|
|
Trojrozměrná rekonstrukce obrazu v digitální holografické mikroskopii
Týč, Matěj ; Karásek,, Vítězslav (oponent) ; Martišek, Dalibor (oponent) ; Chmelík, Radim (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá tématem 3D obrazové rekonstrukce v holografické mikroskopii, konkrétně technikou numerického přeostřování. Numerické přeostřování umožňuje za určitých podmínek korektně doostřit obraz vzorku, který se při snímání nacházel mimo předmětovou rovinu. Tato metoda byla známa pro případ použití koherentních zdrojů osvětlení. V práci je zobecněna do formy, ve které je použitelná i v zařízeních s obecným nekoherentním (plošným anebo nemonochromatickým) zdrojem osvětlení. Dalším bodem práce je teorie pokročilého zpracování hologramu, která umožňuje získat z jednoho hologramu i údaje o přesnosti naměřených dat, k jejichž získání by bylo třeba postupně sejmout větší množství hologramů. Obě dvě metody jsou úspěšně experimentálně ověřeny.
|
|
|
Trojrozměrná rekonstrukce obrazu v digitální holografické mikroskopii
Týč, Matěj ; Chmelík, Radim (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá tématem 3D obrazové rekonstrukce v holografické mikroskopii, konkrétně technikou numerického přeostřování. Numerické přeostřování umožňuje za určitých podmínek korektně doostřit obraz vzorku, který se při snímání nacházel mimo předmětovou rovinu. Tato metoda byla známa pro případ použití koherentních zdrojů osvětlení. V práci je zobecněna do formy, ve které je použitelná i v zařízeních s obecným nekoherentním (plošným anebo nemonochromatickým) zdrojem osvětlení. Dalším bodem práce je teorie pokročilého zpracování hologramu, která umožňuje získat z jednoho hologramu i údaje o přesnosti naměřených dat, k jejichž získání by bylo třeba postupně sejmout větší množství hologramů. Obě dvě metody jsou úspěšně experimentálně ověřeny.
|
|
|
Advanced signal processing methods in dynamic contrast enhanced magnetic resonance imaging
Bartoš, Michal ; Flusser,, Jan (oponent) ; Mlynárik,, Vladimír (oponent) ; Jiřík, Radovan (vedoucí práce)
This dissertation describes quantitative dynamic contrast enhanced magnetic resonance imaging (DCE-MRI), which is a powerful tool in diagnostics, mainly in oncology. After a time series of T1-weighted images recording contrast-agent distribution in the body has been acquired, data processing phase follows. It is presented step by step in this dissertation. The theoretical background in physiological and MRI-acquisition modeling is described together with the estimation process leading to parametric maps describing perfusion and microcirculation properties of the investigated tissue on a voxel-by-voxel basis. The dissertation is divided into this theoretical analysis and a set of publications representing particular contributions of the author to DCE-MRI.
|
|
|
Implementace rekonstrukčních metod pro čtení čárového kódu
Kadlčík, Libor ; Bartušek, Karel (oponent) ; Mikulka, Jan (vedoucí práce)
Informace je v čárovém kódu uložena jako posloupnost různě širokých proužků a mezer, a tak lze čárový kód považovat za dvouúrovňový (obdélníkový) signál. V případě tzv. magnetických čárových kódů jsou proužky tvořeny nanesením malého množství feromagnetického materiálu na podklad. Snímání probíhá snímací oscilátorem, jehož kmitočet je ovlivňován přítomností feromagnetického materiálu. Signál ze snímacího oscilátoru je poté (zde číslicově) kmitočtově demodulován. Z důvodu teplotního driftu kmitočtu oscilátoru je demodulovaný signál doprovázen stejnosměrným driftem. Práce proto neopomíjí metodu pro odstranění driftu. Nechybí ani metoda detekující přítomnost čárového kódu, jež je na drift necitlivá. Snímání čárového kódu je výrazně ztěžováno konvolučním zkreslením, které vzniká jako důsledek citlivosti snímače rozprostírající se do okolí. Konvoluční zkreslení se projevuje jako průchod signálu dolní propustí a s tím spojeným zaoblením a prolínáním hran signálu, jež se stávají obtížně detekovatelnými. Konvoluční zkreslení lze charakterizovat pomocí prostorové impulzní odezvy (PSF). Při snímání magnetických čárových kódů je tvar PSF předem znám, ale její stejnosměrný přenos a šířka jsou neznámé (při rychlém pohybu snímacího oscilátoru je signál zúžen a s ním i PSF). Proto jsou představeny vyvinuté metody pro odhad těchto parametrů. Před dekódováním čárového kódu je nezbytné rekonstrukcí ze signálu odstranit konvoluční zkreslení. Účinným prostředkem jsou variační metody, jejichž podstatou je formulace rekonstrukční úlohy jako optimalizační problém minimalizace funkcionálu. Předností variačních metod je možnost funkcionál doplňovat o další dílčí funkcionály (regularizace) a~tím výrazně napomoci úspěšné rekonstrukci signálu. Princip variačních metod je popsán, včetně ukázek vlivu jednotlivých regularizací. Všechny algoritmy a metody (včetně demodulace signálu ze snímacího oscilátoru) jsou implementovány číslicově jako program pro mikrokontrolér z rodiny PIC32, který nabízí dostatečně vysoký výpočetní výkon, a tak i slepá dekonvoluce (při níž je třeba navíc najít skutečnou PSF) je provedena během několika sekund. Mikrokontrolér je součástí čtečky magnetického čárového kódu, jejíž hardware umožňuje přečtená data přenášet do osobního počítače prostřednictvím rozhraní PS/2 nebo USB (pomocí simulace stisků na pomyslné klávesnici) nebo zobrazit na displeji.
|
|
|
Restaurace obrazových dat z optické koherenční tomografie
Smékal, Ondřej ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Jan, Jiří (vedoucí práce)
Restaurace obrazových dat se stala nedílnou součástí procesu zpracování medicínských obrazů získaných libovolným systémem. Stejně tomu je i v případě Optické koherenční tomografie. Cílem této práce je zaprvé prostudování restauračních metod. Za druhé, popis principu zobrazení dat z Optické koherenční tomografie a následné diskuse, které restaurační metody na bázi dekonvoluce by potencionálně našly uplatnění ve zpracování dat z Optické koherenční tomografie. Konečně za třetí, vytvoření programového řešení restauračního procesu OCT dat v prostředí MATLAB a následná diskuze účinnosti prezentovaných řešení.
|
|
|
Dekonvoluce hemodynamické odezvy z dat fMRI
Bartoň, Marek ; Kolář, Radim (oponent) ; Havlíček, Martin (vedoucí práce)
Tato práce pojednává o variabilitě HRF, která může mít v určitých případech zásadní vliv na výsledky detekce neuronální aktivace pomocí fMRI. Jsou popsány tři metody – kumulace, regresní dekonvoluce a metoda bikonjugovaných gradientů - které umožní odhadnout tvar HRF. V rámci simulací byla vybrána jako nejrobustější regresní metoda, která pro dekonvoluční odhad o délce 30 s využívá křivky B-spline 4. řádu. Dekonvoluční odhady byly využity jako modely HRF pro klasickou analýzu dat fMRI, konkrétně vizuální oddball pradigma, obecným lineárním modelem. Bylo pozororováno rozšíření lokalizovaných oblastí a výsledky byly po odborné konzultaci s vědeckými pracovníky neurologické kliniky vyhodnoceny jako relevantní. Také bylo vytvořeno v Matlabu programové prostředí, které umožnuje pohodlně pozorovat variabilitu HRF mezi jednotlivými oblastmi mozku.
|
|
| |
|
|
On Validation of Algorithms for Dynamic Medical Data Separation
Tichý, Ondřej
The problem of dynamic medical image sequence separation is studied. We introduced the state of the art algorithms for medical sequence decomposition together with those that are proposed by us. The validation and the comparison of the algorithms are nontrivial and challenging task. We propose to use a synthetic data where a ground truth is available so it is possible to compute a significant statistics for comparison reason. Moreover, we proposed a comparison on 99 real data from renal scintigraphy where relative renal functions are automatically computed and compared with those obtained by physician.
|
|
|
Elastodynamic Properties and Signal Propagation in Materials within Time Reversal Acoustics
Farová, Zuzana ; Převorovský, Zdeněk ; Kůs, V. ; Dos Santos, S.
In this paper we present related parts of elastodynamic theory, which are a keynote for the wave propagation through the medium. We describe the basic material characteristics - strain tensor and stress tensor, also we provide the relations of these tensors and describe the derivation of the well-know Lame's parameters. Further, we deal with the theory of Green functions, its properties, and its form for di®erent sources. Finally, we propose and explain the so-called experimental deconvolution, quite newly developed technique, based on time reversal acoustics with the knowledge of Green function and using the Fourier transform.
|
|
| |
host ::
RSS.