|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Role mitochondrií a retrográdní signalizace při vývoji kvasinkových kolonií
Podholová, Kristýna ; Palková, Zdena (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent)
Jednobuněčné organismy jako jsou kvasinky, byly dříve převážně studovány v třepaných kulturách a nikoli na pevném povrchu, jak je tomu běžné v přírodě. V přírodě totiž skoro žádná buňka nežije osamoceně, ale naopak často tvoří mnohobuněčné kolonie nebo biofilmy. V současné době již řada studií probíhá i na pevném médiu, tedy za podmínek podobnějších podmínkám přírodním. Naše laboratoř vyvinula speciální techniky pro výzkum kolonií kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Tyto techniky nám umožňují popis a zkoumání jednotlivých subpopulací a buněk v kvasinkové kolonii. Cílem této práce bylo připravit řadu mutantních kmenů produkujících cílové geny mitochondriální RTG signalizace, popsat morfologii a ultrastrukturu jejich kolonií a pomocí nich přispět k objasnění funkce retrográdní dráhy při vývoji kvasinkové kolonie. Práce popisuje expresi několika vybraných genů (CIT2, RTG1, RTG2, RTG3) ve výchozím kmeni BY4742 a v dalších mutantních kmenech s delecí jednoho či více regulačních genů RTG dráhy. Výsledky získané v rámci diplomové práce spolu s výsledky dalších autorů se staly součástí vědecké publikace (Podholová et al., 2016). Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Modifikace 5' konce RNA bakterií
Pinkas, Daniel ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Regulace genové exprese je klíčovou vlastností všech organismů a může probíhat na několika úrovních počínaje iniciací transkripce až po degradaci proteinů. Jednou z možností je úprava stability mRNA pomocí nejrůznějších modifikací. Asi nejznámější modifikací je 7mG čepička eukaryot, která chrání RNA před RNázami. V nedávné době bylo díky kombinaci metod kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie objeveno několik nových modifikací také u prokaryot. Jednou z nich je nikotinamidadenindinukleotid na 5' konci některých RNA, který je analogický s 7mG čepičkou. Tato práce popisuje tento fenomén v kontextu bakteriální transkripce. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Pleiotropní účinky transkripčního faktoru Opi1 u Saccharomyces cerevisiae
Pavlíčková, Martina ; Schierová, Michaela (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Biosyntéza fosfolipidů u Saccharomyces cerevisiae je regulována aktivačním komplexem Ino2p-Ino4p a represorem Opi1p. Nejvíce regulovaný gen je INO1, který kóduje inositol-3- fosfátsynthasu. Tento enzym katalyzuje první krok metabolické dráhy, při které vzniká inositol. Aktivační komplex Ino2p-Ino4p se váže přímo na DNA v promotorové oblasti genů a interaguje s dalšími proteiny nezbytnými pro aktivaci (Snf1p, SAGA, SWI/SNF, INO80). Opi1p způsobuje represi transkripce přímou vazbou na Ino2p a interakcí s dalšími proteiny (Sin3p, Cyc8p). Aktivita proteinu Opi1p je řízena jeho lokalizací v buňce a fosforylací. Regulace fosfolipidů je závislá na růstové fázi a dostupnosti prekursorů. Protein Opi1p kromě biosyntézy fosfolipidů ovlivňuje i další děje v buňce: metabolismus mitochondrií, stres v endoplazmatickém retikulu, velikost buněk, morfologii kolonií a invazivní růst.
|
|
|
Transkripční faktory řídící periodickou genovou expresi v buněčném cyklu Schizosaccharomyces pombe
Jordáková, Anna ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Paleček, Jan (oponent)
Poltivá kvasinka Schizosaccharomyces pombe hraje důležitou úlohu při objasňování mechanismů regulace buněčného cyklu a při charakterizaci příslušných efektorových molekul. Buněčný cyklus S. pombe sestává z dlouhé růstové G2 fáze, která je následována jaderným dělením (M fáze), velmi krátkou G1 fází a replikací DNA (S fáze). Již během S fáze dochází k tvorbě buněčné přepážky. Postup fázemi buněčného cyklu je regulován na mnoha úrovních. Ačkoli je kvasinka S. pombe velmi studovaný modelový organismus, znalost transkripční sítě regulující průchod buněčným cyklem je zatím neúplná. Transkripční faktory jsou velmi důležité regulátory genové exprese, a proto je jejich charakterizace předmětem výzkumu. Doposud bylo identifikováno jen několik transkripčních faktorů, které v průběhu buněčného cyklu regulují oscilující a vzájemně na sobě závislé vlny genové exprese. Tato práce shrnuje současný stav poznání na poli transkripční regulace periodické genové exprese v buněčném cyklu S. pombe.
|
|
|
Aptamery - vazebné a regulační vlastnosti molekul RNA
Oplová, Michaela ; Půta, František (vedoucí práce) ; Dzijak, Rastislav (oponent)
Aptamery jsou jednořetězcové ribo- či deoxyribonukleotidy, obvykle délky 20-80 nukleotidů, které prostřednictvím intramolekulárních interakcí zaujímají komplexní trojrozměrné struktury a s vysokou afinitou specificky váží malé cílové molekuly. Generovány jsou in vitro pomocí revoluční technologie SELEX (z angl. systematic evolution of ligand by exponential enrichment) a jejími modifikacemi. Skutečnost, že lze připravit aptamery vážící prakticky jakoukoliv cílovou molekulu, vzbudila značnou pozornost vědecké a medicínské komunity, neboť z aptamerů činí slibné diagnostické a terapeutické nástroje. Aptamery existují i přirozeně; aptamerové domény byly opakovaně nalezeny jako součást regulačních elementů genové exprese bakterií, kde fungují jako specifické receptory buněčných metabolitů. Doména TPP byla nalezena rovněž u rostlin, hub a zelených řas.
|
|
|
Vyhledávání vazebních míst transkripčních faktorů
Hlávka, Ondřej ; Vogel, Ivan (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
V dnešní době je v molekulární biologii velice důležité zkoumat mechanismus regulace genové exprese. Genová exprese je mimo jiné regulována pomocí transkripčních faktorů, které se vážou do specifických sekvencí v regulačních regionech genů. Vyhledávání těchto specifických sekvencí je náročné, protože tyto sekvence mohou být vysoce degenerativní. Existuje několik způsobů jak vyhledávání vazebních míst transkripčních faktorů realizovat. První část práce obsahuje popis algoritmů pro vyhledávání vazebních míst, zatímco ve druhé je popsán návrh a implementace vlastního řešení pro vyhledávání vazebních míst transkripčního faktoru p53.
|
host ::
RSS.