|
|
Studium struktury guaninových kvadruplexů pomocí neresonanční Ramanovy spektroskopie
Golan, Martin ; Mojzeš, Peter (vedoucí práce) ; Mašek, Vlastimil (oponent)
Úseky lidských telomerových sekvencí obsahující alespoň 4 guaninové subsekvence jsou schopny formovat konformačně variabilní intrastrandové kvadruplexy. Dřívější studie využívající konvenční Ramanovu spektroskopii uvádí, že sekvence G3(TTAG3)3 o milimolárních koncentracích ve fosfátovém pufru s přidanými ionty Na+ o iontové síle 150 mM zaujme antiparalelní konformaci bez ohledu na délku stání vzorku či jeho annealing, kdežto ionty K+ vedou k postupnému přechodu do "3+1", případně paralelní konformace. Výsledky měření sekvence AG3(TTAG3)3 taktéž o milimolárních koncentracích pomocí tzv. Photonic Crystal Fibre-enhanced Raman Spectroscopy (PCFRS) naopak udávají, že v přítomnosti sodíku i v přítomnosti draslíku (iontová síla roztoků 100 mM) se po dvoudenním stání vytvoří struktura paralelní. Tato práce zkoumá sekvenci AG3(TTAG3)3 metodami konvenční Ramanovy spektroskopie a Ramanovy spektroskopie kapkově nanášených povlaků v rozsahu koncentrací od jednotek do stovek milimolů v oligodeoxyribonukleotidech. Dochází k závěru, že struktura ve fosfátovém pufru s ionty Na+ je antiparalelní i navzdory dlouhému stání a annealingu, kdežto v přítomnosti draselných iontů je a zůstane v konformaci "3+1". Byly navrženy dvě hypotézy o příčině rozdílů mezi výsledky získanými pomocí PCFRS a konvenční Ramanovy spektroskopie:...
|
|
| |
|
|
Influence of freezing and thawing process on cryopreserved cells nuclei and surfaces. Functions and physico-chemical properties of cryoprotectants.
Golan, Martin ; Kratochvílová, Irena (vedoucí práce) ; Raška, Milan (oponent) ; Schneider, Bohdan (oponent)
1 Abstrakt: Kryoprezervace buněk je komplexní proces nalézající uplatnění v základním biologickém výzkumu, lékařství i zemědělství. Tato práce prohlubuje současné chápání kryoprezervace buněk a jejích důsledků, a to na biologické i fyzikální úrovni. Výsledky obsahují charakteristiku chování vybraných kryoprotektantů (především DMSO, trehalóza, antifreeze protein ApAFP752) v kapalné fázi, v pevné fázi i během tuhnutí. Pozornost je rovněž věnována charakteru a míře poškození rozmrazených buněk, u nichž byla sledována jejich viabilita a vývoj stavu jejich povrchu a jádra (integrita jaderné membrány, úroveň kondenzace chromatinu, přitomnost dvojných zlomů DNA). Důležitým výsledkem je, že S-fázní buňky (NHDF a MCF7 linie) během kryoprezervace utrpí rozsáhlý kolaps replikačních vidliček, což představuje závažné poškození. Je tedy vhodnější mrazit buňky v jiných fázích buněčného cyklu. Ke sledování stavu rozmrazených buněk byla použita především mikroskopie atomárních sil (AFM), konfokální fluorescenční mikroskopie a průtoková cytometrie. Získané poznatky mohou být použity k optimalizaci používaných kryoprezervačních protokolů a k lepšímu hodnocení účinnosti a šetrnosti nově vyvinutých kryoprotektantů.
|
|
|
Influence of freezing and thawing process on cryopreserved cells nuclei and surfaces. Functions and physico-chemical properties of cryoprotectants.
Golan, Martin ; Kratochvílová, Irena (vedoucí práce)
1 Abstrakt: Kryoprezervace buněk je komplexní proces nalézající uplatnění v základním biologickém výzkumu, lékařství i zemědělství. Tato práce prohlubuje současné chápání kryoprezervace buněk a jejích důsledků, a to na biologické i fyzikální úrovni. Výsledky obsahují charakteristiku chování vybraných kryoprotektantů (především DMSO, trehalóza, antifreeze protein ApAFP752) v kapalné fázi, v pevné fázi i během tuhnutí. Pozornost je rovněž věnována charakteru a míře poškození rozmrazených buněk, u nichž byla sledována jejich viabilita a vývoj stavu jejich povrchu a jádra (integrita jaderné membrány, úroveň kondenzace chromatinu, přitomnost dvojných zlomů DNA). Důležitým výsledkem je, že S-fázní buňky (NHDF a MCF7 linie) během kryoprezervace utrpí rozsáhlý kolaps replikačních vidliček, což představuje závažné poškození. Je tedy vhodnější mrazit buňky v jiných fázích buněčného cyklu. Ke sledování stavu rozmrazených buněk byla použita především mikroskopie atomárních sil (AFM), konfokální fluorescenční mikroskopie a průtoková cytometrie. Získané poznatky mohou být použity k optimalizaci používaných kryoprezervačních protokolů a k lepšímu hodnocení účinnosti a šetrnosti nově vyvinutých kryoprotektantů.
|
|
|
Influence of freezing and thawing process on cryopreserved cells nuclei and surfaces. Functions and physico-chemical properties of cryoprotectants.
Golan, Martin ; Kratochvílová, Irena (vedoucí práce)
1 Abstrakt: Kryoprezervace buněk je komplexní proces nalézající uplatnění v základním biologickém výzkumu, lékařství i zemědělství. Tato práce prohlubuje současné chápání kryoprezervace buněk a jejích důsledků, a to na biologické i fyzikální úrovni. Výsledky obsahují charakteristiku chování vybraných kryoprotektantů (především DMSO, trehalóza, antifreeze protein ApAFP752) v kapalné fázi, v pevné fázi i během tuhnutí. Pozornost je rovněž věnována charakteru a míře poškození rozmrazených buněk, u nichž byla sledována jejich viabilita a vývoj stavu jejich povrchu a jádra (integrita jaderné membrány, úroveň kondenzace chromatinu, přitomnost dvojných zlomů DNA). Důležitým výsledkem je, že S-fázní buňky (NHDF a MCF7 linie) během kryoprezervace utrpí rozsáhlý kolaps replikačních vidliček, což představuje závažné poškození. Je tedy vhodnější mrazit buňky v jiných fázích buněčného cyklu. Ke sledování stavu rozmrazených buněk byla použita především mikroskopie atomárních sil (AFM), konfokální fluorescenční mikroskopie a průtoková cytometrie. Získané poznatky mohou být použity k optimalizaci používaných kryoprezervačních protokolů a k lepšímu hodnocení účinnosti a šetrnosti nově vyvinutých kryoprotektantů.
|
|
|
Influence of freezing and thawing process on cryopreserved cells nuclei and surfaces. Functions and physico-chemical properties of cryoprotectants.
Golan, Martin ; Kratochvílová, Irena (vedoucí práce) ; Raška, Milan (oponent) ; Schneider, Bohdan (oponent)
1 Abstrakt: Kryoprezervace buněk je komplexní proces nalézající uplatnění v základním biologickém výzkumu, lékařství i zemědělství. Tato práce prohlubuje současné chápání kryoprezervace buněk a jejích důsledků, a to na biologické i fyzikální úrovni. Výsledky obsahují charakteristiku chování vybraných kryoprotektantů (především DMSO, trehalóza, antifreeze protein ApAFP752) v kapalné fázi, v pevné fázi i během tuhnutí. Pozornost je rovněž věnována charakteru a míře poškození rozmrazených buněk, u nichž byla sledována jejich viabilita a vývoj stavu jejich povrchu a jádra (integrita jaderné membrány, úroveň kondenzace chromatinu, přitomnost dvojných zlomů DNA). Důležitým výsledkem je, že S-fázní buňky (NHDF a MCF7 linie) během kryoprezervace utrpí rozsáhlý kolaps replikačních vidliček, což představuje závažné poškození. Je tedy vhodnější mrazit buňky v jiných fázích buněčného cyklu. Ke sledování stavu rozmrazených buněk byla použita především mikroskopie atomárních sil (AFM), konfokální fluorescenční mikroskopie a průtoková cytometrie. Získané poznatky mohou být použity k optimalizaci používaných kryoprezervačních protokolů a k lepšímu hodnocení účinnosti a šetrnosti nově vyvinutých kryoprotektantů.
|
|
|
Preparing of the Chameleon coating by the Ion Jet Deposition method
Skocdopole, J. ; Aversa, L. ; Golan, Martin ; Schenk, A. ; Baldi, G. ; Kratochvílová, Irena ; Kalvoda, L. ; Nozar, P.
Preparation of chameleon coatings using an Ionized Jet Deposition (IJD) technique is reported in the present paper. IJD is a new flexible method for thin film deposition developed by Noivion, Srl. The chameleon coatings are thin films characterised by a distinct change of their tribological properties according to the external conditions. The deposited films of SiC and TiN materials were examined by the Raman spectroscopy, SEM and XPS. The results of the Raman spectroscopy have proved an amorphous structure of SiC films. The data from XPS on TiN films have shown that the\nfilms are heavily oxidized, but also prove that the films are composed of TiN and pure Ti. The SEM provided information about the size of grains and particles constituting the deposited films, which is important for tribological properties of the films. Deposition of the chameleon coating is very complex problem and IJD could be ideal method for preparation of this coating.\n
|
|
|
Studium struktury guaninových kvadruplexů pomocí neresonanční Ramanovy spektroskopie
Golan, Martin ; Mojzeš, Peter (vedoucí práce) ; Mašek, Vlastimil (oponent)
Úseky lidských telomerových sekvencí obsahující alespoň 4 guaninové subsekvence jsou schopny formovat konformačně variabilní intrastrandové kvadruplexy. Dřívější studie využívající konvenční Ramanovu spektroskopii uvádí, že sekvence G3(TTAG3)3 o milimolárních koncentracích ve fosfátovém pufru s přidanými ionty Na+ o iontové síle 150 mM zaujme antiparalelní konformaci bez ohledu na délku stání vzorku či jeho annealing, kdežto ionty K+ vedou k postupnému přechodu do "3+1", případně paralelní konformace. Výsledky měření sekvence AG3(TTAG3)3 taktéž o milimolárních koncentracích pomocí tzv. Photonic Crystal Fibre-enhanced Raman Spectroscopy (PCFRS) naopak udávají, že v přítomnosti sodíku i v přítomnosti draslíku (iontová síla roztoků 100 mM) se po dvoudenním stání vytvoří struktura paralelní. Tato práce zkoumá sekvenci AG3(TTAG3)3 metodami konvenční Ramanovy spektroskopie a Ramanovy spektroskopie kapkově nanášených povlaků v rozsahu koncentrací od jednotek do stovek milimolů v oligodeoxyribonukleotidech. Dochází k závěru, že struktura ve fosfátovém pufru s ionty Na+ je antiparalelní i navzdory dlouhému stání a annealingu, kdežto v přítomnosti draselných iontů je a zůstane v konformaci "3+1". Byly navrženy dvě hypotézy o příčině rozdílů mezi výsledky získanými pomocí PCFRS a konvenční Ramanovy spektroskopie:...
|
|
| |
host ::
RSS.