|
Stanovení genetických markerů u ledvinných komplikací diabetes mellitus.
Vedralová, Marcela ; Kotrbová - Kozak, Anna Katarzyna (vedoucí práce) ; Kalousová, Marta (oponent)
Do předkládané studie byly vybrány geny, jejichž proteinové produkty významně ovlivňují kalciofosfátový metabolizmus v ledvinách, a u nichž se předpokládá vliv na patogenezi jak samotného diabetu, tak ledvinného poškození. Receptor vitamínu D (VDR) patří do velké rodiny nukleárních receptorů a transkripčních faktorů. VDR je exprimován ve velkém množství buněk různých tkání a jeho aktivace ligandem 1, 25 - dihydroxyvitamínem D3, ovlivňuje expresi mnoha genů. V genu pro VDR byly pomocí restrikčních endonukleáz Bsm I, Fok I, Taq I a Apa I nalezeny polymorfizmy, u kterých byla prokázána asociace s některými chronickými onemocněními, jako je diabetes 1. a 2. typu nebo karcinom plic. Tyto studie umožnily identifikovat polymorfizmy délky restrikčních fragmentů pomocí restrikčních endonukleáz Bsm I, Fok I, Taq I a Apa I. Mezi nejvýznamnější regulátory kalciového a fosfátového metabolismu patří též parathyreoidní hormon. Alelový polymorfismus genu PTH zahrnuje alely B/b a D/d, které se rovněž mohou spolupodílet na patogenezi ledvinných komplikací. Cíle: Naším cílem bylo zjistit, zda se určité kombinace VDR a PTH genotypů nevyskytují s vyšší frekvencí mezi skupinou diabetiků s ledvinnými komplikacemi než u diabetiků bez ledvinných komplikací. U VDR byla rovněž provedena expresní analýza na úrovni mRNA. Byl...
|
|
Příprava monoklonálních protilátek proti antigenům borelie
ŠVEJDOVÁ, Veronika
Ve své bakalářské práci se zaměřuji na přípravu monoklonálních protilátek proti antigenům borelie. V teoretické části bakalářské práce popisuji druhy rodu Borrelia a protilátky. V úvodu práce je pojednáno o historii objevu spirochéty způsobující onemocnění lymeská borelióza, dále o vektorech tohoto onemocnění a rozdělení borelií podle geografického výskytu. Následuje taxonomické zařazení a popis bakterie, který je zaměřený na bičíky, uspořádání genetického materiálu a na vnější povrchové antigeny důležité pro tyto bakterie. V další části popisuji vztah borelie, vektora a hostitele a průběh imunitní odpovědi při onemocnění. Podrobněji jsou popsány kožní příznaky onemocnění lymeská borelióza a pár slov o relabující horečce. Tato kapitola je zakončena popsáním laboratorní diagnostiky původce lymeské boreliózy Borrelia burgdorferi. Dále se zaměřuji na vznik protilátek přirozenou cestou a na přípravu monoklonálních protilátek hybridomovou technologií. Stručně popisuji jejich rozdělení a využití. Praktická část bakalářské práce byla uskutečněna v laboratořích Přírodovědecké fakulty Jihočeské univerzity. Zde jsem pomocí hybridomové technologie fúzí spojila myelomovou buňku se splenocytem imunizované myši za vzniku hybridomu. Tyto hybridomy jsem následně klonovala a kultivovala v mediu, které jsem testovala metodou ELISA na výskyt protilátek. Hybridomy s vysokou produktivitou byly zálohovány zmrazením v tekutém dusíku. Monoklonální protilátky jsem přečistila, zkoncentrovala a otestovala jejich titr.
|
|
Characterization of Mitochondrial Respiratory Chain Defects Using DNA Microarrays
Čížková, Alena ; Kmoch, Stanislav (vedoucí práce) ; Kováč, Ladislav (oponent) ; Červinková, Zuzana (oponent)
Poruchy respiračního řetězce jsou zpravidla způsobeny ztrátou aktivity jednoho případně několika specifických enzymů nebo poruchou transportu proteinů. Tyto poruchy představují širokou skupinu onemocnění s rozsáhlým spektrem patologických stavů, které se liší věkem nástupu onemocnění, závažností a klinickým fenotypem. Jejich diagnostika musí být komplexní a vyžaduje využití nových genetických a genomických technik, které tento proces urychlují a zefektivňují. Jedním z těchto genomickcých nástrojů pro kvalitativní a kvantitativní analýzu nukleových kyselin je technologie DNA čipů. Tato technologie je nyní využívána nejen v základním výkumu, ale také v klinické diagnostice a to v několika modifikacích, jako je analýza genové exprese, detekce polymorfismů, komparativní genomová hybridizace nebo detekce mutací. Tato dizertační práce se zabývá vývojem a následnou aplikací čipové technologie ve studiích zaměřených na identifikaci a charakterizaci genů způsobujících závažná onemocnění. Realizované projekty byly zaměřeny především na porozumění mitochondriálním dědičným poruchám jaderného původu (poruchy ATP syntázy), an charakterizaci změn v mitochondriální giogenezi v ledvinných nádorových buňkách a na molekulární charakterizaci mukopolysacharidózy IIIC. Všechny výsledky dokumentují významnost čipové technologie...
|
|
Fenotypové a molekulární přístupy v systematice palearktických a neotropických rosniček rodů Hyla a Osteocephalus (Amphibia: Hylidae)
Gvoždík, Václav ; Moravec, Jiří (vedoucí práce) ; Mikulíček, Peter (oponent) ; Hulva, Pavel (oponent)
SOUHRN Systematika rosniček (Hylidae) prošla v posledních desetiletích bouřlivým vývojem a to jak na vyšších taxonomických úrovních (podčeledi a rody), tak na úrovni druhové. Na původní klasickou morfologickou systematiku nejprve navázal bioakustický přístup, kdy se oznamovací hlasy samců v některých případech ukázaly jako významná reprodukčně-izolační bariéra a tudíž jako důležitý znak pro systematiku. Zcela nový vhled však přišel až se zavedením genetických metod do systematiky. To umožnilo odlišit nejen morfologicky ale i akusticky kryptické taxony. Nejvhodnějším přístupem v systematice rosniček je pak kombinace těchto rozdílných přístupů. Cílem dizertační práce bylo za pomocí kombinace morfologických, bioakustických a molekulárně-genetických přístupů zhodnotit systematiku rosniček rodu Hyla z oblasti východní Evropy až Blízkého východu a amazonského rodu Osteocephalus. Dizertační práce se skládá z obecného úvodu, tří publikovaných prací, dvou prací v recenzním řízení a závěru. První tři práce se zabývají fenotypovým (morfologie a bioakustika) přístupem v systematice. První práce se zabývá otázkou variability ve zbarvení, resp. kresbě mezi kyperskými a přilehlými pevninskými (Turecko, Sýrie, Libanon) populacemi druhu Hyla savignyi. Zjištěný frekvenční rozdíl v přítomnosti a typu dorzálního skvrnitého...
|
|
Population biology and genetics of rare plant species
Dostálek, Tomáš ; Münzbergová, Zuzana (vedoucí práce) ; Oostermeijer, Gerhard (oponent) ; Jersáková, Jana (oponent)
6 Souhrn Cílem této práce je sjednocení různých přístupů ve výzkumu vzácných druhů. První tři články (paper 1, 2, 3) se zabývají celoevropsky vzácným a ohrožených druhem, včelníkem rakouským (Dracocephalum austriacum L.). V prvním článku (paper 1) jsem se soustředil na prozkoumání celého životního cyklu tohoto druhu a na rozdíly mezi dvěmi vzdálenými regiony. Z výsledků vyplývá, že poznatky o důležitých životních fázích mohou být přeneseny také do jiných regionů i přes jejich značnou geografickou vzdálenost. Avšak dlouhodobé predikce a citlivost k vnějším disturbancím jsou do značné míry specifické pro dané území. V druhém článku (paper 2) jsem pomocí izozymové analýzy určoval genetickou diverzitu a její rozložení v jednotlivých populacích a regionech. Největší množství genetické diverzity bylo soustředěno v rámci jednotlivých populací. Článek ukazuje, které populace by měly být upřednostněny při snaze o zachování maximální genetické diverzity v rámci daného regionu. V článku 2 (paper 2) jsem také objevil pozitivní průkazný vztah mezi genetickou diverzitou a produkcí semen u včelníku. Článek 3 (paper 3) pak dává dohromady výsledky z předchozích dvou článků. Je to první studie svého druhu, která se zabývá vztahem změn v genetické diverzitě a populační růstové rychlosti. Zjistil jsem, že změny v očekávané...
|
|
Regulation of calcium influx via voltage-dependent calcium channels (L-VDCC) into the vascular smooth muscle of genetically hypertensive rats
Surovcová, Mária ; Kuneš, Jaroslav (vedoucí práce) ; Hampl, Václav (oponent) ; Pácha, Jiří (oponent)
SOUHRN Tato in vivo studie měla za cíl lepší poznání patofyziologických mechanismů podílejících se na udržování vysokého krevního tlaku u spontánně hypertenzních potkanů (SHR). Genetická hypertenze je charakterizována abnormálně zvýšenou aktivitou sympatického nervového systému (SNS) a zvýšenou citlivostí k vasokonstrikci vyvolané katecholaminy, která zahrnuje jak zvýšený vstup vápníku do cévních hladkosvalových buněk cestou napěťově-závislých vápníkových kanálů L typu (L-VDCC) tak i změny citlivosti cév k intracelulárnímu vápníku zprostředkované RhoA/Rho kinázovou signální cestou. Cílem studie bylo prozkoumat regulaci vstupu vápníku cestou L-VDCC, určit úlohu RhoA/Rho kinázové cesty v hypertenzi a zjistit, která z těchto cest je důležitá v udržování vysokého krevního tlaku. Srovnáním bdělých SHR potkanů a jejich normotenzních kontrol (WKY potkanů) jsme ověřili, že vysoká sympatická aktivita u hypertenze je odpovědná za zvýšený vstup vápníku cestou L-VDCC. Pokusy založené na inaktivaci inhibičních G (Gi) proteinů pomocí pertusis toxinu ukázaly, že kontrola L-VDCC sympatickým nervovým systémem je zprostředkována cestou zahrnující Gi proteiny, jejíž vyřazení vede k oslabení sympatické vasokonstrikce a k poklesu odpovědi krevního tlaku na nifedipinem vyvolanou blokádu L-VDCC u hypertenzních potkanů. Navíc...
|
|
Srovnání biolistické a agrobakteriem zprostředkované transgenoze rajčete (Solanum lycopersicum L.)
DĚDOUCHOVÁ, Martina
Genové manipulace lze v současné době provádět s využitím přímých či nepřímých metod. Nepřímé metody využívají strategie gram-negativní půdní bakterie Agrobacterium tumefaciens, která vnáší část vlastních genů nesených úsekem plazmidu Ti nazývaným T-DNA do genomu infikovaných rostlin. Obtížné je docílit pomocí této metody transformace jednoděložných rostlin. U jednoděložných rostlin se nabízí možnost využití přímých metod transformace. Jednou z nejúčinnějších metod přímé transformace je pak transformace biolistická. Tato diplomová práce se zabývala srovnáním účinnosti biolistické a A. tumefaciens zprostředkované transgenoze u rajčete (Solanum lycopersicum L.).
|
|
Kvaziparalelní optimalizace simulovaných systemů pomocí genetických algoritmů
Konopa, Michal ; Neruda, Roman (oponent) ; Kindler, Evžen (vedoucí práce)
Cílem této práce je v jazyku SIMULA sestavit třídy umožňující modelování sezení expertů, kteří mají své vlastní (počáteční) představy o tom, která konfigurace parametrů zkoumaného systému je optimální, a všichni tento systém (každý se svou variantou) simulují, avšak během simulace si vyměňují informace o chování svých modelů a podle toho se učí a své vlastní konfigurace modifikují. Učení expertů na základě informací, získaných od kolegů, se provede technikou genetických algoritmů. Výsledný optimalizátor bude vyzkoušen na konkrétních příkladech, jak abstraktních (čerpaných z čisté matematiky), tak konkrétních (např. optimalizace daného projektu). Práce navazuje na disertaci RNDr. Jiřího Weinbergera, CSc., který v 80.letech vytvořil podobný typ optimalizátoru, kdy ovšem nebylo nic konkrétního známo o genetických algoritmech, a tak "učení" expertů hledajících optimum bylo modelováno technikami, které se sice v praxi ukázaly jako velmi úspěšné, dnes by však zasluhovaly být nahrazeny (nebo - co do efektivnosti své práce - alespoň porovnány) s metodou genetických algoritmů. Ta se sice při optimalizaci systémů pomocí algoritmicky řízených pokusů s jejich modely úspěšně používá, avšak nikdy s průběžným uplatněním při běhu těchto modelů. Paralelní běh více simulačních modelů na jednom monoprocesorovém počítači...
|
|
Simulace kolektivního chování entit ve virtuálním světě
Vymazal, Tomáš ; Žák, Pavel (oponent) ; Láník, Aleš (vedoucí práce)
Tématem této práce je zhodnotit a porovnat možnosti řízení entit (agentů) ve virtuálním světě a jeden vybraný přístup realizovat ve formě programu. Pro implementaci byl vybrán přístup, kdy konečný automat, řídící agenta, podléhá evoluci pomocí genetických algoritmů. Tento přístup by měl přizpůsobit, případně vylepšit agentovo chování tak, aby odpovídalo zadaným požadavkům: zde např. aby se agent naučil težit zdroje ve virtuálním světě. Implementace je realizována pomocí modulu pro běh evoluce a pomocí modulu se 3d zobrazením, kde lze prohlížet chování agentů.
|
|
Learning Restricted Restarting Automata using Genetic Algorithm
Basovník, Stanislav ; Plátek, Martin (oponent) ; Mráz, František (vedoucí práce)
Restartovací automaty jsou lingvisticky motivované modely pro reprezentaci jazyků. Hlavním cílem této práce je navrhnout vhodnou variantu restartovacího automatu pro učení jazyků z pozitivních a negativních příkladů pomocí genetických algoritmů. Dále je v práci vymezena třída jazyků rozpoznávaných nově zavedenými restartovacími automaty s ohledem na Chomského hierarchii. Navrhnutý učící algoritmus je porovnán se dvěma známými metodami pro učení jazyků z pozitivních a negativních příkladů - RPNI a LARS. Součástí práce je i nástroj pro učení restartovacích automatů s omezeným kontextem včetně příkladů a návodu k použití.
|
host ::
