posledních 20 let poměrně vyrovnanou bilanci financování zdravotnictví. Patří mezi nejvyspělejší státy světa, což je vidět i na celkových výdajích na zdravotní péči, kdy tyto výdaje se v posledních letech pohybují okolo 11 procent HDP.
|
|
|
Projekt centra reprodukce koní
Nágrová, Tereza ; Šichtař, Jiří (vedoucí práce) ; Jindřich, Jindřich (oponent)
Jelikož v posledních letech roste zájem o chov koní a jezdectví, roste i zájem o jejich reprodukci. Ta vede ke zlepšování jejich genofondu a tím i k růstu sportovní výkonnosti. Vedle přirozené plemenitby tak stanuly metody umělé inseminace. Tato biotechnologická metoda ovšem vyžaduje potřebné vybavení pro odběr, hodnocení a zpracování ejakulátu. Proto jsou vybudována a nadále se budují reprodukční centra koní.
Cílem diplomové práce je zpracovat přehledné informace o náležitostech, které jsou důležité pro vybudování reprodukčního centra koní a následně vypracovat projekt centra v konkrétních podmínkách jezdeckého areálu v Mariánských Lázních.
Literární přehled obsahuje obecné informace o procesu schvalování staveb
a technických požadavcích na zemědělské stavby. Jsou zde popsány prostředky k udržování zoohygienických a veterinárních opatření. Dále také požadavky a minimální standarty na stáje pro koně, sklady krmiv, podestýlky a výběhy. V další části jsou již konkrétní informace
o procesu schválení stavby a provozu reprodukčního centra koní. Jsou zde popsány zoohygienické předpisy, podmínky pro veterinární dozor a zaměstnance. Dále požadavky
na technické vybavení centra. V neposlední řadě také požadavky pro přijímané a ustájené hřebce. Z velké většiny je čerpáno ze zákonů a technických norem České republiky.
Další částí je Zhodnocení podkladových údajů. Zde je popsán jezdecký areál,
ve kterém bude reprodukční centrum vybudováno. Jsou zde uvedeny veškeré činnosti areálu, informace o zaměstnancích a současné plemenitbě. Dále stručné informace o všech stavbách
a vybavení. Detailněji jsou poté popsány ty stavby, které budou přebudovány na reprodukční centrum.
Vlastní projekt začíná podnikatelským plánem budoucího reprodukčního centra. Je zde analyzováno vnější a vnitřní prostředí podniku. Vnější prostředí je analyzováno pomocí konkurence, dodavatelů a zákazníků. V prostředí vnitřním je analyzována marketingová
a personální strategie. Dále se již práce zabývá vlastním projektem. Jsou zde popsány všechny budovy a součásti reprodukčního centra: odběrová místnost, laboratoř, sklad inseminačních dávek, hygienická smyčka, stáj pro plemeníky, sklady krmiva, výběhy a další. Je zde také návrh potřebného vybavení a ekonomické zhodnocení reprodukčního centra.
|
|
|
Apoptické změny v kryokonzerovaném ejakulátu hřebců
Bubeníčková, Filipa ; Šichtař, Jiří (vedoucí práce) ; Jindřich, Jindřich (oponent)
Cílem práce bylo zhodnotit vliv času inkubace, použitých obalů, ředidel a individuality hřebců na výskyt apoptotických spermií v rozmražených inseminačních dávkách (ID).
Ejakulát byl odebrán od 6 starokladrubských hřebců standardním způsobem odběru. Odebrané ejakuláty byly ředěny dvěma typy žloutkocitrátových ředidel (GENT a LAKT) a plněny do 0,5 ml pejet a 5 ml hliníkových tub, ve kterých byly zmraženy a uchovávány v tekutém dusíku. Po rozmražení (37°C, 30-60 s.) byly ID hodnoceny na přítomnost apoptotických spermií ihned po rozmražení a v časech inkubace 15, 30, 45 a 60 minut po rozmražení s využitím fluorochromů Yo-Pro 1 a propidium jodidu a fluorescenčního mikroskopu.
Byl zjištěn statisticky významný rozdíl v zastoupení apoptotických spermií po rozmražení mezi ID ředěnými různým typem ředidla. V ID mražených v ředidle Gent bylo vyšší množství apoptotických i apoptotických spermií z celkového počtu živých, což naznačuje lepší přežívání spermií v tomto ředidle oproti laktózovému ředidlu. Byl prokázán vliv použitého obalu na přítomnost apoptotických spermií v ID po rozmražení. V 5 ml tubách bylo ihned po rozmražení statisticky významně vyšší průměrné zastoupení apoptotických spermií než v 0,5 ml pejetách. S postupujícím časem inkubace nebyly už rozdíly významné. Naopak procentuální zastoupení apoptotických spermií z celkového počtu živých bylo vyšší v 0,5 ml pejetách. Statisticky významný byl však tento rozdíl s 5 ml tubami zaznamenán až po hodinové inkubaci. Zásadní rozdíly byly patrné až při porovnání kombinací použitých ředidel a obalů. Jako nejlepší, s přihlédnutím hlavně k údaji procentuálního zastoupení apoptotických spermií z celkového množství živých, se zdá být použití ředidla Gent a 5 ml tub.
Významný vliv na zastoupení apoptotických spermií v kryokonzervovaných ID měla individualita hřebce. Pro zvýšení kvality produkovaných ID je třeba přistupovat ke každému hřebci individuálně, zvláště u plemen jako je starokladrubský kůň, u kterého vysoký stupeň inbreedingu může významně ovlivnit kvalitu ejakulátu a výslednou úspěšnost reprodukce.
|
|
| |
|
|
Nová měřicí jednotka CTRL V3
Klán, Petr ; Honc, P. ; Jindřich, J.
Článek popisuje samostatnou, rozměrově malou a snadno přenosnou jednotku určenou zejména pro laboratorní automatizaci. Počítač nebo pracovní stanice doplněná o jednotku CTRL V3 muže prostřednictvím komunikační linky s rozhraním RS-232 (případně USB) měřit nebo vysílat elektrické analogové nebo logické signály. Součástí je programové vybavení umožňující s jednotkou CTRL V3 komunikovat přímo z prostředí MATLAB 6.
|
|
|
Podpora vývoje softwaru ve Visual Studiu 2005
Bezecný, Adam ; Kašparová, Alena (vedoucí práce) ; Jindřich, Jaroslav (oponent)
Diplomová práce popisuje vývoj softvéru na platformě Visual Studio 2005 Team System (VSTS). Práce klade důraz především na popis funkcionality umožňující efektivní týmovou spolupráci a na popis nových inovativních rysů. Práce nepopisuje pouze pozitivní rysy produktu, identifikuje také základní nedostatky současné verze, na základě zkušeností vývojových týmů používajících VSTS a subjektivních názorech autora.
|
host ::
RSS.