|
Syntéza nesymetrických derivátů azaftalocyaninů V.
Nejedlá, Marcela ; Zimčík, Petr (vedoucí práce) ; Miletín, Miroslav (oponent)
Název práce: Syntéza nesymetrických derivátů azaftalocyaninů V. Autor: Marcela Nejedlá Cílem mé diplomové práce byla syntéza nesymetrických derivátů azaftalocyaninů (Aza-Pc), které nesou periferní substituenty karboxylovou či hydroxylovou skupinu. Úkolem byla příprava vhodných prekurzorů pro syntézu AzaPc, a dále statistickou kondenzací připravit ze dvou odlišných prekurzorů požadovaný zinečnatý a hořečnatý komplex, vyizolovat, vyčistit a charakterizovat jej. V rámci práce se podařilo připravit prekurzor kyselinu 6-(3-terc- butylsulfanyl-5,6-dikyanpyrazin-2-ylamino)hexanovou. Cyklizací prekurzorů připravit Aza-Pc: 3-karboxy[2΄,3΄-b]chinoxalino-11,12,18,19,25,26-hexakis(terc- butylsulfanyl)tripyrazino[g,l,q]porfyrazinato zinečnatý komplex; 3-karboxy[2΄,3΄-b]chinoxalino- 11,12,18,19,25,26-hexakis(terc-butylsulfanyl)tripyrazino[g,l,q]porfyrazinato hořečnatý komplex. Modifikace postupu přípravy výchozí látky 5,6-dioxo-1,4,5,6-tetrahydropyrazin-2,3- dikarbonitrilu snížením reakční teploty se neosvědčila.
|
|
Intracellular trafficking of an anti - Amyloid Protein Precursor antibody.
Zitko, Jan ; Doležal, Martin (vedoucí práce) ; Trejtnar, František (oponent)
Intracelulární sledování pohybu protilátky proti amyloidnímu prekurzorovému proteinu Alzheimerova choroba je neuropatologické onemocnění, klinicky se projevující postupným zhoršováním funkcí centrální nervové soustavy, především pak paměti, kognitivních funkcí, změněným chováním (včetně paranoii) a zhoršováním jazykových funkcí. Alzheimerova choroba je nejčastější příčinou demence ve středním a vyšším věku. Příčiny a samotný proces rozvoje choroby nejsou doposud plně objasněny, nicméně jedním z rozhodujících faktorů se zdá být nahromadění β-amyloidního peptidu (Aβ) v určitých oblastech CNS. Aβ je ovšem přirozeným a fyziologickým metabolitem a lze ho izolovat z tělesných tekutin zdravých jedinců. Aβ vzniká proteolytickým štěpením amyloidního prekurzorového proteinu (APP), což je fyziologický, evolučně vysoce konzervativní, membránový protein. APP může být štěpen v takzvané neamyloidogenní cestě α-sekretázou a následně γ-sekretázou za vzniku dobře rozpustných peptidů nepodílejících se na vzniků depozitů, nebo β-sekretázou a γ-sekretázou za vzniku Aβ s tendencí k agregaci (amyloidogenní cesta). Pohyb APP v buňce je velmi komplexní. Po jeho syntéze je posttranslačně modifikován a distribuován sekreční cestou k buněčnému povrchu, kde je exponován. Poměrně rychle je APP podroben endocytóze a následně...
|
|
Endoparazitární infekce ve farmovém odchovu bažanta obecného (Phasianus colchicus) a orebice rudé (Alectoris rufa) (Galliformes: Phasianidae)
Máca, Ondřej ; Hejcmanová, Pavla (vedoucí práce)
Celý proces infekčních nákaz byl sledován v průběhu čtyř sezón (2012-2015) podle cíleného a systematického studia bažantů obecných a orebic rudých, chovaných v intenzivním umělém odchovu v České republice, se zaměřením na studium dynamiky přenosu v průběhu celého procesu odchovu, od vylíhnutí až do uvolnění ptáků do volného prostoru, v souvislosti s načasováním vhodného a účinného používání antiparazitik. Bylo vyšetřeno 1752 směsných vzorků trusu (745 od bažantů a 1007 od orebic). Postmortální vyšetření byla provedena u 625 uhynulých ptáků (514 bažantů a 111 orebic). Hlavní infekce A. rufa a P. colchicus tvořili zástupci prvoků rodů Eimeria a Cryptosporidium; stejně tak jako i nematodů Capillaria s. l., Heterakis gallinarum a Syngamus trachea. Identifikace oocyst izolátů Cryptosporidium baileyi, C. meleagridis a C. galli byla podpořena a charakterizována metodou nested PCR, genů HSP70, aktin a GP60.
|
|
Biotransfer of selected risk metals into plants and their accumulation and distribution in plant organs
Le Minh, Phuong ; Lachman, Jaromír (vedoucí práce)
Kontaminace půdy těžkými kovy je jedním z problémů životního prostředí ohrožujících lidské bytosti. Těžké kovy jsou považovány za zvláštní nebezpečí znečišťujících látek v půdě a to z důvodu nepříznivých účinků na růst rostlin, množství a činnost užitečných mikroorganismů v půdě a kvalitu potravin. Vzhledem k perzistenci a toxicitě jsou těžké kovy toxické, když vezmeme v úvahu různé druhy znečišťujících látek v půdě. V půdě, se často vyskytuje toxicita zinku (Zn), kadmia (Cd), olova (Pb) a rtuti (Hg), než je tomu u ostatních kovů z důvodu jejich srážek a sorpce v půdě. Jedná se o velmi nebezpečné situace, protože když jsou tyto kovy absorbovány rostlinami, mohou být dále transportovány potravinových řetězců.
V této studii je sledována akumulace čtyř těžkých kovů (rtuť, zinek, olovo a kadmium) v celém zrnu jarních odrůd pšenice dvouzrnky, jednozrnky a jarní pšenice a brambor (Solanum tuberosum). Těžké kovy a esenciální prvky byly sledovány v odrůdách brambor v přesných polních pokusech a v hydroponicky pěstovaných rostlin. Prvky byly stanoveny pomocí metod F AAS, ET AAS a AMA (Advance Mercury Analysis). Statistické analýzy byly provedeny pomocí SPSS 9.0 a Tukeyho HSD testu (alfa 0,05).
V naší studii se koncentrace těžkých kovů v pšeničných obilkách snižovala v pořadí zinek (Zn)> olovo (Pb)> kadmium (Cd)> rtuť (Hg). Srovnání mezi třemi druhy zkoumané pšenice bylo zjištěno, že dvouzrnka je bohatá na obsah zinku (62,12 mg kg-1 sušiny), zatímco jarní pšenice měla nejnižší průměrné koncentrace zinku v zrnu (40,99 mg kg-1 sušiny). Obecně platí, že hodnoty koncentrací olova v obilkách analyzovaných odrůdy pšenice byly nízké (v rozmezí od 0,1268 mg kg-1 sušiny do 0.2950 mg kg-1 sušiny).
Rovněž byly stanoveny koncentrace rtuti ve čtyřech typických fázích růstu pšenice podle Feekese (10 naduřování listové plochy, začátek metání, 10,1 metání, 10,2 čtvrtina klasu vymetána, 10,2 v listech a ve stupni 11 zrání, raně mléčná zralost). Bylo prokázáno, že koncentrace rtuti v různých odrůdách pšenice byly absorbovány odlišně v různých stadiích růstu rostlin. Růstové stadium 10,2 a 10,2 v listech ukázaly vysoký obsah rtuti (0,0152 mg kg-1 sušiny a 0,0214 mg kg-1 sušiny, v uvedeném pořadí). Mezi jednotlivými odrůdami byly stanoveny významné rozdíly.
Obsahy toxických resp. potenciálně toxických prvků stanovené ve zkoumaných bramborových hlízách se vyznačovaly velkou variabilitou v rámci sledovaných brambor. Statistické analýza (analýza rozptylu jednoduchého třídění ANOVA) však ukázala, že neexistovaly významné rozdíly mezi oběma skupinami zkoumaných vzorků (vzorky z Uhříněvsi a Valečova v roce 2013 a 2014) pokud se hodnotil jeden ze zkoumaných kovů. Měřitelné hladiny rtuti byly nalezeny ve stopových množstvích u všech zkoumaných vzorcích brambor při porovnání s jinými kovy (Cd, Pb).
Rostlinné buňky ve srovnání s živočišné buňky jsou charakterizovány tvorbou buněčných stěn. Plazmatická membrána nebo buněčná membrána jsou biologicky aktivní membrány oddělující vnitřek buňky z vnějšího prostředí. Byla vyvinuta a upravena metoda izolace protoplastů z rostlinného materiálu (brambory). V našem experimentu byly rostliny pěstovány hydroponicky ve Výzkumném ústavu rostlinných plodin Praha-Ruzyně. Jestliže zkoumáme rostlinnou membránu, jednou z možností je odstranění buněčné stěny pomocí speciálních směsí enzymů. Protoplasty byly uvolněny ve tmě při teplotě 25 stupňů Celsia po dobu 18 hodin. Bylo použito síto 70-90 mikrometrů k filtrování a poté odstředění po dobu 5 minut při 100 g. Všechny kroky byly prováděny pečlivě, aby se zabránilo poškození nebo rozbití protoplastů.
|
|
Role ABC přenašečů v klinické praxi
Tornová, Petra ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Čečková, Martina (oponent)
Role ABC transportérů v klinické praxi ATP-binding cassette (ABC) je rodina transportních proteinů, která vypuzuje léčiva z buňky díky energii z ATP a zamezí tak jejich akumulaci v buňce. V současnosti známe sedm podrodin ABC transportérů (ABCA až ABCG), kteří se vyskytují jak v normálních tkáních, tak zhoubných nádorech. Podílejí se na přenosu mnoha látek, včetně vylučování toxinů z jater, ledvin a trávicího traktu a dále omezují průnik toxinů do důležitých orgánů, jako jsou mozek, placenta, varlata. Chemoterapie nádorových onemocnění je vážně limitována tzv. fenoménem mnohočetné rezistence (MDR), který vykazují buňky některých nádorů. Jedním z mechanismů rezistence je aktivní eflux široké škály cytostatik buněčnou membránou. Nejlépe popsaný transportní protein při vzniku rezistentních nádorů je MDR1/P-glycoprotein. Množství klinických testů naznačuje, že jeho přítomnost v nádorové tkáni (primární nebo získaná) vede k špatným klinickým výsledkům chemoterapie. Byly vyvinuty různé typy látek a techniky pro zásah do ABC zprostředkovávané MDR a snahy o snížení funkčnosti a potlačení exprese těchto transportérů. Zvýšená akumulace léčiv a zvrat lékové rezistence, užitím P-gp inhibitorů, byli velmi dobře zdokumentovány in vitro, bohužel se však doposud nedaří uspokojivě zopakovat in vitro data s inhibitory MDR v...
|
|
Identification and molecular characterization of the putative immunophilins (IMMs) in the oilseed rape pathogens Leptosphaeria maculans, Leptosphaeria biglobosa, and Plasmodiophora brassicae
Sandhu, Khushwant Singh ; Ryšánek, Pavel (vedoucí práce) ; Radovan, Radovan (oponent)
Oilseed rape is largely infected by several phytopathogens and two most economical important diseases are blackleg caused by fungus species complex Leptosphaeria maculans and L. biglobosa and clubroot caused by protist P. brassicae. The sequenced genomes of these phytopathogens provide opportunity to uncover various aspects related to disease infection, host pathogen interactions, plant disease resistance, and evolution of pathogens. Considering these we focused on one of the most conserved family called immunophilins (IMMs) in these genomes. IMMs are comprised of three structurally unrelated sub-families including cyclophilins (CYPs), FK506-binding proteins (FKBPs), and parvulin-like proteins (PARs). We identified putative members of IMMs in each phytopathogen using bioinformatics approaches. We further characterized the IMMs based on domain architecture, subcellular localization, exon-intron organization, transcriptomic expression patterns, gene ontology terms, conserved motifs presents and evolutionary analyses. IMMs are performing several vital roles in plants, animals and fungi. However, in phytopathogens their roles are not well established except for cyclophilin that implicates in pathogenicity in some phytopathogens. Therefore, we exploited the role of cyclophilin in L. maculans and L. biglobosa using expression profiles and in P. brassicae using Magnaporthe oryzae cyclophilin deletion mutant. Overall, we concluded that the cyclophilin acts as a virulence determinant in our studied phytopathogens. However, delineating the precise role of other IMMs would also be imperative. Taken together, our findings for the first time shed light on the highly conserved IMM family in the oilseed rape pathogens.
|
|
Mapování závislostí mezi projekty
Šárová, Irena ; Chocholatý, Drahomír (vedoucí práce) ; Roháčová, Barbora (oponent)
Diplomová práce popisuje problematiku projektových závislostí. S projektovými závislostmi se v řízení projektů setkáme téměř pokaždé. V současné době takřka nikdy není projekt isolovaná skupina činností, která je schopna přinést samostatně nějakou hodnotu. Z toho důvodu se tato problematika objevuje v mnoha oblastech řízení projektů. Na některé tyto oblasti je zaměřena první část práce. Ta popisuje disciplíny jako je Project, Program a Portfolio management. Tyto oblasti jsou v práci charakterizovány a je popsán způsob s jakým řeší závislosti projektů. Druhá část práce se věnuje maticím DSM (Dependency Structure Matrix) a DMM (Domain Mapping Matrix), které mohou sloužit jako jedna z metod, jak efektivně spravovat veškerá spojení a závislosti v rámci projektů. Oblast DSM a DMM matic je nejprve objasněna a jsou vyjádřeny možnosti této metody. V poslední části práce jsou informace získané v předchozí fázi aplikovány na praktický příklad v bankovním prostředí. Metoda je aplikována na 25 projektů, které jsou vedeny v nejmenované bankovní instituci. Pro tyto projekty jsou stanoveny dimenze a následně jsou sestaveny konkrétní DSM a DMM matice. Na některé dimenze je pak použita metoda shlukování a na matice jsou využity jednoduché maticové počty, jako je transpozice a násobení matic. Pomocí těchto kroků vznikne jakýsi nástroj, který představuje síť veškerých závislostí mezi dimenzemi projektů a který je schopen simulovat předem definované scénáře.
|
| |
|
Výskyt RNA elementů u rodu Armillaria
Dvořák, Jiří ; Gabriel, Jiří (vedoucí práce) ; Tomšovský, Michal (oponent)
Mycoviruses are widespread among the fungi. Most mycoviruses reported have dsRNA genomes. The first mycovirus was found in the edible mushroom Agaricus bisporus. Mycoviruses do not have an extracellular phase of their life cycle and are transmitted only by intracellular routes. Many mycoviruses reveal no apparent effect on their hosts. The genus Armillaria represents economically important edible fungal pathogens causing root rot in conifers and broadleaves trees. From this viewpoint, genus Armillaria presents an important subject of research studies. In this study we tried to find evidence for the presence of RNA elements in the respective genus. Total amount of collected strains was 52. CF-11 method for nuclei acids extraction was applied to 40 strains. The method is based on the affinity of cellulose powder for nuclei acids and specifically, the adsorption of dsRNA at ethanol concentrations of 15%. According to our results, there is no evidence for dsRNA elements occurence in the tested strains. The study was also focused on basic characterization of physiology of isolates, esp. to optimum growth conditions on agar plates and milled straw as well as on rhizomorph formation and fructification. No effect of pH changes and addition of various alcohols on rhizomorph formation was found, while primordia...
|
|
Charakterizace železo-sirných flavoproteinů z hydrogenosomu Trichomonas vaginalis
Pilařová, Kateřina ; Hrdý, Ivan (vedoucí práce) ; Kašný, Martin (oponent)
Trichomonas vaginalis je bičíkatý mikroaerofilní prvok ze skupiny Excavata, který způsobuje trichomoniázu, nejčastější nevirovou sexuálně přenosnou nemoc na světě, která kromě vaginitidy u žen a uretritidy u mužů může způsobovat například i problémy v těhotenství. Tato práce se zabývá charakterizací železosirných flavoproteinů (ISF), které byly nalezeny v proteomu hydrogenosomu T. vaginalis. Konkrétně jsme se zaměřili na ISF3, který je podle našich výsledků dimerní protein a který ve svém aktivním centru váže flavin mononukleotid (FMN) a železosirné centrum, jehož složení jsme doposud neurčili. ISF3 je schopný redukovat kyslík, peroxid vodíku, dusičnan sodný ale také metronidazol a to i v enzymatickém systému ISF3 - PFO - feredoxin. Dále jsem se také pokusila zredukovat pomocí ISF3 síran amonný, ošem neúspěšně. Tyto výsledky korespondují s aktivitami ISF u Methanosarcina thermophila, kde ISF redukuje kyslík a peroxid vodíku na vodu. ISF3 je ovšem navíc schopen redukovat dusíkaté sloučeniny, což je důležitý fakt vzhledem k tomu, že metronidazol je léčivo ze skupiny 5-nitroimidazolů. Z dalších výsledků navíc vyplývá, že dochází k poklesu exprese ISF3 u trichomonád rezistentních k metronidazolu. Nelze tedy vyloučit, že je ISF3 jedním z dalších enzymů podílejících se na redukci metronidazolu a tudíž že...
|
host ::
