|
Molekulárně genetická charakterizace vankomycin-rezistentních enterokoků
Bubeníček, Karel ; Rada, Vojtěch (vedoucí práce) ; Igor, Igor (oponent)
Souhrn
Cíle a hypotéza: Tato diplomová práce se zabývá studií plazmidů vankomycin-rezistentních enterokoků izolovaných z trusu amerických vran v letech 2012 až 2013.
Hypotézou je, že v různých prostředích existuje jeden či více typů epidemiologicky významných vanA gen-nesoucích plazmidů, které jsou schopné se horizontálně šířit.
Metody: Na základě metody PFGE byl detekován počet a velikost plazmidů ve vybraných izolátech vankomycin rezistentních E. faecium. Pomocí metody PCR byly izoláty podrobeny detekci genů replikáz, relaxáz a toxin antitoxin systému pro typizaci plazmidů z jednotlivých plazmidových rodin. Pomocí 19 primerů byly charakterizovány typy Tn1546.
Výsledky: Z celkového počtu 12 testovaných, vankomycin rezistentních izolátů E. faecium, byl pomocí metody PFGE prokázán počet a velikost plazmidů: 2 izoláty obsahovaly 2 plazmidy (17 %), 3 izoláty obsahovaly 3 plazmidy (25 %), 5 izolátů obsahovalo 4 plazmidy (42 %) a 2 izoláty obsahovalo 5 plazmidů (17 %).
Všechny izoláty (n=12) byly pak podrobenydetekci genů replikáz, relaxáz a toxin-antitoxin systému pro typizaci plazmidů z jednotlivých plazmidových rodin.
RepA_N rodina plazmidů:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pRUM: rep17 u 11 izolátů (92%), u 5 izolátů (42%) byl detekován gen AxeTxe
geny charakterizující plazmidy příbuzné pLG1: rep20 u 7 izolátů (58%)
geny charakterizujcící plazmidy příbuzné pAD1: u 1 izolátu (8%) byl detekován gen relpAD1
Inc18 rodina plazmidů:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pIL501: gen rep1 zachycen v jednom případě (8%)
geny charakterizující plazmidy příbuzné pRES25: Gen rep2 u dvou izolátů (17%)
geny chrarakterizující plazmidy příbuzné pEF1: relpEF1 detekován u 11 izolátů (92%)
pHTB rodina plazmidů:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pHTB: u 4 izolátů byl detekován gen Rep22 (33%) a u 2 izolátů (17 %) byl detekován gen relpHTB
RCR rodina plazmidů:
geny charakterizujcí plazmidy příbuzné pRI: u 8 izolátů (67%) byl pozitivní průkaz genu Rep14 a u 4 izolátů byl detekován gen relpRI..
Malé theta replikující se plazmidy:
geny charakterizující plazmidy příbuzné pEF418: gen rep18a u dvou izolátů (17 %)
geny charakterizující plazmidy příbuzné pB82: u 1 izolátu (8%) byl detekován gen rep18b
geny charakterizující plazmidy příbuzné pCIZ2: u 9 testovaných izolátů (75%) byl prokázán gen relpCIZ2
Typy transpozonu Tn1546
Pomocí metody PCR byly charakterizovány typy Tn1546. U 4 izolátů (n=12; 33 %) byl chareakterizován Tn1546 jako typ F3. U jednoho izolátu (8 %) byl Tn1546 charakterizován jako typ F5, u jednoho izolátu (8 %) jako typ PP-16. 6 izolátů mělo netypovatelné Tn1546. S největší pravděpodpbností se jedná o nové, dosud nepopsané typy.
Závěr: Jedná se o první studii plazmidů z vankomycin rezistentních izolátů E. faecium izolovaných z trusu amerických vran. Tyto výsledky zdůrazňují nejen vysoké zastoupení plazmidů v jednotlivých izolátech, ale také vysoké zastoupení genů s horizontálním přenosem.
|
|
In vitro anti-proliferační aktivita alkaloidů čeledi Amaryllidaceae
Panenková, Kristýna ; Havlík, Jaroslav (vedoucí práce) ; Jarošová, Veronika (oponent)
In vitro anti-proliferační aktivita alkaloidů čeledi Amaryllidaceae
Souhrn
Přírodní fytochemikálie jsou v současné době využívány při léčbě mnoha onemocnění. Nádorová onemocnění jsou právě jedním z nich a jsou řazena mezi ta nejčastější a zároveň nejzávažnější. Fytochemikálie v podobě cytostatik jsou využívány při chemoterapeutické léčbě nádorových onemocnění. Mezi cytostatika by do budoucna mohly být řazeny také některé alkaloidy čeledi Amaryllidaceae (Amarylkovité), jejichž testování na selektivní cytostatický účinek na nádorové buněčné linie kolorektálního karcinomu Caco-2 a HT-29 a na normální buněčné linie lidského střevního epitelu FHs 74 Int je předmětem této práce.
Celkem bylo testováno 17 alkaloidů izolovaných z rostlin Chlidanthus fragrans, Zephyranthes robusta a Nerine bowdenii. Významnou anti-proliferační aktivitu prokázaly zejména alkaloidy z rostliny Zephyranthes robusta a to konkrétně haemanthamin
s hodnotami IC50 = 0,99 plus/minus 0,14 mikroM pro nádorové buňky Caco-2, 0,59 plus/minus 0,01 mikroM pro nádorové buňky HT-29 a 19,47 plus/minus 8,86 mikroM pro normální buňky FHs 74 Int, lykorin s hodnotami
IC50 = 0,99 plus/minus 0,08 mikroM pro nádorové buňky Caco-2, 1,2 plus/minus 0,01 mikroM pro nádorové buňky HT-29 a 22,68 plus/minus 0,09 mikroM pro normální buňky FHs 74 Int a haemanthidin s hodnotami
IC50 = 3,29 plus/minus 0,91 mikroM pro nádorové buňky Caco-2, 1,72 plus/minus 0,11 mikroM pro nádorové buňky
HT-29 a 11,63 plus/minus 0,86 mikroM pro normální buňky FHs 74 Int.
Z těchto výsledků je patrná selektivita vůči buněčným liniím kolorektálního karcinomu. Z tohoto důvodu jsou tyto testované alkaloidy vhodné k dalšímu testování a studiu jejich biologické aktivity vůči nádorovým buňkám v podmínkách in vitro i in vivo.
|
|
Reakce vybraných odrůd řepky ozimé (Brassica napus) na aplikaci fungicidů
Vojík, Jan ; Bečka, David (vedoucí práce) ; Michal, Michal (oponent)
Řepka ozimá je jedna z nejdůležitějších plodin na světě. V České republice je nejvýznamnější a zároveň nejpěstovanější olejninou. Řepka ozimá prošla za posledních 50 let výraznou změnou šlechtění. V současné době roste podíl hybridů na úkor linií (zásev 2016 v ČR 88% hybridů a jen 12% linií). Mezi odrůdami jsou i poměrně velké rozdíly z hlediska odolnosti vůči houbovým chorobám a nejen jim. Začínají se prodávat odrůdy, které v sobě mají gen polygenní výbavy proti pukání šešulí a jiné. Tlak z hlediska houbových chorob také roste z důvodu přibývání plochy s řepkou.
Pokusy byly založeny s řepkou ozimou ve vegetačním roce 2014/15 na čtyřech odrůdách a dvou stanovištích. Z odrůd jsme zkoušeli tyto hybridy: Arsenal (Limagrain), DK Exstorm (Monsanto), Jumper (Bayer), SY Cassidy (Syngenta). Pokusnými lokalitami byly: na okresu Jičín podnik AGRO Slatiny a.s., a na okresu Kolín podnik ZD Křečhoř a.s.. Na každé pokusné lokalitě byly založeny u všech odrůd dvě pěstitelké varianty: 1) bez aplikace fungicidů a 2) s aplikací fungicidů. Na lokalitě Slatiny byly aplikovány celkem 3 fungicidy (Toprex, Paroli, Propulse) na lokalitě Křečhoř také celkem 3 fungicidy (Toprex, Magnello, Amistar XTRA).
Cílem bakalářské práce bylo sledovat růstové, výnosové a kvalitativní ukazatele vybraných odrůd včetně sledování výskytu houbových chorob a jejich vliv na výnos včetně olejnatosti. Sledovali jsme napadení těmito chorobami Phoma lingam, Sclerotinia sclerotiorum, Verticilium dahlie a napadení Botrytis cinerea.
Hybrid DK Exstorm (195cm) byl na obou lokalitách nejvyšší, za ním následoval hybrid Arsenal (193,5cm). Z hlediska počtu větví byl nejlépe hodnocený hybrid Arsenal, naopak nejmenší počet větví měl hybrid SY Cassidy. Tam kde byly aplikovány fungicidy, tak počet šešulí vzrostl na m2 v průměru o 6% na obou lokalitách. Průměrný výnos byl nepatrně vyšší na lokalitě Křečhoř, jak v ošetřené variantě fungicidem 70 kg, tak na neošetřené variantě fungicidem 50kg. Na obou pokusných lokalitách byl však velmi zřetelný rozdíl ve výnosu mezi neošetřenou a fungicidy ošetřenou variantou. Navýšení výnosu v průměru činilo 5,4% (tj 200kg/ha). Na fungicidní ošetření výnosově nejlépe reagovaly odrůdy DK Exstorm (Monsanto) a Jumper (Bayer). Aplikace fungicidů měla vliv i na výšku porostu počet větví na m2 a šešulí na m2.
Z výsledků bakalářské práce vyplývají tyto závěry:
- Aplikace fungicidů v průměru zvýšila výnos o 5,4% (tj. o 200 t/ha) a zlepšila zdravotní stav porostu.
- Na fungicidní ošetření výnosově nejlépe reagovaly odrůdy DK Exstorm a Jumper.
- Nejvýnosnější odrůdou na obou lokalitách se stal hybrid Arsenal (4,37 t/ha) následovaný hybridem Jumper (4,27 t/ha).
- Odrůdové doporučení pro lokalitu Křečhoř je hybrid Arsenal pro lokalitu Slatiny taktéž hybrid Arsenal.
|
|
Dědičná neutropénie u border kolií
Brunclíková, Tereza ; Krejčířová, Romana (vedoucí práce) ; Chmelíková, Eva (oponent)
Border kolie pochází z oblasti Velké Británie, která se nazývá Border country. Je to ovčácký pes, který by měl být dobře ovladatelný, inteligentní, živý a pozorný. Pro uchovnění musí border kolie splnit podmínky pro bonitaci. Jedním z povinných testů je test na dědičnou neutropénii. Dědičná neutropénie je nemoc, u které dochází ke smrtelnému selhání imunitního systému.
Imunita neboli obrana organismu je jednou ze základních vlastností umožňující přežití. Základní schopnost buněk imunitního systému je rozpoznat při styku s jinými molekulami, zda jde o struktury vlastní či cizí. Další schopností imunitního systému je paměť, díky níž dojde k pohotovější, intenzivnější i rychlejší reakci při opakovaném setkání s již poznaným antigenem.
Neutrofily jsou granulocyty (typ bílých krvinek), které obsahují granula, v nichž jsou aktivní látky podílející se na zánětlivých a alergických reakcích. Neutrofily se vytvářejí v kostní dřeni. Krevním řečištěm se dostávají k místu zánětu, kde fagocytují bakterie.
Dědičná neutropénie (TNS) je dědičná autozomální recesivní choroba. Dědičné onemocnění se přenáší z rodičů na potomky. U autozomálně recesivního onemocnění se jedná o přenos znaku recesivní alelou. Fenotypově se sledovaný znak projeví pouze u recesivních homozygotů. Heterozygoti jsou bez klinického projevu onemocnění, nelze je však fenotypově odlišit od homozygotů dominantních.
TNS je charakterizována značným nedostatkem neutrofilů v krvi, jelikož se nedostanou z kostní dřeně do krevního oběhu, což je způsobeno jejich zadržením v místě vzniku, kostní dřeni.
Předpokládá se, že všechny případy TNS jsou odvozeny od jednoho předka, jelikož mají v rodokmenu stejného předka v minulých 6 generacích.
Vývoj postiženého psa je celkově zpomalený. Štěňata vykazují menší vzrůst, typický pro onemocnění TNS je tvar obličejové lebky podobající se fretce. Zvířata trpí horečkou a otoky kloubů. Nemocní psi umírají v nízkém věku z důvodu selhání imunitního systému.
Bylo zjištěno, že dědičná neutropénie je velmi podobná Cohenovu syndromu u lidí. Obě choroby mají podobné symptomy, bylo dokázáno, že se jedná o mutaci stejného genu.
|
| |
|
Rodinný dům Dambořice - hrubá stavba
Štěrba, Marek ; Dvořák, Miloslav (oponent) ; Biely, Boris (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce je stavebně-technologické řešení hrubé stavby rodinného domu v Dambořicích. Rodinný dům se skládá z obytné části, garáže, výměnku a sklepa. Součástí této práce je technická zpráva, zařízení staveniště, technologický předpis zvolených prací, kontrolní a zkušební plány, návrh strojní sestavy, dopravní trasy, plán bezpečnosti a ochrany zdraví, ochrana životního prostředí, položkový rozpočet a harmonogram.
|
|
Rozsáhlý rodinný dům-Technologická etapa spodní stavby
Brandtner, Michal ; Venkrbec, Václav (oponent) ; Henková, Svatava (vedoucí práce)
Předmětem této bakalářské práce je provedení technologické etapy spodní stavby rodinného domu v Drásově. Obsahem této práce je technická zpráva, technologické předpisy vybraných prací, návrh zařízení staveniště, návrh strojní sestavy a bezpečnost a ochrana zdraví při práci. Součástí práce je výkresová dokumentace tvořená výkresy situace a zařízení staveniště, časový plán, rozpočet, kontrolní a zkušební plán, bilance zdrojů a pracovní rizika.
|
|
Bioinformatický nástroj pro predikci struktury proteinů
Plaga, Michal ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem práce je otestování a porovnání offline nástrojů pro predikci struktury proteinů, a následné vytvoření metaprediktoru, který uživateli umožní vybrat vhodný nástroj, podle nastavených parametrů. Testování nástrojů probíhá na základě sady dat proteinů, která vychází z~databáze SCOP a snaží se být co nejvíce vyvážená aby obsahovala proteiny z~různých rodin a mohla tak co nejlépe ohodnotit jednotlivé nástroje. Výsledkem práce je zjištění požadavků na metaprediktor, jaká data a nastavení musí zpracovávat a umožňovat a jakým způsobem bude implementován.
|
|
Klasifikace a rozpoznávání patologických nálezů v obrazech sítnice oka
Macek, Ján ; Orság, Filip (oponent) ; Drahanský, Martin (vedoucí práce)
Diabetická retinopatia a vekom podmienená makulárna degenerácia patria v dnešnej dobe medzi dve najčastejšie ochorenia sietnice, ktoré môžu mať za následok čiastočnú alebo úplnu stratu zraku. Práve z tohto dôvodu je potrebné vytvárať nové prístupy, pomocou ktorých bude možné tieto ochorenia odhaliť a pacienta včasne varovať. Hlavným cieľom práce je navrhnutie a implementácia algoritmu pre klasifikáciu spomenutých ochorení na základe snímky sietnice oka. V prvej časti tejto práce sú bližšie popísané jednotlivé fázy ochorení a ich najčastejšie prejavy. Taktiež je v práci bližšie popísaná fundus kamera, ktorá slúži na zhotovovanie snímkov sietnice oka. V druhej časti práce je navrhnutý postup riešenia klasifikácie diabetickej retinopatie a vekom podmienenej makulárnej degenerácie. Zároveň sú tiež rozobrané algoritmické postupy pre manipuláciu s obrazom a detekciu útvarov na snímkach. V poslednej časti práce sa nachádzajú výsledky testovania a ich vyhodnotenie, pomocou ktorých je na konci zhodnotená úspešnosť navrhnutých a implementovaných postupov.
|
|
Implementace kryptografických algoritmů v FPGA
Foltýn, Tomáš ; Zbořil, František (oponent) ; Hanáček, Petr (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem a implementací šifrovacího algoritmu AES v programovatelném hradlovém poli (FPGA). Návrh jednotky se zaměřuje na kompaktní design a výsledná datová propustnost je spíše druhotná. Implementovaná jednotka je schopná šifrování i dešifrování dat s použitím uživatelem zvoleného klíče. Funkčnost implementace byla ověřena v simulačním programu ModelSim a experimentálně na vývojovém kitu FITkit osazeném FPGA z rodiny Spartan 3.
|
host ::
