|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Molekulárně-dynamické simulace komplexů nukleových kyselin enzymu RNase H
Bartek, Tomáš ; Burda, Jaroslav (oponent) ; Barvík, Ivan (vedoucí práce)
The aim of this diploma thesis was to study interactions between human Rase H enzyme and a natural and modified substrate using molecular dynamics simulations (altogether 9 MD runs ere produced). Conformational preferences of internucleotide linkages (undergoing contacts with the RNase H enzyme) were studied using several versions of the AMBER force field. Either one or two copies of RNase H were included into the simulated system. As the most important DNA-binding residues were recognized Trp93 and Ser101 in the first DNA binding site and Thr49 and Arg47 in the second DNA binding site. Further, the AMBER force field was re-parameterized slightly using ab initio calculations to produce force constants for the modified phosphonate internucleotide linkage. Biologically active version of the modified internucleotide linkage C3-O3-P-C-O5-C5 was able to bind Arg47 using two hydrogen bonds within the 10 ns MD run (even more effciently than in the case of MD runs with natural internucleotide linkages). On the other hand, the biologically inactive C3-O3-C-P-O5-C5 internucleotide linkage lose contacts with Arg47 quickly.
|
|
| |
|
| |
|
|
Studium hydratačních modelů platinových komplexů významných při léčbě nádorových onemocnění
Bradáč, Ondřej ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Záliš, Stanislav (oponent)
V této práci jsou studovány biologicky významné komplexy, analogy cisplatiny, s centrálním atomem platiny ve stavu Pt(II) - trans-Pt[Cl2(NH3)(thiazol)], Pt[Cl(dietylentriamin)]+ , cis-Pt[Cl2(NH3)(piperidin)] a JM118 - komplex cis-Pt[Cl2(NH3)(cyklohexylamin)]. Dále s centrální platinou ve stavu Pt(IV) - JM149 - komplex cis-Pt[Cl2(OH)2(NH3)(cyklohexylamin)] a JM216 - komplex cis-Pt[Cl2(acetyl)2(NH3)(cyklohexylamin)]. U všech komplexů s výjimkou JM118 jsou spočteny hydratační reakce, tedy nahrazení chlorových ligandů aqua ligandy. Rovněž byly provedeny termodynamické a kinetické analýzy těchto reakcí a nábojové analýzy NPA jednotlivých reagujících komplexů. Veškeré optimalizace jsou provedeny metodou DFT s funkcionálem B3LYP. Reakce se odehrávají ve vakuu v přiblížení supermolekulárních komplexů.
|
host ::
RSS.