|
|
Klasifikace srdečních cyklů
Lorenc, Patrik ; Škutková, Helena (oponent) ; Vítek, Martin (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá klasifikací srdečních cyklů, která využívá metodu dynamického borcení času a shlukové analýzy. Metoda dynamického borcení času sice patří mezi starší, avšak pro svou jednoduchost oproti ostatním je stále hodně využívána a také dosahuje dobrých výsledků v praxi. Shluková analýza se využívá v mnoha oborech jako například marketingu nebo právě na biologických signálech. Cílem práce je obecné seznámení se signálem EKG a metodou a realizací algoritmu dynamického borcení času. Následně pak shlukovou analýzou a na závěr vytvořením uživatelského prostředí pro algoritmy.
|
|
|
Závislost derivovaného fibrinogenu na hodnotách DH u APTT a QUICK(PT) metody
Klus, Michal ; Zapletal,, Ondřej (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Hemokoagulace, krevní srážení, je důležitým ukazatelem hemostatické rovnováhy lidského těla. Existuje mnoho způsobů, jak vyšetřovat krevní srážlivost. V praxi se vedle testů vyšetřujících čas koagulační kaskády z pohledu vnitřní cesty (APTT – aktivovaný parciální tromboplastiný čas) a vnější cesty (PT – protrombinový čas) často používá stanovení koncentrace fibrinogenu pomocí Claussovy metody. Metoda derivovaného fibrinogenu také stanovuje koncentraci fibrinogenu odečtením ze srážecí křivky u testu PT. Odpadá zde reakce nutná pro Claussův test. Derivovaný fibrinogen není v praxi příliš využíván, proto se diplomová práce navazující na tento projekt pokusí dokázat závislost mezi koncentrací fibrinogenu a standardními testy APTT a PT. K této studii budou využita klinická data.
|
|
|
Komprese genomických signálů pro klasifikaci a identifikaci organismů
Sedlář, Karel ; Vítek, Martin (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Moderní klasifikace organismů je založena na molekulárních datech. Přitom tyto metody spoléhají na vícenásobné zarovnání znakových sekvencí, což je činí výpočetně velmi náročnými. Proto je také možné zpracovávat pouze krátké úseky genomu. Tato práce ukazuje zcela nový algoritmus postavený na konverzi celogenomových sekvencí do signálů kumulované fáze. Ty jsou podrobeny ztrátové kompresi spočívající v odstranění nadbytečných frekvenčních pásem pomocí vlnkové transformace. Klasifikace organismů je následně provedena jako shluková analýza s využitím euklidovské vzdálenosti dvojic komprimovaných signálů, kde je zarovnání provedeno algoritmem pro dynamické borcení časové osy.
|
|
|
Statistické vyhodnocení fylogeneze biologických sekvencí
Zembol, Filip ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tématem této diplomové práce je statistické vyhodnocení fylogeneze biologických sekvencí pomocí fylogenetických stromů. V teoretické části vypracujeme literární rešerši metodologie odhadu průběhu fylogeneze na základě podobnosti biologických sekvencí (DNA a bílkovin), kde se zaměříme na nepřesnosti v odhadu, čím jsou způsobeny a na možnosti jejich odstranění. Poté srovnáme metody pro statistické vyhodnocení správnosti průběhu fylogeneze. V praktické části navrhneme algoritmy, které budou sloužit pro testování věrohodnosti konstrukce fylogenetických stromů na základě bootstrappingu, jackknifingu, OTU jackknifingu a PTP testu, které budou schopny z biologických sekvencí ve FASTA kódu vykreslit fylogenetický strom metodou neighbor joining a lze také měnit distanční model a substituční matici. Abychom mohli tyto algoritmy použít pro statistickou podporu fylogenetických stromů, musíme ověřit jejich správnou funkci. Toto ověření vyhodnotíme na teoretických sekvencích aminokyselin. Po ověření správné funkce algoritmů, si demonstrujeme jednotlivé statistické testy na reálných 10 sekvencích ubikvitinu savců. Tyto výsledky analyzujeme a vhodně okomentujeme.
|
|
|
Metody vícenásobného zarovnávání nukleotidových sekvencí
Trněný, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Ke správnému pochopení vlastností a účelu biologických sekvencí je nezbytně nutné mít možnost je mezi s sebou porovnávat a ze získaných informací vyvozovat jejich vlastnosti, účel a evoluční historii. K rozšíření již existující báze znalostí mohou velkou mírou přispět metody pro vícenásobné zarovnávaní sekvencí, které umožňují nahlížet na již známá fakta ve zcela novém světle dosud neznámých informací o vztazích mezi často na první pohled nepodobnými sekvencemi. Pro provádění této analýzy proto bylo navrženo několik algoritmů, na jejichž základě následně vznikly programy umožňující komplexní analýzu obsáhlých dat. Jedním z nich je algoritmus progresivního zarovnání, který je v rámci této práce implementován.
|
|
|
Fuzzy klasifikace DNA sekvencí
Těthal, Jiří ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Práce se zabývá Fuzzy klasifikací sekvencí DNA. V první části práce jsou teoreticky shrnuty informace o fuzzy logice a metodách jejího využití v klasifikaci biologických sekvenčních dat. Druhá část se již prakticky zabývá řešením klasifikačního algoritmu pro posouzení podobnosti sekvencí. Konkrétně pro rozdělení kódujících a nekódujících částí sekvence a využití fuzzy klasifikace v DNA barcodingu.
|
|
| |
|
|
Metody rekonstrukce fylogenetických superstromů
Jirásková, Kristýna ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Fylogenetika v posledních desetiletích zaznamenala velký rozvoj. Vývojem počítačů a přístrojů pro sekvenování biopolymerů bylo získáno ohromné množství fylogenetických dat z různých zdrojů a odlišných typů. Snahou vědců je zrekonstruovat z těchto dat kompletní strom života. Fylogenetické superstromy tuto možnost teoreticky představují, jelikož na rozdíl od fylogenetických stromů umožňují kombinaci všech doposud získaných informací. Tato práce představuje metodu konstrukce superstromů metodou průměrného konsensu.
|
|
|
Vzájemná podobnost sekvencí aminokyselin různých organismů
Vysoudil, Ladislav ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Cílem této práce je pokusit se prostudovat a popsat práci se sekvencemi proteinů různých organismů a to především přiřazení sekvencí a vyhodnocení podobnosti sekvencí. Na začátku práce se zabýváme biochemií proteinů, jejich složením a strukturou. Dále text pokračuje teorií pro práci se sekvenčními daty, globálním, lokálním a mnohočetným přiřazením. V poslední části zkoumáme možnostmi programu Matlab pro výše zmíněné přiřazení.
|
|
|
Akustický generátor pro buzení evokovaných potenciálů
Škutková, Helena ; Rampl, Ivan (oponent) ; Chmelař, Milan (vedoucí práce)
Evokované potenciály jsou elektrickou odpovědí mozku na vnější stimul. Jsou důležitou diagnostickou neobrazovou metodou v neurologii. Pro jejich vybuzení se využívá různých druhů stimulace, nejčastěji: zrakové, sluchové, somatosenzorické, čichové a chuťové. Evokované potenciály objektivně měří smyslové vnímání. V této diplomové práci se zaměřuji převážně na zvukové evokované potenciály a návrhem akustického generátoru pro jejich stimulaci. Zvukové evokované potenciály jsou nejčastěji využívány pro objektivní měření sluchu, ale mají i další využití. Předně je aplikace zaměřena na zdravotnictví. Cílem této diplomové práce je skloubit stanovené lékařské požadavky s dostupnými technickými prostředky.
|
host ::
RSS.