|
|
Zavedení metod RAD sekvenování do výzkumu genetické struktury ježků rodu Erinaceus
Loudová, Miroslava ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Choleva, Lukáš (oponent)
Ježci rodu Erinaceus představují důležitý modelový organismus pro studium postglaciální rekolonizace Evropy a procesů probíhajících v místech sekundárního kontaktu jejich areálů. V této práci bylo použito celkem pět jedinců ježka východního (Erinaceus roumanicus), čtyři jedinci ježka západního (Erinaceus europaeus) a jeden předpokládaný hybrid. Geografická distribuce jedinců využitých v analýze pokrývá oblast střední Evropy, nicméně v dalším výzkumu bude tento dataset dále rozšířen na celou oblast západního palearktu. Hlavním cílem práce bylo zavedení nové metody do výzkumu ježků, díky níž je možné zmapovat celoareálovou populačně-genomickou strukturu rodu Erinaceus v západním palearktu. Metodou RADSeq (Restriction-site associated DNA sequencing) lze získat polymorfní markery, např. právě námi použité SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms), napříč genomem. V této práci bylo analyzováno celkem 16382 pozic SNPs. Za použití binárního souboru dat, označujícího přítomnost a nepřítomnost SNP u jednotlivých druhů, nebyly plně potvrzeny hypotézy vyslovené na základě analýz klasických genetických markerů z předchozích studií. V dalším výzkumu bude potřeba ověřit možný výskyt artefaktů vzniklých při bioinformaticky náročné analýze genomických dat. Na druhou stranu práce založené na klasické genetice mají...
|
|
|
Genetická struktura invazních populací savců na ostrovech
Loudová, Miroslava ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Hájková, Petra (oponent)
Biologickou invazi chápeme jako zavlečení (introduction), ustálení se (establishment) a rozšíření (spread) organismu do nové, pro druh nepůvodní oblasti. Jedná se o přirozený proces, který je výrazně znásoben činností člověka a je jedním z faktorů ohrožujících biologickou diverzitu a stabilitu přirozených ekosystémů. Porozumět vývoji i současnému stavu invazních populací je důležité zejména při plánování projektů na vyhubení invazních druhů z určité oblasti, aby se zabránilo jejich negativnímu vlivu na prostředí. Jednou z možností výzkumu současného stavu invazních populací i jejich historie je analýza genetického materiálu. Tato bakalářské práce shrnuje dosavadní poznatky o invazních populacích malých savců na ostrovech, se zaměřením právě na genetické studie. Konkrétně se jedná o studie potkanů obecných (Rattus norvegicus) na ostrově Moturemu a pěti souostroví u pobřeží Bretaně; krys obecných (Rattus rattus) na ostrově Guadeloupe, Congo Cay, Madagaskar, na souostroví Sainte Anne a Kanárských ostrovech; krys ostrovních (Rattus exulans) na ostrově Tatiaroa; myší domácích (Mus musculus) na ostrově Marion; myší západoevropských (Mus musculus domesticus) na Kerguelenových ostrovech; veverek obecných (Sciurus vulgaris) na ostrově Jersey; ježků západních (Erinaceus europaeus) na Novém Zélandu; rejsků malých...
|
|
| |
|
|
Vyvozování demografické historie populací z genomových dat
Simandlová, Sára ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Černá Bolfíková, Barbora (oponent)
V současné době není obtížné získat genomová data i z nemodelových organismů. Tato data nám mohou přinést informace o demografické historii populací. Bylo vyvinuto mnoho statistických vyvozovacích postupů k odvození demografické historie populací z genomových dat, jejichž popisem se zabývám v této bakalářské práci. V úvodu čtenáře seznamuji s důležitými pojmy při analýze demografické historie populací. Dále popisuji různé typy genomových dat, které se dají použít k vyvozování demografické historie populací. Následně představuji průběh experimentu při vyvozování demografické historie populací, kde rozvádím jednotlivé kroky a uvádím přístupy a metody, které se v dnešní době využívají. Poskytuji základní přehled teorie a logiky každého přístupu. Dále čtenáře seznamuji s nejpoužívanějšími softwarovými balíčky pro vyvozování demografické historie populací a poskytuji jejich srovnání.
|
|
|
Vyvozování demografické historie populací z genomových dat
Simandlová, Sára ; Reifová, Radka (vedoucí práce) ; Černá Bolfíková, Barbora (oponent)
V současné době není obtížné získat genomová data i z nemodelových organismů. Tato data nám mohou přinést informace o demografické historii populací. Bylo vyvinuto mnoho statistických vyvozovacích postupů k odvození demografické historie populací z genomových dat, jejichž popisem se zabývám v této bakalářské práci. V úvodu čtenáře seznamuji s důležitými pojmy při analýze demografické historie populací. Dále popisuji různé typy genomových dat, která se dají použít k vyvozování demografické historie populací. Následně diskutuji statistické metody, mezi které patří metody založené na datech z frekvenčního spektra míst, metody využívající aproximační Bayesovský výpočet, metody pro určování identity a sekvenční Markovovy koalescenční metody. Poskytuji základní přehled teorie a logiky každého přístupu. Poté uvádím postupy při výběru vyvozovacích metod. Klíčová slova: populační genetika, demografická inference, statistická inference, celo- genomová data
|
|
|
Interakce amyloidu β s proteiny neuronálních membrán
Manová, Blanka ; Rudajev, Vladimír (vedoucí práce) ; Černá, Barbora (oponent)
Amyloid b (Ab) je výsledný produkt amyloidního štěpení jeho prekurzovového proteinu (APP) pomocí b a γ sekretáz. Dle amyloidní hypotézy je hlavní příčinou časných patogenetických událostí Alzheimerovy choroby (AD), která je dnes nejčastějším neurodegenerativním onemocněním na světě bez existence účinné léčby. Za hlavní patogenezi nemoci je považována ztráta synapsí, narušení plasticity neuronů a neurodegenerace. Amyloid b se může přímo vázat na membránu nebo zprostředkovávat poškození neuronů nepřímo za vzniku toxických zánětlivých mediátorů (reaktivních kyslíkových meziproduktů, NO, cytokinů) aktivací mikroglií a astrocytů. Ab se váže na různé receptory plazmatické membrány a také může přímo interagovat s buněčným povrchem a narušovat membránovou integritu nebo vytvářet selektivní kationtové kanály. Tato práce přibližuje klíčové interakce s membránami synapsí a mechanismy toxicity vyvolané amyloidem prostřednictvím receptorů.
|
|
|
The m6A pathway at the molecular level and its role in neurological diseases
Švendová, Aneta ; Černá, Barbora (vedoucí práce) ; Čočková, Zuzana (oponent)
N6-methyladenosin je nejrozšířenější modifikace v eukaryotní messenger RNA. Tato modifikace má reverzibilní charakter, díky souhře dvou skupin enzymů: methyltransferáz a demethyláz. Biologický efekt methylace je zprostřeedkován tzv. čtecími proteiny. Tento proteinový komplex hraje roli v mnoha molekulárních procesech, jako je splicing, translace a transport. Role této modifikace se objevuje v mnoha závažných neurologických onemocněních, jako jsou Alzheimerova choroba, Parkinsonova choroba, deprese a hyperaktivita s poruchou pozornosti. Cílem této práce je popsat metabolismus m6 A dráhy a její způsob regulace na molekulární úrovni a dát ji do souvislosti s aktuálními neurologickými onemocněními. Klíčová slova: mRNA, metabolismus mRNA, N6-methyladenosin, regulace m6 A, FTO, METTL, ALKBH5, neurodegenerativní onemocnění, Alzheimerova choroba, Parkinsonova choroba, depresivní porucha, ADHD
|
|
|
Řízení o přestupcích právnických osob v prvním stupni
Bubelíny Černá, Barbora ; Prášková, Helena (vedoucí práce) ; Kopecký, Martin (oponent)
1 Řízení o přestupcích právnických osob v prvním stupni Abstrakt Správní právo představuje širokou a značně fragmentovanou oblast právního řádu. Součástí správního práva je bezpochyby i právní úprava správního trestání, včetně odpovídající procesní úpravy. Tato diplomová práce předkládá základní analýzu vybraných aspektů právní úpravy řízení o přestupcích právnických osob v prvním stupni, účinné v České republice. Základním pramenem práva v této oblasti je zákon č. 250/2016 Sb., o odpovědnosti za přestupky a řízení o nich, ve znění pozdějších předpisů (v této diplomové práci též jen jako "přestupkový zákon"). Tento zákon však není jediným právním předpisem upravujícím řízení o přestupcích. Speciální dílčí právní úpravu řízení o přestupcích nalezneme v zásadě ve všech zákonech v rámci odvětví správního práva, které upravují i přestupky. Nejedná se přitom o výlučný znak správního práva. Fragmentace, ačkoli ne tak výrazná, je rovněž přítomná i v odvětví práva trestního. Přestupkem se podle ustanovení § 5 přestupkového zákona rozumí společensky škodlivý protiprávní čin, který je v zákoně za přestupek výslovně označen a který vykazuje znaky stanovené zákonem, nejde-li o trestný čin. Pojem přestupku je jedním z nejzákladnějších pojmů této diplomové práce. Bez jeho vymezení a pochopení se nelze zabývat řízením o...
|
|
|
Rozsah a morfologické účinky kvartérního zalednění v severním svahu Jizerských hor
Černá, Barbora
Předkládaná práce je zaměřena především na paleogeografickou rekonstrukci zalednění v Jizerských horách. Předmětem výzkumu se staly dosud nerozřešené otázky týkající se zejména dosahu kontinentálního zalednění a jeho odrazu v dnešní morfologii reliéfu, ale také horského zalednění. Při zpracování tématu maximálního zásahu zalednění se otevřely další otázky týkající se používané metody měření Schmidt hammerem (dále jen SH), a byla proto zpracována i samostatná studie ověřující použitelnost a prohlubující znalosti o této metodě.
|
|
|
Obraz změn společenských hodnot v egyptských televizních seriálech
Černá, Barbora ; Oliverius, Jaroslav (vedoucí práce)
Egyptské televizní seriály jsou pro Egypt i další arabské země specifickým fenoménem. Ačkoli je na ně obecně pohlíženo jako na nezajímavou součást popkultury spíše než na druh umění, televizní dramata by neměla být opomíjena sociology, historiky ani badateli na poli kultury. Na jedné straně jsou seriály díky své obrovské popularitě u většinou egyptského obyvatelstva využívány pro šíření ideologického, politického poselství, což v této studii dokazují témata národní jednoty a vzestupu islámského extremismu. Na druhé straně obsah seriálů odráží společenské změny a šíří modernizační vlivy, což je ukázáno na příkladu problematiky sňatků a postavení ženy. Egyptská seriálová produkce je velmi rozsáhlá a rozšířená. Pro tyto vlastnosti představuje účinnou možnost, jak ovlivnit dění v egyptské společnosti. Klíčová slova: televizní seriál, televize, Egypt, popkultura, film, televizní drama, egyptská společnost, sociální změny, satelitní vysílání, média.
|
host ::
RSS.