|
|
Diverzita, ekologie a biotechnologický potenciál kvasinek asociovaných s kůrovci
Havlíček, Václav ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Novotný, David (oponent)
Kůrovci (Coleoptera; Scolytinae) napadají dřeviny, proto jsou z pohledu člověka považováni za škůdce. Svému evolučnímu úspěchu mimo jiné vděčí za četné symbiózy s mikroorganismy, mezi kterými hrají důležitou roli houby. Mykobiom kůrovců je dominován kvasinkami, které jsou nicméně široce přehlíženy. Intestinální kvasinky nejen z I. typographus, ale i z jiných druhů kůrovců, mají potenciál na budoucí využití v biotechnologiích. Cílem práce bylo studium jejich diverzity a jejich fyziologických aktivit, což poslouží k objasnění jejich ekologické role a biotechnologického potenciálu. Sběry probíhali v České republice z larev lýkožrouta smrkového Ips typographus, a z různých druhů podkorního hmyzu v Keni. Kvasinky byly identifikovány a taxonomicky zařazeny na základě sekvenace rDNA. Celkem bylo identifkováno 133 kmenů kvasinek, které patřily do 37 druhů, včetně 9 druhů které se nepodařilo určit a patří patrně do dosud nepopsaných druhů a ve dvou případech také rodů. Nejčastěji izolovanými druhy z I. typographus byla Meyerozyma guielliermondii, Wickerhamomyces bisporus, Ogataea ramenticola a Kuraishia molischiana. Z afrických různých druhů podkorních brouků sbíraných v africké Keni byly nejčastějšími kvasinky Hyphopichia burtonii, H. pseudoburtonii a Rhodotorulla spp. Nejvyšší hodnoty aktivit 12...
|
|
|
Taxonomický přehled rodu Arthroderma se zaměřením na druhy izolované z plazů a netopýrů
Kolarczyková, Daniela ; Hubka, Vít (vedoucí práce) ; Dobiáš, Radim (oponent)
Rod Arthroderma patří do skupiny geofilních dermatofytů, které primárně rozkládají keratin v půdě a příležitostně působí infekce u člověka a zvířat. Tomuto druhově bohatému rodu byla v minulých letech věnována pozornost zejména z hlediska druhů vyskytujících se v lidském klinickém materiálu, nebo klinických vzorcích odebraných z hlodavců a dalších savců, což bylo spojeno s výrazným nárustem počtu jeho druhů. V této diplomové práci byla prozkoumána druhová diverzitu rodu Arthroderma v materiálu izolovaného z hadů, netopýrů a jeskynního sedimentu, což je dosud téměř neprobádaný substrát z hlediska výskytu tohoto rodu. Zkoumané kmeny byly izolovány během výzkumu onemocněné netopýrů "white nose syndromu" a hadů "snake fungal disease". Rod Arthroderma byl v minulosti zkoumán jako celek buď pouze na základě morfologie nebo po nástupu molekulárních metod z hlediska mnohagenové fylogeneze. Žádná monografie však nekombinovala současně fenotypová a molekulárně-genetická kritéria pro hodnocení druhových hranic napříč rodem nebo jeho významnou částí. I to je jedním z důvodů, proč jsou hranice druhů často nejasně definované. Dalším z cílů této práce bylo tedy zdokonalit mnohagenovou fylogenezi rodu začleněním nových kmenů, nově popsaných druhů a doplněním chybějících sekvenčních dat. Pro revizi druhových hranic...
|
|
|
Morfologická a ekologická diferenciace a rozšíření taxonů z okruhu Galium mollugo
Talpová, Julie ; Kaplan, Zdeněk (vedoucí práce) ; Štech, Milan (oponent)
Ve své diplomové práci se zabývám třemi taxony polyploidního okruhu Galium mollugo, které rostou na území České republiky. Jsou to diploidní G. mollugo a tetraploidní G. album subsp. album a G. album subsp. pycnotrichum. Tyto taxony jsou si vzájemně velice podobné, jejich rozlišování je velmi obtížné, přičemž přesné hodnoty kvantitativních znaků, které by je měly odlišovat, nejsou známé. Dosud nebyla v tomto okruhu žádná studie založená na analýze velikosti genomu průtokovou cytometrií (FCM) a klasické morfometrice. Jejich použitím jsem chtěla přinést nové výsledky a vyplnit tak mezery ve vědeckém bádání. Primárně jsem zjišťovala, zda je možné jednotlivé cytotypy odlišit na základě velikosti genomu pomocí analýz FCM. Dalším záměrem pak bylo zjistit, zda je možné definovat morfologické a ekologické rozdíly mezi diploidním a tetraploidními taxony. K zjištění míry morfologické diferenciace jsem využila ordinační a diskriminační metody. Sledovala jsem, zda jde taxony odlišit pouhým okem, a měřením zjistila, jaké znaky jsou k determinaci nejvhodnější. Ukázalo se, že analýzy FCM jsou vhodné k odlišení obou ploidií. Podařilo se mi statistickými metodami prokázat, že se diploidní a tetraploidní taxony navzájem liší a zároveň jsem upřesnila znaky, které jsou k determinaci nejvhodnější. K praktickému...
|
|
|
Lasicovité šelmy střední Evropy v kvartérním fosilním záznamu
Vencová, Barbora ; Horáček, Ivan (vedoucí práce) ; Kyselý, René (oponent)
Předložená práce shrnuje výsledky revize 414 fosilních dokladů lasicovitých šelem z 136 nálezových celků čtvrtohorního a pliocenního stáří (6 MN51-17, 8 Q1, 10 Q2, 2 Q3, 104 Q4) z území ČR a Slovenska shromážděných ve sbírkách PřF UK a Národního muzea. Výsledky detailní biometrické analýzy srovnávané s datovým aparátem souběžné analýzy souboru recentních forem (204 jedinců 8 spp.) a literárních referencí umožnily spolehlivé určení většiny dokladů (celkem 9 recentních a 7 fosilních taxonů). Početnějšími soubory, umožňujícími podrobnější hodnocení, byl zastoupen rod Martes a zejména pak skupina Mustela nivalis - M. erminea tvořící celkem 77% všech dokladů. Doklady této skupiny z nejstaršího úseku (MN15- MN17) jsou blízké společnému předku obou recentních druhů, identifikuji je jako Mustela pliocaenica. Rovněž staropleistocenní formy (MN17-Q2 M. praenivalis, M. palerminea) se od recentních populací zřetelně liší. Fenotypové přestavby ústící k recentním formám probíhají tedy zřejmě až ve středním pleistocenu (Q3). Bohatý aparát dokladů ze souvislých vrstevných sledů současného glaciálního cyklu ukazuje nápadnou převahu dokladů z různých úseků glaciálu (včetně LGM) a vysoce průkazné fenotypové změny obou druhů v tomto období. Areálové expanse a vývoj fenotypových specifik těchto druhů (včetně extrémní...
|
|
|
Evolution of Host Specialisation, Phylogeography and Taxonomic Revision of Xenidae (Strepsitera)
Benda, Daniel ; Straka, Jakub (vedoucí práce) ; Malenovský, Igor (oponent) ; Cook, Jerry L. (oponent)
Řasníci (Strepsiptera: Xenidae) jsou skupinou hmyzích parazitů, která je velmi vhodná pro studium hostitelské specializace. Vyvinula se u nich řada adaptací na parazitický způsob života zahrnující komplexní morfologické, behaviorální, a fyziologické adaptace, které nemají u jiných organismů obdoby. Paradoxně malá pozornost byla naopak věnována studiu molekulární fylogeneze, fylogeografie, vymezení jednotlivých druhů a jejich implikacím pro taxonomickou klasifikaci. S využitím metod molekulární fylogenetiky jsme vytvořili první datovanou fylogenezi čeledi Xenidae. Pomocí fylogeografických metod a rekonstrukce ancestrálních hostitelských linií jsme zjistili, že mezi Novým světem a Starým světem + Austrálií došlo k výměně některých linií, dokud Antarktida zcela nezamrzla. Během pozdního paleogénu a neogénu se několik linií rozšířilo z Afrotropické oblasti do dalších oblastí Starého světa a Austrálie. Původními hostiteli čeledi Xenidae byly s největší pravděpodobností sociální vosy, přičemž následný přechod od sociálních k samotářským vosám byl sekundární a pravděpodobně k němu došlo pouze jednou. K paralelnímu přeskoku ze samotářských vos na kutilky čeledi Sphecidae došlo nezávisle na sobě v Novém a Starém světě. Evoluční historii Xenidae lze vysvětlit kombinací šíření, vymírání linií a klimatických...
|
|
|
Metagenomic analysis of animal gut microbioma based on diet
Spanakis, Martin ; Čejková, Darina (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
This bachelor’s thesis deals with the sequencing of the microbiome and its composi- tion. It focuses on the gut microbiome of animals, which differs among animals with different diets. The work describes theoretical knowledge about metagenomic analysis of the microbiome, such as sampling procedures, various sequencing methods and data processing. The practical part of the work includes the preparation of the dataset, which includes the collection of data and their preparation for the following metagenomic anal- ysis. The result of the work is the taxonomic classification of bacterial species in the samples and the analysis of their diversity according to the type of diet of individual animals.
|
|
|
Zpracování a analýza lidského střevního mikrobiomu ze sekvenačních dat 16S rDNA
Zbudilová, Michaela ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá analýzou lidského střevního mikrobiomu z dat ze 16S rRNA. V první části je teoreticky popsán střevní mikrobiom, způsoby jeho zpracování a vyhodnocení pomocí analýzy taxonomických jednotek a diverzity mikrobiomu. Další část je zaměřena na data, která jsou v práci zpracována a na formát, v jakém jsou tyto data poskytnuta. V třetí části je popsán navržený algoritmus sloužící ke zpracování dat a zároveň jsou i vyhodnoceny výsledky získané spuštěním právě tohoto algoritmu. V další části práce jsou vzorky z Fakultní nemocnice Brno zpracovány pomocí navrženého algoritmu. Poslední část práce se zabývá popisem skriptu sloužícím ke generování reportů, které mohou být využity k diagnostickým účelům ve Fakultní nemocnici Brno.
|
|
|
The Rufous Sengi is not Elephantulus Multilocus reconstruction of evolutionary history of sengis from the subfamily Macroscelidinae
KRÁSOVÁ, Jarmila
We conducted multilocus phylogeny and divergence dating of sengis also known as elephant shrews from the subfamily Macroscelidinae. For the first time, we provided genetic evidence that the East African Rufous Sengi (Elephantulus rufescens) is closely related to the recently delimited genus Galegeeska known from the Horn of Africa and comprising a single species G. revolii. Our findings are in concordance with morphological traits and also biogeographical patterns known from Eastern Africa. Based on the results of divergence dating, the genus Galegeeska originated in the Pleistocene era.
|
|
|
Diverzita a fylogenetické vztahy hlodavců v horských oblastech východní Afriky
KRÁSOVÁ, Jarmila
The Eastern Afromontane region of Africa is characterized by striking levels of endemism and species richness. Therefore, it was recognized as the Eastern Afromontane biodiversity hotspot (EAMBH) with numerous endemic plants and animals including mammals. Some parts of EAMBH (e.g. Ethiopian Highlands) are still under-represented in terms of biodiversity research in comparison with areas where sampling was relatively intensive in the last decades (e.g. Albertine Rift). This thesis describes genetic diversity, evolutionary history and taxonomy of several rodent species inhabiting mountain areas of Eastern Africa and Angola with a special focus on neglected areas such as Ethiopian and Angolan Highlands. Molecular-genetic analyses detected considerably higher diversity of small mammals than previously expected. Several candidates for new species were suggested and some of them also formally described based on phylogenetic and morphometric analyses. Molecular dating placed most of the diversifications into the eras of Pliocene and Pleistocene confirming the hypothesis that Plio-Pleistocene climate fluctuations together with topographically diverse landscape of Eastern Africa contributed to the high level of species diversity observed today.
|
|
|
Molekulární determinace václavek r. Armillaria
SALZMANOVÁ, Kateřina
Václavky patří z hospodářského hlediska mezi významné škodlivé činitele našich lesů, kdy václavky způsobují prosychání smrku, které může přerůst v kůrovcovou kalamitu. Pro určování jednotlivých kmenů fytopatogenních hub klasická morfologická charakteristika neposkytuje dostatečné určení jednotlivých druhů. V současné době je věnována pozornost molekulárním metodám analýz polymorfismu DNA spolu s tradiční morfologickou klasifikací. V literárním přehledu je popsán rod Armillaria. Také jsou zde popsány jednotlivé druhy václavek, které se vyskytují na území ČR, jejich role v chřadnutí smrkových porostů a ochranná opatření proti václavkám. Jsou zde zmíněny molekulární markery používané v identifikaci václavek. Součástí teoretické časti je i popis a princip použitých molekulárních metod. Cílem diplomové práce bylo identifikovat jednotlivé druhy václavek rodu Ar-millaria ze vzorků sbíraných v suchem poškozených lesích v ČR. Molekulární analýza byla provedena podle variability úseku genu translačního elongačního faktoru 1 alfa (EF 1 alfa). V praktické části jsou zpracovány vlastní výsledky práce. Pro účely výzkumu bylo vybráno několik lesních lokalit postižených suchem v Moravskoslezském a Olomouckém kraji. Testovaný soubor tvořilo celkem 92 vzorků DNA václavek rodu Armillaria. Výsledky potvrdily největší výskyt václavky v. smrkové (66 vzorků). V testovaném souboru byly identifikovány i václavky v. cibulkotřenná (21 vzorků) a v. hlíznatá (5 vzorků). Získaná data byla použita ke konstrukci fylogenetického stromu.
|
host ::
RSS.