|
|
Synthesis and delivery of novel fluorescently-labelled nucleotides and their nucleic acids for bio-analytical applications
Güixens Gallardo, Pedro ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Zimčík, Petr (oponent) ; Klán, Petr (oponent)
1 Abstrakt Cílem disertační práce bylo syntetizovat nové fluorescenčně značené nukleotidy a odpovídající nukleové kyseliny pro bioanalytické aplikace a také pro jejich transport do buněk. Práce se také zaměřila na vývoj účinné metody pro inhibici netemplátové inkorporace nukleotidů. Problematická netemplátová enzymatická inkorporace nukleotidů je řešena použitím několika komerčně dostupných 5'-modifikovaných-oligonukleotidů. Oligonukleotidy (ON), které jsme testovali, obsahovaly ortho interkalující skupinu (oTINA), tritylovou skupinu nebo biotin na 5'-konci. Modifikované oligonukleotidy byly použity jako templáty v experimentech enzymatického prodloužení primeru (PEX) v přítomnosti buď modifikovaných nukleotidů nebo pouze přírodních deoxynukleosid trifosfátů (dNTP). Templáty oTINA byly použity pro PEX reakce s využitím přírodních dNTP a různých DNA polymeráz rodiny A nebo B. Souběžně byly nezávisle na sobě navrženy a syntetizovány dva typy fluorescenčních nukleosidových derivátů. Nejprve jsme navrhli nové fluorescenční nukleotidové značky obsahující hexamethylovanou BODIPY skupinu jako výraznou fluorescenční značku. Mimo to jsme se zaměřili na zlepšení fluorescenčních nukleotidových sond citlivých na viskozitu a polaritu. Fluorescenčně značené methylované BODIPY nukleotidy (dNmBdpTP) byly připraveny s...
|
|
|
Photodissociation of small polyatomic molecules investigated via molecular beam and velocity map imaging techniques
Vinklárek, Ivo ; Fárník, Michal (vedoucí práce) ; Wester, Roland (oponent) ; Klán, Petr (oponent)
Zobrazování rychlostních map fotofragmentů (VMI) kombinované se supersonickou ex- panzí molekul nabízí detailní vhled do fotodynamiky molekulárních systémů. Tato práce přináší úvod do teorie fotodisociace a aplikovaných experimentálních metod, tj., VMI a hmotnostní spektrometrie, následovaný přehledem dosažených výsledků při studiu fo- todisociace a klastrování na vybraných molekulárních systémech. Dále jsou zde popsané provedené úpravy experimentální aparatury a nově implementovaná metoda čítání jednot- livých událostí s ohledem na budoucí experimenty. První část experimentálních výsledků je zaměřena na základní výzkum fotodisociace izolovaných molekul. Například demon- strujeme efektivní vazbu mezi valenční vibrací N-H vazby molekuly pyrrolu a uvolněním H radikálu. Dále studujeme vliv singlet-tripletní dynamiky a molekulární struktury na redistribuci energie během fragmentace vybraných chloroalkanů. Druhá část výsledků se věnuje studiu chloroalkanových klastrů s ohledem na atmosférickou chemii. To je přede- vším zastoupeno studiem odlišných dynamik CH3 a Cl fragmentů během fotodisociace (CH3Cl)n klastrů. Poslední část práce rozšiřuje výzkum klastrování molekul skrze naše ne- dávné experimenty s dopováním molekul na klastry polyaromatických uhlovodíků, které jsou zkoumány jako modelový systém pro...
|
|
|
Investigation of monomolecular organic layers and their interaction with atmospheric oxidants and pollutants
Habartová, Alena ; Jungwirth, Pavel (vedoucí práce) ; Jedlovszky, Pal (oponent) ; Klán, Petr (oponent)
Název práce: Výzkum monomolekulárních organických vrstev a jejich interakce s atmosferickými oxidanty a polutanty Autor: Mgr. Alena Habartová Ústav: Ústav organické chemie a biochemie, Akademie věd České republiky Vedoucí disertační práce: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, DSc. Abstrakt: Pomocí simulací klasické molekulové dynamiky jsme studovali in- terakce Langmuirových monovrstev kyseliny palmitové a haloalkanů, jako látek znečišťujících ovzduší a jako modelových systémů přirozeně se vyskytujících v atmosféricky relevantních makroskopických vodních systémech a aerosolech. Zkou- mali jsme rozdělení, orientaci, solvataci, jakož i strukturu a morfologii jednotlivých složek a jejich směsi na rozhraní voda/vzduch při různých teplotách, abychom ověřili náš výpočetní model a doplnili experimentální data detaily na molekulové úrovni. Ukázali jsme, že halogenuhlovodíkové molekuly adsorbované na amorfních ledových nanočásticích při 100 K zůstávají převážně izolované a netvoří agregáty, na rozdíl od jejich shlukování na kryogenních argonových nanočásticích. Doku- mentujeme, že chloro-, bromo- a jodoalkany s krátkými alkylovými řetězci (C1 až C5) preferují vnější oblast rozhraní voda/vzduch. Jejich průměrné rezidenční doby se pohybují v rozmezí stovek ps až několika ns při teplotě 300 K a závisejí na délce alkylového...
|
|
|
Investigation of Non-Heme Iron-Oxo Intermediates in the Gas Phase
Andris, Erik ; Roithová, Jana (vedoucí práce) ; Nachtigall, Petr (oponent) ; Klán, Petr (oponent)
V této práci jsem studoval terminální oxo komplexy železa za pomoci měření reaktivity v plynné fázi a fotodisociační spektroskopie iontů s využitím héliového značení v IČ (IRPD) a vis (visPD) oblasti. V první části jsem změřil IRPD spektra oxoželezičitých komplexů s amínovými ligandy TMC, N4Py a PyTACN v různých nábojových stavech. Zjistil jsem, že vlnočty valenčních Fe=O vibrací jsou oproti vlnočtům v roztoku posunuty modře průměrně o 9 cm-1 . Taktéž jsem metodou štěpení nitrátu připravil stereoizomery komplexů [(PyTACN)FeIV (O)(X)]+ , kde X je CF3COO anebo NO3, které se lišily spinovým stavem. Pozoroval jsem, že vlnočet Fe=O vibrace nezávisí na spinovém stavu komplexu. Výsledky měření reaktivity v plynné fázi ukázaly, že zatímco dvakrát nabité komplexy abstrahují z 1,4- cyklohexadienu hydrid, jednou nabité komplexy přímo abstrahují vodík a přenášejí na alken kyslík za tvorby epoxidu. Největší vliv na reaktivitu měla změna ligandu v trans poloze vůči Fe=O skupině; spinový stav hrál menší roli. Ve druhé části jsem připravil a studoval spektra oxoželezitých komplexů s ligandy N4Py, TPA, TQA a TMC. Z IRPD a visPD spekter těchto komplexů jsem za pomoci DFT výpočtů zjistil, že zatímco první dva mají jako spinový stav kvartet, poslední dva jsou sextety. Vlnočet valenční Fe=O vibrace kvartetových...
|
|
|
Nanofiber materials simultaneously photogenerating NO and 1O2 species; Reversible NO binding on boron-containing clusters
Dolanský, Jiří ; Mosinger, Jiří (vedoucí práce) ; Klán, Petr (oponent)
V této práci byly připraveny a charakterizovány polystyrenové nanovlákenné materiály s kovalentně vázaným NO-fotodonorem a elektrostaticky vázaným tetrakationtovým porfyrinoidním fotosensitizerem. Tyto fotofunkční materiály mají schopnost simultánně fotogenerovat antibakteriální molekuly NO a O2(1 ∆g) na denním světle, a tím sterilizovat svůj povrch a blízké okolí. Nanovlákenné materiály byly studovány pomocí SEM, FTIR, emisní a UV/vis spektroskopie a pomocí časově rozlišené emisní a absopční spektroskopie. Antibakteriální efekt byl testován na Escherichia coli. Kombinace duální antibakteriální schopnosti a nanoporézní charakter nanovlákenného materiálu, zadržující pathogeny jako např. bakterie na svém povrchu, umožňuje tyto materiály využít v oblastech, kde je vyžadováno sterilní prostředí (roušky, kryty ran atd.). Pro studium vázání NO byl připraven v literature již popsaný bimetallický boranový klastr (PMe2Ph)4Pt2B10H10, který má schopnost reverzibilně vázat malé plynné molekuly. Úspěšně bylo syntetizováno sedm nových monometallických prekurzorů (s Pt, Pd či Ni) pro syntézu bimetallických boranových klastrů s účelem studia reverzibilního vázání NO. Všechny látky byly chromatograficky přečištěny a charakterizovány pomocí NMR spektroskopie a rentgenové difrakční analýzy. Předmětová slova:...
|
|
|
Implementation of ion imaging technique in experiments with free molecules, clusters and nanoparticles
Kočišek, Jaroslav ; Fárník, Michal (vedoucí práce) ; Klán, Petr (oponent) ; Glosík, Juraj (oponent)
Název práce: Implementace techniky iontového zobrazování ve fotodisociačním experimentu s volnými molekulami, klastry a nano částicemi ve vakuu Autor: Jaroslav Kočišek Katedra: Katedra fyziky povrchů a plazmatu Vedoucí disertační práce: Mgr. Michal Fárník, PhD., DSc., Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského, AV ČR, v.v.i. Abstrakt: Experimentálna práca sa zaoberá implementáciou nových techník do oblasti štúdia klastrov a nanočastíc v molekulových zväzkoch. V rámci práce bol otestovaný systém kombinujúci pulzný molekulový zdroj klastrov s technikou iónového zobrazovania v konfigurácii mapovania rýchlostí. Následne bola rovnaká metóda implementovaná spolu s novým hmotnostným spektrometrom na zariade- nie s molekulovým zväzkom veľkostne selektovaných klastrov. Nové metódy boli použité na štúdium vplyvu prostredia na foto a elektrónmi indukované reakcie klastrov. Medzi najdôležitejšie výsledky patrí ukázanie vplyvu expanzných pod- mienok na štruktúru formovaných klastrov HBr a C2H2. Výsledky experimentov s molekulami HNO3 a CF2Cl2 sú potom dôležité pre pochopenie heterogénnych procesov v stratosfére. Klíčová slova: iontové zobrazování, hmotnostní spektrometrie, molekulové svazky, fotchemie, nanočástice
|
|
|
Synthesis and delivery of novel fluorescently-labelled nucleotides and their nucleic acids for bio-analytical applications
Güixens Gallardo, Pedro ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Zimčík, Petr (oponent) ; Klán, Petr (oponent)
1 Abstrakt Cílem disertační práce bylo syntetizovat nové fluorescenčně značené nukleotidy a odpovídající nukleové kyseliny pro bioanalytické aplikace a také pro jejich transport do buněk. Práce se také zaměřila na vývoj účinné metody pro inhibici netemplátové inkorporace nukleotidů. Problematická netemplátová enzymatická inkorporace nukleotidů je řešena použitím několika komerčně dostupných 5'-modifikovaných-oligonukleotidů. Oligonukleotidy (ON), které jsme testovali, obsahovaly ortho interkalující skupinu (oTINA), tritylovou skupinu nebo biotin na 5'-konci. Modifikované oligonukleotidy byly použity jako templáty v experimentech enzymatického prodloužení primeru (PEX) v přítomnosti buď modifikovaných nukleotidů nebo pouze přírodních deoxynukleosid trifosfátů (dNTP). Templáty oTINA byly použity pro PEX reakce s využitím přírodních dNTP a různých DNA polymeráz rodiny A nebo B. Souběžně byly nezávisle na sobě navrženy a syntetizovány dva typy fluorescenčních nukleosidových derivátů. Nejprve jsme navrhli nové fluorescenční nukleotidové značky obsahující hexamethylovanou BODIPY skupinu jako výraznou fluorescenční značku. Mimo to jsme se zaměřili na zlepšení fluorescenčních nukleotidových sond citlivých na viskozitu a polaritu. Fluorescenčně značené methylované BODIPY nukleotidy (dNmBdpTP) byly připraveny s...
|
|
|
Investigation of Non-Heme Iron-Oxo Intermediates in the Gas Phase
Andris, Erik ; Roithová, Jana (vedoucí práce) ; Nachtigall, Petr (oponent) ; Klán, Petr (oponent)
V této práci jsem studoval terminální oxo komplexy železa za pomoci měření reaktivity v plynné fázi a fotodisociační spektroskopie iontů s využitím héliového značení v IČ (IRPD) a vis (visPD) oblasti. V první části jsem změřil IRPD spektra oxoželezičitých komplexů s amínovými ligandy TMC, N4Py a PyTACN v různých nábojových stavech. Zjistil jsem, že vlnočty valenčních Fe=O vibrací jsou oproti vlnočtům v roztoku posunuty modře průměrně o 9 cm-1 . Taktéž jsem metodou štěpení nitrátu připravil stereoizomery komplexů [(PyTACN)FeIV (O)(X)]+ , kde X je CF3COO anebo NO3, které se lišily spinovým stavem. Pozoroval jsem, že vlnočet Fe=O vibrace nezávisí na spinovém stavu komplexu. Výsledky měření reaktivity v plynné fázi ukázaly, že zatímco dvakrát nabité komplexy abstrahují z 1,4- cyklohexadienu hydrid, jednou nabité komplexy přímo abstrahují vodík a přenášejí na alken kyslík za tvorby epoxidu. Největší vliv na reaktivitu měla změna ligandu v trans poloze vůči Fe=O skupině; spinový stav hrál menší roli. Ve druhé části jsem připravil a studoval spektra oxoželezitých komplexů s ligandy N4Py, TPA, TQA a TMC. Z IRPD a visPD spekter těchto komplexů jsem za pomoci DFT výpočtů zjistil, že zatímco první dva mají jako spinový stav kvartet, poslední dva jsou sextety. Vlnočet valenční Fe=O vibrace kvartetových...
|
|
|
Návrh a vývoj nové webové služby na rozesílání oděvů
Feldstein, David ; Klán, Petr (vedoucí práce) ; Šretr, Jiří (oponent)
Cílem práce je vytvořit webovou službu na rozesílání balíčků s oděvy (blíže popsanou v teoretické části) od počátečního návrhu až po konečnou realizaci v autorském redakčním systému FeldCode CMS. Tato služba se také plánuje uvést do reálného provozu a to v létě roku 2017. Proto sekundárním cílem této práce je rovněž vytyčit klíčové identifikátory úspěchu provozu služby s předpokladem, že na tyto identifikátory bude navázáno v diplo-mové práci na magisterském studiu s cílem zhodnotit úspěšnost celého projektu. Obsah práce bude klasicky rozdělen na teoretickou a praktickou část. V teoretické části se bude věnovat hlavně popisu celé služby, procesům a jejich účastníkům. Bude zde k nalezení také souhrn technologií použitých při vývoji, některé designové zásady, kterými jsem se při vývoji řídil, a samozřejmě budou stanoveny již zmíněné klíčové identifikátory úspěchu. Praktická část poté sestává z grafického návrhu a vlastní aplikace, která je nedělitelnou elektronickou přílohou práce obsahující všechny zdrojové kódy a SQL příkazy pro vytvoření struktury její databáze.
|
|
|
Vývoj webových stránek s implementací webové analytiky
Kolařík, Miroslav ; Klán, Petr (vedoucí práce) ; Galba, Alexander (oponent)
Cílem této bakalářské práce je vytvořit firemní webové stránky podle nejnovějších trendů a standardů. Součástí bude také inherentní implementace webové analytiky. Tyto stránky by měly informovat nové i stávající zákazníky, zvýšit povědomí o firmě a zároveň poskytovat data pro analýzu jejich využití. V teoretické části bude stručně popsán jazyk HTML, CSS a metody webové analytiky. Praktická část se zaměřuje na vývoj webových stránek, které budou optimalizovány pro mobilní zařízení, bude provedena jejich základní optimalizace pro vyhledávače, a nakonec implementována webová analytika s využití služeb Google Analytics.
|
host ::
RSS.