|
Studium hydratačních modelů platinových komplexů významných při léčbě nádorových onemocnění
Bradáč, Ondřej
V této práci jsou studovány biologicky významné komplexy, analogy cisplatiny, s centrálním atomem platiny ve stavu Pt(II) - trans-Pt[Cl2(NH3)(thiazol)], Pt[Cl(dietylentriamin)]+ , cis-Pt[Cl2(NH3)(piperidin)] a JM118 - komplex cis-Pt[Cl2(NH3)(cyklohexylamin)]. Dále s centrální platinou ve stavu Pt(IV) - JM149 - komplex cis-Pt[Cl2(OH)2(NH3)(cyklohexylamin)] a JM216 - komplex cis-Pt[Cl2(acetyl)2(NH3)(cyklohexylamin)]. U všech komplexů s výjimkou JM118 jsou spočteny hydratační reakce, tedy nahrazení chlorových ligandů aqua ligandy. Rovněž byly provedeny termodynamické a kinetické analýzy těchto reakcí a nábojové analýzy NPA jednotlivých reagujících komplexů. Veškeré optimalizace jsou provedeny metodou DFT s funkcionálem B3LYP. Reakce se odehrávají ve vakuu v přiblížení supermolekulárních komplexů.
|
|
Ramanova optická aktivita a konformační flexibilita peptidů v roztoku
Hrudíková, Jana ; Baumruk, Vladimír (vedoucí práce) ; Kapitán, Josef (oponent)
Název práce: Ramanova optická aktivita a konformační flexibilita peptidů v roztoku Autor: Jana Hrudíková Katedra (ústav) : Fyzikální ústav Univerzity Karlovy Vedoucí diplomové práce: Doc. RNDr. Vladimír Baumruk, DrSc. E-mail vedoucího: baumruk@karlov.mff.cuni.cz Abstrakt: Molekulární flexibilita výrazně ovlivňuje intenzitu a polohu pásů v Ramanových spektrech a v případě ROA spekter i znaménka pásů. Proto je nezbytné ve výpočtech spekter zohlednit dynamické aspekty chování studovaných molekul v roztoku prostřednictvím konformačního středování. První ze studovaných systémů, histidin, hraje díky svému imidazolovému kruhu důležitou roli v metaloenzymech a při sbalování proteinů. Na ROA aparatuře vybudované na Fyzikálním ústavu UK v Praze byla změřena ROA spektra histidinu při několika hodnotách pH, komplexu histidinu s mědí a dipeptidů His-Gly a Gly-His jako předstupeň k dalšímu studiu. Druhý systém, cyklický hexapeptid c-(Phe-D-Pro-Gly-Arg-Gly-Asp), představuje model pro studium β- otoček a antiparalelního skládaného β-listu a byl již studován pomocí VCD a IČ spektroskopie. Z molekulárně dynamických simulací bylo vybráno 10 konformací, pro které byla ab initio spočítána Ramanova a ROA spektra. Pro modelový fragment Phe-D- Pro, jehož příspěvek je v Ramanově spektru dominantní, bylo provedeno Boltzmannovo...
|
|
Molekulárně-dynamické simulace komplexů nukleových kyselin enzymu RNase H
Bartek, Tomáš ; Burda, Jaroslav (oponent) ; Barvík, Ivan (vedoucí práce)
The aim of this diploma thesis was to study interactions between human Rase H enzyme and a natural and modified substrate using molecular dynamics simulations (altogether 9 MD runs ere produced). Conformational preferences of internucleotide linkages (undergoing contacts with the RNase H enzyme) were studied using several versions of the AMBER force field. Either one or two copies of RNase H were included into the simulated system. As the most important DNA-binding residues were recognized Trp93 and Ser101 in the first DNA binding site and Thr49 and Arg47 in the second DNA binding site. Further, the AMBER force field was re-parameterized slightly using ab initio calculations to produce force constants for the modified phosphonate internucleotide linkage. Biologically active version of the modified internucleotide linkage C3-O3-P-C-O5-C5 was able to bind Arg47 using two hydrogen bonds within the 10 ns MD run (even more effciently than in the case of MD runs with natural internucleotide linkages). On the other hand, the biologically inactive C3-O3-C-P-O5-C5 internucleotide linkage lose contacts with Arg47 quickly.
|
| |
|
Studium hydratačních modelů platinových komplexů významných při léčbě nádorových onemocnění
Bradáč, Ondřej ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Záliš, Stanislav (oponent)
V této práci jsou studovány biologicky významné komplexy, analogy cisplatiny, s centrálním atomem platiny ve stavu Pt(II) - trans-Pt[Cl2(NH3)(thiazol)], Pt[Cl(dietylentriamin)]+ , cis-Pt[Cl2(NH3)(piperidin)] a JM118 - komplex cis-Pt[Cl2(NH3)(cyklohexylamin)]. Dále s centrální platinou ve stavu Pt(IV) - JM149 - komplex cis-Pt[Cl2(OH)2(NH3)(cyklohexylamin)] a JM216 - komplex cis-Pt[Cl2(acetyl)2(NH3)(cyklohexylamin)]. U všech komplexů s výjimkou JM118 jsou spočteny hydratační reakce, tedy nahrazení chlorových ligandů aqua ligandy. Rovněž byly provedeny termodynamické a kinetické analýzy těchto reakcí a nábojové analýzy NPA jednotlivých reagujících komplexů. Veškeré optimalizace jsou provedeny metodou DFT s funkcionálem B3LYP. Reakce se odehrávají ve vakuu v přiblížení supermolekulárních komplexů.
|
|
Hydraulické posouzení stokové sítě obce Lipůvka
Balas, Jan ; Raček, Jakub (oponent) ; Hluštík, Petr (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá hydraulickým posouzení stokové sítě v obci Lipůvka pomocí simulačního modelu. Obsažena je zde kapitola věnovaná matematickému modelování proudění vody ve stokových sítích spolu s výčtem některých softwarových prostředků používaných k řešení této problematiky. Popsána je provedená měrná kampaň, jejíž výstupy byly použity ke kalibraci a verifikaci vytvořeného simulačního modelu stokové sítě. Na kalibrovaném simulačním modelu byla provedena série zátěžových simulací s cílem zjistit kapacitně nevyhovující úseky stokové sítě.
|
|
Stanovení vzájemných vazeb mezi mozkovými strukturami
Klimeš, Petr ; Hlinka,, Jaroslav (oponent) ; Krajča,, Vladimír (oponent) ; Halámek, Josef (vedoucí práce)
Lidský mozek je tvořen vzájemně propojenými populacemi nervových buněk, které formují anatomicky i funkčně oddělené struktury. Pro studium fyziologie a patologie lidského mozku je zcela zásadní znát, jak jsou tyto struktury propojeny a jak se mezi nimi šíří informace. Publikované metody na detekci vzájemných vazeb se velmi často omezují pouze na analýzu povrchového EEG, pracují s vymezeným počtem kontaktů a nezachycují dynamický vývoj konektivity při kognitivních procesech nebo při různých stavech vědomí. Současně nepopisují konektivitu patologických částí mozku, jejíž analýza by mohla zásadně přispět k výzkumu a léčbě dané patologie. Cílem této práce je návrh metodiky a následná analýza časového průběhu vzájemných vazeb mezi mozkovými strukturami z intrakraniálního EEG. Analyzovány jsou fyziologické procesy v průběhu kognitivní stimulace, a lokální konektivita patologických částí epileptického mozku při klidu a spánku. Výsledky přinášejí nové poznatky v oblasti základního výzkumu fyziologie lidského mozku, kterých bylo dosaženo pomocí inovativního postupu, jenž kombinuje metody konektivity a výpočty výkonů EEG signálů. V druhé části práce je analyzována lokální konektivita epileptického ložiska (SOZ). Výsledky popisují funkční oddělení SOZ od okolní tkáně a mohou přispět do klinické praxe léčby epilepsie.
|
host ::
