|
| |
|
|
Charakterizace vybraného proteinu aktivujícího RAB GTPázy (RAB GAP) z Arabidopsis thaliana
Metlička, Jáchym ; Hála, Michal (vedoucí práce) ; Eliáš, Marek (oponent)
9 ABSTRAKT Rab GTPázy (Raby) jsou nejpočetnější rodinou eukaryotické super-rodiny Ras GTPáz. V aktivní GTP-vázající formě slouží jako nástroje vymezující proměnlivou identitu membrán a skrz rozličné efektory regulují utváření, transport, proměnu a fúzi membránových váčků. To je zásadní pro udržení kompartmentalizované struktury charakteristické pro eukaryotické buňky a pro zajištění endo- a exocytózy. K deaktivaci Rabů dochází skrz vazbu Rab GAPů, tj. proteinů disponujících schopností výrazně urychlit hydrolýzu GTP vázaného v Rabech. Tímto procesem mohou Rab GAPy omezovat rozsah aktivity Rabů a vytyčovat časoprostorové ohraničení odlišných populací Rab GTPáz. V této práci jsem se pokusil popsat Rab GAP, označený jako GAP2, který je zřejmě nutný pro standardní vývoj rostlin huseníčku rolního. Kromě charakteristické katalytické TBC domény obsahuje GAP2 (produkt genu At2g39280) C-terminální coiled-coil strukturní motiv, který byl už dříve pozorován v interakcích s konkrétními Rab GTPázami. Provedl jsem experimenty, jejichž cílem mělo být komplementování T-DNA inzerčního mutanta v genu GAP2, zjištění vnitrobuněčné lokalizace GAP2 proteinu, nalezení dosud nepopsaných interaktorů a popis interakce s Raby objevenými v pilotních experimentech. Výsledky nasvědčují, že GAP2 je primárně cytoplasmatický protein a jeho...
|
|
|
Mitochondrie oxymonád
Vacek, Vojtěch ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Eliáš, Marek (oponent)
Oxymonády jsou jednou z posledních větších skupin eukaryot, u kterých dosud nebyla potvrzena mitochondrie nebo jí podobná organela. V sekvencích transkriptomu oxymonády Monocercomonoides se nám podařilo nalézt tři proteiny asociované s mitochondriemi: pyruvát:ferredoxin oxidoreduktázu (PFO), [FeFe]hydrogenázu a pyridin nukleotid transhydrogenázu (PNT). Z těchto tří enzymů je PNT nejtěsněji spjato s mitochondrií. Přes velké množství osekvenovaných sekvencí transkriptomu se nám nepodařilo najít žádné další mitochondriální proteiny ani proteiny pro syntézu FeS center a pro import proteinů do mitochondrie, které byly objeveny u všech studovaných mitochondriálních organel. Sekvence PNT se ve fylogenetické analýze umístila ve skupině s ostatními eukaryoty a je tedy pravděpodobné, že je mitochondriálního původu. Nemůžeme ovšem vyloučit ani možnost laterálního genového přenosu. Lokalizace PNT v buňce pomocí imunofluorescenční mikroskopie se specifickými protilátkami poskytla nejednoznačné výsledky. Přítomnost organely mitochondriálního typu se nám nepodařilo prokázat. Pokud však Monocercomonoides nějakou takovou organelu má, bude pravděpodobně velmi redukovaná, protože jsme v jeho transkriptomu nenalezli proteiny pro žádnou metabolickou dráhu typickou pro mitochondriální organely.
|
|
|
Reductive Evolution of Mitochondria - Related Organelles in Anaerobic Protist
Rada, Petr ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Embley, Martin (oponent) ; Eliáš, Marek (oponent)
Univerzita Karlova v Praze, Přírodovědecká fakulta Katedra Parazitologie Doktorský studijní program: Parazitologie Abstrakt k disertační práci Reduktivní Evoluce Organel Mitochondriálního Původu u Anaerobních Protist Petr Rada Školitel: RNDr. Jan Tachezy, Ph.D. Školitel-konzultant: Doc. RNDr. Ivan Hrdý, Ph.D. Praha, 2011 ABSTRAKT Trichomonas vaginalis a Giardia intestinalis patří mezi parazitacká protista skupiny Excavata. Oba prvoci obsahují anaerobní formy mitochondrie, které se nazývají hydrogenosomy (Trichomonas) a mitosomy (Giardia). Hydrogenosomy produkují vodík a ATP substrátovou fosforylací. Mitosomy představují vysoce redukovanou formu mitochondrie, nepodílejí se na energetickém metabolismu buňky a neprodukují ani ATP. Během vývoje hydrogenosomu a mitosomu došlo k přenosu genetické informace do jádra hostitelské buňky a vzniku specializovaných transportérů, které zajišťovaly přenos metabolitů, iontů a transport proteinů kódovaných jádrem zpět do organel. Do dnešní doby máme pouze velmi omezené znalosti o proteinech a mechanismech, které se podílejí na biogenezi a transportu metabolitů a proteinů přes membrány obou typů organel. Dosavadní znalosti o proteomech mitosomů pocházejí většinou z analýz genomů vybraných protist a z ověřených mitosomálních lokalizací vytipovaných proteinů. Rozhodli jsme se...
|
|
|
Diverzita a druhový koncept u komplexu Vischeria/Eustigmatos (Eustigmatophyceae)
Procházková, Kateřina ; Eliáš, Marek (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent)
Vischeria a Eustigmatos jsou blízce příbuzné rody vyskytující se v terestrických habitatech. Tyto rody byly rozlišeny na základě rozdílů ve struktuře buněčného povrchu (výrůstky a hrany různého tvaru, resp. hladký povrch). Doposud byly popsány tři druhy rodu Eustigmatos. V rámci rodu Vischeria bylo popsáno dvanáct druhů, z nichž devět však bylo od doby svého popisu pozorováno vzácně nebo dokonce vůbec. Tato práce je zaměřena na zhodnocení molekulární variability, diverzity a taxonomie komplexu Vischeria/Eustigmatos. Za tímto účelem bylo studováno devadesát sedm kmenů zahrnujících jak kmeny pocházející z veřejných řasových sbírek, tak kmeny nově izolované z lokalit z celého světa. Sbírkové kmeny zahrnovaly typové kultury dvou druhů rodu Eustigmatos a tří druhů rodu Vischeria. Fylogenetické analýzy ITS2 rDNA a rbcL sekvencí ukázaly, že rody Vischeria a Eustigmatos nejsou fylogeneticky separované. Každý z pěti typových kmenů představuje samostatou vývojovou linii. Některé z dalších nalezených linií svou morfologií odpovídají popisu Eustigmatos magnus. Některé z nově izolovaných kmenů jsou na základě zkoumaných genetických markerů nerozlišitelné od sbírkových kmenů, některé z nich naopak představují nové linie. Jen jedna z fylogenetických linií, ztotožnitelná s druhem Vischeria stellata, vykazuje dobře...
|
|
|
Erdos-Szekeres type theorems
Eliáš, Marek ; Matoušek, Jiří (vedoucí práce) ; Cibulka, Josef (oponent)
Nech P = (p1, p2, . . . , pN ) je postupnosť bodov v rovine, kde pi = (xi, yi) a x1 < x2 < · · · < xN . Slávna Erdős-Szekeresova veta z roku 1935 hovorí, že každá taká postupnosť P obsahuje monotónnu podpostupnosť S dĺžky√ N . Iná, podobne slávna veta z toho istého článku hovorí, že každá taká po- stupnosť P obsahuje konvexnú alebo konkávnu podpostupnosť dĺžky Ω(log N). Najprv definujeme (k + 1)-ticu K ⊆ P ako pozitívnu, keď leží na grafe funkcie s nezápornou k-tou deriváciou a podobne tiež negatívnu (k + 1)-ticu. Ďalej hovoríme, že S ⊆ P je monotónna k-teho rádu, keď jej (k + 1)-tice sú buďto všetky pozitívne alebo všetky negatívne. V tejto práci skúmame kvantitatívne odhady pre zodpovedajúce Ramseyovské funkcie. Dostávame Ω(log(k−1) N) ako dolný odhad. Taktiež uvádzame vylepšené odhady pre súvisiace problémy ako Order types a One-sided sets of hyperplanes. 1
|
|
|
Pohlavní rozmnožování ochrofytních řas
Procházková, Kateřina ; Eliáš, Marek (vedoucí práce) ; Kulichová, Jana (oponent)
Pohlavní rozmnožování je jedním ze specifických znaků eukaryot. Téměř veškeré znalosti, které o pohlavním procesu máme, vycházejí ze studií provedených na živočiších a rostlinách. Ve skutečnosti však víme jen nepatrný zlomek toho, co by nám o distribuci a dalších aspektech pohlavního procesu mohly prozradit protistní organismy. U naprosté většiny z nich nich chybí jakékoliv důkazy o tom, že k pohlavnímu procesu skutečně dochází. Není však vyloučeno, že domnělá asexualita protist je pouze lidským artefaktem. Také u většiny ochrofytních řas, kterým je věnována značná část této bakalářské práce, pohlavní proces neznáme. Pozorován byl pouze u jedinců, kteří náleží do šesti z šestnácti doposud popsaných tříd skupiny Ochrophyta. V některých případech byl zjištěn také environmentální faktor, který stimuluje tvorbu pohlavních buněk. Postupné vyjasňování fylogeneze, které můžeme očekávat v následujících let spolu se znalostí biologie ochrofytních řas nám může poskytnout informace o případné sexualitě této skupiny.
|
|
|
Sinice spojené se stromatolitovými biofilmy v německém potoce Westerhöfer
Hodačová, Alena ; Eliáš, Marek (vedoucí práce) ; Řeháková, Klára (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá sinicemi, které se nacházejí v biofilmu tufa stromatolitu pokrývající dno potoku Westerhöfer v Dolním Sasku v Německu. O sinicích tohoto potoku již byla práce napsána (ARP ET AL., 2010), ale pouze pro jedno odběrové místo (WB 5), a výsledkem této práce bylo šest nevysvětlených fylotypů sinic z devíti získaných. Moje diplomová práce má za úkol alespoň z části vyjasnit identitu těchto fylotypů a poukázat na další skupiny, které se zde vyskytují. Výsledky studie jsou rozděleny na dvě části. Na část zaměřenou na morfologii izolátů, které jsem extrahovala ze směsných vzorků všech odběrových míst v tomto potoce, a na fylogenetickou část, která zahrnuje analýzu sekvencí 16S rDNA mých izolátů a sekvencí získaných klonováním environmentální 16S rDNA, a to jak mých z vzorků po 2,5 měsících kultivace, tak také Kathrin I. Mohr (klonování ihned po odběru), která pracovala v laboratoři EPSAG přede mnou na stejném projektu. V morfologické části práce jsem identifikovala 11 morfotypů, odpovídajících tradičním rodům Aphanothece, Synechococcus, Cyanothece/Gloeothece, Leptolyngbya, Pseudanabaena, Limnothrix, Plectonema, Phormidium, Tolypothrix a Nostoc, dva izoláty nebylo možno jednoznačně přiřadit k žádnému morfotypu, jedná se o AH 5 a AH 35. Ve fylogenetické části jsem potvrdila polyfyletický...
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.