|
|
Diferenciace kolonií Saccharomyces cerevisiae
Čáp, Michal
Kvasinkové kolonie jsou, podobně jako bakteriální biofilmy, mnohobuněčnou strukturou tvořenou jednobuněčnými organismy. Tato společenstva mají svá specifika a v mnoha ohledech se liší od planktonních populací. Dochází zde k vytváření gradientů živin a metabolitů, což poskytuje základ pro buněčnou diferenciaci na rozdílné subpopulace. Přehled současných znalostí na toto téma s důrazem na kvasinkové biofilmy a kolonie je učiněn v Literárním úvodu této práce. Ve výsledkové části se pak věnuji diferenciací kolonií kvasinky Saccharomyces cerevisiae, jako modelové mnohobuněčné mikrobiální struktury. Zabývám se zde hlubší charakterizací dříve popsané horizontální diferenciace, tj. diferenciace mezi středem a okrajem kolonie, a její vztah k amoniakové signalizaci a stresové rezistenci. Zaměřil jsem se na studium významu genů stresové rezistence, jako předpokládaného významného faktoru pro přežití kolonií, pro vývoj a diferenciaci kolonií. Výsledky poněkud překvapivě ukazují na to, že stresová rezistence sama o sobě není zásadní pro přežití a diferenciaci kolonie, pro tu jsou spíše důležité změny vyvolané amoniakovou signalizací. Druhým typem diferenciace v kolonii je vertikální diferenciace na horní a dolní vrstvu popsaná v této práci. Buňky v horní a spodní vrstvě kolonie se výrazně liší morfologií,...
|
|
|
Translational control in immune response.
Hlaváček, Adam ; Valášek, Leoš (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Imunitní reakce často vyžaduje rychlé změny v expresi genů, které mění fyziologii daných buněk. Množství článků dokládajících rozhodující vliv translační kontroly v tomto aspektu biologie buňky roste. Cílem této práce je poukázat na některé buněčné a molekulární mechanismy, které spojují translační kontrolu a imunitní reakce v buňkách imunitního systému, ale také ostatních somatických buňkách a popřípadě mohou být zneužívány některými viry. Řada imunologicky významných kontrolních mechanismů vykazuje podobnost s mechanizmy účastnícími se odpovědi na stress. V minulých letech bylo doloženo, že T buňky, dendrocyty, přirození zabíječi (z angl. natural killer) a makrofágy využívajítranslační kontrolu jako součásti aktivace imunitních buněk následující po stimulaci. Kombinace obecných a genově-specifických mechanismů translační kontroly umožňuje rychlé změny v proteomu a fyziologii, které jsou charakteristické pro aktivaci imunitních buněk. Celkový účínek translační kontroly na imunitní odpověď je dale dokreslen tím, že se podílí na všech fázích aktivace imunitní buňky - vlastní aktivaci, přežití a smrti buňky. Také translační kontrola v ne-imunitních buňkách je významná s ohledem na imunitu, protože tyto buňky mají schopnost ovlivňovat celkovou imunitní odpověď. Například fibroblasty a endotelialní buňky mění v...
|
|
|
Vlastnosti a funkce středního T antigenu myšího polyomaviru
Fabiánová, Anna ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Polyomaviry jsou malé DNA viry, které jsou schopné indukovat širokou škálu nádorů. U myšího polyomaviru (MPyV) se v indukci nádorové transformace uplatňuje zejména střední T antigen (MT antigen). MT antigen nemá vlastní enzymatickou aktivitu. Jeho funkce spočívá v aktivaci drah signální transdukce buňky, díky jeho schopnosti interagovat s určitými buněčnými proteiny. K těmto proteinům patří například protein fosfatáza 2A (PP2A), Src kináza, fosfatidyl inositol 3 kináza (PI3K), protein Shc, 14-3-3 protein nebo fosfolipáza Cγ1 (PLCγ1). Tato práce je zaměřena na interakci MT antigenu s těmito buněčnými proteiny a na dopad této interakce na transformaci buněk. Protože je MT antigen silným onkogenem, práce se zabývá i charakterem transformovaných buněk a vývojem nádoru v epitelu mléčné žlázy myši. Klíčová slova: polyomaviry, MT antigen, PP2A, PI3K, PLCγ1, protein Shc, protein 14-3-3 protein
|
|
|
Diferenciace kolonií Saccharomyces cerevisiae
Čáp, Michal ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Pichová, Iva (oponent) ; Demnerová, Kateřina (oponent)
Kvasinkové kolonie jsou, podobně jako bakteriální biofilmy, mnohobuněčnou strukturou tvořenou jednobuněčnými organismy. Tato společenstva mají svá specifika a v mnoha ohledech se liší od planktonních populací. Dochází zde k vytváření gradientů živin a metabolitů, což poskytuje základ pro buněčnou diferenciaci na rozdílné subpopulace. Přehled současných znalostí na toto téma s důrazem na kvasinkové biofilmy a kolonie je učiněn v Literárním úvodu této práce. Ve výsledkové části se pak věnuji diferenciací kolonií kvasinky Saccharomyces cerevisiae, jako modelové mnohobuněčné mikrobiální struktury. Zabývám se zde hlubší charakterizací dříve popsané horizontální diferenciace, tj. diferenciace mezi středem a okrajem kolonie, a její vztah k amoniakové signalizaci a stresové rezistenci. Zaměřil jsem se na studium významu genů stresové rezistence, jako předpokládaného významného faktoru pro přežití kolonií, pro vývoj a diferenciaci kolonií. Výsledky poněkud překvapivě ukazují na to, že stresová rezistence sama o sobě není zásadní pro přežití a diferenciaci kolonie, pro tu jsou spíše důležité změny vyvolané amoniakovou signalizací. Druhým typem diferenciace v kolonii je vertikální diferenciace na horní a dolní vrstvu popsaná v této práci. Buňky v horní a spodní vrstvě kolonie se výrazně liší morfologií,...
|
|
|
Výskyt a molekulární typizace kmenů Clostridium difficile v České republice
Malinová, Anna ; Jirásková, Alena (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Clostridium difficile je významným původcem nemocničních střevních infekcí. Souhrnně jsou onemocnění způsobená C. difficile označována jako CDAD (Clostridium difficile associated disease) a v posledním desetiletí je pozorován celosvětový nárůst jejich výskytu a závažnosti. Přesto jsou údaje o výskytu CDAD v České republice značně omezené. Hlavním cílem této práce bylo pomocí metod PCR toxinotypizace, PCR ribotypizace a MLVA (multilocus variable number tandem repeat analysis) charakterizovat kmeny C. difficile, které byly izolovány od pacientů s gastrointestinální symptomatologií hospitalizovaných ve 4 pražských zdravotnických zařízeních v letech 2008 - 2011. Mezi 273 izoláty C. difficile jsme identifikovali 8 toxinotypů (0, III, IV, V, VI, VIII, IX a XXIII) a 63 ribotypů. Nejčastějšími byly ribotypy 596 (23,4 %), 017 (13,9 %) a 176 (7 %). Z hlediska zastoupení ribotypů se situace v České republice nejvíce podobá situaci v Polsku. Pomocí metody MLVA jsme kmeny patřící do ribotypů 017, 017/1 a 017/2 a ribotypů 596 a 596/1 zařadili do 5 a 4 klonálních skupin, žádná ze skupin ovšem neměla dominantní zastoupení v některé z nemocnic. C. difficile je také významný zvířecí patogen, proto jsme provedli studii, jejímž cílem bylo izolovat C. difficile ze stolice selat na náhodně vybrané farmě. C. difficile se nám...
|
|
|
Funkce mTORC1 komplexu v regulaci iniciace translace.
Holásková, Lucie ; Feketová, Zuzana (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Práce se zabývá charakteristikou mTOR a jeho účasti na regulaci iniciace translace. Především se zaměřuje na ovlivnění iniciace translace. mTOR protein je součástí dvou komplexů, které se v organismech vyskytují - mTORC1 a mTORC2. Eukaryotický iniciační faktor 4E (eIF4E) hraje důležitou roli při kontrole iniciace translace. Aktivita eIF4E proteinu je regulována represorovými proteiny z rodiny 4E binding proteins (4E-BPs). Navázání těchto proteinů na eIF4E je regulováno stavem jejich fosforylace. Aby došlo k uvolnění 4E-BP1 z eIF4E musí dojít k fosforylaci na čtyřech fosforylačních místech (Thr37, Thr46, Ser65 a Thr70). Práce přináší formou rešerše i přehled některých dalších dějů, které se u mTOR dráhy vyskytují.
|
|
| |
|
|
Je interní vazebné místo pro ribozóm u viru hepatitidy typu C vhodný cíl pro léčbu?
Roučová, Kristina ; Čáp, Michal (oponent) ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce)
Infekcí virem žloutenky typu C jsou postižena asi 3 % světové populace. Pokroky v molekulární biologii a lepší znalost životního cyklu viru žloutenky typu C přispívají k vývoji specificky cílené léčby hepatitidy C. Nově vyvíjená léčba se zaměřuje mimo jiné na vnitřní vazebné místo pro ribozóm (IRES), které je pro svou vysokou sekvenční a strukturní konzervovanost atraktivním cílem terapie. Navíc by inhibice funkce IRES znemožnila časný a zásadní krok v životním cyklu viru, translaci virové RNA, a zabránila tak propagaci viru. Přístupy vedoucí k inhibici translace jsou cíleny jak na strukturu, tak i na nukleotidovou sekvenci HCV IRES. Jako potencionální budoucí terapeutické látky jsou testovány jednak syntetické nukleové kyseliny, antisense oligonukleotidy a ribozymy, a také nízkomolekulární látky. V této práci je věnována pozornost především nízkomolekulárním látkám interagujícím s IRES sekvencí.
|
|
|
Smluvní pokuta a její vztah k náhradě škody podle obchodního zákoníku
Čáp, Michal ; Oehm, Jaroslav (oponent) ; Patěk, Daniel (vedoucí práce)
50 V. Závěr Tématem této práce je vztah smluvní pokuty a náhrady škody podle ObchZ. Výše bylo tedy postupně pojednáno o (i) smluvní pokutě, o (ii) náhradě škody a (iii) vztahu těchto dvou institutů. Bylo zmíněno jejich zakotvení v platném právním řádu i jejich úprava, se kterou počítá Návrh. Smluvní pokuta je zajišťovacím instrumentem, avšak jak plyne mimo jiné z kapitoly Funkce smluvní pokuty, její rozsah je širší. Zvláště v obchodních vztazích je smluvní pokuta často užívána. Je to nástroj flexibilní a pohodlnost jejího užití podtrhuje i převážná dispozitivnost zákonných ustanovení. Pokutu je nutno výslovně sjednat, nevzniká v žádném případě na základě zákona. Určitou nevýhodu může představovat to, že je zpravidla placena v penězích, a tedy nezanedbatelnou roli zde hraje solventnost dlužníka. Oproti náhradě škody je zde výhoda, že věřitel nemusí prokazovat vzniklou škodu, jelikož jí nárok na smluvní pokutu není podmíněn. Náhrada škody je uplatňována v případě porušení povinnosti, a to jak smluvní, tak i mimosmluvní (vyplývající ze zákona).125 Na rozdíl od úpravy dle ObčZ není vyžadováno zavinění. Vždy však musí věřitel prokázat příčinnou souvislost mezi porušením povinnosti a vznikem škody. Na rozdíl od smluvní pokuty může být náhrada škody uplatňována, aniž by ji smluvní strany jakkoli modifikovaly ve...
|
|
|
Feasibility Study of Benefits of Étoilé User Environment
Čáp, Michal ; Zemčík, Pavel (oponent) ; Eysselt, Miloš (vedoucí práce)
The purpose of this thesis is to describe the goals of the Étoilé project and to analyse its feasibility. The Étoilé project is an open source community attempt to replace obsolete user interface concepts widely used in current systems such as Microsoft Windows or Mac OS X. This work consists of the following parts: description of the concepts proposed by the Étoilé community design of the fictional environment that would develop from Étoilé project in a future task analyses showing a work as if it took place on that environment survey researching user approval on these concepts brief description of the underlying architecture used in the project estimation of the effort needed until Étoilé gets usable
|
host ::
RSS.