|
|
Monitoring výskytu virů DWV, BQCV a CBPV ve včelstvech na území ČR
ZAHRADNÍK, Václav
Diplomová práce se zabývá zjištěním míry nákazy vybranými onemocněními mezi včelstvy na území České republiky. V literární rešerši jsou zmíněné virové onemoc-nění, problematika a způsoby izolace total RNA ze vzorku včel. Metodika je dále zaměřena na izolaci total RNA, amplifikaci virové RNA ve vzorku pomocí RT-PCR se specifickými primery. Hodnocení výsledků je provedeno pomocí elektroforézy a následným osekvenováním pozitivního vzorku a porovnáním sekvence v databázi NCBI .
|
|
|
Monitoring výskytu virů SBV, SBPV a ABPV ve včelstvech na území ČR
ZLÁMALOVÁ, Aneta
V této diplomové práci se věnuji jednomu z aktuálních témat, a to celosvětovému úbytku včelstev. Včela medonosná čelí řadě faktorů, které ovlivňují její zdravotní stav, kondici a životaschopnost. Mezi tyto faktory patří mimo jiné i včelí viry, z nichž řada vyvolává virózu pytlíčkového plodu nebo včelí paralýzu ať už akutní či pomalou. Kvůli virovým onemocněním nemohou infikované včely plnit svoji roli v úlu a vzrůstající počet postižených včel může negativně ovlivnit celé včelstvo.
|
|
|
Určování říčních populací lakušníku štítnatého (\kur{Ranunculus peltatus)}
DOLEJŠEK, Vojtěch
V některých jihočeských řekách byly objeveny hybridogenní populace lakušníku štítnatého (Ranunculus peltatus). Tyto populace jsou morfologicky podobné rodičovskému lakušníků štítnatému a někdy je těžké je od něj odlišit. Hybridogenní populace nejsou odlišitelné průtokovou cytometrii, odliší se sekvenováním. V této práci jsem se pokoušel zjistit, zda mohou být zmíněné hybridogenní populace jednoznačně odlišeny na základě morfologie od rodičovského druh lakušníku štítnatého.
|
|
|
Analýza genomu u patovarů bakterie \kur{Pseudomonas syringae} a návrh vhodných oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu
BERAN, Pavel
Pseudomonas syringae van Hall 1902 (Ps) je významným bakteriálním patogenem parazitujícím na širokém okruhu rostlin. Ps se rozděluje do patovarů podle hostitelského okruhu rostlin. Cílem této diplomové práce bylo stanovení velikosti genomu pomocí restrikčního štěpení a PFGE dostupných patovarů Ps, osekvenování vybraných genů a návrh oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu. Velikosti genomu zjištěné restrikčním štěpením a separací pomocí PFGE se lišily od dat dostupných ve veřejných databázích cca o 500 {--} 2000 kbp. Metoda je proto méně vhodná pro přesné stanovení velikosti genomu a takto získané výsledky jsou spíše orientační. Osekvenovány byly geny pro 16S a 23S rRNA, 16S-23S ITS a gyrB. Na jejich základě byla determinována vzájemná genetická variabilita patovarů Ps a porovnána s obdobnými pracemi. Sekvenování DNA bylo rovněž podkladem pro navržení oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu.
|
|
|
Single-cell RNA sequencing in leukemia
Brodská, Johana ; Froňková, Eva (vedoucí práce) ; Obr, Adam (oponent)
Leukémie je nádorové onemocnění krvetvorby postihující celý organismus. V současné době je již dostupných mnoho variant léčby na všechny typy této nemoci, avšak stále není možné pacienta vždy plně uzdravit. Metoda single-cell RNA sekvenování poskytuje nový vhled do heterogenity nádorových i nenádorových buněk v prostředí leukémií. Tato práce si klade za cíl krátce představit tuto metodu a její historii a vyzdvihnout dosavadní poznatky o leukémiích získané její pomocí. Klíčová slova leukémie (AML, CML, ALL, CLL), sekvenování, scRNA-seq, buňky, transkriptom, léčba
|
|
|
Proměny biomonitoringu tekoucích vod pomocí bentosu se zřetelem k rozsivkám
Fiedler, Jan ; Kulichová, Jana (vedoucí práce) ; Tichá, Anna (oponent)
Tato práce je zaměřena na vývoj metodologického přístupu k biomonitoringu tekoucích vod pomocí bentických organismů od metod zaměřených na určování organismů pomocí jejich vnějšího vzhledu až k modernímu biomonitoringu založenému na determinaci organismů pomocí eDNA metabarcodingu. V práci jsou zmíněny také moderní metagenomické metody (genomika, transkriptomika, metabolomika a proteomika). Práce srovnává vývoj hodnocení ekologického stavu sladkovodních ekosystémů pomocí rozsivek a bezobratlých a popisuje shodné body metodologického vývoje obou. Dalším výstupem porovnání biomonitoringu pomocí dvou různých taxonomických skupin jsou informace o tom, které hydrochemické a geochemické faktory prostředí lze snadno monitorovat pomocí rozsivek a které pomocí makroskopických bezobratlých. Dále je v závěru zmíněna prognóza dalšího vývoje biomonitoringu v podobě syntézy tradičních metod na základě morfologické determinace druhů, biomonitoringu 2.0 (využívajícího eDNA metabarcoding) a metagenomických metod. Klíčová slova: autekologie, morfologicky definované druhy, sekvenování, biotický index, znečištění
|
|
|
Komparativní a fylogenetická analýza virů ve FN Brno
Švestková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Práce je věnovaná koronaviru SARs-CoV-2 souvisejícím s těžkým akutním respiračním syndromem, který byl poprvé prokázán v roce 2019. Tento koronavirus zapříčinil pandemii, která ovlivnila takřka celý svět. Znalost genetické informace je potřebná pro vývoj vakcíny, zjištění nakažlivosti a pro predikci vývoje variant SARs-CoV-2. Pro získání genetických informací je třeba osekvenovat RNA a tyto genomové sekvence sestavit. Při porovnání sestavených genomů lze zjistit, v které části daný organismus mutoval. Na základě souhlasnosti či rozdílnosti v sestavených genomech je provedena fylogenetická analýza, která poukazuje na vývoj daného organismu a znázorňuje evoluční příbuznost s ostatními organismy. Praktická část je zaměřena na sestavení genomů ze vzorků od pacientů z FN Brno a vyhodnocení kvality sestavení. Po sestavení genomů je dalším cílem vyhodnocení variability a následná fylogenetická analýza.
|
|
|
Vlastnosti proudových signálů při sekvenaci nanopórem
Plocková, Veronika ; Nykrýnová, Markéta (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Technologie Oxford Nanopore přinesly novou a revoluční technologii v oblasti sekvenování DNA. Jejich sekvenační zařízení měří změny elektrického proudu protékajícího póry spolu s DNA. Tato práce si klade za cíl popsat rozdíly mezi nezpracovanými signály produkovanými různými sekvenačními soupravami a průtokovými komůrkami při sekvenování několika různých bakterií. K analýze různých statistických parametrů, které by byly vhodné pro popis signálů získaných z nanopórů, byly použity dva soubory dat kombinující pět různých organismů, dva sekvenační kity a dva typy průtokových kyvet. Následně byly vzorky klasifikovány pomocí algoritmu k-means a výsledky byly diskutovány.
|
|
|
Přínos Next Generation Sequencing pro laboratorní diagnostiku
Votýpka, Pavel ; Beránek, Martin (vedoucí práce) ; Macháček, Miloslav (oponent)
4 ABSTRAKT Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických věd Kandidát: Bc. Pavel Votýpka Školitel: Doc. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D. Konzultant: Mgr. Nikola Ptáková Název diplomové práce: Přínos Next Generation Sequencing pro laboratorní diagnostiku Snaha o přečtení lidského genomu ve svém důsledku vedla nejen k získání poznatků o lidské genetické informaci, ale také k vývoji nových sekvenačních metod a technologií. Pro udržení kroku s rozvojem v oblasti genetiky se na řadě klinických i výzkumných pracovišť do běžného provozu zavádějí přístroje druhé generace na principu masivního paralelního sekvenování. Na trhu dnes dominují čtyři platformy - Illumina, Solid, Ion Torrent a 454 Life Technologies. Proces celé sekvenační analýzy lze shrnout do tří hlavních kroků - příprava sekvenační knihovny, sekvenování a detekce nukleotidů a analýza dat. Každá část analýzy přináší v závislosti na použité platformě svá specifika, se kterými je nutné počítat a také úskalí, kterým je vhodné se vyhnout či minimalizovat jejich vliv na finální výsledek analýzy. V posledních několika letech jsou vyvíjeny i nové metody označované jako třetí generace sekvenování, které umožňují čtení jediné molekuly nukleové kyseliny bez její amplifikace. NGS technologie dnes umožňují, aby si každé...
|
|
|
Identifikace nekódující RNA u Clostridium beijerinckii NRRL B-598 pomocí RNA-Seq dat
Pomykalová, Barbora ; Sedlář, Karel (oponent) ; Jurečková, Kateřina (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce obsahuje stručný úvod do problematiky nekódujících malých RNA u bakterií (sRNA). Zaměřuje se na jejich vlastnosti a funkce v organismu a to konktrétně pro bakterii Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Dále obsahuje popis laboratorních metod pro stanovení genové exprese a navrhuje postup pro identifikaci malých nekódujících RNA z dat získaných metodou RNA-Seq, pro zkoumanou bakterii Clostridium beijerinckii NRRL B-598. V neposlední řadě dochází k implementaci navrženého postupu v prostředí MATLAB a zhodnocení výsledků získaných touto metodou.
|
host ::
RSS.