|
|
Charakterizace bakteriálních genů kódujících extradiolovou dioxygenasu DbtC-typu s bioremediačním potenciálem pro aromatické látky v lokalitě Hradčany
Šnajdrová, Renata ; Bořek Dohalská, Lucie (vedoucí práce) ; Nešvera, Jan (oponent)
Aromatické polutanty představují vážný problém z hlediska znečištění životního prostředí. Významným zdrojem těchto látek s negativním dopadem na lidské zdraví je ropa a ropné produkty, které patří k nejhojněším a tím pádem i k nejčastěji sanovaným kontaminantům v České republice. K jejich odstranění z životního prostředí lze s výhodou využít bioremediačních přístupů, které využívají přirozené schopnosti mikrobiální komunity degradovat environmentální polutanty v kontaminovaných půdách či vodách. Za účelem pomoci při výběru, optimalizaci a aplikaci bioremediačních postupů a monitorování jejich výsledků se věnuje velká pozornost studiu bakteriálních druhů, metabolických drah a genů s bioremediačním potenciálem. Dřívější analýzou metagenomové knihovny zkonstruované z půdní DNA z vysoce kontaminované lokality bývalé vojenské letecké základny Hradčany byla objevena nová skupina katabolických genů kódujících extradiolovou dioxygenasu podobnou DbtC u Burkholderia sp. DBT1. Enzymy podobné DbtC představují jednu ze tří hlavních skupin extradiolových dioxygenas účastnících se biodegradace ve zmíněné lokalitě. Na základě studia bakteriálních půdních izolátů a fosmidových klonů z metagenomové knihovny nesoucích zkoumané geny lze usoudit, že geny podobné dbtC jsou součástí vysoce mobilní genetické kazety. S využitím...
|
|
|
Fylogenetická analýza genů pro velké podjednotky dioxygenas Rieskeho typu v půdách kontaminovaných leteckým palivem
Ptáček, Jakub ; Bořek Dohalská, Lucie (vedoucí práce) ; Poljaková, Jitka (oponent)
Lokalita bývalého vojenského letiště Hradčany je jedním z míst s vysokou koncentrací organických polutantů v půdě v rámci České republiky. Hlavním nástrojem sanací probíhajících v této lokalitě v současné době je bioremediace. Jsou při ní využívány organismy přítomné v kontaminované půdě disponující degradačními metabolickými drahami pro dekontaminaci lokality in situ. Na rozmanitosti a hojnosti těchto drah, resp. na specifitě a aktivitě enzymů podílejících se na těchto drahách závisí účinnost bioremediace. Proto je hlavním cílem této práce analýza diversity bakterií v půdách kontaminovaných leteckým palivem na základě katabolických genů kódujících toluen/bifenylové dioxygenasy Rieskeho typu. Z půdní DNA byly selektivně získány sekvence kódující tyto geny pomocí hybridizace s oligonukleotidy vázanými na magnetické mikrokuličky. podjednotky těchto dioxygenas byly amplifikovány, analyzovány klonováním, restrikční analýzou a sekvenovány. Evoluční historie byla odvozena pomocí metod neighbor-joining a maximum likelihood. Diversita katabolických genů v půdě HRB z kontaminované a sanované lokality byla porovnána s diversitou ve stejné půdě použité v mesokosmu se simulovanou fytoremediací. Přes 98% sekvencí ze vzorku HRB patří do genové podrodiny toluen dioxygenas, jejíž nejbližší příbuzný gen kóduje enzym TodC1 z...
|
|
| |
|
|
Studium úlohy biotransformačních enzymů v chemické karcinogenezi
Kondrová, Eliška ; Souček, Pavel (vedoucí práce) ; Skálová, Lenka (oponent) ; Vobořilová, Jana (oponent) ; Bořek Dohalská, Lucie (oponent)
Biotransformační studie in vitro jsou nezbytnou součástí toxikologického výzkumu i vývoje nových léčiv, nebo umožňují významnou měrou snížit počet testů na lidských dobrovolnících a poskytují detailnější informace o metabolismu studované látky. Díky limitované dostupnosti lidské jaterní tkáně je pro studium interakcí biotransformačních enzymů s xenobiotiky třeba využívat alternativní modelové systémy a modelové zvířecí druhy. Vzhledem k tomu, že u nejběžnějšího laboratorního druhu, potkana, nejsou přítomny aktivity nejvýznamnějších lidských biotransformačních enzymů, velmi přínosné mohou být informace získané s použitím miniprasat jako modelového druhu. Rekombinantní lidské biotransformační enzymy exprimované v bakteriálních buňkách mohou být použity ke studiu biotransformace ve formě izolovaných bakteriálních membrán. Tyto systémy poskytují informace o metabolismu studované látky definovaným enzymem, jejich výhodou oproti izolovaným enzymům je přitom nízká cena a snadnější a rychlejší příprava s menšími ztrátami enzymové aktivity během izolace. Cílem práce bylo: 1) Připravit modelový systém s lidskými biotransformačními enzymy exprimovanými v bakteriálních membránách a porovnat vlastnosti tohoto systému s jaterními mikrosomy pokusných miniprasat. Zhodnotit možné využití těchto dvou systémů pro testování...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.