|
| |
|
| |
|
|
Vyšetření rekombinací mezi genem a pseudogenem pro β-glukocerebrosidasu vedoucích ke vzniku patogenních alel
Peková, Barbora ; Hřebíček, Martin (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Cílem této diplomové práce bylo vypracovat přehled o genové konverzi, její roli v patogenezi lidských onemocnění a zhodnotit využití metod založených na sekvenování nové generace (NGS) pro detekci vzácných změn sekvence DNA. Jedná se o pilotní studii využití NGS pro detekci bodových mutací vznikajících de novo v genu pro β-glukocerebrosidasu genovou konverzí mezi ním a jeho pseudogenem v meiotických a mitotických buňkách kontrolních osob. Primery specifické pro aktivní gen byly použity pro selektivní amplifikaci úseku devátého a desátého exonu genu, kde se "rekombinantní" změny vyskytují nejčastěji. Byla využita metoda značení cílových molekul DNA pomocí náhodných sekvencí v primeru. Bioinformatickým zpracováním byly detekovány bodové mutace v sekvencích získaných z 20 vzorků genomové DNA na platformě Illumina MiSeq. Sekvence byly filtrovány, tříděny podle unikátního značení jednotlivých molekul DNA a byly vytvořeny alignmenty těchto sekvencí. Softwarovou detekcí se záměrně nestriktními kritérii bylo v jednotlivých vzorcích nalezeno 12-48 potenciálních bodových mutací, které byly následně ověřovány přehodnocením alignmentů sekvencí nesoucích shodnou značící sekvenci. Počet alignmentů s unikátním značením byl v rozmezí 7-15 tisíc na vzorek. Ve třech vzorcích byly nalezeny v genu pro...
|
|
|
Biochemical and molecular studies of the congenital disorders of glycosylation
Ondrušková, Nina ; Hansíková, Hana (vedoucí práce) ; Stiborová, Marie (oponent) ; Hřebíček, Martin (oponent)
Dědičné poruchy glykosylace (Congenital disorders of glycosylation, CDG) jsou rychle rostoucí skupinou vzácných dědičných metabolických poruch s prevalencí až 1:20 000, které jsou zapříčiněny genetickými defekty narušujícími proces glykosylace, tj. enzymatického připojení specifické sacharidové struktury na kostru proteinů nebo lipidů. Kvůli nespecifitě a variabilitě klinických příznaků u pacientů je určení diagnózy CDG velmi složité, a významně se spoléhá na správnou biochemickou a genetickou analýzu. Záměrem předložené dizertační práce bylo studium CDG na biochemické a molekulárně-genetické úrovni v rámci České a Slovenské republiky, které zahrnovalo tři specifické cíle: A.) zavést a optimalizovat laboratorní screeningové metody pro detekci CDG u klinicky suspektních pacientů, B.) určit odpovídající genetický defekt u pozitivních pacientů zachycených pomocí screeningu a studovat patobiochemické aspekty jednotlivých typů CDG na buněčné úrovni, a C.) analyzovat poruchy glykosylace s jinou (non-CDG) etiologií. Mezi přínosy této práce patří optimalizace isoelektrické fokusace apolipoproteinu C-III (ApoC-III) jako metody pro detekci abnormální O-glykosylace, a také popis praktických implikací metod pro screening CDG (např. detekce specifického polymorfizmu transferinu, u kterého nelze screening CDG...
|
|
|
Rekombinace mezi genem a pseudogenem pro glukocerebrosidasu jako mechanismus vzniku mutací u Gaucherovy choroby
Peková, Barbora ; Hřebíček, Martin (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Gaucherova choroba je autosomálně recesivní dědičné onemocněním způsobené deficitem lysosomálního enzymu β-glukocerebrosidasy. U pacientů s Gaucherovou chorobou byly nalezeny v genu pro β-glukocerebrosidasu komplexní mutace, které vznikly rekombinací s nefunkčním pseudogenem. Rekombinace mezi geny a jejich odpovídajícími pseudogeny hraje roli i při vzniku dalších lidských dědičných onemocnění. Mutantní alely vznikající při ženské i mužské meióze vedou k trvalému výskytu takovýchto patogenních alel v genofondu. Studium frekvence a rozsahu rekombinací v gametách, v genech asociovaných s lidskými onemocněními, má proto význam pro studium zátěže těmito nemocemi v populaci. Vyšetření rozsahu jednotlivých rekombinací v genu pro β-glukocerebrosidasu v lidských gametách je technicky obtížné. Využití nových technik jako sekvenování nové generace, sekvenování pomocí nanopórů nebo digitální PCR může poskytovat výhodu oproti dříve používaným technikám. Klíčová slova: rekombinace, genová konverze, pseudogen, β-glukocerebrosidasa, komplexní alely, Gaucherova choroba
|
|
|
Molekulární podstata X-vázané adrenoleukodystrofie: variabilita fenotypů a zešikmení X inaktivace u heterozygotek
Veselková, Tereza ; Dvořáková, Lenka (vedoucí práce) ; Hřebíček, Martin (oponent)
X-vázaná adrenoleukodystrofie (X-ALD) je dědičné peroxizomální onemocnění, způsobené mutacemi v genu ABCD1 kódujícím ATP vázající kazetový transportér. V důsledku těchto mutací dochází u pacientů k akumulaci mastných kyselin s velmi dlouhým řetězcem a poruchám zejména v nervovém a adrenálním systému. Muži postižení X-ALD vykazují značnou variabilitu fenotypů, přičemž projevy onemocnění jsou nezávislé na typu mutace v ABCD1. Na výsledný fenotyp tak pravděpodobně mají vliv i jiné geny či environmentální faktory. Přestože se jedná o chorobu původně označovanou jako gonozomálně recesivní, 88 % heterozygotek starších 60 let má neurologické symptomy. Vliv zešikmení X inaktivace na závažnost projevů X-ALD u žen byl studován v několika pracích, které přinesly velmi rozporuplné výsledky. Penetrance a expresivita onemocnění u žen je tak zřejmě ovlivněna i jinými faktory. Podle dosavadních výsledků zřejmě není možné na základě stanovení zešikmení X inaktivace predikovat průběh nemoci. Klíčová slova: X-vázaná adrenoleukodystrofie, mastné kyseliny s velmi dlouhým řetězcem, ABCD1, X inaktivace, heterozygotky
|
|
|
Optimalizace novorozeneckého screeningu cystické fibrózy v České republice
Krulišová, Veronika ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Vrtěl, Radek (oponent) ; Hřebíček, Martin (oponent)
Univerzita Karlova v Praze 2. lékařská fakulta Autoreferát dizertační práce Optimalizace novorozeneckého screeningu cystické fibrózy v České republice MUDr. Veronika Krulišová Praha, 2014 2 Doktorské studijní programy v biomedicíně Univerzita Karlova v Praze a Akademie věd České republiky Obor: Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie Předseda oborové rady: Prof. RNDr. Stanislav Zadražil, DrSc. Školicí pracoviště: Ústav biologie a lékařské genetiky 2. lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze a Fakultní nemocnice Motol Autor: MUDr. Veronika Krulišová Školitel: Prof. MUDr. Milan Macek jr., DrSc. Konzultant: Doc. MUDr. Felix Votava, Ph.D. Oponenti: Autoreferát byl rozeslán dne: Obhajoba se koná dne: ……………..v ………..hod. kde: …………………… S dizertační prací je možno se seznámit na děkanátu 2. lékařské fakulty Univerzity Karlovy v Praze. 3 ABSTRAKT Novorozenecký screening cystické fibrózy umožňuje diagnostikovat pacienty s cystickou fibrózou v preklinickém stadiu nebo v době, kdy ještě nejsou klinické příznaky plně vyjádřeny. Na základě včasné diagnostiky pak mohou být pacienti s cystickou fibrózou léčeni již před vznikem ireverzibilních změn v organizmu, což významně prodlužuje a také zlepšuje kvalitu života. Komentovaná verze dizertační práce se zabývá problematikou výběru vhodného screeningového...
|
|
|
Charakterizace promotorových oblastí genů HGSNAT a GBA, a příspěvek ke studiu patogeneze MPS IIIC a Gaucherovy choroby
Richtrová, Eva ; Hřebíček, Martin (vedoucí práce) ; Macek, Milan (oponent) ; Adam, Tomáš (oponent)
Patogeneze mukopolysacharidózy IIIC (MPS IIIC) a Gaucherovy choroby nebyla na molekulární úrovni doposud zcela objasněna, stejně jako nejsou známy důvody pro výrazně rozdílné fenotypové projevy u pacientů nesoucích stejný genotyp. Protože varianty v regulačních oblastech genů mohou být příčinou výše zmíněné fenotypové variability, zabývala jsem se studiem doposud necharakterizovaných promotorových oblastí genů HGSNAT a GBA, které jsou mutovány u těchto dvou lysosomálních onemocnění. Prokázala jsem existenci alternativního promotoru genu GBA (P2) a dále se zabývala studiemi, které by mohly objasnit jeho fyziologickou funkci a případně i roli při patogenezi Gaucherovy choroby. Zjistila jsem, že alternativní promotor genu GBA není tkáňově specifický a nevede k variabilní expresi mRNA pro glukocerebrosidázu u pacientů se stejným genotypem a výrazně odlišnými fenotypovými projevy. P2 není různě využíván během diferenciace monocytů na makrofágy, ani u makrofágů odvozených od kontrolních osob a od pacientů s Gaucherovou chorobou, u kterých je střádání přítomno hlavně v buňkách makrofágového původu. Nepodařilo se tedy nalézt změny svědčící pro možnou úlohu P2 v patogenezi nemoci. Dále jsem charakterizovala promotorovou oblast genu HGSNAT a prokázala jsem, že vazba transkripčního faktoru Sp1 je důležitá pro...
|
|
|
Molekulárně genetická analýza u Niemann-Pickovy choroby typu C
Marešová, Ivona ; Dvořáková, Lenka (vedoucí práce) ; Hřebíček, Martin (oponent)
Niemann-Pickova choroba typu C je velice závažné onemocnění s autozomálně recesivním typem dědičnosti. Příčinou nemoci jsou patogenní mutace nacházející se v genech NPC1/NPC2. Tyto geny kódují lysozomální neenzymatické NPC1/NPC2 proteiny, které se podílejí na transportu lipidů. V důsledku deficitu těchto proteinů dochází k intracelulárnímu hromadění lipidů, především neesterifikovaného cholesterolu a glykolipidů. Kauzální terapie je v současnosti neuspokojivá, vyvíjejí se proto nové léčebné postupy. Některé z nich závisí na tom, zda se v buňkách pacientů vyskytuje alespoň zbytkové množství transkriptu genu NPC1. U vybraných pacientů, u kterých byla k dispozici kultura kožních fibroblastů, jsem charakterizovala vliv patogenních mutací na množství transkriptu. Výsledky ukázaly, že u všech patogenních mutací je množství transkriptu detekovatelné. Současně jsem charakterizovala strukturu promotoru genu NPC1. Sekvenační analýzou jsem v promotoru nalezla polymorfizmy rs8099071, rs28403610, rs2981422, rs1652354, rs1788774, rs1788772. Analyzovala jsem skladbu polymorfizmů u jednotlivých pacientů, výsledky svědční pro existenci šesti různých haplotypů. U nově diagnostikované pacientky jsem mutační analýzu nalezla pouze jednu patogenní mutaci p.I1061T (c.3182T>C) v genu NPC1. Z tohoto důvodu jsem pomocí...
|
|
|
Cystická fibróza a novorozenecký screening cystické fibrózy v ČR
Balaščáková, Miroslava ; Macek, Milan (vedoucí práce) ; Kadlecová, Jitka (oponent) ; Hřebíček, Martin (oponent)
Cystická fibróza (CF; OMIM #217900; patří mezi nejčastější závažné autozomálně recesivní onemocnění u evropských populací. Údaje o jejím výskytu se však značně liší. Obecně se udává incidence v evropské populaci 1:2500 -1: 4500. V České republice byla incidence CF stanovena dřívějšími epidemiologickými (3,4,5) a následně molekulárně genetickými metodami (6,7) na 1:2736 novorozenců. Jedná se o multiorgánové onemocnění primárně postihující plíce, exokrinní funkci pankreatu, játra, střeva a mužský reprodukční systém. Dosud není k dispozici kauzální léčba, nicméně délka a kvalita života pacientů s CF se v posledních desetiletích významně zlepšila. Zatímco v 50. letech minulého století umírala většina dětí v kojeneckém věku, v současnosti se ve vyspělých zemích nemocní mohou dožít i 50 let. Zlepšuje se i kvalita života nemocných. V České republice podle dat z národního registu (www.cfregistr.cz) je medián věku 25,3 roků a např. v USA činí medián 36,9 let. Intenzivní léčba na jedné straně prodlužuje střední délku života, ale na druhou stranu přispívá k rozvoji sekundárních komplikací CF. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
host ::
RSS.