|
|
Pokročilá registrace obrazových sekvencí z videooftalmoskopu
Dufková, Barbora ; Chmelík, Jiří (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se věnuje problematice registrace oftalmologických video sekvencí. Popisuje základní geometrické transformace, které lze k registraci využít. Jsou také uvedeny základní metody registrace obrazů, ze kterých je vybrána nejvhodnější varianta pro tuto aplikaci. Ta je poté implementována pomocí skriptu vytvořeného v prostředí MATLAB. Navržená metoda je dále objektivně vyhodnocena metodou jasového profilu, pomocí vzájemné informace a korelace a pomocí skeletonu sítnicových cév. V diskuzi je řešen vliv polynomiální transformace na registraci a možné optimalizace algoritmu.
|
|
|
Immunomodulatory and differentiation properties of MSCs in a mouse model of the injured cornea and retina
Kössl, Jan ; Holáň, Vladimír (vedoucí práce) ; Vištejnová, Lucie (oponent) ; Heissigerová, Jarmila (oponent)
Kmenové buňky obecně představují potenciál pro léčbu řady onemocnění a poruch, které jsou v dnešní době léčitelné pouze obtížně nebo s řadou vedlejších účinků. Mezi dnes velmi zkoumané kmenové buňky patří námi použité mezenchymální kmenové buňky (MSCs, mesenchymal stem cells). MSCs mají značný imunomodulační a regenerační potenciál pro terapii degenerativních poruch a závažných poškození různých částí oka nebo i dalších orgánů. Stejně tak by jejich aplikace mohla sloužit jako podpůrná léčba při transplantacích rohovky a jiných zánětlivých stavech oka. Při studiu těchto imunomodulačních vlastnosti MSCs jsme se zaměřili především na jejich schopnost diferenciace v buňky různých tkání (v našem případě rohovkového epitelu a sítnice), produkci imunomodulačních molekul v zánětlivém prostředí, schopnosti migrace do místa poškození a jejich lokální protizánětlivé, regenerační a antiapoptotické působení. Terapeutické účinky MSCs jsme testovali na myším modelu poškození povrchu oka, modelu degenerace sítnice a mechanismus tohoto účinku jsme testovali v in vitro modelech s explantáty těchto tkání. Při léčbě závažných poškození rohovky je již používána terapie pomocí limbálních kmenových buněk. Tato léčba je však vhodná pouze pro určité malé procento pacientů, u kterého je potřeba tyto kmenové buňky získat ze...
|
|
|
Pletysmografie pro zpracování retinálních sekvencí
Plavcová, Daniela ; Valterová, Eva (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Zrak je jedním z pěti lidských smyslů a je velmi důležitým pro zkoumání blízkého i vzdáleného okolí. Tomu ovšem brání různé oční vady, které mohou souviset s cévním systémem sítnice a pulzacemi, které jsou na ní pozorovatelné. Tato práce se zabývá zkoumáním souvislostí mezi zmíněnými pulzacemi a onemocnění glaukomem. Pro hledání spojitostí mezi těmito dvěma aspekty jsou použité videozáznamy ze sítnice, s jejíž pulzací je dál pracováno ve formě 1D signálu, a to především ve spektrální oblasti.
|
|
| |
|
|
Klasifikace cév sítnice
Mitrengová, Jana ; Kolář, Radim (oponent) ; Odstrčilík, Jan (vedoucí práce)
Práce se zabývá klasifikací cévního řečiště v obrazových datech sítnice. První část práce pojednává o anatomii oka a zaměřuje se na popis sítnice a jejího cévního zásobení. Dále je popsán princip fundus kamery a experimentálního video oftalmoskopu. Druhá část práce je věnována literární rešerši odborných prací, které se zabývají problematikou klasifikace retinálních cév na tepny a žíly. Následně je uveden princip vybraných metod strojového učení. Na základě prostudovaných odborných publikací byly sestaveny dva návrhy metod pro klasifikaci cévního řečiště, první s využitím SVM klasifikátoru a druhá s využitím konvoluční neuronové sítě U-Net. Na závěr proběhla analýza pulzací cévního řečiště. Praktická část práce byla realizována v programovacím prostředí Matlab, přičemž pro klasifikaci byly použity snímky z RITE, IOSTAR a AFIO databáze, a při analýze pulzací byly zpracovány videosekvence sítnice pořízené experimentálním video oftalmoskopem.
|
|
|
Segmentace cév ve snímcích sítnice s vysokým rozlišením
Svobodová, Sabina ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Valterová, Eva (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem a realizací algoritmu pro segmentaci cév oční sítnice ve snímcích s vysokým rozlišením. Jako metoda byla zvolena neuronová síť se dvěma skrytými vrstvami. Bylo získáno celkem 7 příznaků, a to z přizpůsobené filtrace na základě tloušťky cév, z texturní analýzy a jednotlivé jasové pixely. V rámci práce byla manuálně anotována celá databáze pro implementci algoritmu i výsledné vyhodnocení. Dosažená průměrná senzitivita dosáhla hodnoty 80%, specificita 97%, a úspěšnost segmentace cév (Dice skóre) 59%.
|
|
|
Molekulárně genetická analýza pacientů s Usherovým syndromem
Průšová, Kateřina ; Ďuďáková, Ľubica (vedoucí práce) ; Kousal, Bohdan (oponent)
Práce je zaměřena na molekulárně genetické testování pacientů s Usherovým syndromem - na potvrzení správné diagnózy, určení kauzální příčiny vzniku onemocnění a popis nových mutací způsobující Usherův syndrom u českých pacientů. Usherův syndrom je klinicky a geneticky heterogenní onemocnění, které je nejčastější příčinou dědičné hluchoslepoty. Je klasifikováno do tří klinických subtypů. Vzhledem k tomu, že v současné době neexistuje žádná specifická léčba, je potřeba pochopit patofyziologii tohoto onemocnění a rozšířit spektrum kauzálních mutací. Teoretická část práce se věnuje anatomii oka, a to především stavbě sítnice. Pozornost je rovněž věnována onemocněním sítnice, jako je progresivní ztrátou zraku charakteristická Retinitis pigmentosa (RP). RP se může vyskytovat buď jako izolovaná porucha nebo také spolu s dalšími poškozeními jako tzv. syndromová RP. Mezi klasické syndromové RP patří Usherův syndrom, jímž se práce zabývá. V teoretické části se práce věnuje především mechanismu vzniku onemocnění, funkcím jednotlivých usherovských proteinů a genům, které tyto proteiny kódují. Rovněž jsou uvedeny nejčastější mutace způsobující Usherův syndrom v Evropě a výsledky haplotypových analýz, které byly u těchto frekventovaných mutací provedeny. Na základě jejich výsledků byl již dříve potvrzen efekt...
|
|
|
Exploring the Population Characteristics of Direction-Selective Ganglion Cells Across the Retinal Space
Svatoň, Jan ; Paštěka, Richard (oponent) ; Jösch, Maximilian (vedoucí práce)
In the last century, substantial research has been dedicated to gaining an understanding of how visual information is encoded by neural populations and circuits. The overall picture that emerged from these efforts shows that visual information is first processed by intricate circuitries in the retina and subsequently relayed to higher brain structures. Both stages appear to have developed remarkably sophisticated computations. The functional study of these neuronal transformations has been examined either using electrophysiological or imaging techniques. In the retina, these techniques have limited the analysis of spatial specializations across the retina, either by the number of available electrodes (in electrophysiology) or the size of the field-of-view (FOV) (in imaging experiments). For example, simultaneous recordings of retinal ganglion cells (RGC) have been confined to an area (~ 200 x 200 um2) using state-of-the-art imaging techniques. In my thesis, I have explored a newly developed method that uses a FOV, which is 40-times larger in comparison with conventional optical methods, allowing me to overcome this technical limitation. This thesis uses this novel method to explore population characteristics of direction-selective ganglion cells (DSGCs) across the retinal space of mouse retinas. By recreating already known population patterns, we confirmed that our novel imaging method works. In addition, this thesis investigates the effects of adjuvants for enhanced global RGC infection rates that may potentially facilitate the unbiased recording of RGCs and introduces a novel stimulus for inspecting receptive fields (RFs) of RGCs. This novel stimulus outperforms conventional stimuli used in current studies in both the resolution of the yielded RF and the necessary time of stimulus presentation. It opens the door for following studies to describe for the first time the distribution patterns of RFs across the retinal space and to improve the clustering of cell classes.
|
|
|
Řízení manipulátoru pro snímání sítnice oka
Malaník, Petr ; Dvořák, Michal (oponent) ; Drahanský, Martin (vedoucí práce)
K využití snímku sítnice pro biometrické, případně lékařské účely je nutné, aby byl snímek co nejkvalitnější a ideálně zabíral co největší plochu. Je tedy nezbytné dostat snímací zařízení do co nejvhodnější polohy a při tom zajistit jeho stabilitu. Za tímto účelem je využita laboratorní manipulační platforma. Pohyb platformy je zajištěn krokovými motory. Pro jejich ovládání byla vyvinuta řídicí deska osazená mikrokontrolérem, který umožňuje provádění velmi jemných pohybů. Teoretická přesnost manipulátoru je až 20 nm. Jelikož je nutné pro snímání sítnice osvětlení, obsahuje řídicí systém i nastavitelné osvětlovací prvky v infračerveném a viditelném spektru. Výsledný systém umožňuje nasnímání sítnice oka z více úhlů, tím efektivně zvyšuje plochu, na které je možné dále hledat příznaky nemocí, případně biometrické rysy.
|
|
|
Cone mosaic in the retina of ray-finned fishes and its function for vision
Konvičková, Zuzana ; Musilová, Zuzana (vedoucí práce) ; Němec, Pavel (oponent)
V rámci obratlovců představují paprskoploutvé ryby více než polovinu diverzity a mnoho jedinečných strategií a adaptací jim umožnilo obydlet nejrůznější vodní prostředí. Tato práce se zaměřuje na zrak, jenž je pro většinu ryb nepostradatelným smyslem, zejména pak na morfologii fotoreceptorů a jejich prostorové uspořádání do dvourozměrného vzoru - sítnicové mozaiky. U paprskoploutvých ryb se běžně setkáváme se třemi morfologickými typy fotoreceptorů - tyčinkami, jednoduchými čípky a dvojčípky. Vzácněji se v sítnici nacházejí i trojčípky a čtyřčípky, které dosud nebyly pozorovány u žádné jiné skupiny obratlovců. V práci diskutuji strukturu a funkci jednotlivých fotoreceptorů. Zatímco tyčinky jsou v sítnici rozmístěny nepravidelně, čípky u ryb často tvoří pravidelnou mozaiku. Podle postavení dvojčípků rozlišujeme několik základních typů mozaiky, které mohou být u různých druhů ryb dále modifikovány. Nejčastější je mozaika řadová a čtvercová. V práci uvádím popis základních vzorů a zaměřuji se na mechanismus jejich vzniku, jakož i na důvody pro uspořádání receptorů do pravidelného vzoru. Typ mozaiky do určité míry reflektuje fylogenezi, ale podoba vzoru je výrazně ovlivněna také prostředím a životní strategií ryby. Aktivní ryby obývající světlé prostředí mívají mozaiku propracovanou nejvíce, s...
|
host ::
RSS.