|
|
Comparison of mitochondrial DNA for species identification
Labounek, René ; Provazník, Ivo (referee) ; Maděránková, Denisa (advisor)
The work deals with the method of recognizing species on the analysis of mitochondrial DNA segment. This analysis and classification using segment gene called CO1 in literatures such as barcode of life. In the beginning of work is analyzed the mitochondrial theory of heredity and conditions of formation of barcode. Practical use is based on this theory in creating database of barcodes generated to different animal species. Data used for creating the library are drawn from public databases NCBI and BOLD Systems. The next part of this work concerns about methods of comparison of the individual barcodes to the others and especially to the barcode of human. Three main computing methods were used tore these analyses: Needleman-Wunsch algorithm, Smith- Waterman algorithm and comparison of similarities using distance matrix. This work also concerns about transformation of DNA molecule sequences from symbols to numeric formats, which is required for the distance matrix comparison method. Algorithms for searching for a barcode of a species and vice versa were created to ease the work with data.
|
|
|
Fuzzy classification of DNA sequences
Těthal, Jiří ; Maděránková, Denisa (referee) ; Škutková, Helena (advisor)
The work deals with the fuzzy classification of DNA sequences. In the first part the theory summarized information about Fuzzy logic and methods of its use in the classification of biological sequence data. The second part is practically deal with the classification algorithm for assessing the similarity of sequences. Specifically, the dividing of coding and non-coding parts of the sequence and the use of fuzzy classification in DNA barcoding.
|
|
|
Genetická a morfologická variabilita skupiny \kur{Melampyrum nemorosum}
DRAHNÍK, Petr
Melampyrum nemorosum agg. is very complicated group of hemiparasitic plants. According to the traditional concept, 15 species is distinguished. Recent molecular analyses show a need of critical taxonomic revision of group and a potential importance of ancient hybridization. Analysis of 3 regions of cpDNA (trnTUGU-trnLUAA, psbA-trnHGUG, rpl32-trnLUAG) and 2 regions of nuclear DNA (Agt1 and At103) reveals well supported lineage with limited geographical distribution. Morphology and genome size of genetically supported lineages were compared.
|
|
|
Genetická a morfologická variabilita skupiny \kur{Melampyrum nemorosum}
DRAHNÍK, Petr
Melampyrum nemorosum agg. is very complicated group of hemiparasitic plants. According to the traditional concept, 15 species is distinguished. Recent molecular analyses show a need of critical taxonomic revision of group and a potential importance of ancient hybridization. Analysis of 3 regions of cpDNA (trnTUGU-trnLUAA, psbA-trnHGUG, rpl32-trnLUAG) and 2 regions of nuclear DNA (Agt1 and At103) reveals well supported lineage with limited geographical distribution. Morphology and genome size of genetically supported lineages were compared.
|
|
|
The symbiotic bacteria of lice of genus \kur{Polyplax}: general phylogenetic and genomic characterisation
ŘÍHOVÁ, Jana
Blood-sucking lice of the genus Polyplax harbour two bacterial endosymbionts, one from family Legionellales and the other from family Neisseriales. Fylogenetic and genomic analyses reveal typical features of endosymbiotic bacteria and coevolution history with the host. In the genome of the endosymbiont from family Legionellales I found operon, which encodes biosynthesis of biotin, essential vitamin, especially for blood-sucking insects living on low-nutrient diet. This operon was probably horizontally transfer from Wolbachia, nutrient endosymbiont of bedbug Cimex lectularius.
|
|
|
Vliv variability genomu na interakci lidského organismu a životního prostředí - ENVIRONGENOM
Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i., Praha ; Skorkovský, Jiří ; Benešová, Marie ; Novák, Jiří ; Tabashidze, Nana ; Švecová, Vlasta ; Špátová, Milada ; Solanský, Ivo ; Nováková, Zuzana ; Milcová, Alena ; Líbalová, Helena ; Dejmková, Eva ; Schmutzerová, Jana ; Topinka, Jan ; Rössner, Pavel ; Dostál, Miroslav ; Brdička, Radim ; Šrám, Radim
Zpráva obsahuje jednotlivé výstupy spojené s realizací projektu (články, přednášky). Je uvedeno zhodnocení znečistění ovzduší v Teplicích, Prachaticích a v Praze za období 1994-2009 a vyhodnocení vztahu mezi znečištěným ovzduším a nemocností předškolních dětí v okrese Teplice a Prachatice. Je připojena zpráva o zdravotním stavu Romů ve sledované oblasti.
|
|
|
Vliv variability genomu na interakci lidského organismu a životního prostředí - ENVIRONGENOM
Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i., Praha ; Skorkovský, Jiří ; Beneš, Ivan ; Novák, Jiří ; Švecová, Vlasta ; Solanský, Ivo ; Sevastyanova, Oksana ; Nováková, Zuzana ; Milcová, Alena ; Chvátalová, Irena ; Dejmková, Eva ; Schmutzerová, Jana ; Topinka, Jan ; Rössner, Pavel ; Dostál, Miroslav ; Brdička, Radim ; Šrám, Radim
Cílem projektu je získat nové poznatky o vztahu mezi geneticky podmíněnou vnímavostí jedince a jeho schopností vyrovnávat se (či nevyrovnávat) se zátěží životního prostředí. Hlavním přínosem projektu je stanovení vlivu polutantů z ovzduší na změny v genetickém materiálu. Projekt je rozpracován do následujících dílčích cílů: 1. Sledování a analýza nemocnosti (infekční onemocnění horních i dolních dýchacích cest, alergie) vybrané skupiny cca 1 000 dětí v modelových okresech Teplice a Prachatice do věku 10 let. 2. Stanovení PAU-DNA aduktů vzniklých v prenatálním období metodou ELISA u kohorty 1 100 dětí z modelových okresů Teplice a Prachatice (DNA získaná při narození). 3. Stanovení oxidačního poškození DNA v prenatálním období u kohorty 1 100 dětí z modelových okresů Teplice a Prachatice (DNA získaná při narození). 4. Stanovení SNP genetického polymorfismu čipovou technologií u kohorty 1100 dětí z modelových okresů Teplice a Prachatice (DNA získaná při narození). 5. Zhodnocení vztahu genotypu novorozence k jeho postižení nitroděložní růstovou retardací (IUGR), a pozdější nemocnost těchto dětí s ohledem na stav ovzduší. 6. Studium významu genotypu jedince, ovlivňujiícího interakce se znečištěným ovzduším, vzhledem k nemocnosti sledovaných dětí. 7. Studium specifity skupin genů (metabolických drah) na tvorbu PAU-DNA aduktů a oxidační poškození. 8. Analýza vztahu mezi expozicí PM2.5, k-PAU, PAU-DNA adukty, oxidačním poškozením DNA a genotypem. 9. Zhodnocení významu PAU-DNA aduktů a oxidačního poškození DNA u dětí při narození jako indikátoru genetické zátěže jedince, vliv na nemocnost ledovaných dětí. 10. Zhodnocení vývoje znečištěného ovzduší v Teplicích (AIM ČHMÚ) a Prachaticích (AIM MÚ Prachatice) do r. 2010. 11. Doporučení interpretace získaných výsledků pro potřeby hodnocení rizika a v případě možnosti pro snížení negativních účinků znečištěného ovzduší na zdravotní stav dětí.
|
|
|
Vliv variability genomu na interakci lidského organismu a životního prostředí - ENVIRONGENOM
Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i., Praha ; Skorkovský, Jiří ; Benešová, Marie ; Novák, Jiří ; Tabashidze, Nana ; Švecová, Vlasta ; Špátová, Milada ; Solanský, Ivo ; Nováková, Zuzana ; Milcová, Alena ; Líbalová, Helena ; Dejmková, Eva ; Schmutzerová, Jana ; Topinka, Jan ; Rössner, Pavel ; Dostál, Miroslav ; Brdička, Radim ; Šrám, Radim
Zpráva obsahuje jednotlivé výstupy spojené s realizací projektu (články, přednášky). Je uvedeno zhodnocení znečistění ovzduší v Teplicích, Prachaticích a v Praze za období 1994-2009 a vyhodnocení vztahu mezi znečištěným ovzduším a nemocností předškolních dětí v okrese Teplice a Prachatice. Je připojena zpráva o zdravotním stavu Romů ve sledované oblasti.
|
|
|
Vliv variability genomu na interakci lidského organismu a životního prostředí - ENVIRONGENOM
Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i., Praha ; Skorkovský, Jiří ; Benešová, Marie ; Novák, Jiří ; Tabashidze, Nana ; Švecová, Vlasta ; Špátová, Milada ; Solanský, Ivo ; Nováková, Zuzana ; Milcová, Alena ; Líbalová, Helena ; Dejmková, Eva ; Schmutzerová, Jana ; Topinka, Jan ; Rössner, Pavel ; Dostál, Miroslav ; Brdička, Radim ; Šrám, Radim
Projekt je rozpracován do následujících dílčích cílů: Sledování a analýza nemocnosti (infekční onemocnění horních i dolních dýchacích cest, alergie) vybrané skupiny cca 1000 dětí v modelových okresech Teplice a Prachatice do věku 10 let. , Stanovení PAU-DNA aduktů vzniklých v prenatálním období metodou ELISA u kohorty 1100 dětí z modelových okresů Teplice a Prachatice (DNA získaná při narození), Stanovení oxidačního poškození DNA v prenatálním období u kohorty 1 100 dětí z modelových okresů Teplice a Prachatice (DNA získaná při narození), Stanovení genetického polymorfismu čipovou technologií u kohorty 1100 dětí z modelových okresů Teplice a Prachatice (DNA získaná při narození), Zhodnocení vztahu genotypu novorozence k jeho postižení nitroděložní růstovou retardací (IUGR), a pozdější nemocnost těchto dětí s ohledem na stav ovzduší, Studium významu genotypu jedince, ovlivňujiícího interakce se znečištěným ovzduším, vzhledem k nemocnosti sledovaných dětí, Studium specifity skupin genů (metabolických drah) na tvorbu PAU-DNA aduktů a oxidační poškození, Analýza vztahu mezi expozicí PM2.5, k-PAU, PAU-DNA adukty, oxidačním poškozením DNA a genotypem, Zhodnocení významu PAU-DNA aduktů a oxidačního poškození DNA u dětí při narození jako indikátoru genetické zátěže jedince, vliv na nemocnost sledovaných dětí, Zhodnocení vývoje znečištěného ovzduší v Teplicích (AIM ČHMÚ) a Prachaticích (AIM MÚ Prachatice) do r. 2010, Doporučení interpretace získaných výsledků pro potřeby hodnocení rizika a v případě možnosti pro snížení negativních účinků znečištěného ovzduší na zdravotní stav dětí. Zpráva obsahuje především publikované výstupy projektu.
|
|
| |
guest ::
