Název: Analýza genomu u patovarů bakterie \kur{Pseudomonas syringae} a návrh vhodných oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu
Překlad názvu: Genom analysis of \kur{Pseudomonas syringae} pathovars and design of suitable oligonucleotides for design of DNA chip
Autoři: BERAN, Pavel
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2009
Jazyk: cze
Abstrakt: [cze] [eng]
Pseudomonas syringae van Hall 1902 (Ps) je významným bakteriálním patogenem parazitujícím na širokém okruhu rostlin. Ps se rozděluje do patovarů podle hostitelského okruhu rostlin. Cílem této diplomové práce bylo stanovení velikosti genomu pomocí restrikčního štěpení a PFGE dostupných patovarů Ps, osekvenování vybraných genů a návrh oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu. Velikosti genomu zjištěné restrikčním štěpením a separací pomocí PFGE se lišily od dat dostupných ve veřejných databázích cca o 500 {--} 2000 kbp. Metoda je proto méně vhodná pro přesné stanovení velikosti genomu a takto získané výsledky jsou spíše orientační. Osekvenovány byly geny pro 16S a 23S rRNA, 16S-23S ITS a gyrB. Na jejich základě byla determinována vzájemná genetická variabilita patovarů Ps a porovnána s obdobnými pracemi. Sekvenování DNA bylo rovněž podkladem pro navržení oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu. Pseudomonas syringae van Hall 1902 (Ps) is important bacterial pathogen parasiting on wide spectrum of plants. Ps is sorted to pathovars according to host plant. The aim of this thesis was determining of genome size using restriction cleavage and PFGE on available Ps pathovars, sequencing of selected genes and oligonucleotide design for assembling DNA microarray. Genome sizes determined by restriction cleavage and separation with PFGE were different from database data by about 500 {--} 2000 kbp. Therefore the method is less usefull for accurate determining of genome size. Genes for 16S and 23S rRNA, 16S-23S ITS and gyrB were sequenced mutual variability of Ps pathovars was evaluated and compared to similar works. DNA sequencing was also basis for oligonucleotide DNA chip design.
Klíčová slova: DNA čip; PFGE; Pseudomonas syringae; sekvenování; DNA microarray; PFGE; Pseudomonas syringae; sequencing
Citace: BERAN, Pavel. Analýza genomu u patovarů bakterie \kur{Pseudomonas syringae} a návrh vhodných oligonukleotidů pro výrobu DNA čipu. České Budějovice, 2009. diplomová práce (Ing.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Fakulta zemědělská a technologická

Instituce: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v digitálním repozitáři JČU.
Původní záznam: http://www.jcu.cz/vskp/11333

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-513330


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce