|
|
Porovnání vlastností transkripčního faktoru "Bach1" v jeho apoformě a holoformě
Vávra, Jakub ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Brynychová, Veronika (oponent)
Hemoproteiny představují vzhledem k jejich širokému výskytu a rozmanitým funkcím nepostradatelnou součást mnoha živých organismů. Mezi typické funkce hemoproteinů patří participace na transportu a uskladnění kyslíku v živých organismech, transport elektronů v rámci dýchacího řetězce či enzymová katalýza reakcí, kterých se účastní kyslík, případně peroxid vodíku. Poměrně nedávno byla objevena nová skupina hemoproteinů, jejíž zástupci disponují schopností detekovat buď změny koncentrace hemu (senzorové proteiny, které detekují hem), nebo změny koncentrace dvouatomových molekul plynů (hemové senzorové proteiny, které detekují plyny) v jejich okolním prostředí. Signály generované v rámci této detekce způsobují strukturní změny příslušných senzorových proteinů a ovlivňují tak jejich funkce. Předmětem této diplomové práce je příprava a následná charakterizace eukaryotického senzorového proteinu Bach1, který detekuje hem. Důraz je kladen především na interakční schopnosti proteinu Bach1 s heminem a komparaci vlastností apoformy a holoformy Bach1. Pozornost je věnována hlavně počtu molekul heminu, které jsou schopny specificky interagovat s Bach1, a to za různých podmínek (odlišný redoxní stav iontu železa v hemu, přítomnost interakčních partnerů Bach1 apod.). Součástí této práce je také analýza vlivu...
|
|
|
Chromatinová imunoprecipitace vybraných transkripčních faktorů
Smetanová, Jitka ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Rodina transkripčních faktorů TEAD ovlivňuje expresi genů, které regulují buněčnou proliferaci, diferenciaci a apoptózu. Aktivita proteinu TEAD1 je řízena prostřednictvím signální dráhy Hippo. Obecný mechanismus suprese nádorových buněk skrze signální dráhu Hippo zůstává nejasný. Geny MYC a GLUT1, které kódují dva klíčové regulátory glykolýzy, byly recentně popsány v lidských leukemických buňkách jako potenciální cíle signální dráhy Hippo. V této diplomové práci jsem se pomocí ChIP analýzy v lidských leukemických buňkách snažila experimentálně potvrdit předpokládanou vazbu transkripčního faktoru TEAD1 k regulačním sekvencím genů MYC a GLUT1. I přes veškerou snahu se mi nepovedlo provést chromatinovou imunoprecipitaci transkripčního faktoru TEAD1. V rámci diplomové práce jsem navrhla několik možných důvodů, které mohly vést k získaným negativním výsledkům. Klíčová slova: transkripční regulace, TEAD transkripční faktory, chromatinová imunoprecipitace, leukemie
|
|
|
The transcription factor C/EBPƴ as a novel regulator in mast cell development and function
Jedlička, Marek ; Alberich Jorda, Meritxell (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Žírné buňky jsou důležitou součástí vrozeného i adaptivního imunitního systému. Podílejí se na zánětlivých reakcích namířených proti široké škále patogenů, jako jsou parazité, bakterie a další typy cizorodých agens. Na druhou stranu žírné buňky přispívají k řadě patologických stavů, mezi něž patří například astma, autoimunitní choroby, anafylaxe nebo systémová mastocytóza. Poznání biologie žírných buněk je proto zásadní pro vývoj nových přístupů k léčbě výše zmíněných chorob. Navzdory tomu je naše znalost molekulárních mechanismů, které vývoj a funkci žírných buněk regulují, stále neúplná. Naše předběžné výsledky ukazují, že jedním z klíčových elementů v biologii žírných buněk je transkripční faktor C/EBP. Za použití in vitro a in vivo modelů určíme, jakým způsobem C/EBP reguluje diferenciaci hematopoetických progenitorů do mastocytární linie a jaký má vliv na funkci žírných buněk. Tato studie přinese nové poznatky o úloze C/EBP ve vývoji žírných buněk a přispěje k lepšímu pochopení mechanismů řídících biologii žírných buněk. Klíčová slova Žírné buňky, C/EBP, transkripční faktory, vývoj žírných buněk, Cebpg kondicionální knockout, kultury žírných buněk odvozené z kostní dřeně
|
|
|
Úloha signální dráhy ERK v regulaci genů časné odpovědi
Chvalová, Věra ; Vomastek, Tomáš (vedoucí práce) ; Doubravská, Lenka (oponent)
Signální dráha ERK představuje evolučně konzervovaný mechanismus, který buňkám umožňuje vnímat extracelulární signály a převádět je v široké spektrum specifických intracelulár- ních odpovědí, jako je proliferace, diferenciace, apoptóza či buněčná migrace. Mezi klíčové prvky této dráhy patří proteinkinázy Raf, MEK a efektorová proteinkináza ERK. Konstitutivní aktivace dráhy ERK, způsobená somatickými mutacemi některých jejích členů, se často objevuje u mnoha typů lidských nádorových onemocnění. Tato dráha proto hraje významnou roli i z biomedicín- ského hlediska. Zmíněné fyziologické i patologické děje jsou podmíněny především schopností signální dráhy ERK regulovat změny v expresi velkého množství genů. Po aktivaci proteinkinázy ERK dochází k její translokaci do jádra, kde fosforyluje rozličné transkripční faktory. To vede k jejich aktivaci a následně k několikastupňovým změnám v genové expresi. Nejdříve dochází k tran- skripci genů tzv. časné odpovědi (immediate early genes; IEGs), z nichž mnoho kóduje další tran- skripční faktory, jako jsou c-Fos, c-Jun či c-Myc. Ty následně regulují expresi genů tzv. sekun- dární odpovědi (secondary response genes, SRGs), které kódují další strukturní či signalizační proteiny. Hromadné změny v genové expresi poté vedou k funkčnímu přeprogramování buněk. V této...
|
|
|
Potenciál genového inženýrství pro šlechtění rostlin odolných k abiotickým stresům: tolerance k chladu u rýže
Lotová, Gabriela ; Lipavská, Helena (vedoucí práce) ; Janská, Anna (oponent)
S rostoucí populací a klimatickými změnami stoupá i snaha o vyšlechtění výkonnějších plodin. Genové inženýrství otevřelo nebývalé šlechtitelské možnosti ve vyvíjení rostlin s požadovanými vlastnostmi. Transgenní plodiny s lepšími vlastnostmi včetně odolnosti k nepříznivým podmínkám prostředí mohou přispět k řešení problému hladomoru a malnutrice v rozvojových zemích. Ačkoliv společnost vnímá geneticky modifikované plodiny spíše negativně, hojně se jich využívá jako krmiva pro hospodářská zvířata a mimo Evropu i pro výživu lidí. Vzhledem ke komplexní povaze odolnosti vůči abiotickým stresům se dříve nepředpokládala využitelnost genových manipulací pro šlechtění odolných rostlin. Ukázalo se však, že modifikace stresové signalizační kaskády či transkripčních faktorů může vést k úspěchu. Tato práce shrnuje možnosti genetické modifikace plodin, jež mohou vyústit v lepší toleranci vůči chladu, a je orientována zejména na rýži. Část práce se zabývá transdukcí chladového signálu, jejíž modifikací lze také docílit zvýšené tolerance vůči chladu. Další část se zabývá transkripčními faktory, jež aktivují expresi genů zvyšujících odolnost vůči nízké teplotě. Největší pozornost věnuji transkripčním faktorům CBF/DREB, jež hrají v odolnosti vůči chladu klíčovou roli. Klíčová slova: CBF/DREB, genové inženýrství,...
|
|
|
Chromatinová imunoprecipitace vybraných transkripčních faktorů
Smetanová, Jitka ; Vališ, Karel (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Rodina transkripčních faktorů TEAD reguluje expresi genů, které regulují buněčnou proliferaci, diferenciaci a apoptózu. Aktivita TEAD1 je regulována prostřednictvím Hippo signální dráhy. Obecný mechanismus suprese nádorových buněk skrze Hippo signální dráhu zůstává nejasný. C-MYC a GLUT1, dva klíčové regulátory glykolýzy, byly recentně popsány v lidských leukemických buňkách jako cíle Hippo signální dráhy. V této diplomové práci byla pomocí ChIP analýzy v lidských leukemických buňkách experimentálně potvrzena vazba TEAD1 k prvnímu exonu genu C-MYC a dále objevena nová interakce TEAD1 s enhancerem genu C-MYC a s enhancerem genu GLUT1. Regulace glukózového metabolismu Hippo signální dráhou může představovat nový mechanismus suprese nádorových buněk. Klíčová slova: genová regulace, transkripční faktory, chromatinová imunoprecipitace, bioinformatika
|
|
|
Visual system development in Platynereis dumerilii: insight from genetic engineering approach
Dobiášovská, Ivana ; Kozmik, Zbyněk (vedoucí práce) ; Vopálenský, Václav (oponent)
Genové regulační sítě zodpovědné za molekulární regulaci vývoje oka jsou evolučně konzervované napříč mnoha organismy. Zástupci genové rodiny transkripčních faktorů Pax patří mezi nejvíce konzervované zástupce těchto sítí. Pax transkripční faktory hrají klíčovou roli při vývoji zásadních součástí oka, přičemž jednou z jejich funkcí je i regulace opsinů - molekul zodpovědných za přeměnu světelného podmětu na elektrochemickou signalizaci ve fotoreceptorových buňkách. V rámci této diplomové práce jsou zkoumány geny pax6 a pax2/5/8 jako potenciální transkripční faktory regulující vývoj oka u modelového organismu Platynereis dumerilii. Na základě sledovaného brzkého počátku exprese pax6 a pax2/5/8 byla testována možná role těchto transkripčních faktorů v regulaci r-opsinu. Expresní analýza pax6 a pax2/5/8 u divokého typu Platynereis je prováděna pomocí "whole mount" RNA in-situ hybridizace, společně s počáteční analýzou Platynereis pax6 knockout linie. Ačkoliv má homozygotní mutace v pax6 letální následky, heterozygotní mutanti přežívají a jsou schopní reprodukce. Uváděná data naznačují, že pax6 nereguluje u Platynereis geny pax2/5/8, otx a six3. Stejně tak r-ops1, tvořící r-opsin přítomný v dospělých očích Platynereis, není regulován pomocí pax6. Pro výzkum potenciální role pax2/5/8 transkripčního...
|
|
|
Predikce vazebních míst proteinu p53
Radakovič, Jozef ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Proteín p53, ktorý je kódovaný génom TP53 zohráva významnú úlohu v bunečnom cykle, ako regulátor transkripcie génov pri reakcii bunky na stresové podnety, čím funguje ako potláčateľ rakoviny. Pochopenie spôsobu jeho regulácie ako aj jeho väzby na regulovaný gén je jedným z hlavných záujmov moderného výskumu v genetike a bioinformatike. V prvej časti tejto práce predstavujeme nevyhnutné poznatky z molekulárnej biológie nutné k pochopeniu spôsobu regulácie proteínu p53 a úvod do analýzy a predikcie väzobných miest transkripčných faktorov. V druhej časti sa venujeme implementovaniu a testovaniu nami vytvoreného nástroja, ktorý bude schopný tieto väzobné miesta pre proteín p53 predikovať.
|
|
| |
|
|
The transcriptional regulation by the nuclear receptor NHR-25 in \kur{Caenorhabditis elegans}
MERGLOVÁ, Linda
NHR-25 je jedním z mála konzervovaných jaderných receptorů haďátka C. elegans a jeho rodina je zahrnuta v mnoha vývojových procesech nejen u háďátka, ale také u octomilek, ryb, myší a člověka. Buněčný mechanismus funkce této genové rodiny je však zatím málo znám. U C. elegans pravděpodobně funguje jako transkripční faktor, ale jeho přímý cílový gen doposud nebyl identifikován. V této studii jsem použila definovaná vazebná místa pro NHR-25 a GFP jako marker pro zviditelnění možnosti, že NHR-25 reguluje transkripci jiného gebu (genů) in vivo. Vyzkoušela jsem také alternativní přístup se dvěma geny v již existujících transgenních kmenech háďátek, nesoucích promotor::GFP fúzované transgeny exprimované v epiteliálních buňkách, mohou-li být tyto geny regulované NHR-25. Výsledky naznačují, že jeden ze zkoumaných genů může být ve vztahu k nhr-25 a tento receptor může být i aktivním při endocytóze.
|
host ::
RSS.