|
|
Vnitřní struktura balkánského refugia na modelu Erinaceus roumanicus
Eliášová, Kristýna ; Černá Bolfíková, Barbora (vedoucí práce) ; Zemanová, Barbora (oponent)
Tato práce byla zaměřená na popis prostorové distribuce genetické variability ježka východního (E. roumanicus) zejména v rámci Balkánského poloostrova a střední Evropy, neboť tyto oblasti jsou klíčové pro pochopení vlivů pleistocénních oscilací klimatu na genetickou architekturu druhu. Na základě této prostorové distribuce byly vytvořeny hypotézy ohledně možné strukturovanosti balkánského refugia. K analýze bylo použito celkem 260 jedinců a 9 mikrosatelitových lokusů. S pomocí postupů krajinné a populační genetiky bylo identifikováno několik možných izolovaných subpopulací v rámci zkoumaného areálu. Unikátní se ukázala být populace původem z Kréty, ovlivněná patrně mechanismy ostrovní evoluce. Výrazněji odlišná od zbytku areálu se jeví také populace z České republiky, nacházející se v sekundární kontaktní zóně s druhem E. europeaus, kde se mohou projevovat mezidruhové interakce a případná introgrese. V oblasti Rumunska a oblasti jihu Balkánského poloostrova byly identifikovány největší genetické distance mezi jedinci, související s výskytem geografických bariér a možnou přítomností glaciálního subrefugia. Další identifikované subpopulace pocházely z oblasti Slovenska a Maďarska, Slovinska, Chorvatska a Bosny a Hercegoviny, Rumunska a jihu Balkánského poloostrova. Klíčová slova: Balkánský...
|
|
|
O hybridním původu Chenopodium album
Kondrysová, Eva ; Mandák, Bohumil (vedoucí práce) ; Mráz, Patrik (oponent)
Práce se zabývá genetickou variabilitou a evolučními vztahy mezi vybranými druhy skupiny Chenopodium album a původem hexaploidního druhu Ch. album. Hlavní otázkou této studie bylo, zda na území České republiky dochází k recentnímu vzniku Ch. album s. str. ve smíšených populacích pěti druhů, reprezentovaných na diploidní úrovni druhy Ch. ficifolium a Ch. suecicum, na tetraploidní úrovni Ch. strictum a Ch. striatiforme a na hexaploidní úrovni druhem Ch. album. K zodpovězení těchto otázek byly použity mikrosatelitové markery, které jsou pro odhalení rodičovských linií vhodné. Jelikož pro danou skupinu nebyly vyvinuty žádné mikrosatelitové primery, bylo nutné si je na počátku studia vyvinout a to přenosem z blízce příbuzného druhu Ch. quinoa. Přenosem mikrosatelitových primerů se podařilo sestavit tři multiplex PCR, které byly testovány na reprezentativním vzorku, na kterém byla odhadnuta genetická variabilita mikrosatelitových lokusů. Pomocí optimalizovaných mikrosatelitových markerů bylo analyzováno celkem 911 jedinců nasbíraných z pěti lokalit v České republice. Výsledky analýz ukázaly na (1) vysokou mezidruhovou diferenciaci, (2) genový tok mezi druhy stejných ploidních úrovní, (3) přítomnost kříženců jak mezi diploidními druhy Ch. ficifolium a Ch. suecium, tak i mezi tetraploidními druhy Ch. strictum a Ch....
|
|
|
Hybridizace orobinců Typha latifolia a T. angustifolia
Mašterová, Helena ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Mandák, Bohumil (oponent)
Tato práce se zabývá hybridizací dvou druhů orobinců, Typha latifolia (orobinec širokolistý) a T. angustifolia (o. úzkolistý), na území České republiky. Cílem této práce bylo zjistit, jak často dochází k hybridizaci T. latifolia a T. angustifolia, zda je hybridizace umožněna překrývající se dobou kvetení těchto druhů a zda je možné tyto druhy v kultuře kontrolovaně křížit. K detekci hybridních jedinců byly použity mikrosatelitové DNA markery, které umožňují odhalit hybridizační procesy a odlišit hybridy od rodičovských druhů. Pomocí molekulárních analýz bylo zjištěno, že na území České republiky dochází k hybridizaci T. latifolia a T. angustifolia, ale hybridizace není příliš častá. Z 267 analyzovaných jedinců bylo 130 jedinců čistý druh T. latifolia, 108 jedinců čistý druh T. angustifolia a 29 jedinců hybridních. Z hybridních jedinců bylo 23 pokročilých hybridů, 5 zpětných kříženců a pouze 1 jedinec byl F1 hybrid. Doba kvetení T. latifolia a T. angustifolia se překrývá, což umožňuje hybridizaci, a nepůsobí tedy jako prezygotická reprodukční izolační bariéra, a gamety T. latifolia a T. angustifolia tak spolu mohou splývat. Při kontrolovaných kříženích se na samičích palicích T. latifolia i T. angustifolia vytvořila semena, která ale byla neživotaschopná, protože neklíčila. To naznačuje, že zde...
|
|
|
Detailní taxonomická a klonální struktura druhového komplexu Daphnia longispina na podélném gradientu přehradní nádrže Želivka
Stodola, Jakub ; Petrusek, Adam (vedoucí práce) ; Vaníčková, Ivana (oponent)
Korytovité přehradní nádrže jsou charakteristické výskytem specifických horizontálních environmentálních gradientů a umožňují tím výskyt několika druhů perlooček komplexu Daphnia longispina v jedné nádrži. V důsledku preference rozdílných podmínek se vyskytují jednotlivé druhy na rozdílných lokalitách. Mým cílem bylo zanalyzovat pomocí deseti mikrosatelitových markerů detailní taxonomickou a klonální strukturu těchto perlooček na podélném gradientu přehradní nádrže Želivka a porovnat ji mezi dvěma sezónami. Zároveň mi byly poskytnuty vzorky nově objevené kryptické mitochondriální linie právě ze Želivky. Byla potvrzena nenáhodnost výskytu jednotlivých druhů i jejich hybridů v přehradní nádrži. Zároveň se potvrdilo, že taxonomické složení nádrže je ve dvou po sobě následujících sezónách v prostoru relativně stálé. Distribuce jednotlivých klonů se naopak ukázala jako značně heterogenní, a to jak v čase, tak v prostoru. Klonální diverzita rodičovských druhů byla prokazatelně vyšší než u jejich hybridů. To by mohlo znamenat, že mezi rodičovskými genomy existují reprodukční bariéry. Bylo nalezeno i několik klonů, které se vyskytovaly opakovaně na podobných lokalitách, což naznačuje, že jsou některé klony schopné přezimovat u dna nádrží a další sezónu se znovu vyskytují na podobné lokalitě.
|
|
|
Ovlivnění genetické diverzity rákosových porostů strukturou říčních systémů
Fuxová, Gabriela ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Kubátová, Barbora (oponent)
Řada rostlinných druhů je vázána na biotopy související s říčním prostředím nebo krajinou ovlivňovanou řekami. Říční systémy vytváří v ekosystémech významné lineární koridory a přímo nebo nepřímo ovlivňují rozšíření řady druhů v krajině. Nabízí se tak řada otázek ohledně šíření druhů v tomto prostředí. Jednou z možností, jak hledat odpovědi na tyto otázky, je využití molekulárních metod. Pomocí 10 mikrosatelitových jaderných primerů byla provedena analýza 202 vzorků rákosu obecného ze 60 populací České republiky. Tato analýza umožnila odhalit příbuzenské vztahy mezi jedinci, získat informace o prostorovém rozložení populací a šíření rákosu obecného. Phragmites australis tvoří jak monoklonální populace, tak populace tvořené z několika klonů. Byla odhalena závislost míry klonality na prostředí, ve kterém se populace nachází. Populace rostoucí na březích řek byly spíše monoklonální, rybniční polyklonální. Jednotlivé populace vykazují vysoký stupeň izolovanosti. Nejvyšší procento variability bylo vysvětleno na mezipopulační úrovni, což je běžné u druhů lehce šiřitelných větrem. Dochází ke komunikaci mezi populacemi, ve větší míře na krátké vzdálenosti. Mezi populacemi byl nalezen důkaz vegetativního šíření na krátké vzdálenosti, mnohem častěji ale dochází ke generativnímu šíření. K šíření na velké vzdálenosti...
|
|
|
Příprava mikrosatelitových markerů pro studium koroptve polní (Perdix perdix)
Vaněčková, Dominika ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Burri, Marta (oponent)
Cílem mé práce byla konstrukce setu mikrosatelitových markerů pro koroptev polní (Perdix perdix). Podařilo se mi vyizolovat sedm nových mikrosatelitů specifických pro tento druh a další lokusy jsem pak převzala od blízce příbuzných druhů ze třídy hrabavých (Galliformes). Celkově jsem tak získala set 18ti lokusů, který jsem následně použila k otestování charakteristik populační struktury tří studovaných populací koroptví ze Stodůlek, Písecka a Milešína. Analýza ukázala jasnou strukturovanost populací a překvapivě malé (menší než 100) efektivní populační velikosti. Vybraných sedm mikrosatelitových lokusů jsem pak použila k provedení analýzy paternity u vybraného vzorku hnízd. V některých hnízdech se mi skutečně podařilo nalézt důkaz o existenci mimopárové paternity u tohoto domněle monogamního kura. Na závěr jsem na základě sekvenace kontrolní oblasti mitochondriální DNA několika vzorků z každé z populací dospěla k názoru, že studované populace koroptví náleží k západní linii mitochondriální DNA.
|
|
|
Neutral genetic variability and structure in chamois populations in Slovakia
Hájková, Andrea ; Zima, Jan (vedoucí práce) ; Kotlík, Petr (oponent)
Kamzík vrchovský tatranský (Rupicapra rupicapra tatrica) je endemickým poddruhom horského kopytníka vyskytujúceho sa na území Vysokých Tatier na Slovensku (a čiastočne v Poľsku). V druhej polovici 20. storočia sa na Slovensku uskutočnilo niekoľko introdukcií kamzíkov: kamzík vrchovský tatranský (z Vysokých Tatier) bol introdukovaný do Nízkych Tatier, zatiaľ čo kamzík vrchovský alpský (R. r. rupicapra) bol introdukovaný do Veľkej Fatry a Slovenského raja. Vysokotatranská populácia prekonala niekoľko výrazných poklesov početnosti (bottleneckov) a všetky ostatné slovenské populácie vznikli len z niekoľkých jedincov a teda boli vystavené efektu zakladateľa. Keďže Nízke Tatry, Veľká Fatra a Slovenský raj sú susediace pohoria, existuje možnosť migrácie a potenciálnej hybridizácie medzi poddruhmi. Cieľom tejto práce bolo štúdium neutrálnej genetickej variability a genetickej štruktúry populácií kamzíkov na Slovensku, so zameraním na detekciu prípadnej hybridizácie. Pre analýzy sme použili 18 mikrosatelitových lokusov a 193 vzoriek (95 tkanív a 5 vzoriek krvi, 88 vzoriek trusu a 5 vzoriek srsti). Vo všetkých populáciách bola zistená nízka genetická variabilita, pričom najnižšie hodnoty boli zaznamenané vo Vysokých Tatrách. Vysoké hodnoty fixačného indexu, počet privátnych alel, ako aj faktoriálna...
|
|
|
Genetická struktura mediteránních populací kaloně Rousettus aegyptiacus
Marešová, Tereza ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
6 Abstrakt Rod Rousettus představuje jediný rod kaloně, který se vyskytuje v Asii i v Africe a dosahuje severního okraje areálu čeledi. Toto neobvyklé rozšíření je spojeno se schopností echolokace, následným obýváním jeskyní a pravděpodobně s dalšími etologickými a termoregulačními adaptacemi k životu v poměrně chladném a suchém klimatu. Pro tuto studii byly použity metody k rozpoznání jednotlivých geneticky odlišných populací za účelem lepšího pochopení cest kolonizace a současného disperzního a migračního chování kaloně egyptského (Rousettus aegyptiacus) v Mediteránních a jim přilehlých oblastech. Moderními postupy populační a krajinné genetiky bylo analyzováno 553 jedinců ze 72 lokalit za použití 20 jaderných mikrosatelitů. Naše výsledky ukázaly významnou genetickou vzdálenost jedinců z východní Afriky a další dělení v severní části areálu. Výrazně se oddělují kyperské populace a pro vyšší K se dále vymezují kolonie z egyptských oáz. V rozporu s dosavadní taxonomií druhu je genetická blízkost populací z jihu Arabského poloostrova a ze Sinajského poloostrova. Naše zjištění upozorňují na roli mořských a pouštních oblastí jakožto bariér zabraňujících genovému toku a na vývoj populační struktury u kaloňů, která je v souladu s biogeografickými schématy známými v rámci dané čeledi i v dalších oblastech. Je...
|
|
|
Genetická variabilita a evoluční vztahy českých endemických zástupců rodu Dianthus
Kalůsková, Jana ; Suda, Jan (vedoucí práce) ; Chrtek, Jindřich (oponent)
Abstrakt Předkládaná diplomová práce se zabývá karyologickou, genetickou a fenotypovou variabilitou vybraných taxonů rodu Dianthus L. v České republice a sousedních zemích. Důležitou roli v evoluční historii rodu hrálo několik mikroevolučních procesů, jako jsou hybridizace, genomová duplikace či edafická speciace. Tyto procesy vedly ke vzniku velkého množství fenotypově podobných taxonů, které jsou často omezeny na malý areál. V České republice rostou 3 endemické hvozdíky a jeden subendemický. Tyto (pod)druhy posloužily jako modelová skupina pro studium mikroevolučních procesů v malých populacích. Práce se skládá ze tří částí, zabývající se každá jiným evolučním procesem: Dianthus arenarius subsp. bohemicus je kriticky ohroženou endemickou psamofytní rostlinou rostoucí na jediné původní lokalitě v Polabí sympatricky se široce rozšířeným D. carthusianorum. Hybridizace byla předpokládána na základě morfologických znaků, ale nebyla nikdy potvrzena jinou metodou. Vzhledem k odlišnému počtu chromozomů obou druhů byla hybridizace detekována pomocí průtokové cytometrie s barvivem DAPI (stanovení relativního obsahu DNA většiny rostliny z lokality). Na karyologicky potvrzených hybridech byly provedeny morfometrické analýzy a, s použitím sekvenace cpDNA, určen směr hybridizace. Výsledky ukázaly, že k...
|
|
|
Genetická variabilita sysla obecného (Spermophilus citellus) v České Republice
Starcová, Magda ; Vohralík, Vladimír (vedoucí práce) ; Kotlík, Petr (oponent)
Sysel obecný (Spermophilus citellus) je podle zákona o ochraně přírody i podle Červeného seznamu kriticky ohroženým druhem. V České republice, která představuje severozápadní okraj jeho areálu rozšíření, se sysel v současnosti vyskytuje na 34 lokalitách, které jsou poměrně malé a vzájemně izolované. Do střední Evropy se tento druh rozšířil v souvislosti s neolitickou deforestací. Disjunktní typ distribuce sysla byl způsoben výrazným poklesem jeho početnosti během druhé poloviny 20. století v důsledku změn polního hospodaření, fragmentace krajiny a dalších faktorů. Lze předpokládat, že tento proces zanechal stopy na genetické struktuře našich populací. Hlavním cílem této práce byla podrobná analýza genetické variability populací sysla obecného na území České republiky a hledání korelací s dostupnými údaji o jeho biologii a demografii. Bylo použito 13 mikrosatelitových lokusů a zpracováno celkem 408 vzorků z 27 lokalit v ČR a 3 vzorky z 1 lokality v Maďarsku jako outgroup. Pomocí různých přístupů byly odhaleny detaily o substruktuře a diferenciaci jednotlivých populací, genetické variabilitě, míře inbreedingu a geografické distribuci genetické variability. Mezi studovanými populacemi byla nalezena signifikantní genetická diferenciace, západo-východní gradient v genetickém složení populací a zóna přechodu mezi...
|
host ::
RSS.